Christophe Lambert, ingénieur de recherche CNRS au LEMAR

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai obtenu un DEA à l’UBO avant d’enchaîner sur une année de spécialisation en halieutique à l’Agro Rennes (aujourd’hui Agrocampus Ouest). Ensuite, j’ai commencé à travailler comme responsable commercial dans une pisciculture du sud de la Bretagne, pendant 4 ans.  Je commercialisais la production de truites arc en ciel et dirigeais l’atelier de transformation (frais, surgelés, produits dérivés…). Puis la société a connu des difficultés et j’ai subi un licenciement économique. Comme j’avais déjà travaillé au sein du laboratoire de Daniel Prieur et de Michel Glémarec, je leur ai proposé d’y revenir pour faire une thèse. Les ASSEDIC (aujourd’hui Pôle Emploi) et l’État assuraient le maintien de mes indemnités de chômage pendant un an, renouvelable deux fois, pour peu que je suive une formation diplômante. Finalement, c’est Jean-Louis Nicolas (LPI, Ifremer, Brest) qui m’a proposé un sujet de thèse sur les maladies bactériennes (vibriose) des larves de coquilles St Jacques. J’ai ensuite fait un post-doc d’un an à Bergen en Norvège au sein de l’Havforskningsinstituttet (un peu l’équivalent d’Ifremer en Norvège) et en collaboration avec une structure d’élevage de coquilles St Jacques. Ce contrat était financé par une bourse européenne « Marie Curie ». Mon travail consistait cette fois-ci à isoler des bactéries “probiotiques” capables de réduire l’impact des souches pathogènes pour les larves de coquilles. Un dossier de dépôt de brevet a même été rédigé, en norvégien, à partir de mes travaux, mais, à ma connaissance, il n’a jamais été valorisé.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Je suis rentré au LEMAR début 2000 en CDD dans l’équipe de Christine Paillard, Michel Auffret et Philippe Soudant pour travailler dans le cadre du programme MOREST sur les mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Les 10 années suivantes ont vu s’échelonner les contrats sur projet de recherche, contrats ATER, et m’ont permis de développer l’activité cytométrie en flux, naissante à mon arrivée au laboratoire. Après quelques années, la direction du laboratoire a proposé avec insistance au CNRS la création d’un poste d’ingénieur de recherche pour pérenniser cette activité croissante, insistance qui a fini par payer. Une mobilité interne a d’abord été ouverte mais, heureusement pour moi, n’a pas trouvé de candidat adéquat. Un concours a donc été ouvert en externe et j’ai obtenu le poste fin 2010 avec la responsabilité de la plateforme de cytométrie du LEMAR.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Aujourd’hui ma principale mission est d’animer et de gérer la plateforme CYTOMER, où l’on fait principalement de la cytométrie en flux et de la microscopie à épifluorescence sur les organismes marins. La cytométrie en flux est une technique d’analyse de cellules en suspension dans un flux liquide. Les cellules sont excitées par un ou plusieurs faisceaux laser et émettent ou diffractent alors des signaux lumineux. Cette lumière est quantifiée et révèle les caractéristiques optiques des cellules. C’est une technique qualitative et quantitative qui peut traiter jusqu’à 10 000 événements par seconde et permet de dénombrer les cellules (entre 0,5 et 40 µm, du virus à l’ovocyte d’huître), de comparer leurs « morphologies », leurs contenus (pigments chlorophylliens, ADN, lipides…), leurs activités physiologiques (viabilité, production de radicaux libres, activités enzymatiques, potentiel membranaire mitochondrial…).

Je travaille avec l’ensemble des équipes du LEMAR puisque toutes peuvent avoir besoin à un moment ou un autre de ce que l’on propose grâce à cet outil commun. Je travaille sur des cellules immunitaires, des gamètes, issus de modèles variés (huître, palourde, coque, coquille St Jacques, moules, ormeaux…) mais aussi sur des micro-algues, toxiques ou pas, des bactéries, des virus, en culture ou prélevés du milieu naturel… Je suis aidé dans cette activité par Nelly Le Goïc, ingénieure d’études au CNRS, qui co-anime cet outil avec moi. CYTOMER est équipé aujourd’hui de quatre cytomètres en flux de paillasse, deux microscopes à épifluorescence dont l’un est de type pseudo-confocal 3D et un imageur laser en flux (type Flow-Cam). Un microscope électronique à balayage (MEB) de table en commun avec l’Observatoire viendra compléter la plateforme probablement fin 2021 début 2022. L’ensemble de ces outils analytiques de haute technologie représente un budget d’acquisition de près de 600 K€.

Pour animer cet outil commun, j’organise environ deux fois par an, des formations théoriques sur la cytométrie en flux et la microscopie à épifluorescence. Ces formations sont ouvertes à tout le monde (étudiants, doctorants, chercheurs et personnes extérieures). Je propose également cette formation dans le cadre du Master 2 Biologie des Organismes Marins à l’IUEM et de l’offre de formation continue de l’UBO. L’idée, c’est de rendre les gens le plus autonomes possible sur les machines et d’approfondir ensuite leur maîtrise par des formations pratiques individuelles, en fonction des besoins. Il m’arrive parfois aussi d’aller faire des formations à l’extérieur, en France bien sûr (Ifremer La Tremblade, Bouin ou Concarneau) mais aussi à l’étranger (Floride, Norvège ou Corée du Sud).

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter?

En décembre 2005, je suis allé, en compagnie de Philippe Soudant, en Corée du Sud (Jeju National University) dans le cadre d’un programme d’échange « STAR ».  A la fin de notre séjour sur l’île de Jeju, nous sommes passés par Seoul, pour rencontrer le Pr Hong (INHA University). Nous avons donné un séminaire pour présenter nos projets et travaux en cours, suivi d’un échange très feutré et courtois comme c’est la règle au « pays du matin calme ». Quelle n’a pas été notre surprise à la sortie de la salle de séminaire de nous voir remettre à chacun une enveloppe remplie de billets en remerciement de notre « prestation ». Dans mon souvenir, l’enveloppe contenait 100 000 Wons soit l’équivalent de 90 ou 100 € aujourd’hui ! Ce fut à la fois une première pour moi, et une dernière !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

C’est difficile de faire un classement mais je me souviens tout particulièrement d’une conférence PHYSIOMAR, organisée en Espagne, à Saint-Jacques de Compostelle. On avait l’argent seulement pour deux ou trois personnes avec le déplacement en avion et l’hébergement. Et au lieu de prendre les billets d’avion, on a loué un minibus et on est parti à neuf. Ça voulait dire 24 heures de voyage à l’aller, deux jours de voyage au retour et un hôtel bon marché, mais il y avait une super ambiance pour travailler et beaucoup de souvenirs au retour.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Ils sont multiples et variés mais par exemple, je roule dans une Méhari de 1984, que je sors surtout quand il fait beau. La Méhari c’est un châssis de 2CV avec un moteur de 2CV et une coque en plastique. Je fais partie d’un club de “deuchistes : Les Chevrons du Léon, basé à Landivisiau. On est une vingtaine de 2CV et Méhari et on essaye d’organiser une sortie par mois, à la belle saison.

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Sébastien Hervé / UBO

Jean-Philippe Béguel / UBO

Erwan Amice / CNRS

Nelly Le Goïc / CNRS

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Christophe Lambert / CNRS

 

18ème rentrée des Masters des sciences de la mer et du littoral (SML) à l’IUEM

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Mercredi 1er septembre, les étudiants de 1ère année de master admis dans les Masters SML seront accueillis à l’IUEM par le directeur de l’Institut, Frédéric Jean, qui abordera les missions de l’IUEM, son cadre ainsi que son histoire et son évolution. Le responsable des Masters, Guillaume Roullet, présentera la formation sous un angle général. Durant cette journée, les étudiants échangeront avec différents intervenants qui leur apporteront de nombreuses informations sur le déroulement et l’organisation de ces deux années d’études.

Histoire des Masters

Les sciences de l’environnement ne peuvent s’appréhender que selon une démarche transversale et pluridisciplinaire. Cette approche se justifie d’autant plus pour les espaces marins et littoraux qui sont aujourd’hui au coeur d’enjeux fondamentaux pour l’humanité : le changement climatique, la gestion et la protection des ressources vivantes et minérales des océans, les énergies marines renouvelables, le développement des transports internationaux ou la gestion des risques naturels et technologiques. Les questions soulevées nécessitent un travail commun entre enseignants et chercheurs des sciences expérimentales (écologues, géochimistes, biologistes, physiciens et géologues) et des sciences de l’homme et de la société (géographes, juristes, économistes). La mer et le littoral font aussi l’objet d’une intense actualité politique et institutionnelle.
Cette démarche transversale a conduit à la création en 2004 par le Ministère de l’Enseignement Supérieur d’un domaine de formation « Sciences de la Mer et du Littoral », unique en France, au sein duquel s’est développé un Master pluri- et trans-disciplinaire. Après 17 années d’existence, ces Masters, qui sont implantés au coeur d’un pôle scientifique en sciences marines de dimension internationale, ont déjà montré leur puissant effet structurant et leur attractivité. Ils permettent de réunir les conditions pédagogiques du développement d’une expertise française dans le domaine des sciences de l’environnement marin et côtier.

Organisation et objectifs

Les Masters SML regroupent sous un même domaine 8 mentions parmi lesquelles 13 parcours : biologie des organismes marins, écosystèmes marins, sciences halieutiques et aquacoles (co accrédité avec l’Agrocampus Ouest de Rennes) / master international en biotechnologies marines (co accrédité avec l’UBS Lorient) / chimie de l’environnement marin / droit, mer et environnement / agriculture, mer et environnement (co accrédité avec l’Agrocampus Ouest de Rennes) / expertise et gestion de l’environnement littoral / géophysique marine, hydrodynamique navale (co accrédité avec l’ENSTA Bretagne), physique de l’océan et climat / géosciences océan, ingénierie et gestion des ressources côtières et littorales (co accrédité avec l’UBS Vannes).
Les parcours en sciences humaines privilégient une approche fondée sur les interactions avec l’homme au niveau marin et côtier, tandis que les sciences biologiques, chimiques, géologiques et physiques visent plutôt la compréhension du «système mer» dans tous ses aspects. Les parcours en physique et biotechnologies sont internationaux et l’enseignement se fait en langue anglaise.
Un grand nombre d’unités d’enseignement (UE) sont communes à au moins 2 mentions des Masters, et certaines sont suivies par les étudiants du master international IMBRSea de l’université de Gand. Dans ce cas, les cours sont également dispensés en anglais. Cette formation a pour objectif de former des chercheurs et des cadres capables d’appréhender les problématiques scientifiques actuelles et d’apporter des réponses adaptées aux problèmes posés en relation avec le domaine marin, océanique et les littoraux.
Les actions de formation en Master sont également au coeur du projet de l’Ecole Universitaire de Recherche (EUR) ISblue. Cette dernière a pour objectif de mieux intégrer et coordonner la stratégie d’enseignement et de recherche des partenaires, de rendre l’offre de formation plus attractive au niveau international, de renforcer l’interdisciplinarité, l’innovation pédagogique et l’approche pédagogique par compétences, ainsi que de développer les synergies entre le monde académique et le secteur socio-économique. A cet effet, beaucoup d’étudiants partent en stage à l’étranger, avec le soutien financier, notamment, du volet formation de cette École Universitaire de Recherche.

La vie associative est très développée au sein des masters puisque 4 associations d’étudiants sont recensées : Patel (Protection et aménagement du territoire et de l’environnement littoral) rattachée à la mention expertise et gestion de l’environnement littoral, Sea-ti-Zen historiquement pour la biologie mais désormais pour toutes les mentions, Tethys pour les géosciences et Sea-lex pour les juristes.

Rentrée 2021 : Quelques chiffres

Environ 270 étudiants sont inscrits pour cette année universitaire marquant une augmentation de près de 10 % des effectifs, qui oscillaient entre 175 et 200 étudiants depuis la création des masters SML en 2004.

Le rayonnement du master au niveau national et international est important. Ainsi, chaque année, environ 10 % des étudiants inscrits sont internationaux et la plupart des mentions reçoivent des étudiants européens ERASMUS.

Cette année, ils proviennent de 17 pays différents. Parmi les étudiants français, entre 30 et 50 % selon les années, proviennent d’établissements extérieurs à l’UBO. Le suivi professionnel des étudiants des masters montre une insertion professionnelle supérieure à 75 % dans les 2 années qui suivent l’obtention du diplôme et un pourcentage important de diplômés (50 % environ) en poursuite d’étude (doctorat) pour les 4 mentions en sciences biologiques, chimiques, géologiques et physiques marines.

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Sébastien Hervé / UBO

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Guillaume Roullet / UBO

 

Exposition Report’Images à l’IUEM

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Jusqu’au 22 octobre 2021, 8 photoreportages sur l’approche écosystémique des pêches réalisées par Marcel Mochet sont présentés dans le hall principal de l’Institut. Le choix de ces clichés est en lien avec l’École d’été Mer et Journalisme qui a eu lieu à l’IUEM les 24 et 25 août. L’un des partenaires de cet événement, le Club de la Presse de Bretagne, est à l’origine de cette exposition.

Pourquoi Report’Images ?

Depuis 2017, Report’Images s’est donné pour objectif de sensibiliser le grand public à la valeur documentaire du photoreportage, composante essentielle de l’information. Les critères de choix des clichés sont basés sur la présentation d’un récit construit autour d’une situation, d’une problématique ainsi que la qualité technique des images.
Le reportage doit être présenté, soit par un photographe installé en Bretagne sur un sujet qui peut concerner une toute autre région du monde, ou par un photographe extérieur à la Bretagne, qui, cette fois, propose un sujet sur la Bretagne. L’exposition vise également à sensibiliser le plus grand nombre aux enjeux de décryptage des images et de défense de la liberté d’expression. Il est primordial de valoriser et faire connaître le travail de professionnels, souvent méconnus du grand public. Supports pertinents d’éducation aux médias envers les citoyens, les photos de presse prennent en outre une
dimension particulière dans un contexte de lutte contre la désinformation et les fake news.

Qui est Marcel Mochet ?

Après quelque trente années passées à l’Agence France Presse (AFP), il travaille désormais comme indépendant
avec la mer comme sujet de prédilection. Soucieux de raconter l’océan dans son extrême diversité, il a toujours cherché à replacer l’Homme dans ce milieu parfois hostile, souvent inquiétant mais toujours passionnant.
Son reportage sur « Le grand métier » s’inscrit dans cette perspective. Fruit de plusieurs mois d’embarquement au long cours, ces images racontent la vie de marins bretons à bord des grands bateaux usines qui sillonnent le globe des îles Kerguelen, dans les mers australes, au Spietzberg, dans les mers nordiques, à la recherche du poisson.
Publiée dans Le Figaro magazine, XXI, Bretons, Ouest-France, le Télégramme, et sous forme d’ouvrages –« Les pêcheurs des extrêmes », en 2012 (éditions du Rocher) ; et « Ouvriers de l’océan », en 2013 (éditions Palantines) – cette série d’images est le témoignage d’un métier souvent méconnu et parfois décrié.

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Marcel Mochet

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Report’Images

Retour sur l’École d’été « Mer et Journalisme 2021 »

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Ecole d’été « Mer et Journalisme 2021 » : de l’océan des extrêmes et des crises au développement durable

La troisième école d’été « Mer et Journalisme », co-organisée par l’Ecole Universitaire de Recherche ISblue, l’Ecole Supérieure de Journalisme de Lille (ESJL), l’Institut France Québec Maritime (IFQM), le Club de la Presse de Bretagne (CPB), et Océanopolis s’est tenue les 24 et 25 août à l’IUEM, en présentiel et en distanciel. Les journalistes étaient originaires du Grand Ouest de la France, de Guyane, de Belgique et du Québec, les media représentés étant The Conversation France, Ouest-France, Le Télégramme, Radio Evasion, Radio-Canada, Radiotélévision Belge Francophone RTBF, et des free-lances, soit au total 23 participants. Pour des raisons spécifiques, 3 journalistes africains (Sud Quotidien, Sénégal, Radio communautaire Banyo FM, Cameroun, et Radio Okapi, République Démocratique du Congo) n’ont pu participer en visioconférence mais ont gardé le contact.

La vie sur Terre et son évolution

S’agissant de l’apparition de la vie et de son évolution, avec Franck Selsis, astrophysicien du CNRS à Bordeaux, les participants se sont d’abord envolés vers l’univers pour pouvoir répondre à la question : des océans existent-ils dans la galaxie ? la réponse est clairement oui. Certains sont situés dans des zones « habitables », en prenant l’eau sous forme liquide comme critère d’habitabilité. Quant à la question implicite « la vie (basée sur le carbone) existe-t-elle dans d’autres exoplanètes ? », nous avons vu comment la recherche s’organise pour y répondre. Suite aux conférences d’Anne Godfroy (Ifremer, Brest) et de Marcel Babin (Université Laval, Québec, Canada), nous réalisons qu’après la naissance de la vie sur la planète Terre/Océan il y a plusieurs milliards d’années, en se diversifiant en une multitude d’espèces, les êtres vivants ont été capables de s’adapter à des environnements aussi différents que les milieux hydrothermaux profonds sous-marins (chauds, sans dioxygène, acides…) et les océans polaires (froids, voire englacés). La conférence de Virginie Guiraudon (Sciences Po, Paris) nous a rappelé que l’espèce humaine a toujours migré et que la mise en place récente de différents accords en Europe dans les années 1990 modifie les migrations. Soumise à des pressions de diverses natures (économique, sociale, politique, ou climatique), des hommes font le choix de quitter leur environnement d’origine pour migrer vers d’autres plus attractifs, les océans servant souvent de vecteurs de migration. Dans la très large perspective historique que la conférencière a brossée, il apparait que la période actuelle, caractérisée par d’importants mouvements de peuples d’Afrique ou du Moyen-Orient vers l’Europe, notamment via la Méditerranée, a été précédée par de nombreux déplacements d’Européens à travers l’océan Atlantique, à destination de l’Amérique du Nord et du Sud.

Légende : Anne-Marie Tréguier, directrice de l’Ecole Universitaire de Recherche ISblue ouvre la 3ème école d’été Mer et Journalisme 2021

Changement climatique et ressources biologiques

S’agissant des impacts du changement climatique sur l’océan et de l’exploitation des ressources biologiques marines, Valérie Masson-Delmotte (LSCE, Paris), coprésidente du groupe de travail n°1 du GIEC, a montré aux journalistes comment utiliser les documents mis à leur disposition par le GIEC, et a rappelé le rôle majeur joué par l’océan dans la régulation du climat ainsi que les impacts du changement en cours sur l’océan et pour les écosystèmes marins. Philippe Cury (représentant de l’IRD à Bruxelles) a démontré que la pression anthropique sur les ressources biologiques marines doit fortement diminuer pour rendre possible un développement durable. Dans cette perspective, la mise en oeuvre d’une approche écosystémique des pêches, qui a déjà révélé son efficacité dans plusieurs écosystèmes marins du sud de l’Afrique et au Québec, devrait être considérée. Il faut définitivement penser le futur des pêches dans un contexte global.

Ateliers journalistes-scientifiques

Ces conférences étaient suivies d’ateliers animés par Jennifer Gallé (The Conversation France), Stéphane de Vendeuvre (CPB), Karine Alain (CNRS, IUEM), Brivaela Moriceau (CNRS, IUEM), Maria José Fernandez Vicente (UFR Lettres, UBO), Yvanne Bouvet (UFR Lettres, UBO), et François Le Loc’h (IRD, IUEM). Au cours de ces ateliers traitant des milieux côtiers devenus anoxiques (sans dioxygène) du fait d’une trop forte pression anthropique, des impacts du changement climatique sur l’océan polaire austral, des migrations humaines, et de la mise en oeuvre d’une approche écosystémique des pêches, les journalistes, en interaction avec des scientifiques, ont pu élaborer la trame d’articles ou d’interviews à venir sur ces différents sujets et accroître leurs réseaux de contacts.

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Sébastien Hervé / UBO

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Pauline Letortu / UBO

Paul Treguer / UBO

 

«Icelandia» – L’Islande est-elle le centre d’un vaste continent englouti ?

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Des universitaires pensent avoir découvert un remarquable secret géologique : un continent englouti caché sous l’Islande et l’océan environnant, qu’ils ont baptisé «Icelandia».
Une équipe internationale de géologues, animée par Gillian Foulger, professeur émérite de géophysique au département des Sciences de la Terre de l’Université de Durham (Royaume-Uni), pense que le continent englouti pourrait s’étendre du Groenland jusqu’à l’Europe. Laurent Geoffroy du LGO a participé à cette réflexion.

Une nouvelle théorie révolutionnaire

Les scientifiques pensent que le continent immergé couvre une superficie d’environ 600 000 km2, mais si l’on inclut les zones adjacentes à l’ouest de la Grande-Bretagne dans une «Grande Islande», la superficie totale pourrait atteindre environ 1 000 000 km2.

Si cette théorie est confirmée, cela signifie que le supercontinent géant de la Pangée, dont on pense qu’il s’est disloqué il y a plus de 50 millions d’années, ne s’est en fait pas complètement désagrégé.
Cette nouvelle théorie remet en question des idées scientifiques de longue date concernant l’étendue de la croûte océanique et continentale dans la région de l’Atlantique Nord, et la façon dont les îles volcaniques, comme l’Islande, se sont formées.

Une collaboration anglo-franco-norvégienne

La présence d’une croûte continentale, plutôt qu’océanique, pourrait également susciter des discussions sur une nouvelle source de minéraux et d’hydrocarbures, tous deux contenus dans la croûte continentale.
Cette nouvelle théorie révolutionnaire est née d’une série innovante de réunions d’experts tenues à Durham et fait l’objet d’un chapitre dédié dans l’ouvrage In the Footsteps of Warren B. Hamilton : New Ideas in Earth Science publié le 29 juin 2021 par la Geological Society of America, que le professeur Foulger a co-écrit avec le Dr Laurent Gernigon du Geological Survey of Norway et le professeur Laurent Geoffroy du Laboratoire Géosciences Océan (LGO).

À propos de cette nouvelle théorie, le professeur Foulger a déclaré :

«Il y a un travail fantastique à faire pour prouver l’existence de l’Icelandia, mais cela ouvre aussi une perspective complètement nouvelle sur notre compréhension géologique du monde. Un phénomène similaire pourrait se produire dans de nombreux autres endroits. […] Nous pourrions éventuellement voir les cartes de nos océans et de nos mers être redessinées au fur et à mesure que notre compréhension de ce qui se trouve en dessous évolue.»

Télécharger ici le chapitre dédié à Icelandia.

Crédits photos

Gillian Foulger / Durham University, Laurent Geoffroy / UBO & Laurent Gernigon / NGU

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Laurent Geoffroy / UBO

 

 

Laure Taupin, ingénieure d’études au LBCM

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai d’abord obtenu une licence de biochimie et de biologie moléculaire. Ensuite, j’ai validé un master professionnel en biochimie structurale et protéomique en 2007 à l’université Paul Sabatier de Toulouse. Durant mon master, j’ai appris différentes techniques de caractérisation des molécules et de leur structure. J’ai également effectué un stage de 6 mois, à Sanofi, une industrie pharmaceutique de Montpellier. L’objectif était de déterminer des structures 3D moléculaires à l’aide de la diffraction aux rayons X. J’avais pour fort souhait d’intégrer un laboratoire de recherche porté sur les études structurales. Ainsi, fin 2007, je suis rentrée au LBCM, Laboratoire de Biotechnologies et de Chimie Marines, en qualité d’ingénieure d’études en analyse chimique à Lorient. En 2016, le LBCM est devenu une unité de recherche de l’IUEM.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

En 2012, le LBCM avait déjà un statut de laboratoire associé à l’IUEM. En 2016, il a concrétisé son intégration en devenant un laboratoire de l’IUEM et il est lié avec deux autres laboratoires à l’axe « Biotechnologies Marines ». C’est donc naturellement que moi aussi j’ai rejoint l’IUEM.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Ma spécialité est l’analyse chimique. Cette branche d’activité permet d’identifier des molécules et de pouvoir les quantifier. Je participe à des travaux de recherche avec des étudiants en masters, des doctorants, des post docs ainsi que des chercheurs sur des thèmes de caractérisation structurale qui consistent à identifier une molécule responsable d’une activité biologique.

Le LBCM est reconnu pour son expertise sur les biofilms. Le biofilm est un mode de vie bactérien. Au départ du développement d’un biofilm, les bactéries adhèrent à une surface et sécrètent une matrice qui les enveloppe et les protège de l’environnement extérieur. Ce mode de vie est sous le contrôle de signaux moléculaires qui permettent aux bactéries de synchroniser leur phénotype comme la sécrétion de matrice. Une partie de mon activité consiste à identifier et quantifier ces signaux moléculaires.

En plus de mes activités au laboratoire, j’ai la chance de pouvoir animer des travaux pratiques et des travaux dirigés pour des étudiants de licence et de première année de master. Ces enseignements portent sur la chimie, de la réalisation de dosages au développement de méthodes analytiques et pour les étudiants en master, sur une semaine d’initiation à la recherche.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Oui, j’ai une anecdote que je ne suis pas prête à oublier. J’ai l’opportunité d’enseigner. Pour un tout premier TD, je me rapproche de la salle d’enseignement, rentre dans la salle et, en voulant refermer la porte, je tire sur la poignée… qui me reste dans la main après que la porte se soit refermée. Je repense à tous les étudiants surpris d’être enfermés avec moi dans cette pièce. Sur le coup, ça m’a fait rire et a eu l’effet de laisser s’envoler le trac que j’avais.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

De manière générale, les meilleurs souvenirs professionnels sont les échanges motivés et bienveillants avec les étudiants et les chercheurs sur leurs projets de recherche.

Si je dois en retenir un, ce serait une réunion de travail pour le démarrage d’un projet.

Nous étions une quinzaine de personnes dans un gîte : étudiants de Master 2 et enseignants-chercheurs. Il y avait notamment une équipe de l’université de Rouen avec laquelle on collabore depuis plus de 10 ans. Après nous être répartis les missions, chaque chercheur travaillant sur une souche bactérienne particulière, nous avons passé un agréable moment de convivialité.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’aime beaucoup voyager et le sport tel que la course à pied ou le volley-ball. J’aime beaucoup l’Espagne, notamment Barcelone, l’Italie avec Rome et Lisbonne pour ses différents quartiers avec ses ambiances singulières.

As-tu une devise ?

Oui, je dirais qu’en recherche il faut aimer se poser des questions.
Et il y en a aussi une plus classique mais qui fait sens pour moi : « Ne remets pas à demain, ce que tu peux faire aujourd’hui ».

Crédit photos :

Ambre Gautier / UBO

Contact :

Laure Taupin / UBS

Les pôles à l’IUEM

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Un groupe de travail pluridisciplinaire « polaire et subpolaire » a été mis en place à l’IUEM. Il est coordonné par Anne Choquet, Brivaëla Moriceau, Emmanuelle Quillerou, Laurent Chauvaud, Laurent Geoffroy, Lois Maignien, Paul Treguer, Sally Close et Serge Suanez, avec l’aide de Claudie Marec et Dominique Simon.

La grande majorité des unités de recherche de l’IUEM sont impliquées dans des programmes de recherches polaires et subpolaires, en coopération avec leurs partenaires au niveau national (Ifremer, MNHN, IPEV,…) et au niveau international. Cet effort s’inscrit déjà dans la longue tradition des recherches polaires de l’UBO, lancée dès les années 1970 par des recherches en géomorphologie du Spitzberg et en océanographie chimique du secteur indien de l’océan Austral.

La création d’un axe transverse polaire par l’IUEM répond à une double exigence :

1- Favoriser les synergies interdisciplinaires entre les différentes unités de recherche de l’institut et de ses partenaires.

2- Favoriser l’implication des chercheurs de l’IUEM et de ses partenaires dans les grands programmes nationaux et internationaux.

Vous pouvez rejoindre ou suivre ces travaux ici.

 

Crédit photo :

Claudie Marec / CNRS

Contacts :

Claudie Marec / CNRS

Dominique Simon / CNRS

Les journées des jeunes géomorphologues organisées par le LETG

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Du 23 au 25 juin 2021, le laboratoire Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique a organisé les  journées des jeunes géomorphologues (JJG 2021 – Brest) qui se sont tenues à l’IUEM. Cette manifestation a été organisée sous l’égide de l’association 1901 du Groupe français de géomorphologie (GFG), dont l’organe de publication est la revue Géomorphologie : relief, processus, environnement. Le GFG représente la France au sein de l’IAG (International Association of Geomorphologist), organe international de la géomorphologie dans le monde qui regroupe une soixantaine de pays. Cette manifestation était soutenue par le LETG, le laboratoire LETG-Brest, le CNRS, l’UBO, l’EUR ISblue, et la chaire ArMeRIE de l’UBO.

Objectifs et organisation de ces journées

Les journées des jeunes géomorphologues s’adressent à tous les jeunes chercheurs français et internationaux intéressés par la géomorphologie, les géosciences de l’environnement et les risques associés. Les doctorants (ou docteurs depuis moins de 2 ans), étaient invités à proposer une communication (orale ou poster) sur l’ensemble des thèmes intéressant la géomorphologie. Cette manifestation donnera lieu à un numéro spécial de la revue Géomorphologie : relief, processus, environnement, dans lequel les communicants sont invités à proposer un article.

L’organisation de ces journées a été assurée par Serge Suanez, Pierre Stéphan, Pauline Letortu, et Alain Hénaff du laboratoire LETG. La journée de communication a eu lieu le mercredi 23 juin dans l’amphi A de l’IUEM ; elle était suivie de deux jours d’excursion les 24 et 25 juin dans le nord Finistère et les Côtes d’Armor.

Durant la première  journée de sortie de terrain (24 juin), les problématiques de conservation du milieu naturel (Natura 2000), des aléas (érosion / submersion) et de suivis morphologiques et hydrodynamiques ont été abordées. Sur le site de Plouescat, la gestion et la conservation de la baie de Goulven, ainsi que la géo-archéologie côtière de l’allée couverte de Kernic ont, entre autres, été étudiées. Le vendredi 25, la sortie de terrain s’est effectuée sur le sillon de Talbert (Pleubian, Côte d’Armor).

Crédits photos

Erwan Le Cornec / GEOS AEL

Dominique Halleux / Conservatoire du Littoral

Denis Mercier / GFG

Contact

Serge Suanez / UBO

 

Stefan Lalonde, chargé de recherche CNRS au LGO

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai effectué toutes mes études au Canada à l’Université McGill de Montréal et à l’Université d’Alberta à Edmonton. J’ai réalisé une licence en biologie cellulaire suivie d’un master en géomicrobiologie à Montréal puis une thèse en géochimie à Edmonton. Je voulais m’orienter vers la géochimie isotopique et j’avais fait dans ce but, une demande de financement post doc pour travailler avec un chercheur français reconnu : Olivier Rouxel qui était à l’Institut Océanographique de Woods Hole. J’ai eu mon financement avant la fin de ma thèse, et quand j’ai prévenu Olivier que j’allais pouvoir travailler avec lui, il m’a dit qu’il avait obtenu une chaire LabexMER à Brest. Je n’avais jamais entendu parler de cette ville, je pensais que c’était en Biélorussie. Je suis donc arrivé au LGO (anciennement LDO) pour le suivre. Le reste appartient à l’histoire.

Après 3 ans de post doc (financement CRNSG équivalent ANR pendant 2 ans), puis un an de post doc LabexMER, je suis rentré au CNRS en 2013.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Ce n’était pas mon choix à l’origine, j’avais choisi un chercheur plutôt qu’un lieu. J’ai découvert l’IUEM de manière assez inattendue, mais j’ai trouvé cet environnement tellement stimulant avec tous ces croisements interdisciplinaires. La région et les gens étaient en plus très sympas, donc finalement, j’étais plutôt content de mon déracinement.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Mes recherches sont centrées autour de la Terre primitive : les premiers 3 milliards d’années de l’histoire de la Planète où elle n’était encore qu’un monde microbien. Je m’intéresse plus particulièrement aux étapes clés dans l’évolution des grands cycles biogéochimiques que l’on connait aujourd’hui, ceux qui ont rendu notre planète habitable. Par exemple, quand est-ce que certains métabolismes sont apparus dans l’histoire de la planète ? Comment étaient les premiers océans, l’atmosphère et les surfaces continentales il y a des milliards d’années ? Comment fonctionnent les interactions entre la biosphère et la géosphère au cours des temps géologiques (milliards d’années) ?

Actuellement, j’ai des projets en cours sur l’initiation de l’usine carbonatée de la Terre il y a environ 3 milliards d’années. Comprendre la capacité de la biosphère à faciliter la précipitation des minéraux carbonatés est très important. Les sédiments carbonatés contiennent plus de 100 000 fois plus de CO2 que l’atmosphère. Aujourd’hui, les Bahamas sont constituées de 7 km de CACO3 quasi pur, ce qui représente un réservoir de CO2 60 000 fois plus important que le réservoir atmosphérique actuel. La capacité de la biologie à promouvoir la précipitation de ces minéraux est essentielle pour la régulation planétaire. La tendance naturelle des corps planétaires est de dégazer au cours des milliards d’années, et sur Terre, c’est la production et l’éventuelle subduction des roches carbonatées qui forment le bilan de carbone. Dans l’atmosphère de Vénus, qui est saturée en CO2 et sous haute pression, il n’y a jamais eu cette production de carbonate, et on comprend alors ce que pourrait devenir une planète sans cette usine carbonatée que nous observons sur Terre. Un de mes projets consiste à comprendre ce qui est à l’origine de ce processus de dégazage et de réintégration des sédiments carbonatés dans le manteau. Ces mêmes microbes sont responsables en partie de l’accumulation de l’O2 dans l’atmosphère et c’est aussi un de mes sujets de recherche que j’exploite grâce au projet EARTH BLOOM 2017-2022.

Stefan Lalonde présente lors du passage du G7 à Brest

Je suis également co-porteur d’un projet ICDP (International Continental Drilling Program) qui vise une séquence sédimentaire de 3,2 gigannées en Afrique du Sud et qui représente le premier environnement côtier préservé sur la planète. En 2018, mon équipe a découvert des tapis microbiens fossilisés dans des rares sédiments fluviatiles à la base de ce dépôt qui constituent la première et plus ancienne preuve d’une biosphère terrestre (émergeant de l’océan). C’est difficile de partager à quel point la Terre était différente à cette époque : une atmosphère sans aucune trace d’oxygène, un quasi « water world » avec très peu de continents émergés, des océans à potentiellement 60°C, une incidence d’UV solaire très élevée, une lune jusqu’à 30% plus proche de la surface terrestre et avec des marées gigantesques correspondantes. Pour moi, travailler sur ces périodes de temps-là, les étudier et comprendre le fonctionnement de la biosphère à l’époque, c’est presque comme regarder la vie sur une autre planète.

En parallèle, j’adore enseigner. J’interviens régulièrement en L3 dans le module « Évolution », en M2 géosciences marines, ici à l’IUEM, dans le module « Paléo-environnement et ressources minérales » et j’enseigne aussi une grosse partie du module « Océans et climat » pour le master de chimie marine.

Je suis également coordinateur scientifique du PSO pour l’IUEM  et l’un des coordinateurs du Thème 2 ISblue : interactions Océan Terre. Je suis co-directeur de l’équipe Cyber de la future UMR Géo-Océan. Je suis aussi chaire adjoint du comité scientifique du programme ICDP et j’organise les séminaires LGO. J’étais coordinateur de l’axe 3 du LabexMER.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Quand j’étais en thèse au Canada, tous les ans le labo prenait un stagiaire pour 2 mois de recherche. Et à la fin du stage, le ou la stagiaire réalisait un poster récapitulatif. Ce coup-ci, on avait une stagiaire et pendant son premier jour, sa première mission était de s’occuper de la vaisselle du labo. Il fallait plonger les ustensiles dans de l’acide, puis rincer, re-remplir le bac en acide et tout recommencer dans l’autre sens. Et elle était tellement stressée de son premier jour qu’elle s’est évanouie devant le bac d’acide. Juste avant de tomber, elle s’est mise à parler avec difficulté, je n’ai vraiment pas compris. Je me suis dit que j’avais tué ma stagiaire. Je suis sorti pour demander du secours, et quand je suis revenu, elle était en train de se réveiller et elle m’a dit « Mais qu’est-ce que tu fais dans ma chambre ? »

Une fois où l’on faisait une sortie de terrain en hydravion au Nord du Canada dans un endroit très difficile d’accès, le pilote qui venait nous chercher nous a déclaré qu’il en avait marre, que les avions n’étaient pas entretenus, qu’il craignait pour sa vie et qu’il fuyait le village le soir-même. Il nous a même demandé s’il était possible qu’on le cache le temps de repartir le lendemain parce que son responsable était dangereux. Pour preuve, il l’attendait armé à l’aérodrome le lendemain.
Enfin, j’étais en Afrique du Sud avec Pierre Sansjofre, on traversait la montagne. C’était magnifique, elle était constituée de 2 km de sable de la première plage de la terre, avec des tapis microbiens fossilisés partout dans le sable. Le haut de la montagne était perdu dans le brouillard, on voyait à peine 10 m devant nous. Tout d’un coup, Pierre me prend par le manteau et me jette violemment sur le côté. J’étais à 2 doigts de marcher sur un serpent très venimeux. Il m’a sauvé la vie ce jour-là.

Stefan Lalonde et Pierre Sansjofre

J’étais avec un étudiant en master sur une île caribéenne : Los Roques, au large du Vénézuela. Les chefs de mission sont venus une semaine sur les deux semaines de terrain. À la fin de la mission, nous devions charger des kilos d’échantillons dans un avion en direction de Caracas. Mais il n’y avait pas de véritable aéroport, c’était en réalité une sorte de cabane pas plus grande qu’une baraque à frites. On devait prendre l’avion pour Caracas puis rentrer au Canada, et à Caracas on devait envoyer les échantillons au Canada via un transporteur. L’homme qui était en charge de « l’aéroport » nous a dit qu’il était impossible de monter dans l’avion avec les quelques 100 kg d’échantillons, que c’était trop lourd. Donc j’ai donné ma carte bleue à l’étudiant pour qu’il puisse monter dans l’avion avec les échantillons, et une fois à Caracas les envoyer vers le Canada. J’ai regardé l’avion partir sans moi. Je suis resté à côté de la piste en attendant qu’un avion ait de la place pour me ramener à Caracas, je ne parlais pas un mot d’espagnol et n’avais plus ma carte bancaire sur moi. Finalement en arrivant à Caracas, qui était l’une des principales plaques tournantes de la drogue d’Amérique Centrale, j’ai été pris dans un contrôle anti-drogue et ai failli rater l’avion. Quand finalement, les militaires ont vu le permis que j’avais sur moi, signé du Ministre de l’Intérieur vénézuélien qui expliquait mes recherches, ils m’ont tout de suite rapatrié à l’avion qui m’avait attendu.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Ils sont multiples et tournent tous autour des moments que j’ai passés sur le terrain. Il y a une camaraderie incroyable lorsqu’on est en mission et que l’on met sa vie dans les mains de son coéquipier. Nos vies dépendent les unes des autres. C’est puissant comme dynamique. Les endroits que j’ai visités et les choses très rares et si exceptionnelles que j’ai eues la chance de voir, font toutes partie de mes plus beaux souvenirs de boulot.

Le haut des montagnes rocheuses, les systèmes hydrothermaux du désert d’Atacama au Chili avec les alpagas et les flamants roses, les lacs gelés au Nord du Canada, les plus anciennes traces de vie sur terre en Afrique et en Australie, les séquence de terre boule de neige dans la Vallée de la Mort (Etats-Unis) et les grands espaces vides d’humanité au Nord du Canada : c’est tout ça mes plus beaux souvenirs. Je me sens super chanceux, j’ai l’impression d’en avoir déjà eu pour toute une vie dans ma jeune carrière.

J’ai aussi eu le plaisir de travailler avec des jeunes chercheurs et chercheuses exceptionnels, et c’est une de mes motivations premières le matin quand je me lève.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Ma vie s’est déroulée en deux temps. Et oui les vidéos et images de Stefan Lalonde, le skateboarder semi professionnel, c’est bien moi. Je recevais plein de matériel de sponsors, des fringues, c’était assez dingue. Maintenant que mon corps ne me soutient plus, pour retrouver ces sensations fortes, je construis des drones de course et d’acrobatie et je vole avec. À part ça, j’aime beaucoup l’astronomie et l’astrophotographie.

As-tu une devise ?

« Not my first rodeo! ». Je dis ça souvent pour faire comprendre aux gens de ne pas s’inquiéter et que ce n’est pas la première fois que je fais telle ou telle chose.

 

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Stefan Lalonde / CNRS

Le CNRS intensifie son engagement pour la sauvegarde de l’océan

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En janvier dernier, lors d’un colloque de la Task Force Océan du CNRS, quatre groupes de travail rassemblant plus de 100 chercheurs CNRS ont fait ressortir la nécessité de caractériser, d’anticiper et d’accompagner les changements auxquels l’océan est aujourd’hui confronté. C’est dans cette optique d’interdisciplinarité propre aux différents instituts du CNRS que le Groupement De Recherche Océan et MERs a été créée. Lancé pour une durée de 5 ans, le GdR Omer devrait mobiliser en tout, 4 à 5 000 chercheurs, dont 1 000 dès le mois de septembre.

Mené par Laurent Chauvaud, directeur du GdR et chargé de missions Océans auprès de la Direction générale déléguée à la science du CNRS, le groupe de travail entend faire émerger des recherches interdisciplinaires, et aborder l’océan par le prisme des sciences dites « dures » ainsi que par celui de la philosophie, la sociologie, la biodiversité et bien d’autres encore. Alix Levain et Marie Bonnin font partie du Comité Scientifique du GdR. Marie est également membre du bureau.

Structuré en quatre axes et centré sur l’océan et les mers, il évoluera autour de cinq missions principales :

  • l’animation de la communauté scientifique française
  • la coordination des activités de recherche autour de l’objet « Océan »
  • la veille scientifique
  • la formation des professions pour le développement de la recherche
  • la valorisation et la diffusion des travaux sur les mers et l’océan.

Le premier axe thématique concerne les perceptions et représentations de l’océan, allant de son potentiel d’inspiration et d’innovation jusqu’à sa valeur patrimoniale. Il vise à renforcer les liens qui unissent les sciences de la mer à la société. Le second se concentre sur la caractérisation et le diagnostic des systèmes marins. Il vise à explorer de nouveaux outils et approches capable d’améliorer la quantification et la caractérisation de l’état actuel de l’océan. Le troisième s’appuie sur la modélisation locale et globale de l’océan et de son évolution. La modélisation océanique étant aujourd’hui en plein essor, elle reste cependant limitée par les connaissances actuelles, les méthodes numériques… Enfin, le quatrième et dernier axe tournera autour de la conservation, de la préservation et de la gestion durable des socio-écosystèmes marins. Il s’agira notamment de proposer des actions centrées sur les aires marine protégées (AMP), l’économie bleue ou encore les changements d’usage.

 

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Marie Bonnin / IRD

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Laurent Chauvaud / CNRS

Marie Bonnin / IRD