huître – IUEM

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Élodie Fleury, Chercheur Ifremer en écophysiologie au LEMAR

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Je suis diplômée d’une école d’ingénieurs, l’INSA de Lyon, spécialité bioinformatique et modélisation. J’ai réalisé mon stage de fin d’études à l’Ifremer de Tahiti pour caractériser l’expression et la fonction de gènes impliqués dans la formation de la structure de la nacre chez l’huître perlière, ce qui m’a donné envie de poursuivre en thèse. J’ai donc fait un doctorat à l’Ifremer de Brest sur l’exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d’huîtres creuses résistantes et sensibles à la mortalité estivale avec Arnaud Huvet à l’issue de ce stage. Ce travail a contribué au développement d’outils de génomique spécifiques à l’huître Crassostrea gigas. Plus précisément, un séquençage a été réalisé, permettant l’obtention d’environ 30 000 gènes assemblées dans une base de données et 10 000 d’entre eux ont été utilisées pour produire la première puce à ADN spécifique de C. Gigas, permettant la comparaison transcriptomique des lignées d’huîtres Résistantes et Sensibles à la mortalité estivale. Après cette thèse, j’ai fait un contrat postdoctoral de 8 mois au LEMAR pour savoir si la reproduction engendre un stress oxydatif et énergétique chez l’huître, via l’étude de plusieurs marqueurs dédiés durant un cycle complet de reproduction. Puis j’ai fait un autre post doc à l’Université de Laval au Québec pour caractériser les bases génétiques de la variation phénotypique observée chez deux populations divergentes du grand corégone (Coregonus clupeaformis), l’écotype limnétique (nain) ainsi que l’écotype benthique (normal). Ce post doc a été écourté car j’ai été recrutée en CDI à l’Ifremer de la Trinité-sur-Mer en mars 2011.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Pour anticiper la fermeture du site de la Trinité-sur-Mer ou j’ai passé 5 ans, j’ai candidaté et obtenu le poste de responsable du laboratoire de physiologie des invertébrés, l’unité même où j’avais fait ma thèse. J’ai ainsi pu intégrer le LEMAR pour ma plus grande joie et rejoindre une équipe beaucoup plus complète et nombreuse, avec un énorme panel de compétences disponibles. Une sorte de retour aux sources pour l’étudiante que j’étais, avec un peu plus de rides et d’expérience.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je coordonne à l’Ifremer un réseau national, ECOSCOPA, qui étudie l’influence de l’environnement sur le cycle de vie de l’huître creuse, via 8 sites positionnés du Nord au Sud de la France. J’interviens dans des projets de recherche qui ont tous un point commun : étudier les interactions entre les bivalves et leur environnement en conditions naturelles ou dans un contexte d’élevage aquacole. Ces travaux contribuent à comprendre l’impact du changement climatique et des pollutions anthropiques sur les mollusques. Par exemple, je vais prochainement travailler sur l’impact de la pollution lumineuse, afin de savoir si elle peut perturber le rythme biologique des organismes marins vivant dans les environnements côtiers et les conséquences éventuelles sur la physiologie, les défenses immunitaires des huîtres.

J’ai également des missions d’encadrement de doctorants, de stagiaires et d’enseignement à l’Institut Agro Rennes-Angers par exemple.

Enfin, je participe à la médiation scientifique qui m’amène à me déplacer dans des établissements scolaires afin de sensibiliser les élèves du primaire au lycée et de participer à des manifestations nationales telles que la Fête de la science et la Nuit européenne des chercheurs. Cette année, Océanopolis m’a proposé d’être ambassadrice pour la fête de la science en Finistère. Ce qui m’a permis d’inaugurer la fête de la science à Brest sur le thème Science et sport.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Il y en a deux qui m’ont particulièrement marquées.

La première, je suis en thèse, je dois donner mon premier cours à des étudiants en fac de médecine qui ont quasiment le même âge que moi, et je suis donc assez stressée. J’ai imprimé des publications que je dois distribuer afin qu’on les analyse ensemble, tout est prêt, bien ordonné et soigneusement agrafé. J’arrive à la fac, il pleut des cordes (fait rarissime), je sors de ma voiture avec mes publis sous le bras, et je cours pour me mettre à l’abri dans le bâtiment. Mais là… je glisse, je fais un énorme vol plané sur le parking, pour finir étalée de tout mon long. Je suis donc arrivée pour donner mon premier cours en étant trempée, pantalon déchiré, et les publis à distribuer pleines de pluie et de sang :-/ Heureusement, les étudiants m’ont apporté des compresses et des serviettes !

La seconde, je pars en congrès aux États-Unis, à Jacksonville Floride pour être exacte. J’arrive quelques jours avant pour m’imprégner de la langue, et surtout de l’accent américain, qui chez moi, n’a jamais été très bon. J’écoute la radio, je discute avec des collègues, je regarde des émissions à la TV américaine. Arrive le jour de ma conférence, que j’avais bien répétée, et je dois parler de différents lots d’huîtres, que l’on suit pour comparer les évolutions de poids. Ce qui en anglais fait : « …different batches of oysters, which are monitored to compare weight trends ». Sauf que mon super accent m’a fait prononcer trois fois de suite « bitches » au lieu de « batch » : ce sont les yeux tout ronds de l’assemblée qui m’ont fait prendre conscience de mon erreur. Je me suis excusée en expliquant que les bitches n’étaient pas le sujet d’aujourd’hui et tout le monde a explosé de rire ! Des années plus tard, les personnes présentes au congrès me disent encore « hello bitch » !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Lors d’une expérimentation, où l’on devait faire des prélèvements toutes les deux heures, nuits comprises. Au début, le côté atypique de la situation fait sourire et dynamise l’équipe, mais sur la fin, lorsque le réveil sonne à 4h30 et que l’on doit se remettre en marche pour faire les prélèmevents, ça devient un peu plus compliqué. C’est comme cela que j’ai renversé 500 ml de larves sur la tête de mon collègue qui tenait le bécher en bas. Rien de bien grave, ni pour lui, ni pour la manip, mais le fou rire qui a suivi m’a fait prendre conscience que j’étais vraiment à ma place. Que c’était ces moments atypiques et intenses, avec des gens assez passionnés pour se réveiller toutes les 30 minutes pour prélever des huîtres que je voulais vivre, encore et encore.

Et un autre souvenir plus récent, ce sont les 50 ans de l’Institut Agro Rennes-Angers. Je suis conviée à Rennes pour participer à une table ronde sur les enjeux de l’ostréiculture face au changement climatique, dans un amphi assez rempli. Les séances d’échanges se terminent, je rejoins l’ensemble des personnes présentes pour faire la pause café, et là, je me retrouve à côté d’Isabelle Autissier, présente dans l’assemblée car ancienne élève de l’Agro. Et là, d’imaginer que cette personne dont j’ai lu tous les livres, suivi tous les exploits (c’est la première femme française à avoir accompli un tour du monde en solitaire à la voile) était en train de m’écouter, j’ai ressenti une grande part de fierté et d’humilité à la fois.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Quand j’étais jeune, c’était la danse classique (j’ai fait le conservatoire de Paris), je voulais en faire ma vie mais comme vous voyez, ce n’est pas le cas…

Mais la passion qui m’est restée depuis toujours, c’est la voile. Naviguer sur un bateau, seule, à plusieurs, loin, ou près des côtes, dans la pétole ou dans le vent fort, c’est là que je me sens le mieux. Mon rêve serait de partir plusieurs mois en mer, pour une transatlantique, voir plus… !

As-tu une devise ?

« Si vous trouvez que l’éducation coûte cher, essayez donc l’ignorance » Abraham Lincoln.

Crédit photos

Jocelyne Fleury

Sebastien Hervé

Aude Jolivel

Contact

Élodie Fleury / Ifremer

9 novembre 2023/par cyven

Christophe Lambert, ingénieur de recherche CNRS au LEMAR

Actualité archive

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai obtenu un DEA à l’UBO avant d’enchaîner sur une année de spécialisation en halieutique à l’Agro Rennes (aujourd’hui Agrocampus Ouest). Ensuite, j’ai commencé à travailler comme responsable commercial dans une pisciculture du sud de la Bretagne, pendant 4 ans. Je commercialisais la production de truites arc en ciel et dirigeais l’atelier de transformation (frais, surgelés, produits dérivés…). Puis la société a connu des difficultés et j’ai subi un licenciement économique. Comme j’avais déjà travaillé au sein du laboratoire de Daniel Prieur et de Michel Glémarec, je leur ai proposé d’y revenir pour faire une thèse. Les ASSEDIC (aujourd’hui Pôle Emploi) et l’État assuraient le maintien de mes indemnités de chômage pendant un an, renouvelable deux fois, pour peu que je suive une formation diplômante. Finalement, c’est Jean-Louis Nicolas (LPI, Ifremer, Brest) qui m’a proposé un sujet de thèse sur les maladies bactériennes (vibriose) des larves de coquilles St Jacques. J’ai ensuite fait un post-doc d’un an à Bergen en Norvège au sein de l’Havforskningsinstituttet (un peu l’équivalent d’Ifremer en Norvège) et en collaboration avec une structure d’élevage de coquilles St Jacques. Ce contrat était financé par une bourse européenne « Marie Curie ». Mon travail consistait cette fois-ci à isoler des bactéries “probiotiques” capables de réduire l’impact des souches pathogènes pour les larves de coquilles. Un dossier de dépôt de brevet a même été rédigé, en norvégien, à partir de mes travaux, mais, à ma connaissance, il n’a jamais été valorisé.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Je suis rentré au LEMAR début 2000 en CDD dans l’équipe de Christine Paillard, Michel Auffret et Philippe Soudant pour travailler dans le cadre du programme MOREST sur les mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Les 10 années suivantes ont vu s’échelonner les contrats sur projet de recherche, contrats ATER, et m’ont permis de développer l’activité cytométrie en flux, naissante à mon arrivée au laboratoire. Après quelques années, la direction du laboratoire a proposé avec insistance au CNRS la création d’un poste d’ingénieur de recherche pour pérenniser cette activité croissante, insistance qui a fini par payer. Une mobilité interne a d’abord été ouverte mais, heureusement pour moi, n’a pas trouvé de candidat adéquat. Un concours a donc été ouvert en externe et j’ai obtenu le poste fin 2010 avec la responsabilité de la plateforme de cytométrie du LEMAR.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Aujourd’hui ma principale mission est d’animer et de gérer la plateforme CYTOMER, où l’on fait principalement de la cytométrie en flux et de la microscopie à épifluorescence sur les organismes marins. La cytométrie en flux est une technique d’analyse de cellules en suspension dans un flux liquide. Les cellules sont excitées par un ou plusieurs faisceaux laser et émettent ou diffractent alors des signaux lumineux. Cette lumière est quantifiée et révèle les caractéristiques optiques des cellules. C’est une technique qualitative et quantitative qui peut traiter jusqu’à 10 000 événements par seconde et permet de dénombrer les cellules (entre 0,5 et 40 µm, du virus à l’ovocyte d’huître), de comparer leurs « morphologies », leurs contenus (pigments chlorophylliens, ADN, lipides…), leurs activités physiologiques (viabilité, production de radicaux libres, activités enzymatiques, potentiel membranaire mitochondrial…).

Je travaille avec l’ensemble des équipes du LEMAR puisque toutes peuvent avoir besoin à un moment ou un autre de ce que l’on propose grâce à cet outil commun. Je travaille sur des cellules immunitaires, des gamètes, issus de modèles variés (huître, palourde, coque, coquille St Jacques, moules, ormeaux…) mais aussi sur des micro-algues, toxiques ou pas, des bactéries, des virus, en culture ou prélevés du milieu naturel… Je suis aidé dans cette activité par Nelly Le Goïc, ingénieure d’études au CNRS, qui co-anime cet outil avec moi. CYTOMER est équipé aujourd’hui de quatre cytomètres en flux de paillasse, deux microscopes à épifluorescence dont l’un est de type pseudo-confocal 3D et un imageur laser en flux (type Flow-Cam). Un microscope électronique à balayage (MEB) de table en commun avec l’Observatoire viendra compléter la plateforme probablement fin 2021 début 2022. L’ensemble de ces outils analytiques de haute technologie représente un budget d’acquisition de près de 600 K€.

Pour animer cet outil commun, j’organise environ deux fois par an, des formations théoriques sur la cytométrie en flux et la microscopie à épifluorescence. Ces formations sont ouvertes à tout le monde (étudiants, doctorants, chercheurs et personnes extérieures). Je propose également cette formation dans le cadre du Master 2 Biologie des Organismes Marins à l’IUEM et de l’offre de formation continue de l’UBO. L’idée, c’est de rendre les gens le plus autonomes possible sur les machines et d’approfondir ensuite leur maîtrise par des formations pratiques individuelles, en fonction des besoins. Il m’arrive parfois aussi d’aller faire des formations à l’extérieur, en France bien sûr (Ifremer La Tremblade, Bouin ou Concarneau) mais aussi à l’étranger (Floride, Norvège ou Corée du Sud).

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter?

En décembre 2005, je suis allé, en compagnie de Philippe Soudant, en Corée du Sud (Jeju National University) dans le cadre d’un programme d’échange « STAR ». A la fin de notre séjour sur l’île de Jeju, nous sommes passés par Seoul, pour rencontrer le Pr Hong (INHA University). Nous avons donné un séminaire pour présenter nos projets et travaux en cours, suivi d’un échange très feutré et courtois comme c’est la règle au « pays du matin calme ». Quelle n’a pas été notre surprise à la sortie de la salle de séminaire de nous voir remettre à chacun une enveloppe remplie de billets en remerciement de notre « prestation ». Dans mon souvenir, l’enveloppe contenait 100 000 Wons soit l’équivalent de 90 ou 100 € aujourd’hui ! Ce fut à la fois une première pour moi, et une dernière !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

C’est difficile de faire un classement mais je me souviens tout particulièrement d’une conférence PHYSIOMAR, organisée en Espagne, à Saint-Jacques de Compostelle. On avait l’argent seulement pour deux ou trois personnes avec le déplacement en avion et l’hébergement. Et au lieu de prendre les billets d’avion, on a loué un minibus et on est parti à neuf. Ça voulait dire 24 heures de voyage à l’aller, deux jours de voyage au retour et un hôtel bon marché, mais il y avait une super ambiance pour travailler et beaucoup de souvenirs au retour.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Ils sont multiples et variés mais par exemple, je roule dans une Méhari de 1984, que je sors surtout quand il fait beau. La Méhari c’est un châssis de 2CV avec un moteur de 2CV et une coque en plastique. Je fais partie d’un club de “deuchistes“ : Les Chevrons du Léon, basé à Landivisiau. On est une vingtaine de 2CV et Méhari et on essaye d’organiser une sortie par mois, à la belle saison.