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Élodie Fleury, Chercheur Ifremer en écophysiologie au LEMAR

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Je suis diplômée d’une école d’ingénieurs, l’INSA de Lyon, spécialité bioinformatique et modélisation. J’ai réalisé mon stage de fin d’études à l’Ifremer de Tahiti pour caractériser l’expression et la fonction de gènes impliqués dans la formation de la structure de la nacre chez l’huître perlière, ce qui m’a donné envie de poursuivre en thèse. J’ai donc fait un doctorat à l’Ifremer de Brest sur l’exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d’huîtres creuses résistantes et sensibles à la mortalité estivale avec Arnaud Huvet à l’issue de ce stage. Ce travail a contribué au développement d’outils de génomique spécifiques à l’huître Crassostrea gigas. Plus précisément, un séquençage a été réalisé, permettant l’obtention d’environ 30 000 gènes assemblées dans une base de données et 10 000 d’entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADN spécifique de C. Gigas, permettant la comparaison transcriptomique des lignées d’huîtres Résistantes et Sensibles à la mortalité estivale. Après cette thèse, j’ai fait un contrat postdoctoral de 8 mois au LEMAR pour savoir si la reproduction engendre un stress oxydatif et énergétique chez l’huître, via l’étude de plusieurs marqueurs dédiés durant un cycle complet de reproduction. Puis j’ai fait un autre post doc à l’Université de Laval au Québec pour caractériser les bases génétiques de la variation phénotypique observée chez deux populations divergentes du grand corégone (Coregonus clupeaformis), l’écotype limnétique (nain) ainsi que l’écotype benthique (normal). Ce post doc a été écourté car j’ai été recrutée en CDI à l’Ifremer de la Trinité-sur-Mer en mars 2011.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Pour anticiper la fermeture du site de la Trinité-sur-Mer ou j’ai passé 5 ans, j’ai candidaté et obtenu le poste de responsable du laboratoire de physiologie des invertébrés, l’unité même où j’avais fait ma thèse. J’ai ainsi pu intégrer le LEMAR pour ma plus grande joie et rejoindre une équipe beaucoup plus complète et nombreuse, avec un énorme panel de compétences disponibles. Une sorte de retour aux sources pour l’étudiante que j’étais, avec un peu plus de rides et d’expérience.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je coordonne à l’Ifremer un réseau national, ECOSCOPA, qui étudie l’influence de l’environnement sur le cycle de vie de l’huître creuse, via 8 sites positionnés du Nord au Sud de la France. J’interviens dans des projets de recherche qui ont tous un point commun : étudier les interactions entre les bivalves et leur environnement en conditions naturelles ou dans un contexte d’élevage aquacole. Ces travaux contribuent à comprendre l’impact du changement climatique et des pollutions anthropiques sur les mollusques. Par exemple, je vais prochainement travailler sur l’impact de la pollution lumineuse, afin de savoir si elle peut perturber le rythme biologique des organismes marins vivant dans les environnements côtiers et les conséquences éventuelles sur la physiologie, les défenses immunitaires des huîtres.

J’ai également des missions d’encadrement de doctorants, de stagiaires et d’enseignement à l’Institut Agro Rennes-Angers par exemple.

Enfin, je participe à la médiation scientifique qui m’amène à me déplacer dans des établissements scolaires afin de sensibiliser les élèves du primaire au lycée et de participer à des manifestations nationales telles que la Fête de la science et la Nuit européenne des chercheurs. Cette année, Océanopolis m’a proposé d’être ambassadrice pour la fête de la science en Finistère. Ce qui m’a permis d’inaugurer la fête de la science à Brest sur le thème Science et sport.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Il y en a deux qui m’ont particulièrement marquées.

La première, je suis en thèse, je dois donner mon premier cours à des étudiants en fac de médecine qui ont quasiment le même âge que moi, et je suis donc assez stressée. J’ai imprimé des publications que je dois distribuer afin qu’on les analyse ensemble, tout est prêt, bien ordonné et soigneusement agrafé. J’arrive à la fac, il pleut des cordes (fait rarissime), je sors de ma voiture avec mes publis sous le bras, et je cours pour me mettre à l’abri dans le bâtiment. Mais là… je glisse, je fais un énorme vol plané sur le parking, pour finir étalée de tout mon long. Je suis donc arrivée pour donner mon premier cours en étant trempée, pantalon déchiré, et les publis à distribuer pleines de pluie et de sang :-/ Heureusement, les étudiants m’ont apporté des compresses et des serviettes !

La seconde, je pars en congrès aux États-Unis, à Jacksonville Floride pour être exacte. J’arrive quelques jours avant pour m’imprégner de la langue, et surtout de l’accent américain, qui chez moi, n’a jamais été très bon. J’écoute la radio, je discute avec des collègues, je regarde des émissions à la TV américaine. Arrive le jour de ma conférence, que j’avais bien répétée, et je dois parler de différents lots d’huîtres, que l’on suit pour comparer les évolutions de poids. Ce qui en anglais fait : « …different batches of oysters, which are monitored to compare weight trends ». Sauf que mon super accent m’a fait prononcer trois fois de suite « bitches » au lieu de « batch » : ce sont les yeux tout ronds de l’assemblée qui m’ont fait prendre conscience de mon erreur. Je me suis excusée en expliquant que les bitches n’étaient pas le sujet d’aujourd’hui et tout le monde a explosé de rire ! Des années plus tard, les personnes présentes au congrès me disent encore « hello bitch » !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Lors d’une expérimentation, où l’on devait faire des prélèvements toutes les deux heures, nuits comprises. Au début, le côté atypique de la situation fait sourire et dynamise l’équipe, mais sur la fin, lorsque le réveil sonne à 4h30 et que l’on doit se remettre en marche pour faire les prélèmevents, ça devient un peu plus compliqué. C’est comme cela que j’ai renversé 500 ml de larves sur la tête de mon collègue qui tenait le bécher en bas. Rien de bien grave, ni pour lui, ni pour la manip, mais le fou rire qui a suivi m’a fait prendre conscience que j’étais vraiment à ma place. Que c’était ces moments atypiques et intenses, avec des gens assez passionnés pour se réveiller toutes les 30 minutes pour prélever des huîtres que je voulais vivre, encore et encore.

Et un autre souvenir plus récent, ce sont les 50 ans de l’Institut Agro Rennes-Angers. Je suis conviée à Rennes pour participer à une table ronde sur les enjeux de l’ostréiculture face au changement climatique, dans un amphi assez rempli. Les séances d’échanges se terminent, je rejoins l’ensemble des personnes présentes pour faire la pause café, et là, je me retrouve à côté d’Isabelle Autissier, présente dans l’assemblée car ancienne élève de l’Agro. Et là, d’imaginer que cette personne dont j’ai lu tous les livres, suivi tous les exploits (c’est la première femme française à avoir accompli un tour du monde en solitaire à la voile) était en train de m’écouter, j’ai ressenti une grande part de fierté et d’humilité à la fois.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Quand j’étais jeune, c’était la danse classique (j’ai fait le conservatoire de Paris), je voulais en faire ma vie mais comme vous voyez, ce n’est pas le cas…

Mais la passion qui m’est restée depuis toujours, c’est la voile. Naviguer sur un bateau, seule, à plusieurs, loin, ou près des côtes, dans la pétole ou dans le vent fort, c’est là que je me sens le mieux. Mon rêve serait de partir plusieurs mois en mer, pour une transatlantique, voir plus… !

As-tu une devise ?

« Si vous trouvez que l’éducation coûte cher, essayez donc l’ignorance » Abraham Lincoln.

Crédit photos

Jocelyne Fleury

Sebastien Hervé

Aude Jolivel

Contact

Élodie Fleury / Ifremer

Synthèse de la conférence en ligne SILICAMICS 3

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Objectifs et participants à l’événement scientifique

La conférence en ligne SILICAMICS 3, intitulée « Biogéochimie et génomique de la silicification et des silicifères », a été accueillie par le Second Institute of Oceanography (SIO), à Hangzhou, en Chine.
Elle s’est tenue du 12 au 15 octobre 2021 et visait à développer une approche intégrative qui inclut la chimie, la biogéochimie, la biochimie, la physiologie et la génomique pour mieux comprendre la biosilicification et les silicificateurs dans les océans passés, contemporains et futurs.
Cinquante scientifiques y ont participé, originaires des États-Unis (Massachusetts Institute of technology (MIT) à Boston, Université de Californie à Santa Barbara, University of Southern Alabama, University of Toronto, Yale University), de Chine (Ocean University of China à Qingdao, SIO, University Tianjin, Xiamen University), et d’Europe (École Normale Supérieure Paris-Saclay, Université d’Aix-Marseille, Université de Brest, Université de Bristol, CEAB-CSIC à Blanes (Espagne), Geomar à Kiel, Université du Littoral Côte d’Opale à Wimereux, Université Lund (Suède), Marche Polytechnic University (Italie), et Sorbonne Université).
Une introduction générale à la conférence a été faite par Janusz Petkowski (MIT, Boston, USA) qui a exploré le potentiel du silicium comme élément constitutif de la vie dans différents environnements planétaires. Sept orateurs invités se sont exprimés pour présenter les différentes sessions : Patrick J. Frings (Geomar, Kiel, Allemagne) pour la session « past ocean Silicium cycle », Natalia Llopis Monferrer (IUEM) et Manuel Maldonado (CEAB-CSIC, Blanes) pour la session « silicificateurs pélagiques et benthiques », Paul Tréguer (IUEM) pour la session « cycle du Si dans l’océan moderne « , Katharine Hendry (Université de Bristol, UK) pour la session « isotopes du silicium », Su Mei Liu (OUC, Qingdao, Chine) pour la session « océan côtier » et Charlotte Nef (ENS, Paris, France) pour la session  » génomique et physiologie « . Au total, 28 communications ont été présentées par les participants.

Perspectives

En ce qui concerne les programmes futurs sur le cycle de la silice et les silicificateurs, il a été proposé de s’appuyer sur le programme BioGeoSCAPES à venir pour favoriser les synergies entre les différentes études dans les années à venir, plus particulièrement  pour résoudre les lacunes de connaissances qui ont été identifiées au cours des différentes sessions. Les participants juniors à la conférence ont également décidé de renforcer les liens entre eux, notamment par des webinaires périodiques.

La soumission d’articles pour un numéro spécial de  » Frontiers in Marine Sciences  » est encouragée.
Date limite juin 2022 : Brivaela Moriceau, Paul Tréguer, lihuaran@sio.org.cn

La prochaine conférence SILICAMICS devrait se tenir en Europe en octobre 2023.

Crédit photo

Laurent Chauvaud / CNRS

Contact

Paul Tréguer / UBO

 

 

Etienne Henry, ingénieur de recherche en biophysique au LM2E

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait un magistère matériaux et un master de physique à Rennes 1 que j’ai obtenus en 2004. J’ai ensuite effectué une thèse à l’institut de physique de Rennes (IPR) qui portait sur l’utilisation d’auto-assemblages bio-inspirés pour organiser en 3 dimensions des nanoparticules fluorescentes. La structuration en 3D est intéressante car elle peut mener à des propriétés optiques ou spectroscopiques originales. J’ai soutenu ma thèse en 2007 et ai commencé un CDD d’ingénieur de recherche à l’ENS de Cachan dans le laboratoire de biologie et de pharmacologie appliquée (LBPA). 2 ans après, j’ai été recruté sur un poste d’IR par concours externe au CNRS à l’ENS Cachan. J’étais responsable de la plateforme d’imagerie cellulaire et intervenais également au LBPA sur différents projets de recherche en bio-santé, portant sur des protéines de liaison à l’ADN : l’intégrase du VIH-1, impliquée dans l’intégration du virus du SIDA dans le génome humain, et en cancérologie sur l’étude de protéines de la maintenance génomique impliquées dans des maladies génétiques rares (syndrome de Bloom et Werner) induisant un vieillissement prématuré et donc des cancers.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

J’avais envie de revenir en Bretagne et parmi les postes, une opportunité s’est offerte à moi au LM2E.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Au LM2E, j’interviens en soutien des activités du labo concernant l’élucidation des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans l’adaptation aux conditions extrêmes (température, pression…) sous l’angle de l’étude de la maintenance génomique (réplication, réparation, recombinaison de l’ADN) des Archaea extrêmophiles des sources hydrothermales océaniques profondes. Pour répondre à ces questions, je développe des méthodes biophysiques basées sur la microscopie et la spectroscopie de fluorescence. La microscopie de fluorescence et en particulier l’imagerie de la molécule unique permettent d’observer en temps-réel l’activité de molécules, d’enzymes ou de complexes macromoléculaires, mais aussi des mouvements internes ou des changements de conformation de protéines à une échelle très fine. Ces informations nous aident à mieux comprendre les mécanismes de maintien de l’intégrité génomique à haute température chez ces espèces modèles et en même temps nous apporte un éclairage nouveau sur ces processus clés que l’on retrouve chez les eucaryotes et donc chez l’homme.

Je suis également chargé de mission auprès de France Bio-Imaging, infrastructure nationale pour l’imagerie biologique.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

L’audition pour obtenir ma bourse de thèse s’est déroulée dans des conditions un peu particulières. Je faisais beaucoup de voile à cette époque, et mon futur directeur de thèse m’a appelé pour l’entretient alors que j’étais en pleine régate. Je me suis mis au fond du bateau avec mon portable pour essayer d’être au calme, et il a tout de même fallu que je lui explique pourquoi il entendait le bruit de la mer et du vent, mais que j’étais néanmoins le candidat idéal pour le sujet de thèse qu’il proposait !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Avec mon premier jour au LM2E, où j’ai pris possession de ma paillasse avec vue panoramique sur le goulet de Brest, un autre beau souvenir de boulot est un week-end au synchrotron de l’ESRF à Grenoble. C’est un grand labo pluridisciplinaire, international, d’un kilomètre de diamètre dans lequel on se déplace à vélo. Les expériences tournent 24h/24. On fait des quarts la nuit, on dort et on mange sur place en totale immersion. Même si je n’ai encore jamais eu l’opportunité d’embarquer, j’imagine qu’une campagne en mer ressemble un peu à ça, avec l’air iodé en plus.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Le vélo que j’utilise tous les jours pour venir travailler quel que soit le temps et le paddle que je pratique uniquement quand il fait beau !

As-tu une devise ?

« Vis comme si tu devais mourir demain. Apprends comme si tu devais vivre toujours ». Gandhi.

Crédit photos

Claire Albaret

Audrey Bosse

Etienne Henry / CNRS

Contact

Etienne Henry / CNRS