La belle histoire des merveilles de la Terre, un ouvrage de Gilles Chazot

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Gilles Chazot, professeur à l’UBO au laboratoire Géosciences Océan (LGO) de l’IUEM, est l’auteur de ce beau livre publié aux éditions De boeck supérieur . Gilles est un géologue passionné d’histoire et cet ouvrage est une invitation à découvrir l’histoire de notre planète à travers ses spécificités naturelles les plus exceptionnelles. Il s’adresse au grand public,  comme l’étaient déjà la belle histoires des volcans et Volcanologie dont il est coauteur. Gilles Chazot est auteur de nombreux travaux sur le manteau sources des basaltes. Ses recherches actuelles portent sur le volcanisme du rift Est-Africain, de la ligne volcanique du Cameroun et sur les arcs insulaires du Pacifique.

Ce panorama chronologique résume, en 170 fiches largement illustrées, l’histoire mouvementée de notre planète depuis sa naissance – il y a 4,5 milliard d’années – jusqu’à nos jours. Le style choisi, évitant toute formalisation, passionnera tout lecteur fasciné par les phénomènes naturels extrêmes ou les voyages. De nombreux encarts indépendants viennent compléter les fiches chronologiques par exemple sur l’exploitation des roches, des minerais et des minéraux.

Voici un lien pour feuilleter un extrait du livre.

 

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De boeck supérieur édition

Marie-Agnès Chazot 

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Gilles Chazot / UBO

Les dinokystes : des capsules in-temporelles

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Les Dinoflagellés sont des microorganismes unicellulaires qui se développent dans les 50 premiers mètres de la colonne d’eau océanique mais également au sein de nombreux écosystèmes aquatiques : lacs, rivières et estuaires. Si certaines espèces de ces microalgues ont quelquefois mauvaise réputation (Alexandrium minutum par ex., qui peut provoquer des intoxications alimentaires sévères), elles représentent cependant d’excellents modèles pour la reconstitution des environnements et climats passés.

Pour 10% des espèces connues (2000 sont actuellement répertoriées), le cycle de reproduction annuel aboutit à la formation d’un œuf (zygote) enveloppé d’une structure protectrice, le dinokyste, dont la morphologie est spécifique à chaque taxon. Ces kystes protègent temporairement la cellule de conditions environnementales hostiles, via un enfouissement dans les sédiments de surface. Au bout d’un certain temps, la cellule déchire le kyste (cf. fig.1) pour rejoindre la colonne d’eau, abandonnant derrière elle une coquille vide. Certains dinokystes sont si résistants qu’ils se fossilisent et traversent ainsi les différentes ères géologiques comme de véritables capsules temporelles.

De nombreux critères morphologiques permettent de classifier et de dater les kystes, comme la déchirure (archéopyle) provoquée par la libération de la cellule (cf. fig. 1). De même le processus de fossilisation des dinokystes, immuable depuis des millions d’années, nous renseigne sur les évènements naturels passés (modifications climatiques, extinction ou diversification des espèces) et ce à des échelles temporelles fines (de l’ordre du millénaire).

Figure 1 : Dinokyste (forme du milieu du Crétacée -145 à -66 Ma), à noter : la morphologie caractéristique du kyste et de l’archéopyle (triangle noir).

Par ailleurs, la répartition géographique des espèces de dinoflagellés (et donc de dinokystes) dans les eaux de surface répondant à différentes contraintes écologiques de température, salinité, concentration en nutriments… ces kystes représentent d’excellentes sources d’informations sur les conditions environnementales et climatiques (ère glaciaires, réchauffements climatiques) qui prévalaient là et au moment où s’est développée la cellule.

Si certaines espèces sont présentes dans toutes les mers du globe, d’autres sont cantonnées à des zones géographiques plus restreintes (l’Océan Arctique et ses eaux froides par ex., pour Islandium minutum). A partir de ce constat et via des outils statistiques, les chercheurs ont rapproché certains paramètres environnementaux, des populations de kystes estimées et quantifiées à partir des sédiments de surface. Ces différentes espèces sont ainsi utilisées comme marqueurs des conditions environnementales, antérieures (Islandium minutum véritable « paléo thermomètre »). Cette approche « actualiste » qui considère que les processus écologiques restent identiques au cours du temps, apporte une meilleure compréhension des fines variations climatiques du passé.

Plus concrètement, l’utilisation de kystes comme biomarqueurs a permis d’étudier l’évolution du climat en Atlantique nord pour la dernière période glaciaire (-70 000 à -15 000 ans). L’espèce Bitectatodinium tepikiense par ex. est connue pour sa particulière affinité avec les eaux de surface très froides ; sa présence dans les différentes strates d’une carotte sédimentaire prélevée au sud de la mer de Norvège (cf. fig. 2a), a permis aux chercheurs de mettre en évidence des pics d’abondances périodiques de l’espèce, dans cette zone géographique. Suivant cette même approche, il a également été possible de détecter (jusqu’au Sud du Portugal) de brèves alternances de réchauffements et refroidissements climatiques, concrétisées par l’effondrement des calottes en période glaciaire et le développement de dinoflagellés ayant des affinités pour les eaux relativement douces et froides (cf. fig. 2c).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Figure 2 : En haut : évolution du pourcentage de certains taxons dinokystes sur les 4 carottes au cours des derniers 35 000 ans. Corrélation entre présence/absence de certains kystes (a, b, c, d) et certains paramètres environnementaux majeurs comme : a’ : température de surface en hiver et durée annuelle du couvert de glace de mer et b’ : concentration en kystes et salinité de l’eau de mer. En bas : trajectoire des courants en Atlantique Nord lors de la dernière période glaciaire avec position des 4 carottes sédimentaires étudiées.

Les dinokystes constituent par ailleurs d’excellents indicateurs d’eutrophisation du milieu (déséquilibre nutritif induit par un apport excessif d’azote et de phosphore). Des travaux récents s’intéressant à l’évolution des pratiques agricoles avant et après la 2nde guerre mondiale ont permis, par l’étude d’une carotte sédimentaire prélevée en baie de Daoulas (Finistère), de rapprocher les populations de kystes fossilisés, des données physico chimiques (climat, précipitations, nitrates, etc.) répertoriées localement durant plusieurs décennies (cf. fig. 3), les changements des pratiques agricoles au fil du temps ont ainsi pu être analysées. Ces études rétrospectives permettent de mieux appréhender l’impact des variations climatiques ou anthropiques (agriculture et utilisation intensive d’engrais par exemple, déforestation, pollution, etc.) sur l’évolution des écosystèmes côtiers et notamment à des échelles de temps où les séries sédimentaires pallient l’absence de relevés « modernes ».

Figure 3 : Suivi temporel des populations de 3 espèces de dinoflagellés et des paramètres physico-chimiques, en rade de Brest depuis 1870.

Enfin, il apparait que le développement excessif d’Alexandrium minutum en rade de Brest, semble effectivement corrélé au réchauffement du climat et aux apports excessifs en nitrates. Grace aux analyses par quantification d’ADN extracellulaire fossilisé dans les sédiments, les connaissances sur l’écologie de cette espèce s’affinent et vont permettre à terme, d’éclaircir l’ensemble des mécanismes inhérents à sa prolifération excessive, observée depuis ces dernières décennies (cf. fig. 3).

De la reconstitution des climats passés aux variations climatiques actuelles en passant par la surveillance des écosystèmes côtiers, les kystes de dinoflagellés constituent donc de formidables outils à disposition de nombreuses disciplines scientifiques. Ils nous amènent également à porter un regard différent sur un groupe de microorganismes dont la réputation sulfureuse est encore bien « enkystée ».

Médiation scientifique 

Assurée par Marc Cozannet, doctorant de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Mer et du Littoral (EDSML – Université de Bretagne Occidentale), en 3ème année de thèse au Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E), à l’Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM).

L’article 

Penaud Aurélie, William Hardy, Clément Lambert, Fabienne Marret, Edwige Masure, Thomas Servais, Raffaele Siano, Mélanie Wary, et Kenneth Neil Mertens. « Dinoflagellate Fossils: Geological and Biological Applications ». Revue de Micropaléontologie, 60th Anniversary, 61, no 3 (1 décembre 2018): 235 54. https://doi.org/10.1016/j.revmic.2018.09.003.

Les auteurs 

Penaud Aurélie, William Hardy et Clément Lambert : UMR 6538 Géosciences Océan, IUEM, Université Brest, CNRS, 29280 Plouzané, France (https://www-iuem.univ-brest.fr/lgo/) ; Fabienne Marret : Department of Geography and Planning, School of Environmental Sciences, University of Liverpool, L69 7ZT Liverpool, UK  ; Edwige Masure : Centre de Recherche sur la Paléobiodiversité et les Paléoenvironnements, CR2P, UMR 7207, MNHN, CNRS, Sorbonne université, 4, place Jussieu, 75005 Paris, France ; Thomas Servais : CNRS UMR 8198 Evo-Eco-Paleo, Université Lille, 59000 Lille, France (http://eep.univ-lille.fr/) ; Raffaele Siano : Ifremer, Centre de Brest, DYNECO PELAGOS, 29280 Plouzané, France (https://wwz.ifremer.fr/dyneco/) ; Mélanie Wary : UMR 5805 EPOC (Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux), Université Bordeaux, CNRS, EPHE, 33615 Pessac, France (https://www.epoc.u-bordeaux.fr/) et Institute of Environmental Science and Technology (ICTA), Universitat Autònoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Catalonia, Spain  ; Kenneth Neil Merten : Ifremer, LER BO, Station de Biologie Marine, place de la Croix, BP 40537, 29185 Concarneau cedex, France (https://wwz.ifremer.fr/lerbo).

La revue 

La « Revue de Micropaléontologie » (https://www.journals.elsevier.com/revue-de-micropaleontologie) est éditée par Elsevier. Elle publie des articles originaux d’intérêt international concernant tous les domaines de la micropaléontologie.

Contacts

Auteurs : consulter l’annuaire de l’IUEM

Bibliothèque La Pérouse : Suivi éditorial, rédaction, corrections et mise en page : Fanny Barbier

Service Communication et médiation scientifique : communication.iuem@univ-brest.fr

Margot Sauvadet, Administrateur du LGO

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai commencé ma carrière à l’INSERM en tant que gestionnaire. J’ai ensuite travaillé dans le privé et plus particulièrement dans l’organisation de congrès en France et à l’étranger et dans l’évènementiel pour l’industrie pharmaceutique.

J’ai réintégré l’INSERM dans les années 90 en tant que responsable administratif puis secrétaire général du Centre de Recherche Biomédicale Bichat Beaujon (CRB3), puis du centre de recherche sur l’inflammation (CRI) à l’Université Denis Diderot à Paris.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Je suis originaire de la région, je souhaitais revenir en Bretagne après de nombreuses années à Paris et aussi découvrir d’autres domaines de la recherche.  Une offre de mutation du CNRS est arrivée à point nommé à la fin du mandat de l’unité de recherche et le début du nouveau quinquennat du LGO.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Dans la continuité de mes fonctions précédentes, mais dans un tout autre contexte, de la médecine à la géologie (j’étais bien loin des problématiques de campagnes à la mer et des missions de terrain), depuis 2017, j’assure la coordination et la mise en œuvre des activités d’administration et de gestion budgétaire et financière, en relation avec les tutelles de l’UMR (CNRS, Université de Bretagne Occidentale et Université de Bretagne Sud). Ce travail se fait au sein de l’équipe administrative que j’anime, et qui est constituée de 3 à 4 gestionnaires.

Principalement, je veille à l’exécution du budget, au suivi et à l’analyse des dépenses. J’apporte mon aide au montage de dossiers de financements ou de labellisation du laboratoire (ANR, Equipex, Carnot). Je collecte et j’analyse des données qualitatives et quantitatives (agents recrutés et accueillis, financements, biens inventoriés, relations internationales, productions du laboratoire, mandats et responsabilités des membres du laboratoire). Je participe aussi à la rédaction des rapports (dont Dialog et évaluation HCERES), des enquêtes, audits et évaluations sur l’organisation, la production et les moyens du laboratoire.

Je suis également responsable de la mise à jour de la bibliographie du laboratoire et référente HAL pour le LGO.

Un autre volet de mes activités sont le conseil aux agents et l’aide à la rédaction des dossiers de promotion, de concours, de CV (IT, BIATSS, CDD, post-doc), de montage de projets divers. Dans ce même domaine, je participe aux jurys internes de recrutement du laboratoire.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Lorsque j’organisais des congrès, quelques heures avant son intervention, au lieu de l’écran, du vidéoprojecteur et autre équipement high tech, un éminent conférencier a demandé qu’on lui installe un énorme tableau noir couvrant tout le mur, et de la craie. L’orateur a fait son exposé dans un silence absolu, en remplissant chaque centimètre d’une belle écriture et l’a achevé en posant son point final tout en bas à droite du tableau. C’était la conférence du jour et ce fut un moment magique !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Cette anecdote professionnelle est aussi un beau souvenir.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Lire, marcher, courir, jardiner…

As-tu une devise ?

Il y a toujours des solutions (mais j’espère qu’il n’y aura pas trop de problèmes).

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Bertrand Gobert / IRD

Kevin Quessette / CNRS

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Margot Sauvadet / CNRS

Etienne Henry, ingénieur de recherche en biophysique au LM2E

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait un magistère matériaux et un master de physique à Rennes 1 que j’ai obtenus en 2004. J’ai ensuite effectué une thèse à l’institut de physique de Rennes (IPR) qui portait sur l’utilisation d’auto-assemblages bio-inspirés pour organiser en 3 dimensions des nanoparticules fluorescentes. La structuration en 3D est intéressante car elle peut mener à des propriétés optiques ou spectroscopiques originales. J’ai soutenu ma thèse en 2007 et ai commencé un CDD d’ingénieur de recherche à l’ENS de Cachan dans le laboratoire de biologie et de pharmacologie appliquée (LBPA). 2 ans après, j’ai été recruté sur un poste d’IR par concours externe au CNRS à l’ENS Cachan. J’étais responsable de la plateforme d’imagerie cellulaire et intervenais également au LBPA sur différents projets de recherche en bio-santé, portant sur des protéines de liaison à l’ADN : l’intégrase du VIH-1, impliquée dans l’intégration du virus du SIDA dans le génome humain, et en cancérologie sur l’étude de protéines de la maintenance génomique impliquées dans des maladies génétiques rares (syndrome de Bloom et Werner) induisant un vieillissement prématuré et donc des cancers.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

J’avais envie de revenir en Bretagne et parmi les postes, une opportunité s’est offerte à moi au LM2E.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Au LM2E, j’interviens en soutien des activités du labo concernant l’élucidation des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans l’adaptation aux conditions extrêmes (température, pression…) sous l’angle de l’étude de la maintenance génomique (réplication, réparation, recombinaison de l’ADN) des Archaea extrêmophiles des sources hydrothermales océaniques profondes. Pour répondre à ces questions, je développe des méthodes biophysiques basées sur la microscopie et la spectroscopie de fluorescence. La microscopie de fluorescence et en particulier l’imagerie de la molécule unique permettent d’observer en temps-réel l’activité de molécules, d’enzymes ou de complexes macromoléculaires, mais aussi des mouvements internes ou des changements de conformation de protéines à une échelle très fine. Ces informations nous aident à mieux comprendre les mécanismes de maintien de l’intégrité génomique à haute température chez ces espèces modèles et en même temps nous apporte un éclairage nouveau sur ces processus clés que l’on retrouve chez les eucaryotes et donc chez l’homme.

Je suis également chargé de mission auprès de France Bio-Imaging, infrastructure nationale pour l’imagerie biologique.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

L’audition pour obtenir ma bourse de thèse s’est déroulée dans des conditions un peu particulières. Je faisais beaucoup de voile à cette époque, et mon futur directeur de thèse m’a appelé pour l’entretient alors que j’étais en pleine régate. Je me suis mis au fond du bateau avec mon portable pour essayer d’être au calme, et il a tout de même fallu que je lui explique pourquoi il entendait le bruit de la mer et du vent, mais que j’étais néanmoins le candidat idéal pour le sujet de thèse qu’il proposait !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Avec mon premier jour au LM2E, où j’ai pris possession de ma paillasse avec vue panoramique sur le goulet de Brest, un autre beau souvenir de boulot est un week-end au synchrotron de l’ESRF à Grenoble. C’est un grand labo pluridisciplinaire, international, d’un kilomètre de diamètre dans lequel on se déplace à vélo. Les expériences tournent 24h/24. On fait des quarts la nuit, on dort et on mange sur place en totale immersion. Même si je n’ai encore jamais eu l’opportunité d’embarquer, j’imagine qu’une campagne en mer ressemble un peu à ça, avec l’air iodé en plus.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Le vélo que j’utilise tous les jours pour venir travailler quel que soit le temps et le paddle que je pratique uniquement quand il fait beau !

As-tu une devise ?

« Vis comme si tu devais mourir demain. Apprends comme si tu devais vivre toujours ». Gandhi.

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Claire Albaret

Audrey Bosse

Etienne Henry / CNRS

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Etienne Henry / CNRS

Eugénie Cazaux, Doctorante en Géographie au LETG Brest

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Après mon baccalauréat scientifique, j’ai obtenu une Licence de Géographie à l’Université Bordeaux Montaigne (2011 – 2014). En Licence 3, le cours « Approches géographiques des risques » m’a permis de découvrir la thématique des risques naturels, dont l’étude concilie l’ensemble des champs de la Géographie (risque = aléa naturel x enjeux humains). Il s’agissait pour moi d’une véritable révélation, puisque qu’à titre personnel la maison de mes parents a été inondée à plusieurs reprises ; j’ai donc décidé d’y consacrer la suite de mon cursus universitaire. J’ai ensuite effectué mon Master à l’Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne. Dans le cadre de mon M1, suite à une candidature spontanée, j’ai eu la chance de réaliser mon stage au ministère en charge de l’environnement, à la Direction générale de la prévention des risques (DGPR), au sein du Bureau des risques inondation et littoraux (BRIL). J’y ai poursuivi mon expérience dans le cadre de mon M2 en apprentissage Gestion globale des risques et des crises (GGRC), dont j’ai été diplômée en octobre 2016. Au total, j’ai passé deux ans au sein du Ministère de la transition écologique et solidaire, d’abord sur les inondations fluviales puis progressivement sur les risques côtiers. J’ai ensuite pris un poste de chargée d’études Agriculture en zone humides, fertilisation, climat au sein de l’Assemblée permanente des Chambres d’agriculture (APCA), que j’ai occupé jusqu’au début de mon contrat doctoral à Brest.

Pourquoi as-tu choisis l’IUEM ?

J’ai candidaté sur une seule offre de thèse au printemps 2017, proposée par Catherine Meur-Ferec au sein du laboratoire LETG Brest. C’est donc mon doctorat qui m’a amenée à intégrer l’IUEM.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je suis doctorante en Géographie au LETG Brest. Mes travaux de recherche portent sur l’éventuelle influence des risques côtiers (submersions marines / recul du trait de côte) sur les prix du foncier et de l’immobilier, au regard de l’attractivité côtière et du contexte de changement climatique qui concernent les territoires littoraux. Je mène cette étude à l’échelle du littoral métropolitain, en m’appuyant notamment sur une base de données inédite (DV3F) qui recense l’ensemble des transactions foncières et immobilières réalisées sur les intercommunalités littorales entre 2010 et 2016. Mon travail de recherche s’appuie également sur des entretiens semi-directifs menés sur 3 terrains d’études (Morbihan, Charente-Maritime et Gironde), complémentaires à mon analyse statistique, avec des acteurs publics et des professionnels de l’immobilier (agents immobiliers / notaires). La rencontre de cette deuxième famille d’acteurs constitue la seconde originalité de ce travail de thèse. J’ai débuté mon doctorat en décembre 2017 ; la soutenance de thèse est prévue au printemps 2021.

En parallèle de mon doctorat j‘effectue également une mission d’enseignement en L1 de Géographie. Le cours construit a pour objectif de proposer aux étudiant·e·s une initiation à l’étude d’un territoire, sachant que la moitié des heures de TD ont lieu sur le terrain.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Pas particulièrement, mais il est à la fois déroutant et amusant de se retrouver face à des étudiant·e·s en cours, seulement quelques mois après avoir quitté les bancs de l’université.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

La soutenance de ma thèse, avec l’aboutissement de 3 années de travail de recherche, va sans aucun doute devenir mon plus beau souvenir professionnel.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Le sport (tennis, course à pieds, kayak de mer), la photographie et les jeux de société.

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Cédric Peinturier
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Stéphane Bertin, Chercheur en physique du littoral au pôle observatoire marin de l’UMS

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Je suis diplômé de l’école d’ingénieur Polytech Lyon avec une spécialité en mécanique des fluides, agrémentée d’un master recherche portant sur les applications de la mécanique des fluides à l’environnement. J’ai travaillé à l’Université d’Auckland en Nouvelle-Zélande de 2011 à 2018, où j’ai effectué ma thèse de doctorat ainsi qu’un postdoc au sein de la faculté d’ingénieur en génie civil et environnement. Mes travaux de recherche portaient sur le transport sédimentaire et la mesure des changements morphologiques par télédétection. Je me suis tout d’abord intéressé à la modélisation physique (utilisation de canaux hydrauliques en laboratoire) et à la mise en place d’outils de photogrammétrie afin de caractériser la relation entre écoulement d’eau et rugosité (microtopographie) de surface. L’idée derrière ces travaux était de pouvoir améliorer notre compréhension, et ainsi mieux modéliser, la boucle de rétroaction reliant les propriétés physiques d’un écoulement turbulent et les paramètres topo-morphologiques de la surface sédimentaire sur laquelle l’écoulement agit. J’ai eu l’occasion de poursuivre ces travaux lors d’expériences de terrain en milieu côtier et fluvial.

 

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

L’idée de pouvoir travailler à l’IUEM, un institut pluridisciplinaire tourné vers les sciences marines, et comprenant des services nationaux d’observation, m’a tout de suite intéressé. J’ai donc choisi l’IUEM pour la portée scientifique des travaux de recherche qui y sont menés, notamment en géomorphologie et télédétection appliquée au domaine côtier, mais aussi du fait de la possibilité de pouvoir interagir facilement avec d’autres équipes tournées vers des thématiques complémentaires, telles que l’océanographie et la biologie marine. J’ai aussi choisi l’IUEM pour sa situation géographique : je n’ai jamais pu être aussi proche de l’eau en travaillant !

 

Que fais-tu à l’IUEM ?

Mon travail à l’IUEM est celui d’un physicien adjoint contractuel, dont les missions rassemblent observation, recherche et enseignement. Je suis ainsi chargé d’assurer la co-coordination depuis Brest du service national d’observation DYNALIT (DYNAmique du LIttoral et du Trait de côte), dont l’IUEM est l’OSU coordinateur. DYNALIT est un réseau d’observation, labélisé SNO par le CNRS-INSU en 2014, dédié à la métrologie récurrente et de long terme visant à caractériser le fonctionnement physique et l’évolution morphologique du littoral. DYNALIT compte actuellement 35 sites-ateliers en France métropolitaine et outre-mer, répartis sur 5 façades maritimes. Dans ce contexte, j’effectue des travaux de recherche au sein du Laboratoire Géosciences Océan dont les principales orientations sont la mesure par télédétection, les protocoles de traitement et d’analyse de la géomorphologie, et les processus physiques contrôlant l’évolution court-terme du littoral au travers de séries d’observation. Un de mes projets clés pendant ma première année à l’IUEM a été la qualification et la valorisation d’une longue série temporelle de suivis topo-bathymétriques (mesures fines permettant de comprendre la géomorphologie) effectués sur la plage de Porsmilin. Je souhaite par ce travail améliorer la collecte, le traitement et l’analyse de ces données, ainsi que permettre la mise en relation avec les forçages hydrodynamiques (ex vagues, marée) mesurés ou modélisés. Je m’intéresse donc tout particulièrement à la qualification des erreurs dans les modèles topographiques et à leurs effets dans les analyses sédimentaires pour lesquelles ils sont utilisés. J’ai aussi eu l’occasion d’aider au développement et à la demande de financement de projets de recherche portant sur la mesure de l’état de mer sur les côtes et la caractérisation précise de la forme des vagues au déferlement.

Côté aide à l’enseignement, plusieurs sorties de terrain étaient prévues dans le cadre de la Licence 3 Hydrographie UBO-Shom. Ces sorties ont été annulées du fait des changements occasionnés par le confinement.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Cette anecdote me replonge dans un diner de conférence à Chengdu en Chine. Le repas proposé, un « hotpot », était typique de cette région (Sichuan) où le piment et le poivre (légèrement anesthésiant en bouche) sont particulièrement appréciés. Bien que prévisible, l’effet sur les mangeurs fut rapide et durable : visages rouges comme une tomate, sueur, envie d’éternuer !… Beaucoup de rire donc ! L’envie était trop forte pour pouvoir s’arrêter…

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Je suis vraiment reconnaissant de l’opportunité de pouvoir travailler et nouer des liens avec des gens sur tous les continents. Mes plus beaux souvenirs sont ainsi d’avoir pu participer à des conférences à l’étranger, par exemple en Australie et en Chine, me permettant de découvrir un petit peu de ces pays.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Je suis particulièrement tourné vers les activités de plein air et nautiques ! Je pratique régulièrement (jamais assez) le surf, mais aussi la nage, le vtt et la randonnée. Par la suite, je souhaiterais continuer ma formation à la voile. En dehors de ces activités sportives, j’apprécie jardiner, cuisiner et lire des romans, surtout ceux relatant de voyages et îles autour du monde…

As-tu une devise ?

Restons optimiste !

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Candide Lionet

Stéphane Bertin / UBO

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Stéphane Bertin / UBO

Le manque d’accès aux données marines : un barrage à une gestion plus saine des océans

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À l’ère du numérique, alors que les bases de données océaniques sont continuellement enrichies, les écosystèmes marins s’appauvrissent et se dégradent de manière alarmante. Dans le contexte des changements globaux, ce type de données devrait nous permettre une meilleure gestion de notre consommation des ressources océaniques, afin de les préserver. Pourtant, nombre de ces informations sont difficilement accessibles et/ou peu partagées ; cet état de fait gêne la bonne compréhension des différentes modifications physiques, écologiques et sociales en cause dans ces changements écosystémiques évolutifs et rapides. Ceux-ci impliquent de constantes réévaluations et mises à jour des données océaniques. On observe cependant un progrès significatif dans la communication et la transparence de ces données. D’intéressantes alternatives pourraient venir l’enrichir.

À ce jour, d’innombrables observations satellites de la Terre sont répertoriées par les dispositifs de télédétection (ex. programmes Landsat et Sentinel), des milliers de scientifiques collectent des milliers de données sur le terrain ; un grand nombre de plateformes en résulte, offrant un accès et un partage à ces ressources en ligne.

Trop souvent, un manque évident de structuration et/ou de standardisation nuit au partage en ligne des données ; celles-ci peuvent, par exemple, être collectées par des étudiants ou des chercheurs non-académiques. Malgré des incertitudes de mesures souvent inconnues voire douteuses, de nombreuses informations importantes sont contenues au sein de ces données « désordonnées ». Comment les combiner au mieux avec celles des chercheurs académiques, et ainsi en valoriser l’ensemble ? Les bases de données actuelles pourraient s’enrichir d’une quantité conséquente de ressources ignorées ou non partagées (cf. fig. 1).

Fig. 1 : Situation actuelle (à gauche) et souhaitée (à droite) dans le contexte de la disponibilité et du partage des données océaniques. Les débits d’eau représentent la quantité de données relative à chaque source.

Trois obstacles très concrets, expliquant les difficultés d’accès aux données océaniques, peuvent ainsi être identifiés : leur mise en ligne, leur accessibilité et la navigation sur les plateformes dédiées. Le téléchargement des ressources vers le Cloud (stockage à distance) correspond à leur transfert dans une grande base de données numériques où elles peuvent être partagées. Se posent alors des contraintes (cf. fig. 2) de recherche et localisation des bases de données thématiquement proches et regroupant des informations de même nature que celles à déposer, de leurs sources d’origine et du respect des exigences de formatage.

Dans certains cas, les données océaniques ne sont pas numériques et par conséquent, pas répertoriées (informations relevées dans des carnets de bord par ex.). De même un propriétaire n’a pas forcément conscience de l’utilité de ses données pour la communauté ; c’est typiquement le cas des publications de photos sur les réseaux sociaux : les Smartphones peuvent en effet être considérés comme des outils d’enregistrement des changements d’état des mangroves ou des herbiers marins en Indonésie par ex.

Fig. 2: Paramètres de la production et du partage des données. (1) mesures sur le terrain, (2) instruments de traitements de données détenus par les producteurs uniquement, (3) ensemble de données dispersées, (4) données locales non partagées en dehors d’une institution, (5) données potentiellement intéressantes pour des utilisateurs extérieurs à l’institution, (6) barrage aux partages des données, (7) articles produits à partir de données stagnantes, (8) utilisation impossible de données aux formats inadaptés, (9) non-renseignement de la source de données mises en ligne, (10) montagnes de disciplines différentes auxquelles pourraient s’appliquer un même type de données.

Une fois téléchargées sur le Cloud, se pose le problème de l’accès à ces données. Celles-ci sont souvent classées par disciplines, régions océaniques et sous différents formats. Les liens entre ces ressources sont donc fragiles et facilement rompus. De plus, les utilisateurs ne sont pas toujours informés des mises à jour du fait de l’impossibilité de communiquer avec les producteurs de données. Enfin, la navigation se complique à mesure que le volume et la diversité des ressources augmentent. Les données océaniques, réparties sur différentes plateformes, sont peu évidentes à évaluer (qualité/précision de mesure) et à dater (données anciennes/récentes). Néanmoins et même si l’outil de recherche Google propose un accès assez simple à des données récentes, un système de navigation qui offrirait une combinaison optimale de toutes ces données, allègerait le coût de la Recherche en sciences marines sur le long terme et à large échelle géographique.

La plupart des solutions à ces problèmes existent déjà mais sont exploitées partiellement ou appliquées à d’autres domaines que l’Océanographie. S’en inspirer permet d’envisager une combinaison de différentes approches pour accéder à un maximum de ressources. Le procédé « d’optimisation combinatoire » consiste, dans ce cadre, à coupler les technologies de navigation à l’utilisation de réseaux sociaux (cf. fig. 3)

Fig. 3 : Combinaison de diverses solutions (représentée par le moulin), cette combinaison fournirait une plateforme de découverte et d’accès aux données, ainsi que de nombreux outils et applications.

Pour exemples : l’utilisation d’un « grand livre » (registre) facilite la lecture de paramètres mesurés et classés, issu du domaine comptable, il concourt à la traçabilité des sources et à la transparence des données. Le registre le plus simple est le DOI (identificateur d’objet numérique), déjà appliqué à de nombreuses ressources en sciences. Les DOI certifient la provenance et sont associés aux données source. Par ailleurs, l’utilisation d’un blockchain (chaîne de blocs) permet la traçabilité et assure la sécurité du partage des données, jusqu’alors son principal domaine d’application est celui de la cryptomonnaie. Il permet un enregistrement ponctuel des modifications des données ainsi qu’une gestion de données combinées dans un cadre interdisciplinaire. Enfin, l’utilisation d’un extracteur et transcripteur automatique tire parti de l’intelligence artificielle, pour un traitement rapide d’une grande quantité d’informations, il réduit aussi les coûts et efforts associés au téléchargement et à la navigation (ex. : NPL / Natural Language Processing).

De nouveaux appels au partage volontaire de données pourraient enfin venir compléter l’utilisation des outils mentionnés précédemment. Des revues scientifiques reconnues soutiendraient la collecte d’une grande quantité de données pour leur valorisation. Un index de citation existe déjà pour les articles scientifiques et l’ensemble des données répertoriées, via le service d’information universitaire du Web of Science (WOS). La présence systématique d’un index pourrait désigner la source des données océaniques ayant donné lieu à une publication dans les revues scientifiques, en vue d’un regroupement de ces données.

Certaines communautés numériques utilisent également des monnaies non officielles dans diverses régions, pour favoriser les dépenses locales. Une monnaie communautaire numérique (DCC /Digital Community Currency) pourrait donc être créée afin de soutenir les fournisseurs de données océaniques en fonction de la quantité, la qualité et la transparence des ressources partagées. Cette monnaie serait en outre échangée contre d’autres ressources en ligne. Un tel procédé augmenterait la visibilité de jeux de données conséquents et soutiendrait le financement de campagnes scientifiques. Les agences gouvernementales pourraient aussi en bénéficier pour faire face aux catastrophes naturelles et des réseaux sociaux spécialisés dans les échanges entre chercheurs profiteraient également de ces partages. Une combinaison de ce type de réseaux avec les plateformes de données en ligne (ODCM/Ocean Data Combinatorial Machine) permettrait notamment une gestion des mises à jour en plus de nouvelles collaborations entre chercheurs.

Des enseignes internationales comme Amazon ont déjà résolu, à des fins commerciales, des problèmes similaires concernant la gestion et la compilation des données. Cette entreprise utilise des agencements spécifiques pour stocker ses articles dans d’énormes entrepôts, leur accessibilité est optimisée en permanence. La transparence est également assurée sur l’origine, la composition, la fabrication de nombreux produits et des interactions directes sont prévues avec les clients. Ce type d’exemple rend envisageable, le regroupement des données marines, leur accessibilité ainsi que des échanges entre producteurs et utilisateurs. Une transposition durable au domaine océanique permettrait la création de bases de données universelles pour une gestion plus saine des Océans. Coordonner des actions efficaces pour atténuer le déclin des écosystèmes marins passe par une meilleure gestion de nos données océaniques, collaboration et partage maximal restent donc essentiels.

Médiation scientifique

Assurée par Pierre Fourrier, doctorant de l’École Doctorale des Sciences de la Mer et du Littoral (EDSML – Université de Bretagne Occidentale), en 1ère année de thèse en Chimie Organique Marine au Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), à l’Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM).

L’article

Pendleton, L. H., Beyer, H., Grose, S. O., Hoegh-Guldberg, O., Karcher, D. B., Kennedy, E., Llewellyn, L., Nys C., Shapiro, A., Jain, R., Kuc, K., Leatherland, T., O’Hainnin, K., Olmedo, G., Seow, L., Tarsel, M. (2019). Disrupting data sharing for a healthier ocean. ICES Journal of Marine Science, 76(6), 1415-1423. https://doi.org/10.1093/icesjms/fsz068

Les auteurs

Cet article est issu d’une collaboration internationale entre des chercheurs du World Wildlife Fund (WWF) (Washington, USA) ; du Nicholas Institute for Environmental Policy (Duke University, USA) ; du Global Change Institute (University of Queensland, Australie) ; de l’Ifremer (IUEM, UBO, Plouzané) de l’unité de recherche AMURE ; de la Conservation Science Unit (WWF, Indonésie) ; de l’Australian Institute of Marine Science (Townsville, Australie) ; et de l’IBM Corporation, Corporate Citizen & Corporate Affairs (New-York, USA).

La revue

« The ICES Journal of Marine Science » publie des articles originaux, des essais d’opinions (« Food for Thought »), des projets pour l’avenir (« Quo Vadimus ») et des revues critiques qui contribuent à notre compréhension scientifique des systèmes marins.

Contacts

Auteurs : consulter l’annuaire de l’IUEM

Bibliothèque La Pérouse : Suivi éditorial, rédaction, corrections et mise en page : Fanny Barbier

Service Communication et médiation scientifique : communication.iuem@univ-brest.fr

 

Adélie Pomade, Enseignant-chercheur en droit à AMURE

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai soutenu ma thèse à l’Université d’Orléans en 2009 sur la société civile et le droit de l’environnement. Dans cette recherche, j’ai apprécié de quelle manière la société civile participe en pratique à l’élaboration et à l’application du droit de l’environnement, et j’ai tiré les conséquences théoriques de cette analyse en proposant de revisiter les théories des sources du droit et de la validité des normes juridiques. Après ma thèse, j’ai continué à approfondir le rôle de la société civile et les jeux d’acteurs qu’elle implique, toujours en droit de l’environnement, mais au prisme de thématiques différentes : agriculture, forêt, biotechnologies, climat…

Pour cela, j’ai fait 2 post-docs en France : à l’Université de Lyon 3 et à l’Université de Rennes 1 (agriculture, activités minières), et 2 en Belgique à l’Université Catholique de Louvain et à l’Université Saint Louis de Bruxelles (forêt, instruments basés sur le marché de la biodiversité). Je suis ensuite partie 2 ans au Brésil à l’université Fédérale de Rio Grande Do Sul (FURG) en qualité de professeur invité, où j’ai exploré la relation entre les peuples autochtones, la biodiversité et le droit de l’environnement.

 

Mission d’observation de la biodiversité pendant la saison sèche, dans une réserve protégée du Pantanal (Centre-ouest du Brésil)

J’ai aussi coordonné des projets de recherche consacrés aux biotechnologies, nanotechnologies, ou encore à la pêche.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Parmi les différentes thématiques que je n’avais pas encore réellement explorées, il y avait le milieu marin.  Il constituait pour moi un nouveau laboratoire d’observation des relations Humains-environnement au prisme du droit. C’est aussi l’interdisciplinarité en termes de potentiel de travail qui m’a fait venir à l’IUEM en septembre 2018, car depuis quelques années je m’intéresse au « savoir travailler ensemble ». Cela rejoint très bien mes champs d’expertise en tant que juriste environnementaliste : spécialiste des jeux d’acteurs et de normes en droit de l’environnement d’une part, et méthodologie de l’interdisciplinarité d’autre part.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Côté enseignement, j’interviens dans le Master 1 du Master SML. Je fais les TD inter-SML en droit de l’environnement. L’objectif est de permettre aux étudiants qui ne sont pas juristes de s’approprier la manière dont réfléchit un juriste. J’ai construis la pédagogie de ce cours autour de jeux de rôles et de travail en équipe. C’est très stimulant. A la rentrée prochaine, j’enseignerai également le droit de l’environnement aux étudiants de M2 du Master Droit des activités maritimes.

Par ailleurs, je suis responsable scientifique de l’unité d’enseignement Sciences et société. Avec Riwalenn Ruault, qui s’occupe plus particulièrement du volet pédagogique, nous nous attelons actuellement à développer une plus grande visibilité du remarquable travail accompli par les étudiants de M2 et les doctorants qui les encadrent. A suivre !

Concernant la recherche, elle se construit autour de 3 dynamiques : juridique, méthodologique et interdisciplinaire.

Pour la partie juridique, je travaille sur l’introduction de la notion de scénario en droit. L’objectif est de déterminer quelles normes seront les plus effectives et efficaces à l’issue d’un processus décisionnel ; cela invite à envisager un degré de prospective en droit. Par exemple, nous sommes au sein d’une Aire marine protégée (AMP) avec énormément de fréquentations touristiques nautiques. Des décisions sont prises pour réguler cette fréquentation et sont concrétisées par une norme juridique dont le contenu et la forme feront qu’elle sera appliquée ou non. Pour être sûr que la norme soit appliquée, il faut arriver à anticiper la réception et le bénéfice de cette norme par les destinataires ; une sorte de logique gagnant-gagnant.

En méthodologie, je travaille sur le « comment travailler ensemble » pour mettre sous tension sciences humaines et sociales et sciences du vivant. En effet, nous parlons beaucoup du travail en interdisciplinarité, mais en pratique cela est souvent chaotique. J’essaie donc d’accompagner cette dynamique en dégageant des moyens de faciliter les échanges. Dans ce cadre, je suis intervenue dans le séminaire du LEMAR indisciplinés, et un ouvrage a été publié aux Presses universitaires de Rennes (PUR). Dans la continuité, une journée d’études a été organisée à l’Institut de l’ouest : Droit et Europe (IODE) à Rennes 1. Le fascicule de restitution de l’atelier va être édité par AMURE à l’automne.

Du point de vue de la recherche interdisciplinaire, j’explore la manière et les voies mobilisées ou mobilisables par les sciences humaines et sociales pour saisir la science participative qui est principalement explorée par les sciences de la nature. Il s’agit vraiment d’établir une tension positive entre les unes et les autres. Dans ce contexte, j’ai déposé un projet H2020 SWAFs qui questionne les leviers de l’engagement citoyen à participer aux activités de science participative, au regard de différentes disciplines. Une journée d’étude sera organisée à l’IUEM à l’automne sur le sujet.

 

Préparations réalisées par des femmes d’une communauté autochtone de l’Etat du Pará (Nord du Brésil), lors d’entretiens relatifs aux usages traditionnels des plantes amazoniennes

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Oui ! Une belle aventure culturelle (de mon point de vue). C’est lorsque je donnais des cours à la FURG. Dans l’Etat du Rio grande do Sul, les hivers sont très froids et humides. A la FURG, les cours sont souvent dispensés le soir, à partir de 19h et jusqu’à 23h, pour permettre aux étudiants de travailler dans la journée. Les salles de cours ne sont pas chauffées en hiver. Lors de mon 1er cours j’avais une vingtaine d’étudiants dans la salle, installés sur deux rangées d’arc de cercle, emmitouflés dans leurs manteaux et pour la plupart dans leurs ponchos (en référence à la culture gaúcho du sud du Brésil). Quatre ou cinq étudiants avaient avec eux un thermos d’eau chaude et deux d’entre eux une cuia (calebasse) où ils y avaient préparé du chimarrão (qu’on connait sous le terme maté).  Pendant le cours, les étudiants pratiquent la « Roda de chimarrão », c’est-à-dire qu’ils boivent tour à tour à la cuia pour se réchauffer et alimentent le chimarrão en eau chaude. Il serait impensable de leur demander de mettre un terme à cette tradition !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Quand j’ai reçu la médaille Vermeil de l’Académie d’Agriculture de France en 2018 ! C’était très symbolique pour moi, car il s’agissait de la reconnaissance, par des non-juristes, de la valeur ajoutée et de l’intérêt de mes travaux en droit pour leur communauté scientifique (écologie, géographie, biologie, anthropologie…).

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Faire du bateau ! Je pratique le catamaran de sport depuis plus de dix ans. Au début c’était du loisir, et aujourd’hui, c’est en compétition, aussi bien en France qu’à l’international.

As-tu une devise ?

Ne jamais remettre à demain ce que je peux faire le jour même.

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Sylvain Chanteloup

Adélie Pomade / UBO

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Adélie Pomade

Noé LAHAYE
, Physicien-Océanographe post-doctorant CNES au LOPS

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai obtenu ma thèse au laboratoire de météorologie dynamique à Paris. Je travaillais globalement sur la dynamique des tourbillons dans l’océan et dans l’atmosphère. Ensuite, j’ai fait un premier post-doctorat aux USA à San Diego. Il portait sur les ondes internes, qui sont des perturbations en courants et densités qui se propagent dans l’océan. Nous nous intéressons à ces ondes internes parce qu’elles jouent un rôle important dans la circulation océanique et notamment dans le mélange de masses d’eau de densité différentes.

Après mon 1er post-doc, je suis rentré en France et je suis arrivé à Brest — à l’IUEM, donc ! —, pour faire un second post-doc avec Jonathan Gula et Guillaume Roullet au LOPS. Je me suis intéressé à la génération de ces ondes internes par les fonds marins et à leur impact sur les courants profonds. Dans le cadre de ce post-doc, j’ai eu l’occasion de participer à une mission de collaboration pluridisciplinaire au niveau d’un site hydrothermal profond, « Lucky Strike », au large des Açores sur la dorsale nord atlantique, pour essayer de comprendre l’impact des courants sur les écosystèmes.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

C’est l’IUEM qui m’a choisi !

J’ai découvert et compris ce qu’était l’IUEM au cours de mes deux années de post-doc. Mais je ne connaissais pas l’IUEM avant de venir à Brest, je savais juste que je venais au LOPS. Je suis stimulé par les aspects pluridisciplinaires qui sont renforcés à l’Institut et les interactions potentielles avec les biogéochimistes notamment.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je suis en post-doc, employé par le CNES pour travailler sur les ondes internes générées par la marée au sein du LOPS côté IFREMER, avec Aurélien Ponte qui est chercheur à Ifremer. Je travaille sur la modélisation de ces ondes et leur caractérisation à l’aide d’altimétrie par satellite. C’est un projet qui s’inscrit dans le contexte de la future mission spatiale SWOT (Surface Water and Ocean Topography), qui permettra de mesurer la signature dynamique des courants océaniques sur la déviation du niveau de la mer avec une couverture spatiale inédite. Nous parlons de révolution dans la communauté d’océanographie physique, et il y a beaucoup d’enjeux autour de la caractérisation de la signature des ondes de marée interne. Le but de mon travail est de mettre en place un modèle qui permette de reconstruire le champ d’ondes de marée interne à partir de ces données (entres autres) et de mieux caractériser leur cycle de vie : où sont elles générées, comment se propagent-elles, ou sont-elles dissipées, comment affectent-elles la circulation générale…

 

As-tu des anecdotes professionnelles ?

Je me suis déjà retrouvé dans une réunion où l’un des protagonistes n’a pas pu résister à la tentation d’une petite sieste. Nous étions trois…

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

C’est mon post-doc à San Diego. La plage était en bas du laboratoire. J’allais surfer le matin avant d’aller travailler ou le soir au coucher du soleil.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Le surf, la plongée et, surtout, la musique. Je joue de la batterie.

Et je m’intéresse un peu aux questions politiques et environnementales. Je viens au travail à vélo, je fais partie d’une AMAP…

 

 

Contact

Noé Lahaye

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Suzanne Lutfalla

Nereis Park VI

L’objectif de cet événement est de rassembler la communauté scientifique internationale des chercheurs travaillant sur les mécanismes de la bioturbation dans les environnements marins, d’eau douce et terrestres, sous toutes les latitudes (polaires, tropicales, tempérées), et prenant en compte différentes échelles de temps (du Précambrien au présent). Cet événement est organisé par l’association Nereis Park, une association internationale regroupant tous les scientifiques travaillant sur la bioturbation (http://www.nereispark.org/). Cette 6ème édition propose une école thématique internationale sur la Bioturbation avec des conférences et une formation de haut niveau dans le but de donner aux scientifiques et aux étudiants les dernières avancées conceptuelles et technologiques sur les processus de bioturbation. Elle portera sur l’étude des processus de bioturbation dans leur ensemble et leurs impacts sur le fonctionnement des écosystèmes, à différentes échelles spatiales et temporelles.

Ouverture de la pré-incription : 14 février 2020

(Nereispark2020 formulaire d’inscription)

Date limite de soumission des résumés : 12 avril 2020

5 sessions


Session 1: relations bioturbation-fonctionnement des écosystèmes



Conférencier invité : Pr. Murray Gingras | Univ. Alberta, USA

Dans cette session, le rôle de la bioturbation pour l’évolution des écosystèmes sera discuté avec un accent particulier sur les différents services écosystémiques fournis par la bioturbation dans les écosystèmes terrestres, d’eaux douce et marine dans le contexte du changement global. Les divers effets de la bioturbation seront abordés, notamment: l’érosion des sédiments, la stabilisation et le drainage, la biogéomorphologie, la libération de contaminants et de kystes, l’oxygénation et la bioremédiation des sédiments et des sols pollués, la dégradation et minéralisation de la matière organique. Pour la première fois, le fonctionnement des environnements passés et extrêmes (Précambrien, grottes quaternaires, mangroves, environnements polaires et profonds, lacs hyper-salins …) sera considéré.


Session 2: Intégration des processus de bioturbation dans les modèles et les fonctions de la biodiversité



Conférencier invité : Pr. Andrew M. Lohrer | NIWA, New Zealand

L’influence des activités de bioturbation sur les écosystèmes dépend de la diversité structurale et fonctionnelle benthique fortement liée aux variables environnementales. Cette session abordera les différentes approches (ex : diversité spécifique, fonctionnelle, traits biologiques…) utilisées pour évaluer les effets de la biodiversité sur le fonctionnement des écosystèmes à travers des études expérimentales et en milieu naturel. Ce sera le point de départ d’une session de forums ouverts autour de deux questions:

  • Comment intégrer le rôle des caractéristiques individuelles des espèces sur les processus benthiques à l’échelle de la communauté?
  • Comment représenter les effets des communautés benthiques au niveau de l’écosystème?

Wiebke Ziebis

Session 3 : Interactions micro et macro-organismes impliquées dans les cycles biogéochimiques



Conférencière invitée : Dr. Wiebke Ziebis | Univ. Southern Carolina, USA

Les activités de bioturbation modifient la diversité microbienne et les processus microbiens impliqués dans la dégradation et le recyclage de la matière organique des sédiments. Ces derniers ont une influence, à plus grande échelle, sur les flux et bilans biogéochimiques (carbone, azote, soufre, phosphore, silice, fer). La qualité de la matière organique (réfractaire versus labile) et les variables environnementales influencent en parallèle ces activités microbiennes. Cette session se concentrera sur sur les interactions entre les micro-organismes (par exemple les procaryotes, les bactéries électriques « cable bacteria », les archae, les eucaryotes et les réseaux de co-occurrence) et les macro-organismes impliqués dans la biogéochimie des sédiments.


Session 4 : Nouvelles approches d’analyse, d’observation et de modélisation pour les études de bioturbation



Conférencière invitée : Dr. Simone Pennafirme | Univ. Federal do Fluminense, Brazil

Cette session portera sur les différents outils permettant de prendre en compte l’hétérogénéité des écosystèmes:

  • Capteurs optiques et infrarouges 1D et 2D pour mesurer la micro-hétérogénéité des solutés dans les eaux interstitielles (oxygène, manganèse, soufre, CO2, pH…)
  • Flux biogéochimiques aux interfaces sédiment-eau et sédiment-air
  • Télédétection pour visualiser la microtopographie et la diversité benthique à la surface des sédiments
  • Imagerie tomographique pour visualiser en 3D les structures biologiques dans les sédiments et les sols
  • Modèles mécanistiques et stochastiques pour simuler les processus biogéochimiques associés au comportement des animaux.

Nous examinerons également les limites potentielles de ces outils et comment elles peuvent être surmontées pour une configuration expérimentale ou étude de terrain spécifique.

Robert Aller

Session 5 : Transfert d’échelles



Conférencier invité : Pr. Robert C. Aller | Stony Brook University, USA

A partir des résultats des études présentées pendant les conférences et des conclusions des ateliers précédents, cette session se concentrera sur le changement d’échelle (transfert d’échelle) en faisant référence à:

  • l’importance d’un processus de bioturbation spécifique dans les modèles diagénétiques,
  • la représentation des espèces ou des traits fonctionnels dans la communauté;
  • le passage d’expériences contrôlées à des études in situ intégrant l’écosystème dans son ensemble
  • extrapolation des résultats d’une étude locale au niveau de l’écosystème en tenant compte de sa variabilité spatiale et temporelle.


Objectif de l’école thématique BIOTURBATION



Cette formation pluridisciplinaire proposera des outils différents et complémentaires à chaque session (cours sous formes de plénière et études de cas sous forme de courtes interventions orales, travaux pratiques sur le terrain et en laboratoire, session de forum ouvert, tables rondes ..) pour comprendre le rôle de la bioturbation dans le fonctionnement actuel et passé des écosystèmes, et savoir comment l’intégrer dans les modèles d’écosystème, dans les projets d’ingénierie écologique, de restauration et de gestion des écosystèmes. Ces rencontres scientifiques et pédagogiques, en mélangeant les disciplines, permettront ainsi de constituer un réseau de compétences pour pouvoir faire émerger des approches innovantes pour répondre à des questions d’ordre fondamental et méthodologique. Cet événement s’adresse à tout scientifique (chercheur, étudiant, ingénieur) ainsi qu’à tout gestionnaire en sciences de l’environnement.

Comité scientifique international

Dr. Stefano Cannicci (Hong Kong University, China)

Dr. Suzanne Dufour (Memorial University, Canada)

Dr. Stefan Forster (University of Rostock, Germany)

Dr. Franck Gilbert (CNRS | ECOLAB, France)

Dr. Boris Jansen (Amsterdam University, Netherlands)

Dr. Pascal Jouquet (IRD | iEES, France)

Dr. Florian Mermillod-Blondin (CNRS | LEHNA, France)

Dr. Emma Michaud (CNRS | LEMAR, France)

Dr. Thomas Stieglitz (IRD | CEREGE, France)

Dr. Daniella Zeppilli (Ifremer | PDG-REM-EEP-LEP, France)

Comité local d’organisation

Dr. Emma Michaud (CNRS | LEMAR)

Dr. Gerard Thouzeau (CNRS | LEMAR)

Dr. Olivier Gauthier (Brest University | LEMAR)

Dr. Jill Sutton (Brest University | LEMAR)

Dr. Stefan Lalonde (CNRS | LGO)

Emilie Grosstefan (CNRS | IUEM)

Sébastien Hervé (Brest University | IUEM, LEMAR)

Nadine Reniers (CNRS |IUEM)

Nathalie Le Mentec (Brest University | IUEM, LEMAR)

Avec le soutien de

Hébergement

L’événement se tiendra en Bretagne (France) à Logonna-Daoulas du 23 au 28 août 2020 dans le centre de séminaires « Moulin Mer ». Cette installation offre un espace pour les sessions et les ateliers, les repas et l’hébergement, le tout à un seul endroit, y compris l’accès aux salles éducatives et aux sites d’échantillonnage dans les environnements marins, d’eaux douces et terrestres. Pour votre conjoint, il donne également accès à de belles promenades le long des plages, de la forêt et des lieux d’activités telles que le volley-ball, le badminton, la voile et la pêche. Le site est situé entre Brest et Quimper (à 8min de l’autoroute). Le site est situé entre Brest et Quimper (à 8mn de la voie express). Brest est la ville la plus proche avec une gare (TGV) et un aéroport  proposant quelques vols internationaux et un large choix de vols via Paris (Orly ou Charles de Gaulle).

Appel à contributions


Chacune des cinq sessions est composée de conférences invitées, d’un ensemble (limité) de présentations orales (sélectionnées parmi les résumés), d’une session d’affiches, de tables rondes et de cours pratiques et théoriques spécifiques.

Le comité scientifique de cet événement invite les participants à soumettre un résumé en anglais à l’une des sessions suivantes:

  • Session 1: Relations bioturbation-écosystème
  • Session 2: Intégration des processus de bioturbation dans les modèles de biodiversité et leurs fonctions
  • Session 3: Interactions micro / macro-organismes dans les cycles biogéochimiques
  • Session 4: Nouvelles approches d’analyse, d’observation et de modélisation pour les études de bioturbation
  • Session 5: Transfert d’échelles

La préférence pour l’oral / l’affiche et le choix de la session thématique sont des options indiquées sur le formulaire de soumission de résumé. Les motivations pour participer à l’école thématique doivent être ajoutées au formulaire de pré-inscription.

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Date limite de soumission: 12 Avril 2020

Inscriptions


Toute personne inscrite assistera à l’ensemble de l’évènement sur toute la semaine. L’école thématique « Bioturbation » est limitée à 70 participants. Pour participer, remplissez directement le formulaire de pré-inscription (pre-registration form) qui comprend un formulaire de soumission de résumé (avec des détails sur la présentation du résumé) et une section sur les motivations et les attentes pour participer à l’école thématique.

Les résumés seront sélectionnés par le comité scientifique international. Une fois votre résumé sélectionné, vous pouvez remplir le formulaire d’inscription final qui comprend les détails du paiement. Votre inscription sera officielle dès réception du paiement des frais d’inscription.

Les frais de conférence couvrent le prix total de l’hébergement, de la nourriture, des pause-café et du transport de l’aéroport ou de la gare jusqu’au lieu de la conférence, aux salles de conférence et d’enseignement de l’école thématique. Choisissez une option parmi les arrangements suivants (prix par personne):

Frais d’inscription :

Gratuit pour le personnel CNRS

  • [1] Chambre simple = 500 €
  • [2] Chambre double partagée (deux lits) = 420 €
  • [3] Etudiant (chambre double ou triple partagée, deux ou trois lits) = 370 €

Les chambres simples sont très peu nombreuses dans la résidence «Moulin Mer», et afin d’accueillir autant de participants que possible, la plupart des participants devront partager une chambre. Lorsque vous sélectionnez l’option « chambre partagée », veuillez indiquer le nom du participant avec lequel vous aimeriez être colocataire.

Pour plus d’informations, contactez-nous par courriel.

Dates limites


Ouverture de la pré-inscription d’ouverture: 14 février 2020
Date limite de soumission des résumés : 12 avril 2020
Les auteurs sont informés de la sélection des résumés et du programme: 27 avril 2020
Insciption: 28 avril –  1 juin 2020