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Renforcement des liens franco centraméricains : Vers une coopération scientifique

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En vue de la co-organisation franco-costaricienne de l’UNOC à Nice en 2025 et de la réunion préparatoire au Costa Rica en 2024, la France et le Costa Rica souhaitent renforcer la coopération universitaire et scientifique dans le domaine des sciences océaniques. Dans ce contexte, le service de coopération et d’action culturelle Amérique Centrale (SCAC AMC) organise depuis plusieurs mois un certain nombre d’événements en ce sens.

En juin dernier, l’UBO avait été invitée à participer au colloque académique et scientifique “Océans et Sociétés : vers un réseau de coopération franco-centraméricain” organisé conjointement par le SCAC AMC, l’Université du Costa Rica et l’Universidad Nacional, et dont les thématiques prioritaires abordées étaient : 

  • La gouvernance et la gestion marine côtière ;
  • la pollution marine et côtière et les impacts ; 
  • la variabilité climatique et les événements extrêmes.

Avaient participé Vianney Pichereau, Béatrice Thomas-Tual, Annie Cudennec et Édouard Kraffe.

Dans la continuité des échanges et rencontres initiés au mois de juin, le SCAC AMC a organisé une mission des partenaires centraméricains à l’IUEM les 12 et 13 octobre derniers, dans le but de rencontrer les collègues brestois travaillant sur ces thématiques.

La délégation accueillie était composée de :

Des rencontres avec les unités de recherche (AMURE, LEMAR, LETG et LOPS) ont été organisées.

Du 23 au 27 octobre, un séminaire international pluridisciinaire franco-latino-américain sur les défis environnementaux a été organisé au Costa Rica. Béatrice Thomas-Tual, VP International UBO ainsi que Annie Cudennec, Adélie Pomade (AMURE) et Manuel Sahuquet (LETG) ont pu y participer.

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Ambassade de France

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Justine Roddier / UBO

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Marc Léopold, Économiste des pêches IRD au laboratoire AMURE

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Mon parcours est un peu différent du cursus classique de thèse post-master. J’étais déjà à l’IRD depuis plus de 10 ans quand j’ai postulé pour une thèse à l’UBO en sciences économiques en 2016 sous la direction d’Olivier Thébaud. Le sujet concernait les recherches que j’avais effectuées dans le Pacifique sud, en Nouvelle-Calédonie et au Vanuatu, sur les petites pêcheries. La thématique concernait plus précisément les mesures de gestion et la gouvernance de ces pêcheries, et comment les institutions évoluent dans le temps. Les travaux valorisés s’étendaient sur une dizaine d’années. Il y avait un intérêt à avoir une perspective historique, ce que n’aurait pas permis une thèse classique en 3 ans. Puis j’ai quitté mon terrain de recherche pour le Sud-Ouest de l’Océan Indien à Madagascar, où j’étais en affectation de septembre 2016 à août 2021. J’ai toujours gardé un lien avec le Pacifique et continue à interagir avec les collègues d’ENTROPIE basés à Nouméa, mais également les personnes qui ne travaillent pas dans le milieu scientifique. L’un des intérêts de mes travaux, je pense, porte justement sur ces interactions avec les collectivités territoriales, les pêcheurs, les entreprises du secteur ; il s’agit de faire de la transdisciplinarité.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Je suis venu à l’IUEM pour développer des coopérations en particulier en sciences économiques, qui traitent de questions auxquelles sont confrontées les petites pêches. À ENTROPIE, dont les travaux concernent surtout l’écologie marine, je voulais approfondir ce volet social et économique, voire juridique, et donc me rapprocher de cette communauté scientifique. En pratique, l’un des objectifs de mon arrivée à l’IUEM est d’intéresser davantage les collègues d’AMURE aux problématiques du Sud, pour y développer des projets qui correspondent à la fois à la stratégie et à l’éthique promus par l’IRD. L’IUEM a aussi un axe au Sud lié à la tutelle IRD : j’ai également été accueilli pour le renforcer sur mes thématiques sur les pêches côtières et les relations entre AMURE et l’IRD. AMURE est par exemple une unité interdisciplinaire qui s’interroge sur les systèmes de gouvernance des pêcheries, ce qui est nécessaire si on veut aborder la durabilité de ces systèmes – même si spontanément, j’aurais pu demander à rejoindre le laboratoire MARBEC à Sète, lui aussi spécialisé sur les questions halieutiques et avec lequel je collabore, bien entendu. L’IUEM est donc aussi un choix stratégique de carrière.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je commence juste ma 3ème année à l’IUEM, c’est la première fois que je suis éloigné si longtemps de mes terrains de recherche. J’ai donc dû adapter ma manière de travailler. Je dirais qu’il y a deux volets, qui correspondent à mes motivations pour rejoindre l’IUEM comme je l’ai expliqué. Le 1er volet est d’intéresser les collègues déjà sensibilisés aux petites pêches vers des terrains à Madagascar et de comprendre les différents projets en cours à AMURE sur ces pêcheries en Outre-Mer. Depuis 2 ans, je suis par exemple à l’initiative de la venue de 2 collègues à Madagascar sur un projet européen, CORECRABE, que je coordonnais : Katia Frangoudes pour co-animer une école d’été sur l’approche transdisciplinaire dans les petites pêcheries, et Séverine Julien pour l’utilisation du théâtre-forum dans nos recherches. Je co-encadre aussi des étudiants en Master ou en thèse avec Olivier Thébaud et m’occupe de l’accueil d’enseignants-chercheurs ou de doctorants malgaches au laboratoire. J’ai aussi co-écrit un nouveau projet, Fish2Sustainability, et en juin dernier, nous avons fait un atelier international sur les liens entre les petites pêches et les objectifs de développement durable, qui a impliqué notamment des collègues d’AMURE. On participe aussi à la préparation d’autres propositions.

Le 2ème volet correspond à la poursuite de mes recherches à Madagascar. Je pars en mission sur le terrain 2 à 3 mois par an pour accompagner l’équipe de l’IH.SM à Toliara, pour rendre le laboratoire d’halieutique opérationnel d’un point de vue scientifique et stratégique. J’ai monté cette unité de recherche d’une dizaine de personnes avec les enseignants-chercheurs, il faut la faire vivre ! Je soutiens aussi la rédaction de publications en présentiel. Le reste du temps, je fais de l’accompagnement à distance. Il y a aussi des possibilités d’accueil de ces collègues malgaches, enseignants-chercheurs ou doctorants, dont l’un travaille au CNRO (Centre National de Recherches Océanographiques) de Nosy Be. Nous sommes d’ailleurs en train de finaliser la signature d’une lettre d’intention entre l’IUEM, la mention Économie de l’Université d’Antananarive, l’IH.SM de Toliara et l’Institut Agro Rennes-Angers.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Cette question me fait sourire car pour parler du cas de Madagascar, on ne sait plus où est la réalité quotidienne et où est l’anecdote… Il y a une remarque d’un collègue (qui se reconnaîtra peut-être) qui traduit bien cela. J’avais rapidement eu un sentiment de routine pendant mon séjour d’un an et demi à Sète entre deux expatriations, en 2015, avec le trajet domicile-travail que je faisais en vélo, le bureau, et le retour, etc. Et ce collègue m’avait alors répondu : « Alors c’est sûr, avec une embrouille par jour, tu ne vas pas t’ennuyer à Madagascar !» C’est vrai qu’on ne s’ennuie pas pendant ce type d’expérience ! Par exemple, quand, pour la clôture d’un projet européen l’an dernier, où 150 personnes étaient invitées sur deux jours, nous n’avions pas l’autorisation gouvernementale une semaine avant, on ne retient que le succès final de l’événement, qui a bien eu lieu en temps et en heure… Il y a plein de surprises comme celles-là, il vaut mieux voir le bon côté des choses !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Les clichés (véritables !) qui font que l’on fait ce métier-là : les moments passés sur le terrain avec des collègues à discuter, dans des endroits perdus, de boulot, de tout et de rien. On reste sensibles aux paysages, à la nature et aux gens, des endroits magiques. De très belles images dans la tête, sur les écosystèmes coralliens, la mer…

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Ils sont liés à l’environnement du boulot (que je n’ai pas choisi par hasard !) : la mer, la navigation, la plongée, la pêche, la rando, la photographie et les langues.

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Marc Léopold / IRD

Nicolas Jaosedy

Laurence Ramon

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Marc Léopold / IRD

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Élodie Fleury, Chercheur Ifremer en écophysiologie au LEMAR

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Je suis diplômée d’une école d’ingénieurs, l’INSA de Lyon, spécialité bioinformatique et modélisation. J’ai réalisé mon stage de fin d’études à l’Ifremer de Tahiti pour caractériser l’expression et la fonction de gènes impliqués dans la formation de la structure de la nacre chez l’huître perlière, ce qui m’a donné envie de poursuivre en thèse. J’ai donc fait un doctorat à l’Ifremer de Brest sur l’exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d’huîtres creuses résistantes et sensibles à la mortalité estivale avec Arnaud Huvet à l’issue de ce stage. Ce travail a contribué au développement d’outils de génomique spécifiques à l’huître Crassostrea gigas. Plus précisément, un séquençage a été réalisé, permettant l’obtention d’environ 30 000 gènes assemblées dans une base de données et 10 000 d’entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADN spécifique de C. Gigas, permettant la comparaison transcriptomique des lignées d’huîtres Résistantes et Sensibles à la mortalité estivale. Après cette thèse, j’ai fait un contrat postdoctoral de 8 mois au LEMAR pour savoir si la reproduction engendre un stress oxydatif et énergétique chez l’huître, via l’étude de plusieurs marqueurs dédiés durant un cycle complet de reproduction. Puis j’ai fait un autre post doc à l’Université de Laval au Québec pour caractériser les bases génétiques de la variation phénotypique observée chez deux populations divergentes du grand corégone (Coregonus clupeaformis), l’écotype limnétique (nain) ainsi que l’écotype benthique (normal). Ce post doc a été écourté car j’ai été recrutée en CDI à l’Ifremer de la Trinité-sur-Mer en mars 2011.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Pour anticiper la fermeture du site de la Trinité-sur-Mer ou j’ai passé 5 ans, j’ai candidaté et obtenu le poste de responsable du laboratoire de physiologie des invertébrés, l’unité même où j’avais fait ma thèse. J’ai ainsi pu intégrer le LEMAR pour ma plus grande joie et rejoindre une équipe beaucoup plus complète et nombreuse, avec un énorme panel de compétences disponibles. Une sorte de retour aux sources pour l’étudiante que j’étais, avec un peu plus de rides et d’expérience.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je coordonne à l’Ifremer un réseau national, ECOSCOPA, qui étudie l’influence de l’environnement sur le cycle de vie de l’huître creuse, via 8 sites positionnés du Nord au Sud de la France. J’interviens dans des projets de recherche qui ont tous un point commun : étudier les interactions entre les bivalves et leur environnement en conditions naturelles ou dans un contexte d’élevage aquacole. Ces travaux contribuent à comprendre l’impact du changement climatique et des pollutions anthropiques sur les mollusques. Par exemple, je vais prochainement travailler sur l’impact de la pollution lumineuse, afin de savoir si elle peut perturber le rythme biologique des organismes marins vivant dans les environnements côtiers et les conséquences éventuelles sur la physiologie, les défenses immunitaires des huîtres.

J’ai également des missions d’encadrement de doctorants, de stagiaires et d’enseignement à l’Institut Agro Rennes-Angers par exemple.

Enfin, je participe à la médiation scientifique qui m’amène à me déplacer dans des établissements scolaires afin de sensibiliser les élèves du primaire au lycée et de participer à des manifestations nationales telles que la Fête de la science et la Nuit européenne des chercheurs. Cette année, Océanopolis m’a proposé d’être ambassadrice pour la fête de la science en Finistère. Ce qui m’a permis d’inaugurer la fête de la science à Brest sur le thème Science et sport.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Il y en a deux qui m’ont particulièrement marquées.

La première, je suis en thèse, je dois donner mon premier cours à des étudiants en fac de médecine qui ont quasiment le même âge que moi, et je suis donc assez stressée. J’ai imprimé des publications que je dois distribuer afin qu’on les analyse ensemble, tout est prêt, bien ordonné et soigneusement agrafé. J’arrive à la fac, il pleut des cordes (fait rarissime), je sors de ma voiture avec mes publis sous le bras, et je cours pour me mettre à l’abri dans le bâtiment. Mais là… je glisse, je fais un énorme vol plané sur le parking, pour finir étalée de tout mon long. Je suis donc arrivée pour donner mon premier cours en étant trempée, pantalon déchiré, et les publis à distribuer pleines de pluie et de sang :-/ Heureusement, les étudiants m’ont apporté des compresses et des serviettes !

La seconde, je pars en congrès aux États-Unis, à Jacksonville Floride pour être exacte. J’arrive quelques jours avant pour m’imprégner de la langue, et surtout de l’accent américain, qui chez moi, n’a jamais été très bon. J’écoute la radio, je discute avec des collègues, je regarde des émissions à la TV américaine. Arrive le jour de ma conférence, que j’avais bien répétée, et je dois parler de différents lots d’huîtres, que l’on suit pour comparer les évolutions de poids. Ce qui en anglais fait : « …different batches of oysters, which are monitored to compare weight trends ». Sauf que mon super accent m’a fait prononcer trois fois de suite « bitches » au lieu de « batch » : ce sont les yeux tout ronds de l’assemblée qui m’ont fait prendre conscience de mon erreur. Je me suis excusée en expliquant que les bitches n’étaient pas le sujet d’aujourd’hui et tout le monde a explosé de rire ! Des années plus tard, les personnes présentes au congrès me disent encore « hello bitch » !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Lors d’une expérimentation, où l’on devait faire des prélèvements toutes les deux heures, nuits comprises. Au début, le côté atypique de la situation fait sourire et dynamise l’équipe, mais sur la fin, lorsque le réveil sonne à 4h30 et que l’on doit se remettre en marche pour faire les prélèmevents, ça devient un peu plus compliqué. C’est comme cela que j’ai renversé 500 ml de larves sur la tête de mon collègue qui tenait le bécher en bas. Rien de bien grave, ni pour lui, ni pour la manip, mais le fou rire qui a suivi m’a fait prendre conscience que j’étais vraiment à ma place. Que c’était ces moments atypiques et intenses, avec des gens assez passionnés pour se réveiller toutes les 30 minutes pour prélever des huîtres que je voulais vivre, encore et encore.

Et un autre souvenir plus récent, ce sont les 50 ans de l’Institut Agro Rennes-Angers. Je suis conviée à Rennes pour participer à une table ronde sur les enjeux de l’ostréiculture face au changement climatique, dans un amphi assez rempli. Les séances d’échanges se terminent, je rejoins l’ensemble des personnes présentes pour faire la pause café, et là, je me retrouve à côté d’Isabelle Autissier, présente dans l’assemblée car ancienne élève de l’Agro. Et là, d’imaginer que cette personne dont j’ai lu tous les livres, suivi tous les exploits (c’est la première femme française à avoir accompli un tour du monde en solitaire à la voile) était en train de m’écouter, j’ai ressenti une grande part de fierté et d’humilité à la fois.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Quand j’étais jeune, c’était la danse classique (j’ai fait le conservatoire de Paris), je voulais en faire ma vie mais comme vous voyez, ce n’est pas le cas…

Mais la passion qui m’est restée depuis toujours, c’est la voile. Naviguer sur un bateau, seule, à plusieurs, loin, ou près des côtes, dans la pétole ou dans le vent fort, c’est là que je me sens le mieux. Mon rêve serait de partir plusieurs mois en mer, pour une transatlantique, voir plus… !

As-tu une devise ?

« Si vous trouvez que l’éducation coûte cher, essayez donc l’ignorance » Abraham Lincoln.

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Jocelyne Fleury

Sebastien Hervé

Aude Jolivel

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Élodie Fleury / Ifremer

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Mark Van Zuilen obtient une bourse ERC Synergy 2023

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Chaque année, le conseil européen de la recherche (ERC) finance des projets collaboratifs portés par deux à quatre chercheurs à travers ses “ERC synergy grant“. Ces bourses soutiennent des projets de recherche ambitieux, aux frontières de la connaissance, autour de questions qui ne pourraient être résolues de manière individuelle. Un projet CNRS-INSU a obtenu une bourse pour l’année 2023, félicitations à Mark van Zuilen et son équipe !

Les recherches de Mark van Zuilen portent sur la reconstitution de l’origine de la vie sur Terre. Ses travaux comprennent des tests de biogénicité, la détermination des formes de métabolisme, des habitats et des adaptations à travers le temps en réponse à des changements environnementaux majeurs. Ses recherches visent à définir les différences fondamentales entre les processus de vie et de non-vie, ainsi que les traces que la vie laisse dans les roches. Mark van Zuilen a obtenu son master (1997) en géochimie à l’université d’Utrecht, aux Pays-Bas, et son doctorat (2003) en sciences de la terre à la Scripps Institution of Oceanography de l’université de Californie à San Diego, aux États-Unis. Après un projet postdoctoral (bourse Marie Curie, 2003-2005) au Centre de Recherche Pétrographique et Géochimique de Nancy, il a été recruté en 2006 comme chercheur CNRS à l’Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP). De 2015 à 2020, il a été chercheur principal du projet ERC Consolidator TRACES. Début 2022, il a muté au laboratoire Geo-Ocean.

Projet PROTOS : Le rôle de la silice dans l’apparition de la vie sur notre planète

Percer les secrets des premières formes de vie sur Terre est une tâche fondamentale pour la science, car elle permet de comprendre comment la planète est devenue habitable, quand les premières formes de métabolisme et d’autoréplication se sont développées, et quand la vie est apparue. Il est largement admis que de nombreux milieux aquatiques primitifs étaient réducteurs et riches en silice et en certaines molécules à base de carbone. Les chercheurs pensent que de telles conditions aquatiques ont inévitablement conduit à l’existence d’une usine à grande échelle de composés organiques pertinents pour la chimie prébiotique, et à des microstructures hybrides biomimétiques capables de s’auto-organiser et de catalyser des réactions prébiotiques pertinentes pour l’origine de la vie. Le projet vise à comprendre le rôle crucial de la silice dans l’orientation des processus géochimiques et protobiologiques mais aussi dans la création d’habitats pour les premières formes de vie et la préservation de la biomasse primitive à la surface de la Terre au cours du premier milliard d’années de son histoire. PROTOS utilisera un ensemble d’expériences de laboratoire pour étudier systématiquement les réactions de l’eau et des gaz avec les premiers types de roches afin de déterminer la composition des habitats aquatiques, les mécanismes de précipitation de la silice, les processus de synthèse organique et la préservation des premiers vestiges de la vie. PROTOS changera notre vision de l’enfance de la planète.

Autres laboratoires CNRS impliqués : 

Une vue d’artiste d’un temps Hadéen, le scénario géochimique de l’origine de la vie que PROTOS étudiera.

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Juan Manuel García  Ruiz / CSIC

Lucas Chacon / CSIC

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Mini-conférences et débat sur l’observation de l’océan à Brest le mercredi 15 novembre 2023

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La soirée “L’observation de l’océan à Brest, au service de demain” aura lieu à 18h à Brest à la fac de lettres, salle Yves Moraud.

Tout à la fois victime et modulateur du changement climatique, l’océan est au cœur des recherches actuelles des scientifiques brestois du CNRS-INSU et de l’UBO. Son observation s’avère donc cruciale. Meilleure compréhension de sa dynamique et des impacts de son réchauffement, anticipation des risques côtiers : des chercheurs de l’IUEM livreront les clés de leur domaine d’études, à travers 3 interventions courtes et grand public, suivies d’une séance d’échanges avec la salle.

  1. La dynamique de l’océan au cœur de la recherche actuelle sur le changement climatique en cours – Florian Sevellec, chercheur CNRS au LOPS

L’activité humaine induit des changements climatiques, dont le réchauffement est une conséquence emblématique. Néanmoins ces changements ne se font et ne se feront pas de façon monotone, mais comme une tendance de fond modulée par des événements la renforçant ou la ralentissant. En tant que composante « lente » du climat, l’océan est un acteur clef de ces modulations. Ainsi, comprendre la dynamique de l’océan et ses conséquences est au cœur de la recherche actuelle sur le climat et son devenir.

  1. Le programme Argo : quadriller l’océan pour observer, comprendre et prévoir le rôle de l’océan sur le climat – Nicolas Kolodziejczyk, enseignant-chercheur UBO au LOPS

Le programme Argo est un réseau d’observation international et global, composé de près de 4 000 flotteurs profileurs robotisés et autonomes, mesurant chacun la température et la salinité de l’océan depuis plus de 20 ans. Argo a révolutionné l’océanographie physique en fournissant des données permettant de nombreuses découvertes scientifiques, l’amélioration des prévisions météo et océaniques ainsi que les projections climatiques.

  1. L’observatoire intégré des risques côtiers OSIRSIC : un dispositif co-construit entre gestionnaires et scientifiques – Nicolas Le Dantec, enseignant-chercheur UBO à Geo-Ocean

“La gestion des risques côtiers est un sujet qui préoccupe de plus en plus les acteurs des territoires littoraux. OSIRISC aborde cette question avec une approche systémique, en intégrant les facteurs naturels et ceux liés aux activités humaines pour mieux comprendre leurs conséquences en termes de vulnérabilité. Parallèlement à l’intérêt de mettre en place des séries d’observation à long terme répondant à des problématiques de recherche, OSIRISC s’applique à co-construire un dispositif d’observation collaborative. Il met également à disposition des gestionnaires praticiens des risques côtiers un outil d’aide à la décision, en mesure d’orienter les stratégies de gestion des risques vers une meilleure résilience. Alliant observation, formation et recherche dans un cadre interdisciplinaire, OSIRSIC s’appuie sur l’ensemble des dimensions de l’OSU-IUEM pour répondre à la fois à des questions scientifiques et à des enjeux de société.

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Christoffer Engström

Sébastien Hervé / UBO

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Cécile Nassalang / CNRS

 

 

 

 

 

 

 

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Lancement du programme “Atypie friendly” à l’UBO pour réussir l’université inclusive !

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Le programme “Atypie friendly” à l’UBO pour réussir l’université inclusive a été officiellement lancé le 19 septembre 2023 au pôle numérique Brest-Bouguen. Après un temps inaugural, les équipes de “Atypie-friendly” présentes à Brest pour l’occasion, ont animé, à partir de 13h30, une conférence grand public de sensibilisation à l’autisme, suivie d’ateliers sur les thématiques de l’insertion professionnelle, la pédagogie ou l’accueil des étudiants.

Atypie-Friendly est un programme destiné à rendre l’enseignement supérieur inclusif. Il s’adresse aux personnes autistes et progressivement va s’étendre aux autres troubles du neuro-développement (TND) comme des troubles du déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité, troubles « dys »… Inscrit dans la stratégie nationale pour l’autisme et les TND, le dispositif déploie des actions à échelle nationale et locale. Il rassemble des universités engagées pour construire une société plus inclusive pour les étudiants autistes/avec TND dans l’enseignement supérieur et vers l’insertion sociale et professionnelle.

Engagée depuis 2020 au sein du programme afin d’évaluer les besoins de l’établissement, l’UBO a fait le choix de s’engager plus précisément dans le projet en devenant signataire de la charte “Atypie-friendly”. Cette charte a pour objet de renforcer les moyens d’action de “Atypie-Friendly” au sein des établissements d’enseignement supérieur et de faciliter l’inclusion des futurs et actuels étudiants autistes / avec TND.

Pour en savoir plus

Les ambassadeurs IUEM pour le programme Atypie friendly sont :

Charlotte Corporeau / Camberra Gauyat et Jacques Deverchère

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Direction de la communication UBO

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Charlotte Corporeau / Ifremer

Camberra Gauyat / UBO

Jacques Deverchère / UBO

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Patrick Le Chevalier, Maître de conférences en biochimie au LBCM-UBO Quimper

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai obtenu mon DEA de chimie marine en 1988. S’ensuit une pause sous les drapeaux, puis j’ai continué en thèse pour devenir docteur en 1994. J’ai travaillé sur l’étude d’enzymes digestives chez des invertébrés marins d’intérêt aquacole (crevettes et coquilles St Jacques). Ma thèse a été conduite au laboratoire de Biologie Marine du collège de France à Concarneau sous la houlette d’Alain Van Wormhoudt et Daniel Sellos. Durant ma thèse, j’ai fait un séjour  de 6 mois au Japon dans une école entièrement dédiée à l’aquaculture et aux biotechnologies aquacoles, école située à 200 km au nord de Sendai , School of Marine Biosciences, Kitasato University, Sanriku, Iwate 022-0101, Japan. C’est en septembre 1995 que j’ai été nommé MCF à l’IUT de Quimper après y avoir été ATER de 1994 à 1995 où j’ai enseigné la biochimie et ai mis en place des TP de biologie moléculaire. Les années 90 signaient le début du déclin de la pêche et donc la nécessité de développer l’aquaculture (cf FAO). La maîtrise du cycle de vie des animaux susceptibles d’être en élevage s’avérait une priorité dans de futurs enjeux économiques : la nutrition constitue un point clé en aquaculture. J’ai participé à un vaste projet diligenté par l’Ifremer ayant pour objet l’amélioration des performances de croissance d’animaux marins d’intérêt aquacole. Ainsi, afin de mieux comprendre les processus de digestion, j’ai isolé et caractérisé des enzymes et ai déterminé certains paramètres biochimiques et cinétiques. Puis j’ai déterminé la séquences de ces enzymes à partir de leurs ADNc respectifs. J’ai ainsi pu montrer que 50 % des messagers de l’hépatopancréas de crevette codait la chymotrypsine.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

J’ai fréquenté  4 laboratoires sur le site de Quimper : le Laboratoire Universitaire de Recherche en Agro-alimentaire de Quimper (LURAQ), le Laboratoire Universitaire de Microbiologie en Agro-alimentaire de Quimper (LUMAQ), le Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Écologie Microbiennes ( LUBEM) et enfin le  Laboratoire de Biotechnologie et Chimie marines ( LBCM). Ce n’est que depuis 2015 que je suis officiellement à l’IUEM. Toutefois, de 1998 à 2010, j’ai travaillé avec une chercheuse de l’IUEM, Christine Paillard, sur la maladie de l’anneau brun (MAB). Les objectifs de nos recherches ciblaient d’une part l’identification de facteurs de virulence et d’autre part l’isolement de vibrions sur des espèces de palourdes pêchées dans l’archipel des Glénan, et notamment « la rose des Glénan ». Ainsi nous avons montré que la pathogénicité de la bactérie, Vibrio tapetis, responsable de la MAB impliquait un système complexe de sécrétion « type VI », et par ailleurs, nous avons isolé deux nouvelles souches de vibrion, l’une à partir de la « rose des Glénan », alias Tapes rhomboides et l’autre à la partir de la palourde « d’ivrogne »( appellation par les pêcheurs dragueurs), la dosine, Dosinia exoleta. Par ailleurs, cette dernière souche de vibrion fait l’objet d’un dépôt de brevet avec les collègues de l’IUEM.

Certes depuis 2015, je suis officiellement membre de l’IUEM, et outre ma collaboration avec Christine, j’ai également fait partie du staff encadrant plongée, action coordonnée par Gérard Thouzeau pour assurer la formation de plongeur scientifique du CNRS de 1996 à 2012.

Fort de tout cela, force est de constater que mon intégration à l’IUEM était une destinée inéluctable !!!

Que fais-tu à l’IUEM ?

J’assure l’enseignement de biochimie et de biologie moléculaire en BUT à l’IUT de Quimper pour les parcours BMB (biochimie médicale et biotechs) et SAB (sciences des aliments et biotechnologies). Par ailleurs, je suis directeur des études en BUT 1ère année. De 2012 à 2017, j’ai créé et géré le fonctionnement d’une licence professionnelle « Aquaculture et valorisation de produits aquacoles alias Aquaval » et bon nombre d’intervenants était des collègues de l’IUEM.

Mes activités de recherches actuelles visent à comprendre les relations « bénéfiques » hôte-microbiote (bactériote), dans le cadre de l’holobionte. Je travaille sur un groupe animalier fort singulier que sont les échinodermes. Mais le modèle d’étude phare reste l’holothurie, concombre de mer. Dernièrement, en décembre 2021, a été soutenue une thèse par Hélène Laguerre au LBCM-UBO : Microbiote des échinodermes : Spécificité et Plasticité des microbiotes chez l’holothurie. Ainsi, ses travaux de thèse ont mis en exergue la spécificité et la plasticité des microbiotes chez l’hôte H. forskali, mais également l’existence d’un core microbiote résidentiel composé de genres bactériens marins ubiquistes, jouant très probablement un rôle essentiel dans l’homéostasie. En parallèle de ses travaux réalisés en métagénomique, le microbiote cultivable a été « suivi » et des souches ont été isolées afin de constituer une souchothèque d’intérêt pour l’aquaculture. Parmi ces souches, 142 souches à activités antibactériennes ont été identifiées sur la base de leur ADNr 16S. Hélène a bénéficié d’un soutien de l’ED-SML via un contrat doctoral.

Et donc, l’un des objectifs de recherche du LBCM-UBO concerne l’utilisation de certaines bactéries autochtones en tant que futures probiotiques en aquaculture. Ainsi, nous avons au laboratoire plusieurs bactéries qui sont en phase de « preuve de concept » pour être utilisées en tant que futurs probiotiques en aquaculture.

Le dispositif SEA-EU va me permettre non seulement d’accueillir un master II européen en début de semestre 2024 sur le thème mentionné ci-dessus mais également de réaliser un projet exploratoire de recherche avec la Nord University de Bodø. En fait, j’ai renoué contact avec un collègue avec qui nous avions travaillé Christine paillard et moi dans le passé : Kjetil Kornes. Mon projet financé par Projects 2024 – SEA-EU-search@9 s’inscrit dans une logique d’utilisation de probiotiques en aquaculture et s’intitule “Probiotic treatment to enhance growth and gut health in Atlantic salmon ». Les expérimentations zootechniques seront conduites dans «  Aquaculture Division » à Nord University en 2024.

Par ailleurs, je suis membre du collège B au Conseil de l’IUEM depuis cette année.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Les dessous du Marion Dufresne

Marc Le Romancer, un collègue responsable du programme HOTVIR m’a sollicité en tant que plongeur scientifique pour effectuer des échantillonnages de sédiments, de gaz sur des sources hydrothermales à faible profondeur en terres et mers australes (TAAF) lors de deux campagnes de prélèvement (2009 et 2011). La rotation des iles sub-australes pour déposer matériels et personnels se fait avec le navire Marion Dufresne. Le périmètre d’action de chacun est défini par la mission pour laquelle il est recruté et uniquement pour cela. Décembre 2011 au large de l’Ile Amsterdam, panique à bord, le pacha du « Marduf » souhaite en urgence une inspection des arbres d’hélice du bateau avec une caméra. Et me voilà sur un fond de 4000m mais en immersion à 6 mètres à scruter les dessous du navire.

ADP !

Lors d’un colloque international, c’est le moment idoine pour demander aux congressistes étrangers d’apporter leur spécialité du pays : et donc pour la Norvège, du saumon ! Mais cela était sans compter un mouvement social de ADP alias Aéroport de Paris. Ainsi, nos camarades norvégiens se sont retrouvés démunis de leurs bagages et donc sans habit mais leurs valises pleines de saumon, valises encalminées dans un quelconque aéroport. Ce fut donc une opération shopping in Brest qui fut organisée en début de colloque. Les bagages odorants de nos camarades nordiques ne sont jamais arrivés à bon port (Brest) et ils les ont récupérés seulement quelques jours après leur retour en Norvège. Mais pas de souci, les assurances voyagistes nordiques sont très généreuses…

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Janvier 2018, en compagnie de mon collègue et binôme plongeur Camille Jégou, nous effectuons une collecte d’holothuries à la pointe de Brézellec : temps gris maussade, beaucoup de particules en suspension, très légère houle, bref du purin mais qu’à cela ne tienne une visibilité de 50 cm est suffisante pour collecter nos animaux benthiques. Durant l’immersion, je sens la présence massive et protectrice de mon camarade, parfois même nos palmes s’entrechoquent. Bref après 30 minutes de ballotage à 15 m, je refais surface, récolte de concombre mer assurée, et vois mon camarade déséquipé sur les rochers de la falaise les yeux ébahis. A mes côtés, un Tursiops truncatus (dauphin), « a real big one » m’avait accompagné durant toute la plongée à mon insu…

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La plongée loisir, la profonde (deep diver).

As-tu une devise ?

Keep it super simple (KISS).

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Fanch Le Doze

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