Séminaire CytoMERtrie

Mardi 15 novembre à l’IUEM (Plouzané) s’est tenu le séminaire CytoMERtrie organisé par les plateformes CYTOMER du LEMAR (Christophe Lambert & Nelly Le Goïc) et HYPERION du LBAI (Nadège Marec & Pierre Pochard). Grâce à la demi-douzaine de présentations d’intervenants brestois, roscovites ou nantais, la diversité et l’évolution des techniques d’analyse par cytométrie en flux en milieu marin ont été dessinées. Un focus particulier a été porté sur les techniques et les applications du tri cellulaire par cytométrie en flux.

Plus de 60 personnes ont pu assister au séminaire. Venues de Brest et sa région mais aussi de Quimper, Lorient, Vannes, Roscoff, Saint-Pol-de-Léon, elles représentaient entre autre l’UBO, l’UBS, le CNRS, l’ANSES, l’Ifremer ou le CHU de Brest. Le séminaire était également accessible en visio-conférence, ce qui a permis à des participants de Sète, Marseille, Monaco, Banyuls, Wimereux ou Lille de suivre les débats.

Cette demi-journée de séminaire aura permis de percevoir le potentiel évolutif de la cytométrie en flux pour l’étude des modèles et écosystèmes marins et de mieux connaître les forces en présence dans le Finistère en terme de technologies disponibles et d’expertises spécifiques.

Pas de doute que ce séminaire sera à l’origine de collaborations et de projets futurs au service des enjeux de la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins dans un environnement changeant et contraint.

Focus sur le LEMAR dans un reportage d’IRD le Mag’

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Nous avons eu la chance, il y a quelques semaines, d’accueillir dans notre laboratoire l’équipe d’IRD le Mag’, venue voir ce qu’il se passait d’intéressant à la pointe bretonne.

Ils ont pu rencontrer plusieurs de nos collègues « IRDiens », découvrir leurs projets de recherche aux quatre coins du globe et voir comment les analyses sont conduites au sein de nos plateformes techniques.

Au final, un long reportage vient d’être publié sur le site web IRD le Mag’. Intitulé LEMAR : révéler les richesses des mers et des océans, il mêle des textes et de nombreux films.

Au sommaire :

  • Isotopes stables et chaînes alimentaires
  • Phytoplancton, sardines et raréfaction des oméga-3
  • L’arche, un coquillage témoin du temps
  • Éponges, substances bioactives et médicaments de demain
  • Échographie de la colonne d’eau

Bonne lecture et bons films !

Le déclin global de la faune pélagique dans un océan plus chaud

Nos collègues de la plateforme acoustique active ont participé, avec des collègues de Marbec, d’Entropie, du LOPS du CESAB-FRB et de l’Instituto Humboldt de Investigación Marina y Acuícola (Lima, Peru)  a un article publié le 29 septembre 2022 dans Nature Climate Change, et qui met l’accent et précise le risque de déclin de la faune marine dû au réchauffement climatique.

Résumé

Selon les simulations d’écosystèmes, la faune pélagique devrait être affectée par le changement climatique. Cependant, la direction et l’ampleur de cet impact restent incertaines et ne sont toujours pas corroborées par des études statistiques basées sur l’observation. Ici, nous compilons une base de données mondiale de sonars sous-marins et 20 projections du climat océanique pour prédire la distribution future de la faune diffusant le son dans les océans du monde. Nous montrons que la faune pélagique mondiale sera sérieusement compromise d’ici la fin du XXIe siècle si nous continuons à suivre le scénario actuel d’émissions à effet de serre. Les latitudes basses et moyennes devraient perdre de 3 à 22 % de leur biomasse animale en raison de l’expansion des systèmes peu productifs, tandis que les latitudes plus élevées seraient peuplées par la faune tempérée actuelle, ce qui corrobore les résultats des simulations d’écosystèmes. Nous montrons en outre que des mesures d’atténuation énergiques visant à contenir le réchauffement planétaire en deçà de 2 °C permettraient de réduire ces impacts de moins de la moitié.

Echogramme enregistré à 38 kHz, fréquence la plus couramment utilisée pour étudier la faune mésopélagique (dominée par les petits crustacés, poissons, mollusques et une variété de gélatineux), montrant la densité des organismes marins dans la colonne d’eau entre la surface et 800m (en jaune-vert de fortes densités, en bleu-blanc de faibles densités).
Les organismes du micronecton (1 to 20 cm) sont majoritairement en surface la nuit et en profondeur le jour. Ils réalisent une migration verticale au lever et au coucher du soleil.
Cet enregistrement correspond à 24h de données collectées en Atlantique tropical en mars 2015 lors de la campagne PIRATA à bord du N/O Thalassa.

 

 

Le Mag IRD a consacré un article très complet à cette publication

Référence

Ariza, A., Lengaigne, M., Menkes, C. et al. Global decline of pelagic fauna in a warmer ocean. Nat. Clim. Chang. 12, 928–934 (2022).

https://doi.org/10.1038/s41558-022-01479-2

 

Retrouvez l’article sur Nature Climate Change.

Séminaire CytoMERtrie, le 15 novembre 2022

Christophe Lambert et Nelly Le Goïc du LEMAR, Nadège Marec et Pierre Pochard (Plate-forme HYPERION, LBAI UMR1227, hôpital Morvan Brest), organisent le séminaire « CytoMERtrie » le 15 novembre prochain de 13h30 à 17h00, au Télé-Amphithéâtre du PNBI.

Venez y découvrir, aux travers de 7 présentations, la cytométrie en flux, le tri cellulaire, la cytométrie spectrale et de nombreux exemples d’applications.

Téléchargez ici le programme détaillé.

Inscription gratuite mais obligatoire par mail à Christophe Lambert ou Nadège Marec dans la limite des places disponibles.

PPP, point d’étape septembre 2022

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1/ Suivi de la contamination en zones côtières

Les campagnes d’échantillonnage des débris flottants se poursuivent dans la baie de Douarnenez et la rade de Brest, 2 des 7 zones pilotes du projet PPP. Cinq campagnes ont d’ores et déjà été réalisées et quatre campagnes ont été entièrement traitées et analysées au laboratoire et ont alimenté une base de données commune aux 7 sites pilotes. Tom Rainbow a été recruté en tant qu’assistant ingénieur pour 6 mois afin de réaliser les analyses des campagnes restantes conjointement avec Clémentine Labbé. Le LEMAR a également accueilli en juin et septembre 2022, Hippolyte Leroux en poste à la station Ifremer de Port-en-Bessin pour l’analyse des campagnes d’échantillonnage réalisées dans la zone pilote de la baie des Veys.

Enfin, le LEMAR soutient également les journées de science participative « Objectif Plancton ». Cette journée organisée par Océanopolis en rade de Brest 3 fois par an permet la collecte d’échantillons de plancton et microplastiques sur plusieurs points simultanés de la rade de Brest, constituant un jeu de données unique, tout en sensibilisant les plaisanciers aux enjeux de la pollution plastique et du réchauffement climatique. Cinq campagnes ont été réalisées entre juin 2021 et septembre 2022 : deux d’entre elles ont été analysées lors du stage de master 2 de Léopold Verdier. Les résultats seront présentés lors d’une soirée de restitution à Océanopolis le 25 novembre en présence des plaisanciers participants.

2/ Étude des impacts écologiques

Un article scientifique publié dans le Journal Marine Pollution Bulletin est disponible ici. Ce travail a consisté à évaluer les impacts écophysiologiques des molécules chimiques relarguées par des pneumatiques neufs et usagés sur de jeunes huîtres. Les résultats montrent que ces composés ont modifié le comportement écophysiologique de l’huître : une réduction de leur prise alimentaire de moitié et de leur respiration de 16 %. Le calcul d’un indice nommé « potentiel de croissance » qui renseigne sur l’état énergétique de l’animal, suggère une perturbation de plus de moitié de l’équilibre énergétique de l’animal par rapport à des huîtres témoins non exposées. De cet équilibre dépend l’énergie que l’animal peut investir dans ses fonctions de croissance et de reproduction ce qui demande des études des effets à long terme des produits chimiques libérés par les pneumatiques sur les huîtres, et en particulier sur leurs performances de croissance et de reproduction.

3/ Sobriété, tri et recyclage de plastiques

Après la mise en place d’îlots de tri multi-flux, du recyclage des mégots de cigarette et l’installation de fontaines à eau, les actions déployées par le CNRS au sein de l’IUEM et par l’Ifremer se portent à présent sur les déchets plastiques non-souillés générés par les activités de recherche des laboratoires (e.g. tubes à centrifuger, cônes, flacons…).

Fruit de la collaboration entre le CNRS et l’UBO Open Factory, le projet « Lab’Oucle : La seconde vie des plastiques de laboratoires » est testé depuis janvier 2022 au sein de l’IUEM. Cette expérimentation vise à créer et pérenniser une filière locale de recyclage des plastiques de laboratoire non-souillés et d’utiliser ces déchets plastiques afin de créer des objets utiles et durables pour le laboratoire. Ainsi, en 8 mois, plus de 110 kg de plastiques rigides non-contaminés ont été collectés au sein du BEEP, du Géo-Ocean et du LEMAR puis broyés et transformés grâce aux machines de l’UBO Open Factory en nouveaux objets utiles au laboratoire (e.g. portoirs pour tubes, mobilier). A terme, ce processus permettra de limiter l’achat d’items plastiques neufs dans les laboratoires et démontre une liberté d’actions dans la création. Prochaines étapes ? Consolider, simplifier et structurer le tri des plastiques au sein de laboratoire pour automatiser davantage la collecte.

De son coté l’Ifremer a entrepris une démarche similaire avec l’entreprise Rehab basée à Concarneau, qui réalise le broyage de nos plastiques collectés pour concevoir des plaques et en faire du mobilier. Durant le premier semestre 2022, 54 kg ont été ainsi traités via la collecte de deux laboratoires tests. Ceci devrait maintenant pouvoir être déployé à l’ensemble des laboratoires du centre Ifremer.

A l’occasion de la journée mondiale de l’océan, le 8 juin 2022, l’équipe du projet PPP a soutenu l’association étudiante Sea Ti Zen dans l’organisation d’un ramassage de déchets sur le Technopôle. L’appel lancé par Sea Ti Zen a mobilisé 26 personnes, étudiants et personnels du Technopôle. Après une heure de ramassage, ce sont 31 kg de déchets qui ont été collectés par les volontaires. Du plastique, du verre, une vingtaine de masques et près de 500 mégots de cigarette ont notamment été ramassés et catégorisés suivant le protocole européen OSPAR dans le but de contribuer à l’un des objectifs du projet PPP qui est de retirer 200 tonnes de plastiques du milieu naturel.

 

4/ Sciences et société

Deux évènements d’envergure nationale ont été organisés sur Brest en juin 2022 en lien notamment avec PPP.

La conférence scientifique Polymères et Océans s’est tenue à la salle de spectacle Brest-Arena les 27, 28 et 29 juin 2022, dont Ifremer et CNRS avaient la responsabilité de l’organisation. Elle a été un réel succès. Elle a rassemblé 169 participant.e.s. Même si l’évènement est national et les communications majoritairement en français, 5 pays autres que la France, étaient représentés, le Royaume-Uni, la Belgique, la Côte d’Ivoire, le Portugal, et la Nouvelle-Zélande. Au total, 64 communications orales et 45 communications affichées ont été dispensées autour de cinq thèmes principaux. Ces rencontres ont permis de réunir une très large part de la communauté scientifique française travaillant sur la thématique des plastiques en mer et le long du continuum terre-mer, afin de partager les nouvelles connaissances sur les enjeux et les impacts liés à cette pollution. Les communautés des environnements sol et air commencent également à nous rejoindre, indispensables pour la réalisation de bilans complets de la contamination environnementale. De très belles présentations ont été données, montrant des avancées scientifiques et méthodologiques significatives, par exemple autour de la mesure des nanoplastiques dans l’environnement, de caractérisations de flux de déchets plastiques de l’eau douce vers l’Océan, ou des études éco-toxicologiques comme l’impact des particules de pneus ou de fibres textiles sur les coquillages. Ces journées démontrent que la communauté nationale a atteint une maturité et que l’interdisciplinarité devient le fondement de nos approches.

Les journées opérationnelles « Plastiques, changement de cap ! » pour lesquelles le LEMAR était dans le comité de programmation (https://www.rencontres-plastiques.com/) qui ont rassemblées près de 550 personnes sur deux jours. avec pour objectif de se tourner vers l’avenir et les solutions pour endiguer ou limiter ce problème de surconsommation de plastiques et de mauvaise gestion de fin de vie qui contaminent les environnements.