écologie – IUEM

APERO : Une campagne sous canicule

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Objectifs de la campagne

APERO s’est déroulée sur le Pourquoi Pas ? et le Thalassa du 3 juin au 15 Juillet 2023 dans l’Atlantique Nord Est, au Sud-Ouest de l’Irlande (65 embarquants au total). Le projet a pour objectif de mieux comprendre les processus qui contraignent l’export de carbone et son stockage dans l’océan profond (Pompe Biologique de Carbone), ceci aux petites échelles frontales et tourbillonnaires. Ce projet entre dans le cadre international d’un programme soutenu par l’ONU (Décennie des Océans), JETZON (Joint Exploration of the Twilight Zone Ocean Network)). Bien que relativement ancien, le questionnement scientifique (devenir du carbone dans la colonne d’eau) n’a jamais été réellement abordé d’une manière approfondie avant les années 2010. En effet, ce n’est que tout récemment que les moyens d’observation permettent d’échantillonner cette zone obscure (twilight zone) de l’océan. Au-delà de l’apparition de plateformes autonomes (flotteurs Argo, gliders), le développement de nouveaux capteurs optiques, acoustiques, en imagerie, souvent miniaturisés, d’une instrumentation toujours plus ciblée, ainsi que le coût de plus en plus abordable de la biologie moléculaire, ouvrent de nouvelles voies dans la description et la compréhension du cycle du carbone océanique et du fonctionnement de l’écosystème méso pélagique (200-1000m).

Et après ?

S’appuyant sur une collaboration internationale importante (USA, GB, Allemagne, Australie, Espagne), élaborée sur la base d’une interdisciplinarité incontournable (de la physique à l’échelle des fronts à la biologie moléculaire, en passant par la biogéochimie, la physiologie, l’écologie), un des legs principaux d’APERO sera l’existence d’une base de données complète et cohérente, d’une richesse exceptionnelle. En synergie étroite avec les campagnes américaines et anglaises sur la même thématique, dans des régimes océaniques différents, un autre apport du programme devrait être concrétisé à terme par une amélioration des modèles de climat, type GIEC, avec une représentation plus précise de la biodégradation du carbone exporté vers l’océan profond (processus qui régule les échelles de temps de stockage du carbone par l’océan).

Bonne pêche avec le chalut THA !! Un myctophidé

Trajectoire modifiée en raison des fortes chaleurs

À noter que le changement climatique a eu un impact très profond, non anticipé, sur la campagne. Alors que l’Atlantique Nord Est est une région peu impactée par les vagues de chaleur, il s’est avéré que, pour la première fois, une vague de chaleur marine s’est déroulée juste au moment de la campagne (température de la surface de l’océan supérieure de 3°C par rapport à la moyenne climatique – 6°C pour l’atmosphère). La date de la campagne avait été choisie pour se retrouver au moment de l’export maximal de carbone vers l’océan profond (après la floraison/bloom printanier). De fait, ces conditions exceptionnelles ont induit une stratification de l’océan nettement supérieure à ce que l’on pouvait attendre, ce qui fait que nous nous trouvions en plein milieu d’un désert. Par l’intermédiaire d’analyses de données satellitaires, effectuées en temps réel à terre, les navires ont été « déportés » plus au nord, où l’activité biologique semblait encore être importante. Ceci a permis entre autres aux navigants de vivre deux tempêtes intenses de 3/4 jours, ce qui n’a pas simplifié la vie sur les navires, ni la stratégie d’échantillonnage. Ceci dit, toutes les mesures prévues ont bien été faites in fine (à cet égard, les marins de la flotte doivent sincèrement être remerciés, leur implication ayant été totale). Le contexte spécifique de la campagne demandera certainement une interprétation globale des données plus ouverte, et certainement tout autant, sinon plus, intéressante.

Anomalie de température au 22 Juin 2023 (base : 1971-2000). Carré jaune : zone APERO

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Simon Rondeau

Université du Maine

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Laurent Memery / CNRS

7 septembre 2023/par cyven

20ème rentrée des Masters des sciences de la mer et du littoral (SML)

Actu de la lettre, actualité-a-la-une, actualités

Vendredi 1er septembre, les étudiants de 1ère année de master admis dans les Masters SML seront accueillis à l’IUEM par le directeur de l’Institut, Frédéric Jean, qui abordera les missions de l’IUEM, son cadre ainsi que son histoire et son évolution. Le responsable des Masters, Guillaume Roullet, présentera la formation sous un angle général. Durant cette journée, les étudiants échangeront avec différents intervenants qui leur apporteront de nombreuses informations sur le déroulement et l’organisation de ces deux années d’études.

Histoire du Master

Les sciences de l’environnement ne peuvent s’appréhender que selon une démarche transversale et pluridisciplinaire. Cette approche se justifie d’autant plus pour les espaces marins et littoraux qui sont aujourd’hui au coeur d’enjeux fondamentaux pour l’humanité : le changement climatique, la gestion et la protection des ressources vivantes et minérales des océans, les énergies marines renouvelables, le développement des transports internationaux ou la gestion des risques naturels et technologiques.

Les questions soulevées nécessitent un travail commun entre enseignants et chercheurs des sciences expérimentales (écologues, géochimistes, biologistes, physiciens et géologues) et des sciences de l’homme et de la société (géographes, juristes, économistes). La mer et le littoral font aussi l’objet d’une intense actualité politique et institutionnelle. Cette démarche transversale a conduit à la création en 2004 par le Ministère de l’Enseignement Supérieur d’un domaine de formation « Sciences de la Mer et du Littoral », unique en France, au sein duquel s’est développé un Master pluri- et trans-disciplinaire. Après 19 années d’existence, ce Master, qui est implanté au coeur d’un pôle scientifique en sciences marines de dimension internationale, a déjà montré son puissant effet structurant et son attractivité. Il permet de réunir les conditions pédagogiques du développement d’une expertise française dans le domaine des sciences de l’environnement marin et côtier.

Organisation et objectifs

Les 8 Masters SML regroupent sous un même domaine 14 parcours : sciences biologiques marines, sciences halieutiques et aquacoles (co accrédité avec l’Institut Agro Rennes-Angers) / International Master of science in Marine Biological Ressources (IMBRSea), master international en biotechnologies marines (co accrédité avec l’UBS Lorient) / chimie de l’environnement marin / droit, mer et littoral / agriculture, mer, environnement (co accrédité avec l’Institut Agro Rennes-Angers) / expertise et gestion de l’environnement littoral / géophysique marine, hydrodynamique navale (co accrédité avec l’ENSTA Bretagne), physique de l’océan et climat, sciences des données océaniques / géosciences océan, ingénierie et gestion des ressources côtières et littorales (co accrédité avec l’UBS Vannes).
Les parcours en sciences humaines privilégient une approche fondée sur les interactions avec l’homme au niveau marin et côtier, tandis que les sciences biologiques, chimiques, géologiques et physiques visent plutôt la compréhension du «système mer» dans tous ses aspects. Les parcours en physique et biotechnologies sont internationaux et l’enseignement se fait en langue anglaise.

Un grand nombre d’unités d’enseignement (UE) sont communes à au moins 2 Masters et certaines sont suivies par les étudiants du master international IMBRSea de l’université de Gand. Les cours y sont également dispensés en anglais. Cet enseignement a pour objectif de former des chercheurs et des cadres capables d’appréhender les problématiques scientifiques actuelles et d’apporter des réponses adaptées aux problèmes posés en relation avec le domaine marin, océanique et les littoraux.

Les actions de formation en Master sont également au coeur du projet de l’École Universitaire de Recherche (EUR) ISblue. Cette dernière a pour objectif de mieux intégrer et coordonner la stratégie d’enseignement et de recherche des partenaires, de rendre l’offre de formation plus attractive au niveau international, de renforcer l’interdisciplinarité, l’innovation pédagogique et l’approche pédagogique par compétences, ainsi que de développer les synergies entre le monde académique et le secteur socio-économique. À cet effet, beaucoup d’étudiants partent en stage à l’étranger, avec le soutien financier, notamment, du volet formation de cette École Universitaire de Recherche.

La vie associative est très développée au sein des masters puisque 4 associations d’étudiants sont recensées : Patel (Protection et aménagement du territoire et de l’environnement littoral) rattachée à la mention expertise et gestion de l’environnement littoral, Sea-ti-Zen historiquement pour la biologie mais désormais pour toutes les mentions, Tethys pour les géosciences et Sea-lex pour les juristes.

Rentrée 2023 : Quelques chiffres

Environ 270 étudiants sont inscrits pour cette année universitaire marquant une augmentation de près de 10 % des effectifs, qui oscillaient entre 175 et 200 étudiants depuis la création du master SML en 2004.

Le rayonnement des masters au niveau national et international est important. Ainsi, chaque année, environ 10 % des étudiants inscrits sont internationaux et la plupart des Masters reçoivent des étudiants européens ERASMUS.

Cette année, ils proviennent de 17 pays différents. Parmi les étudiants français, entre 30 et 50 % selon les années, proviennent d’établissements extérieurs à l’UBO. Le suivi professionnel des étudiants montre une insertion professionnelle supérieure à 75 % dans les 2 années qui suivent l’obtention du diplôme et un pourcentage important de diplômés (50 % environ) en poursuite d’études (doctorat) pour les 4 Masters en biologie, chimie, géologie et physique.

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Sébastien Hervé / UBO

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Cécile Nassalang / CNRS

Guillaume Roullet / UBO

20 juillet 2023/par cyven

Gauthier Schaal, Maître de conférences en biologie et écologie marine au LEMAR

Actualité archive, actualités

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait mon doctorat à la Station biologique de Roscoff (SBR) de 2006 à 2009 avec Pascal Riera qui était mon directeur de thèse. Je travaillais sur les réseaux trophiques dans les forêts de laminaires. J’ai surtout utilisé la méthode du traçage isotopique, qui permet de suivre les flux de matière dans un écosystème. L’objectif était de comprendre comment la matière organique produite dans les écosystèmes par les végétaux est transférée dans le réseau trophique jusqu’aux prédateurs supérieurs. J’ai ainsi pu reconstruire l’ensemble des chaînes alimentaires au sein de l’écosystème, pour avoir une vue d’ensemble de son fonctionnement, en connectant toutes les espèces qui en font partie. Ensuite, j’ai fait un post doc en Afrique du Sud de 2010 à 2011 à Grahamstown à Rhodes University où j’ai continué à me préoccuper des mêmes thématiques qu’en thèse. Plus précisément, je me suis intéressé au rôle que jouent les différents systèmes estuariens comme soutien des écosystèmes côtiers. Ce séjour post-doctoral m’a également permis de compléter mes compétences en utilisant des marqueurs lipidiques pour suivre les flux de matière au sein des écosystèmes.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

À l’issue de mes 2 ans de Post doc, j’ai été recruté comme Maître de conférences contractuel et je suis arrivé à l’IUEM en janvier 2012. Pendant ma thèse, j’avais eu l’occasion de travailler avec Jacques Grall et dans le cadre de cette collaboration, j’ai eu l’occasion de venir plusieurs fois à l’IUEM pour le rencontrer. À l’époque (c’est toujours le cas !), j’avais été impressionné par la taille et les diversité des thématiques développées à l’IUEM et au LEMAR. Assez rapidement, j’ai donc eu pour objectif de rejoindre le LEMAR à l’issue de mon post-doc. J’ai aussi bénéficié du soutien de Jacques pendant tout mon post doc. Après 4 ans et demi en tant qu’enseignant-chercheur contractuel, un poste de MCF a ouvert en 2016 et j’ai obtenu le concours.

Que fais-tu à l’IUEM ?

J’enseigne dans le cadre du Master de biologie marine et du Master EGEL que je co-dirige avec Nicolas Le Corre. J’enseigne également la biologie, l’écologie et les biostatistiques en licence de biologie.

Côté recherche, je suis dans l’équipe Discovery du LEMAR dont je suis co-animateur. Je suis également co-animateur du thème 4 d’ISblue « Océan vivant et services écosystémiques ».

Je travaille dans le domaine de l’écologie trophique, la branche de l’écologie qui s’intéresse à tout ce qui est en lien avec l’alimentation : physiologie des organismes, organisation des communautés biologiques, flux de matières au sein ou entre les écosystèmes. Les méthodes que je développe sont principalement basées sur l’utilisation de biomarqueurs trophiques, et notamment isotopiques et lipidiques. Un des gros avantages à l’IUEM est de pouvoir utiliser les plateformes Lipidocéan (Fabienne Le Grand) et le Pôle Spectrométrie Océan (Rudolph Corvaisier). Un tel environnement est unique en France ! Je travaille sur beaucoup de chantiers en même temps, principalement sur les écosystèmes côtiers tempérés, c’est ma spécialité de base. Avec le temps, j’étudie plein d’autres milieux : hydrothermal profond, tropical et les grands requins prédateurs. J’exerce mon activité en Bretagne, beaucoup au Mexique depuis 6 ou 7 ans avec Édouard Kraffe (co-encadrement de 2 thèses avec le CIBNOR), au Gabon avec François Le Loc’h (encadrement de 2 thèses également). Je m’intéresse aussi à l’Antarctique (co-encadrement d’une thèse avec Julien Thébault).

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Je fais beaucoup de terrain, j’ai donc pas mal d’anecdotes plus ou moins sympas qui me sont arrivées dans ma carrière. En Afrique du Sud, les ormeaux font l’objet d’un braconnage très intense qui est contrôlé par des mafias. La police ne fait pas dans le détail, et la consigne est très simple : « shoot to kill ». Travaillant sur les milieux rocheux, là où se trouvent les ormeaux, les interactions avec le braconnage étaient possibles, et nous avions la consigne très claire de ne jamais prendre parti, ni pour les policiers, ni évidemment pour les braconniers, et de toujours porter une chasuble fluo marquée « research » pour pouvoir être identifié de loin. Lors d’un terrain à proximité de la ville de Kleinmond, j’ai vu débarquer en courant un policier qui pourchassait des braconniers et a exigé que je l’emmène de l’autre côté de la baie pour continuer sa course poursuite. Je me suis donc retrouvé à conduire un policier dans un pick-up marqué « Rhodes University », au vu et au su de tous les braconniers du coin. Autant dire qu’une fois le policier sorti, nous avons immédiatement quitté la zone pour éviter toutes représailles. Je n’ai jamais pu terminer mon échantillonnage à Kleinmond…

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Dans le cadre de la thèse de Margaux Mathieu-Resuge, que je co-encadrais avec Edouard Kraffe, nous échantillonnions dans la lagune d’Ojo de Liebre, sur la côte Pacifique de la péninsule de Basse Californie. En février 2016, lorsque nous y étions, j’ai pu vivre le genre de journée que seul mon métier peut offrir. Pour planter le décor, Ojo de Liebre est une grande lagune au milieu du désert qui accueille chaque année des baleines grises venues y mettre bas. Lorsque nous y étions, 2000 individus y avaient été recensés ! On y trouve également dauphins, otaries et requins blancs en abondance. Nous travaillions avec des pêcheurs locaux qui plongeaient au narguilé pour récolter des bivalves. A un moment, les pêcheurs arrêtent le bateau, ne disent rien, s’équipent et se mettent à l’eau. Ils finissent par remonter avec un sac rempli de grandes nacres, qui sont rarissimes en France et très protégées, mais abondantes là-bas. Ils nous sortent de nulle part des citrons verts, ouvrent les coquilles et nous avons profité d’un ceviche ultra-frais improvisé sous le soleil levant… magique ! Après la journée de terrain, les pêcheurs ont tenu à nous accompagner jusqu’au petit laboratoire de terrain où nous devions disséquer toutes les coquilles, et sont restés avec nous jusqu’à 3h du matin (la journée avait commencé à 6h du matin la veille). Une fois terminé, alors que nous étions tous épuisés mais surtout affamés, ils nous ont conduits dans les ruelles de Guerrero Negro, où nous n’aurions jamais osé nous aventurer, pour partager des tacos dans la dernière boutique ouverte, sans doute à plusieurs centaines de kilomètres à la ronde.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Au-delà de mon travail, l’essentiel de mon temps libre est consacré à aider ma compagne, qui est éleveuse d’escargots. Nous avons ainsi 200 000 bêtes à cornes, qui ne vont pas bien vite, mais prennent énormément de temps, surtout au moment des fêtes.

Je joue également aux échecs depuis plus de 30 ans.

As-tu une devise ?

Je suis souvent confronté aux incertitudes d’étudiants qui oscillent entre des vocations profondes et des doutes en ce qui concerne les débouchés que peut leur offrir la poursuite de leur vocation. Je trouve ça très triste de voir un.e étudiant.e renoncer à ses rêves par peur d’un échec qui, même s’il est probable, n’est pas certain. Ayant moi-même rencontré un certain nombre de murs au cours de mon parcours, j’ai tendance à leur dire « prends-toi le mur avant de changer de direction » !

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Édouard Kraffe / UBO

Lucien Besnard

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Gauthier Schaal / UBO

5 janvier 2023/par cyven

18ème rentrée des Masters des sciences de la mer et du littoral (SML) à l’IUEM

Actualité archive, actualités

Mercredi 1er septembre, les étudiants de 1ère année de master admis dans les Masters SML seront accueillis à l’IUEM par le directeur de l’Institut, Frédéric Jean, qui abordera les missions de l’IUEM, son cadre ainsi que son histoire et son évolution. Le responsable des Masters, Guillaume Roullet, présentera la formation sous un angle général. Durant cette journée, les étudiants échangeront avec différents intervenants qui leur apporteront de nombreuses informations sur le déroulement et l’organisation de ces deux années d’études.

Histoire des Masters

Les sciences de l’environnement ne peuvent s’appréhender que selon une démarche transversale et pluridisciplinaire. Cette approche se justifie d’autant plus pour les espaces marins et littoraux qui sont aujourd’hui au coeur d’enjeux fondamentaux pour l’humanité : le changement climatique, la gestion et la protection des ressources vivantes et minérales des océans, les énergies marines renouvelables, le développement des transports internationaux ou la gestion des risques naturels et technologiques. Les questions soulevées nécessitent un travail commun entre enseignants et chercheurs des sciences expérimentales (écologues, géochimistes, biologistes, physiciens et géologues) et des sciences de l’homme et de la société (géographes, juristes, économistes). La mer et le littoral font aussi l’objet d’une intense actualité politique et institutionnelle.
Cette démarche transversale a conduit à la création en 2004 par le Ministère de l’Enseignement Supérieur d’un domaine de formation « Sciences de la Mer et du Littoral », unique en France, au sein duquel s’est développé un Master pluri- et trans-disciplinaire. Après 17 années d’existence, ces Masters, qui sont implantés au coeur d’un pôle scientifique en sciences marines de dimension internationale, ont déjà montré leur puissant effet structurant et leur attractivité. Ils permettent de réunir les conditions pédagogiques du développement d’une expertise française dans le domaine des sciences de l’environnement marin et côtier.

Organisation et objectifs

Les Masters SML regroupent sous un même domaine 8 mentions parmi lesquelles 13 parcours : biologie des organismes marins, écosystèmes marins, sciences halieutiques et aquacoles (co accrédité avec l’Agrocampus Ouest de Rennes) / master international en biotechnologies marines (co accrédité avec l’UBS Lorient) / chimie de l’environnement marin / droit, mer et environnement / agriculture, mer et environnement (co accrédité avec l’Agrocampus Ouest de Rennes) / expertise et gestion de l’environnement littoral / géophysique marine, hydrodynamique navale (co accrédité avec l’ENSTA Bretagne), physique de l’océan et climat / géosciences océan, ingénierie et gestion des ressources côtières et littorales (co accrédité avec l’UBS Vannes).
Les parcours en sciences humaines privilégient une approche fondée sur les interactions avec l’homme au niveau marin et côtier, tandis que les sciences biologiques, chimiques, géologiques et physiques visent plutôt la compréhension du «système mer» dans tous ses aspects. Les parcours en physique et biotechnologies sont internationaux et l’enseignement se fait en langue anglaise.
Un grand nombre d’unités d’enseignement (UE) sont communes à au moins 2 mentions des Masters, et certaines sont suivies par les étudiants du master international IMBRSea de l’université de Gand. Dans ce cas, les cours sont également dispensés en anglais. Cette formation a pour objectif de former des chercheurs et des cadres capables d’appréhender les problématiques scientifiques actuelles et d’apporter des réponses adaptées aux problèmes posés en relation avec le domaine marin, océanique et les littoraux.
Les actions de formation en Master sont également au coeur du projet de l’Ecole Universitaire de Recherche (EUR) ISblue. Cette dernière a pour objectif de mieux intégrer et coordonner la stratégie d’enseignement et de recherche des partenaires, de rendre l’offre de formation plus attractive au niveau international, de renforcer l’interdisciplinarité, l’innovation pédagogique et l’approche pédagogique par compétences, ainsi que de développer les synergies entre le monde académique et le secteur socio-économique. A cet effet, beaucoup d’étudiants partent en stage à l’étranger, avec le soutien financier, notamment, du volet formation de cette École Universitaire de Recherche.

La vie associative est très développée au sein des masters puisque 4 associations d’étudiants sont recensées : Patel (Protection et aménagement du territoire et de l’environnement littoral) rattachée à la mention expertise et gestion de l’environnement littoral, Sea-ti-Zen historiquement pour la biologie mais désormais pour toutes les mentions, Tethys pour les géosciences et Sea-lex pour les juristes.

Rentrée 2021 : Quelques chiffres

Environ 270 étudiants sont inscrits pour cette année universitaire marquant une augmentation de près de 10 % des effectifs, qui oscillaient entre 175 et 200 étudiants depuis la création des masters SML en 2004.

Le rayonnement du master au niveau national et international est important. Ainsi, chaque année, environ 10 % des étudiants inscrits sont internationaux et la plupart des mentions reçoivent des étudiants européens ERASMUS.

Cette année, ils proviennent de 17 pays différents. Parmi les étudiants français, entre 30 et 50 % selon les années, proviennent d’établissements extérieurs à l’UBO. Le suivi professionnel des étudiants des masters montre une insertion professionnelle supérieure à 75 % dans les 2 années qui suivent l’obtention du diplôme et un pourcentage important de diplômés (50 % environ) en poursuite d’étude (doctorat) pour les 4 mentions en sciences biologiques, chimiques, géologiques et physiques marines.

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Sébastien Hervé / UBO

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Guillaume Roullet / UBO

1 septembre 2021/par cyven

Claire Geslin, enseignant chercheur en microbiologie au LM2E

Actu de la lettre, actualités

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Avant d’intégrer l’IUEM j’ai obtenu mon Diplôme d’Etudes Approfondies (DEA) en microbiologie en 1998 à la Station Biologique de Roscoff. C’était un diplôme cohabilité avec Brest, Caen et Rennes. Le stage, encadré par Christian Jeanthon, s’est déroulé au laboratoire de bactériologie marine, dirigé par Daniel Prieur. Le sujet de recherche portait sur l’étude de bactéries isolées de sources hydrothermales océaniques et sur leurs interactions avec les métaux. En 1999, le laboratoire a migré de Roscoff vers Brest et intégré l’IUEM. Nous formions une équipe de microbiologie au LEMAR. Cette même année, j’ai débuté une thèse financée par l’UBO et un industriel. L’objectif de ma thèse était de rechercher des virus d’archées hyperthermophiles des environnements hydrothermaux océaniques profonds ; cela n’avait jamais été documenté auparavant.

En 2003, mon expérience post-doctorale en Pennsylvanie, à l’Université de Pittsburgh chez le Pr Roger Hendrix, m’a permis de travailler sur un projet portant sur l’analyse structurale de bactériophages isolés d’E. coli. C’est un modèle moins exotique que les micro-organismes extrémophiles mais pour lequel de nombreux outils de travail étaient disponibles.

Cette même année, j’ai décroché le concours de maître de conférences. Pour la petite anecdote, je passais le concours pour le poste de maître de conférence un jeudi, et le lendemain je m’envolais vers les États-Unis pour mon post doc. Je devais partir pendant deux ans de l’autre côté de l’Atlantique mais je suis revenue à Brest, 5 mois après, pour assurer la rentrée en septembre 2003.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Au départ, j’ai suivi le laboratoire de microbiologie dirigé par Daniel Prieur pour ma thèse et c’est comme cela que je suis arrivée à l’IUEM. J’y suis restée grâce à l’obtention de mon poste de maître de conférences et pour poursuivre, au LM2E, ma thématique de recherche sur les virus hydrothermaux marins. Ce sont des virus qui vont infecter des micro-organismes marins (bactéries et archées) qui se développent à de très hautes températures (70-90°C), sans oxygène et sous forte pression hydrostatique. Ces virus sont confrontés à des conditions extrêmes. Le but premier de ma thèse était de savoir s’il existait de tels virus. Il s’avère qu’au bout d’un an et demi de thèse, j’ai trouvé un virus : le premier isolé du système hydrothermal océanique : Pyrococcus Abyssi Virus n°1 (PAV1). Cette découverte, m’a permis d’être lauréate du Prix Bretagne Jeune Chercheur en 2005 (section Sciences de la vie et de l’environnement). Cette reconnaissance de mon travail de recherche par la région Bretagne a fait un peu connaître cette thématique de recherche auprès du grand public.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je continue à travailler sur cette thématique, sur cet environnement : les sources hydrothermales océaniques profondes où j’y étudie la diversité virale. A ce jour, seulement 11 virus hydrothermaux marins sont caractérisés dans le monde. Au LM2E, par le travail que je mène avec les étudiants, nous en avons caractérisé 6 sur les 11 (3 virus de bactéries et 3 virus d’archées). Nous pouvons même dire que nous sommes les seuls à avoir isolé et caractérisé des virus d’archées hyperthermophiles marines.
C’est une thématique très spécifique. Grâce à notre labo (UBO, CNRS et Ifremer) nous avons accès aux campagnes océanographiques et aux précieux échantillons hydrothermaux, ce qui n’est pas donné à tout le monde.

En 2020, nous avons publié un travail sur un virus de méthanogène. Les archées méthanogènes jouent un rôle primordial dans le cycle global du carbone en produisant du méthane.
Ce virus présente une morphologie « tête-queue », démontrant sans équivoque, pour la première fois, que ce morphotype classiquement retrouvé dans le monde viral bactérien peut se propager dans des conditions extrêmes à des températures de plus de 90°C. En effet, avant cette étude, aucun virus tête-queue (caudovirus) n’avait été isolé de micro-organismes hyperthermophiles, soulevant des questions sur la thermostabilité de ce morphotype (Thèse Sarah Thiroux 2019). C’est un des exemples de résultats majeurs obtenus ces dernières années dans le cadre de thèse que j’ai encadrées.

Une autre activité importante dans mon emploi du temps est l’enseignement.
Depuis 2003, en tant que maître de conférences, j’enseigne en Licence (L2 et L3) et en Master (M1 et M2 ; principalement dans le Master de microbiologie fondamentale et appliquée (MFA) et un peu dans les Masters des Sciences de la Mer et du Littoral (SML), formations dispensées à l’UBO, IUEM et intégrées à l’Ecole doctorale des Sciences de la Mer et du littoral (EDSML).
Mes enseignements portent principalement sur la physiologie microbienne, la génétique microbienne, l’écologie et biologie des extrêmophiles, et aussi bien évidemment la virologie.
J’encadre également des étudiants en master et en thèse sur mes thématiques de recherche.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Avec mon sujet de thèse, j’ai été parachutée sur un sujet de virologie, on ne travaillait pas sur cette thématique au laboratoire. Daniel Prieur et Patrick Forterre (Professeur à l’Université d’Orsay avec lequel notre laboratoire collabore) m’ont envoyée pendant 1 mois au Max Planck Institute à Martinsried en Allemagne pour me former à la virologie aux côtés de Wolfram Zillig, un chercheur qui dans les années 80 a été l’un des premiers à travailler sur le troisième domaine du vivant : Archaea. Wolfram Zillig a également fait un séjour dans notre labo à Brest, c ‘était vraiment enrichissant pour moi. D’ailleurs, les couloirs de l’IUEM doivent encore se rappeler de son tonitruant « Clear » come, quand il m’appelait !

J’ai été embauchée en 2003 donc finalement assez vite après ma thèse. Et puis, à l’époque je devais faire un peu jeunette. J’arrive pour mon premier cours en amphi, un quart d’heure avant le début du cours pour bien me préparer. J’étais assez stressée, alors pour me rassurer j’avais apporté quelques livres de microbiologie. Je les pose sur le bureau sur l’estrade, et deux étudiants arrivent et me disent « Oh super chouette tes bouquins ! », et commencent à les feuilleter. On discute un petit peu et le cours allant commencer, ils vont s’installer dans l’amphi. J’ai vu à leurs têtes qu’ils n’avaient pas compris que j’étais la prof et qu’ils pensaient que j’étais une étudiante comme eux. Et bien, ils ont été très très attentifs pendant les deux heures de cours. Ça ne m’arrive plus maintenant, on m’appelle Madame Geslin (rires).

Enfin une autre fois, lors d’un pot organisé au labo, il fallait faire un gâteau. Je ne suis pas très bonne cuisinière. J’ai donc acheté une préparation toute faite. Je l’ai faite cuire, mais pas assez. J’ai quand même apporté le gâteau au citron et l’ai mis au milieu des autres ni vu ni connu, parce qu’il était trop tard pour que je recommence. Au final tout le monde l’a adoré, et quand certains se sont enquis du nom du cuisinier, quelqu’un a dit que c’était moi. Plusieurs collègues m’ont demandé la recette de ce fameux gâteau au citron…. J’ai fini par leur donner mon secret : l’ouverture d’un sachet.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Je pense que le plus beau restera le moment où l’on m’a annoncé que c’était moi qui avais eu le concours pour le poste de maître de conférences. C’était vraiment un sentiment unique.

Autrement c’est lors des campagnes océanographiques. En 1999, j’ai eu l’opportunité de participer à la campagne océanographique AMISTAD, avec le navire l’Atalante et le sous-marin le Nautile. 21 plongées sont prévues avec le Nautile : 21 chercheurs et de la place pour les étudiants. Tout est réglé comme du papier à musique, s’il y a un problème technique qui empêche une plongée, tu peux perdre ton tour ! Le jour de ma plongée, il y a eu un problème électronique sur le Nautile, qui finalement a été résolu un peu plus tard. Alors vient le moment d’enfiler la combinaison jaune, et de partir pour 8 heures à 2300 m de profondeur. J’étais émerveillée par ce que je voyais ! Dans ce genre de plongée, on est enregistré pour pouvoir revenir sur ce qu’on a vu après. Et sur mon enregistrement on entendait uniquement des : « ohlala que c’est beau ! Vous avez vu ??? ».

J’ai eu une autre expérience de plongée en Atlantique cette fois, pendant la campagne EXOMAR, à 2000 m de profondeur en 2005. J’ai eu une chance dingue de pouvoir voir de près l’environnement sur lequel je travaille.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’adore lire un bon roman en buvant une tasse de thé. De bons repas entre amis c’est essentiel. Les voyages, les voyages forcément. Et j’aime la mer aussi, bien évidemment.

As-tu une devise ?

Je n’ai pas de devise. Mais en ce moment je lis Pas Mieux ! d’Arnaud Le Guilcher et on y trouve cette citation de Jean-Luc Godart :

« Van Gogh a cherché un peu de jaune

quand le soleil a disparu… Faut chercher mon vieux. Faut chercher… »

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Claire Geslin / UBO

30 avril 2021/par cyven

Retour sur le symposium IMBRSea

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Du 24 au 28 juin dernier s’est tenue à l’IUEM et au Pôle numérique Brest-Iroise la seconde édition du symposium annuel du programme de master international IMBRSea. Ce programme de master, soutenu par Erasmus+ et porté par 10 universités européennes, dont l’UBO (l’IUEM accueille chaque année une douzaine d’étudiants pour leur premier semestre de M1), a pour vocation de former des étudiants à différents aspects ayant trait aux ressources biologiques marines. Il se focalise essentiellement sur les processus biologiques et écologiques, allant de la biologie des organismes aux sciences de l’environnement, en incluant la gestion de l’environnement et la planification de l’espace maritime.

195 étudiants de première et de deuxième année se sont donc réunis à Brest pour une semaine intense, mêlant conférences plénières de chercheurs de renommée internationale (Sophie Bertrand, IRD et Ann Vanreusel, Université de Gand), ateliers en groupes restreints sur des sujets aussi divers que la politique de recherche européenne, les approches de réalité virtuelle en conservation, la technologie Arduino ou les pollutions marines. Les étudiants ont également pu présenter leurs travaux de stage avec un format libre pour les M1 (affiche, vidéo, jeu…), et une soutenance plus conventionnelle pour les M2. Les soutenances, organisées en parallèle dans 4 salles, étaient toutes retransmises en direct sur internet, permettant à tous ceux (familles, équipes de recherche) n’ayant pu se rendre à Brest de suivre les brillantes prestations !

Cette semaine chargée s’est terminée dans la bonne humeur avec une soirée organisée au restaurant universitaire de Kergoat, avec la venue de la fanfare Simili-Cuivres, et la présence d’un DJ, avant la traditionnelle cérémonie de remise de diplômes, pour laquelle bon nombre de familles et proches avaient fait le déplacement depuis l’autre bout du monde !