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Virginie Dupont, Enseignante-chercheure en chimie au LBCM à l’UBS

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Jusqu’au DEA de chimie fine, j’étais à l’UBO. J’ai fait une thèse à l’Ecole nationale supérieure des industries chimiques (ENSIC) à Nancy. Mon sujet portait sur la synthèse et l’analyse structurale des N-hydroxy peptides. Il s’agissait de faire de la synthèse de petits peptides de façon à remplacer la liaison amide biodégradable par un groupe plus résistant aux attaques enzymatiques. L’objectif était de favoriser certaines conformations de la molécule pour influencer les propriétés structurales des peptides afin d’intervenir sur la reconnaissance macromoléculaire de protéines. Le sujet était très fondamental. J’utilisais beaucoup la résonance magnétique nucléaire (RMN), la diffraction par les rayons X et la spectroscopie infrarouge pour des études  conformationnelles. Après un poste d’ATER à Nancy pendant un an, j’ai été recrutée sur un poste de Maître de conférence à l’UBO fléché UBS en 1994. A ce moment-là, il n’y  avait qu’un laboratoire d’analyse de l’eau, d’hygiène publique et industrielle et j’ai travaillé sur les phénomènes de métabolisation des rejets industriels et des lixiviats de déchets (jus des ordures ménagères) pendant un an. Puis j’ai intégré le LBCM (Laboratoire de Biologie et Chimie Moléculaire) en 1995. Entre 1996 et 2001, je suis partie à Nantes au laboratoire de synthèse organique (CEISAM) pour des raisons scientifiques et pour rapprochement de conjoint. Je suis ensuite revenue à l’UBS et j’ai intégré le laboratoire d’ingénierie des matériaux de Bretagne (LIMATB), qui est devenu l’Institut de recherche Dupuy de Lôme. J’ai aussi un peu travaillé avec les collègues du  LGO et j’ai réintégré le LBCM en 2015. Je suis professeure depuis 2018.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

En étant que chercheure associée au LBCM, j’ai intégré l’IUEM en même temps que le LBCM.  

Que fais-tu à l’IUEM ?

D’une part, je suis chercheure associée dans l’équipe de valorisation des ressources biologiques et des molécules marines. Mes compétences portent sur l’extraction de métabolites primaires et secondaires à activité biologique. Ce sont, par exemple, des molécules sécrétées par des algues (lipides ou sucres).

D’autre part, j’enseigne la chimie organique et l’analyse physico-chimique. Depuis 2012, j’assure entre 60 et 96 heures auprès des étudiants de licence et principalement en TP. En effet, de mon point de vue, c’est l’enseignement où les interactions avec les étudiants sont les plus importantes.

Parmi mes autres activités, j’ai été doyen de la fac de sciences de 2006 à 2012 et depuis 2012, je suis 1ère Vice-présidente en charge du conseil d’administration, des ressources humaines, des finances et du patrimoine. Entre 2016 et 2019, j’ai été Vice-présidente Cohésion à l’Université Bretagne Loire. Je suis aussi présidente de l’association nationale des Vices-présidents du conseil d’administration des universités depuis 2016 et candidate à la présidence de l’UBS de mars prochain !


 

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Un plaisir toujours renouvelé à enseigner, malgré les responsabilités et qui se nourrit des commentaires des étudiants : « Madame, surtout n’arrêtez pas ! »

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Cuisiner pour faire plaisir, faire du sport (course, natation) et découvrir de nouveaux horizons !

As-tu une devise ?

Une devise que je partage avec un brestois que l’UBO connaît bien : « Tout seul on va plus vite, ensemble on va plus loin ».

Et « Carpe diem ».

 

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Olivier Pleyber

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Virginie Dupont

Sylvain PETEK, Chercheur IRD en chimie des substances naturelles marines au LEMAR

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait une thèse en chimie de synthèse organique, sur la conception de molécules à visée antibactérienne (pour faire simple) que j’ai obtenue en 2003 à Nancy. Ensuite, j’ai poursuivi par un postdoc à Gif-sur-Yvette à l’Institut de chimie des substances naturelles (ICSN) pendant 2 ans, dans l’équipe de Christiane Poupat et Alain Ahond. J’ai d’abord travaillé sur la synthèse d’analogues de la girolline (molécule extraite de Cymbastela cantharella, une éponge de Nouvelle-Calédonie) aux propriétés anticancéreuses et anti-plasmodiales (Plasmodium, parasites responsables du  paludisme). J’ai ensuite pris part à l’étude d’une autre éponge de Nouvelle-Calédonie, Homophymia sp., pour contribuer à l’isolement et à l’identification des homophymines (peptides cycliques, composés d’acides aminés « atypiques »), aux propriétés anti-VIH.

Pendant mon postdoc, j’ai eu l’opportunité de suivre une formation CNRS pour passer mon Certificat d’Aptitude à l’Hyperbarie (CAH), me permettant ainsi d’utiliser la plongée dans le cadre professionnel. Cette année-là, elle était organisée à la Station biologique de Roscoff et m’a permis de faire connaissance avec des plongeurs de l’IUEM (Gérard Thouzeau, Erwan Amice, Jonathan Fly Ste Marie…) que je retrouverai 10 ans plus tard.

Pendant ma dernière année à l’ICSN, j’ai passé plusieurs concours d’universités (MCF) et d’organismes de recherche (IR et CR). J’ai ainsi été recruté à l’IRD en 2006 sur un poste de chercheur en chimie des substances naturelles marines affecté en Nouvelle-Calédonie, pour mener, avec ma collègue Cécile Debitus, différents programmes dans le Pacifique Sud (Nouvelle-Calédonie, Iles Salomon et Fidji), principalement focalisés sur les spongiaires. Après 4 ans passés sur le « Caillou », je l’ai rejoint en Polynésie de 2010 à 2014. J’ai continué à travailler sur la même thématique pour d’une part contribuer à une meilleure connaissance de la biodiversité marine polynésienne, et d’autre part explorer des pistes de valorisation de ces organismes en santé humaine et/ou en aquaculture, avec nos collaborateurs. Pendant cette période, nous avons  notamment exploré les 5 archipels (répartis sur une surface équivalente à celle de l’Europe), pour réaliser  un inventaire le plus exhaustif possible des éponges de Polynésie. Cela représente 8 campagnes océanographiques, quelques 200 espèces inventoriées, dont 30% seraient endémiques.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Après 4 années en Polynésie, mon expatriation arrivant à son terme et mon unité d’alors (EIO) n’ayant pas d’implantation en métropole, il me fallait intégrer un laboratoire dans le domaine marin, ayant pour tutelle l’IRD, dans le cadre duquel j’allais pouvoir poursuivre mes travaux. Etant donné les thématiques de recherche du LEMAR et les collaborations que j’avais déjà eues par le passé avec certains chercheurs du laboratoire, le choix s’est fait tout naturellement.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Côté recherche, je continue mes travaux, principalement sur les éponges du Pacifique Sud. Ces études pluridisciplinaires, à l’interface entre la biologie marine, la chimie des substances naturelles, l’écologie chimique et la santé peuvent s’avérer très longues. En parallèle, avec Valérie Stiger, Solène Connan et  Mayalen Zubia (ex-Biodimar, maintenant MCF en Polynésie), je participe à l’étude des macroalgues polynésiennes.

Cela passe par la participation ou l’organisation de campagnes océanographiques, l’échantillonnage en plongée, le traitement et les analyses chimiques des organismes, les tests biologiques en collaboration avec d’autres équipes et la gestion de notre « banque » d’échantillons d’organismes marins (poudres lyophilisées et extraits) qui sont ici en collection.

Au travers de nos travaux, l’objectif est de répondre à des problématiques locales, que ce soit pour améliorer les connaissances de la biodiversité et sa conservation, contribuer au développement de nouvelles filières économiques durables, ou la découverte de nouvelles solutions en santé humaine et animale. Concernant la Polynésie par exemple, nos travaux se focalisent notamment sur la recherche de solutions contre le diabète, le mélanome et les pathologies de l’aquaculture tropicale (collab. Ifremer du Pacifique). Concernant les données acquises sur la biodiversité des spongiaires, afin de les rendre accessibles facilement à tout un chacun, nous avons développé et mis en ligne un guide des éponges de Polynésie ouvert au public.

Tous ces travaux réalisés avec de nombreux partenaires, génèrent énormément de données, de diverses natures, sur une échelle de temps parfois longue. Avec Adrien Cheype, un collègue informaticien de Nouméa, nous avons développé Cantharella, un outil sous licence libre, dédié aux travaux sur les substances naturelles, pour faciliter la pérennisation, l’exploitation et le partage des données entre collaborateurs d’un projet, mais également avec les collectivités d’où proviennent les organismes étudiés dans le cadre des démarches APA (Accès et partage des avantages). En ce qui me concerne, j’administre l’instance de l’IRD.

Concernant l’APA, dès lors que l’on échantillonne des organismes à des fins de recherche, voire de valorisation, ces démarches sont à mettre en œuvre. Ce qui relevait initialement de l’éthique, visant à un retour (scientifique, monétaire ou non…) juste et équitable des résultats de la recherche, vers les collectivités d’où proviennent les organismes étudiés, est devenu réglementaire, suite à la ratification du protocole de Nagoya en 2014 et sa traduction dans la loi française en 2016.

Du point de vue enseignement, j’interviens quelques heures dans le Master SML, parcours biologie des organismes marins en écologie chimique en M1 et en valorisation des organismes marins en M2.

Je suis membre élu au CA de l’IUEM (collège B) et au conseil de laboratoire du LEMAR. Je suis également co-animateur de l’axe Sud du LEMAR.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Ça n’est pas vraiment une anecdote, mais plutôt un fait marquant en ce qui me concerne. C’est le souvenir de ma première campagne embarquée en 2007, à bord de l’Alis (N/O de l’IRD), pour une campagne de bioprospection dans l’archipel des îles Fidji. Un peu comme la concrétisation des aventures de l’équipe Cousteau, que je suivais assidument plus jeune et qui m’avaient conduit à la pratique de la plongée.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Là encore ça n’est pas vraiment un souvenir en particulier, ça serait plutôt l’opportunité d’aller explorer des endroits où peu de personnes sont allées, la découverte d’une nature sauvage et parfois inconnue, de paysages, d’environnements et de cultures très différentes…

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La photo en général, qu’elle soit sous-marine ou pas, qui vient comme un prolongement naturel de mon attrait pour la nature, la découverte de nouvelles cultures, de nouveaux paysages.

As-tu une devise ?

J’en ai plusieurs en fait, l’une d’elles vient des Shadoks et trouve un écho particulier en recherche : « En essayant continuellement on finit par réussir, donc plus ça rate, plus on a de chances que ça marche ».

Crédits photos

Sylvain Petek / IRD

Eric Folcher

Raymond Proner

Fabrice Charleux

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Sylvain Petek

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Chimie et Sciences du Vivant

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Master SML

Chimie et Sciences du Vivant

Au sein de l’IUEM, cette mention est adossée au Laboratoire des sciences de l’environnement marin (LEMAR/UBO – CNRS – IRD – IFREMER) et au Laboratoire Géosciences Océan (LGO/UBO – CNRS – IFREMER – UBS). Les deux laboratoires réunis comptent une cinquantaine d’enseignants-chercheurs et de chercheurs susceptibles de participer aux enseignements et/ou de proposer des stages aux étudiants.

Ce master du domaine Sciences de la Mer et du Littoral prépare de jeunes scientifiques au doctorat avec une forte coloration en chimie marine et en chimie analytique. Il permet également aux diplômés de s’insérer dans un cursus d’écoles d’ingénieurs ou d’intégrer directement le milieu professionnel.

Les métiers visés suite à la formation sont divers : enseignant-chercheur de l’enseignement supérieur, chercheur dans les organismes de recherche, cadre supérieur en environnement, expert pour les services de l’état, chargé de mission auprès des collectivités territoriales…
Les environnements professionnels qui accueillent ces nouveaux diplômés sont les universités, les centres de recherche, les bureaux d’étude en chimie et/ou en environnement, les laboratoires d’analyses chimiques et de contrôle de qualité et les organismes de la fonction publique.

Parcours

Chimie de l’Environnement Marin

A la suite de ce parcours, le diplômé :

  • dispose d’une solide formation en chimie théorique et appliquée et maîtrise les concepts fondamentaux de la chimie marine
  • possède des connaissances spécifiques en biologie marine, en océanographie physique et en géosciences marines qui lui permettent d’aborder la pluralité des mécanismes qui gouvernent le fonctionnement des écosystèmes marins.
  • a la capacité à utiliser et interpréter les résultats issus de techniques d’analyse modernes (Spectrométrie de masse, ICP-MS, CPG, HPLC, spectroscopie, techniques électrochimiques)
  • est capable d’avoir une démarche scientifique autonome visant à répondre à une problématique environnementale (état d’un écosystème, prévision de son évolution) en mettant en œuvre les techniques d’échantillonnage sur le terrain, les protocoles expérimentaux en laboratoire, et en interprétant les données obtenues.
  • a une capacité de synthèse des documents scientifiques écrits et oraux.

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Voir la fiche formation sur le catalogue officiel de l’UBO

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