Sylvain PETEK, Chercheur IRD en chimie des substances naturelles marines au LEMAR

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait une thèse en chimie de synthèse organique, sur la conception de molécules à visée antibactérienne (pour faire simple) que j’ai obtenue en 2003 à Nancy. Ensuite, j’ai poursuivi par un postdoc à Gif-sur-Yvette à l’Institut de chimie des substances naturelles (ICSN) pendant 2 ans, dans l’équipe de Christiane Poupat et Alain Ahond. J’ai d’abord travaillé sur la synthèse d’analogues de la girolline (molécule extraite de Cymbastela cantharella, une éponge de Nouvelle-Calédonie) aux propriétés anticancéreuses et anti-plasmodiales (Plasmodium, parasites responsables du  paludisme). J’ai ensuite pris part à l’étude d’une autre éponge de Nouvelle-Calédonie, Homophymia sp., pour contribuer à l’isolement et à l’identification des homophymines (peptides cycliques, composés d’acides aminés « atypiques »), aux propriétés anti-VIH.

Pendant mon postdoc, j’ai eu l’opportunité de suivre une formation CNRS pour passer mon Certificat d’Aptitude à l’Hyperbarie (CAH), me permettant ainsi d’utiliser la plongée dans le cadre professionnel. Cette année-là, elle était organisée à la Station biologique de Roscoff et m’a permis de faire connaissance avec des plongeurs de l’IUEM (Gérard Thouzeau, Erwan Amice, Jonathan Fly Ste Marie…) que je retrouverai 10 ans plus tard.

Pendant ma dernière année à l’ICSN, j’ai passé plusieurs concours d’universités (MCF) et d’organismes de recherche (IR et CR). J’ai ainsi été recruté à l’IRD en 2006 sur un poste de chercheur en chimie des substances naturelles marines affecté en Nouvelle-Calédonie, pour mener, avec ma collègue Cécile Debitus, différents programmes dans le Pacifique Sud (Nouvelle-Calédonie, Iles Salomon et Fidji), principalement focalisés sur les spongiaires. Après 4 ans passés sur le « Caillou », je l’ai rejoint en Polynésie de 2010 à 2014. J’ai continué à travailler sur la même thématique pour d’une part contribuer à une meilleure connaissance de la biodiversité marine polynésienne, et d’autre part explorer des pistes de valorisation de ces organismes en santé humaine et/ou en aquaculture, avec nos collaborateurs. Pendant cette période, nous avons  notamment exploré les 5 archipels (répartis sur une surface équivalente à celle de l’Europe), pour réaliser  un inventaire le plus exhaustif possible des éponges de Polynésie. Cela représente 8 campagnes océanographiques, quelques 200 espèces inventoriées, dont 30% seraient endémiques.

 

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Après 4 années en Polynésie, mon expatriation arrivant à son terme et mon unité d’alors (EIO) n’ayant pas d’implantation en métropole, il me fallait intégrer un laboratoire dans le domaine marin, ayant pour tutelle l’IRD, dans le cadre duquel j’allais pouvoir poursuivre mes travaux. Etant donné les thématiques de recherche du LEMAR et les collaborations que j’avais déjà eues par le passé avec certains chercheurs du laboratoire, le choix s’est fait tout naturellement.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Côté recherche, je continue mes travaux, principalement sur les éponges du Pacifique Sud. Ces études pluridisciplinaires, à l’interface entre la biologie marine, la chimie des substances naturelles, l’écologie chimique et la santé peuvent s’avérer très longues. En parallèle, avec Valérie Stiger, Solène Connan et  Mayalen Zubia (ex-Biodimar, maintenant MCF en Polynésie), je participe à l’étude des macroalgues polynésiennes.

Cela passe par la participation ou l’organisation de campagnes océanographiques, l’échantillonnage en plongée, le traitement et les analyses chimiques des organismes, les tests biologiques en collaboration avec d’autres équipes et la gestion de notre « banque » d’échantillons d’organismes marins (poudres lyophilisées et extraits) qui sont ici en collection.

Au travers de nos travaux, l’objectif est de répondre à des problématiques locales, que ce soit pour améliorer les connaissances de la biodiversité et sa conservation, contribuer au développement de nouvelles filières économiques durables, ou la découverte de nouvelles solutions en santé humaine et animale. Concernant la Polynésie par exemple, nos travaux se focalisent notamment sur la recherche de solutions contre le diabète, le mélanome et les pathologies de l’aquaculture tropicale (collab. Ifremer du Pacifique). Concernant les données acquises sur la biodiversité des spongiaires, afin de les rendre accessibles facilement à tout un chacun, nous avons développé et mis en ligne un guide des éponges de Polynésie ouvert au public.

Tous ces travaux réalisés avec de nombreux partenaires, génèrent énormément de données, de diverses natures, sur une échelle de temps parfois longue. Avec Adrien Cheype, un collègue informaticien de Nouméa, nous avons développé Cantharella, un outil sous licence libre, dédié aux travaux sur les substances naturelles, pour faciliter la pérennisation, l’exploitation et le partage des données entre collaborateurs d’un projet, mais également avec les collectivités d’où proviennent les organismes étudiés dans le cadre des démarches APA (Accès et partage des avantages). En ce qui me concerne, j’administre l’instance de l’IRD.

Concernant l’APA, dès lors que l’on échantillonne des organismes à des fins de recherche, voire de valorisation, ces démarches sont à mettre en œuvre. Ce qui relevait initialement de l’éthique, visant à un retour (scientifique, monétaire ou non…) juste et équitable des résultats de la recherche, vers les collectivités d’où proviennent les organismes étudiés, est devenu réglementaire, suite à la ratification du protocole de Nagoya en 2014 et sa traduction dans la loi française en 2016.

Du point de vue enseignement, j’interviens quelques heures dans le Master SML, parcours biologie des organismes marins en écologie chimique en M1 et en valorisation des organismes marins en M2.

Je suis membre élu au CA de l’IUEM (collège B) et au conseil de laboratoire du LEMAR. Je suis également co-animateur de l’axe Sud du LEMAR.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Ça n’est pas vraiment une anecdote, mais plutôt un fait marquant en ce qui me concerne. C’est le souvenir de ma première campagne embarquée en 2007, à bord de l’Alis (N/O de l’IRD), pour une campagne de bioprospection dans l’archipel des îles Fidji. Un peu comme la concrétisation des aventures de l’équipe Cousteau, que je suivais assidument plus jeune et qui m’avaient conduit à la pratique de la plongée.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Là encore ça n’est pas vraiment un souvenir en particulier, ça serait plutôt l’opportunité d’aller explorer des endroits où peu de personnes sont allées, la découverte d’une nature sauvage et parfois inconnue, de paysages, d’environnements et de cultures très différentes…

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La photo en général, qu’elle soit sous-marine ou pas, qui vient comme un prolongement naturel de mon attrait pour la nature, la découverte de nouvelles cultures, de nouveaux paysages.

As-tu une devise ?

J’en ai plusieurs en fait, l’une d’elles vient des Shadoks et trouve un écho particulier en recherche : « En essayant continuellement on finit par réussir, donc plus ça rate, plus on a de chances que ça marche ».

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Retour sur les unités d’enseignements transversales

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Les unités d’enseignements (UE) transversales ont eu lieu cette année du mois de septembre à novembre. Les semaines passées ont fleuri aux quatre coins de l’Institut des affiches comme « La belle pêche », « OSS 118 Occupy Sea Space », ou « Maman j’ai raté la transition écologique » et bien d’autres encore. Ce n’était pas une journée d’intégration pour les étudiants mais la conclusion de 7 semaines de réflexion et de recherche sur l’interdisciplinarité du Master Sciences de la Mer et du Littoral.

Ces unités d’enseignements transversales ont lieu sur les deux années de Master. Lors de la première année, l’UE se nomme « Enjeux et Problématique ». Cet enseignement a pour objectif pédagogique de développer la coopération entre les pairs (étudiants à étudiants) tant par la transmission de leurs savoirs que par la découverte d’approches méthodologiques différentes de celles de leur spécialisation, en pluridisciplinarité.

Changement de formule cette année

Cette année, une nouvelle formule a débuté avec un fonctionnement par ateliers disciplinaires. Répartis dans des groupes de 12 à 20 étudiants de 5 spécialités du Master, les étudiants ont travaillé sur des problématiques centrées autour des risques côtiers (identification, gestion, prévention des risques liés aux changements climatiques), chacun apportant son regard méthodologique sur cette problématique commune. L’étudiant devait assister à quatre ateliers (dont trois extérieurs à sa discipline de formation), dans lesquels les enseignants donnaient la vision de leur champ d’expertise sur le sujet et la plus-value que pouvait apporter une collaboration interdisciplinaire dans leur contexte professionnel.

Cette transformation de l’UE a été une réussite autant pour les étudiants qui ont adhéré à cette formation, que pour les intervenants qui ont enrichi les échanges autour de ces sujets. Cet enseignement sera reconduit pour les années suivantes avec l’intégration potentielle de l’ensemble des mentions du Master SML.

Pour leur deuxième année de Master, l’UE se nomme « Sciences et Société ». De nombreux objectifs pédagogiques sont associés à cet enseignement : l’exploration de controverses socio-scientifiques, la problématisation d’un sujet, l’interdisciplinarité mais aussi des objectifs de pédagogie par projet.

Pour ce faire, les étudiants sont répartis en groupes de travail (toutes les disciplines des SML sont identifiées dans les groupes) suivants les sujets présentés par les doctorants. Deux mois d’exploration du sujet en équipes interdisciplinaires autonomes encadrée par le doctorant s’en suivent.

Cette année 6 équipes ont été constituées du côté de l’IUEM et 2 pour le parcours STPE-IGRECL (Vannes). Pour conclure, cette réflexion et ces deux mois d’interdisciplinarité, un après-midi de restitution sous forme d’ateliers d’1h30 a été organisé le 19 novembre dernier. Cette restitution organisée à destination des étudiants de M1 mais aussi des membres du jury (enseignants, chercheurs, scientifiques, responsables de communication, guides scientifiques…) était ouverte à tous les curieux de la pluridisciplinarité. Pour le plaisir des yeux, de nombreux décors ont été réalisés cette année afin d’illustrer leur travail de recherches, en voici quelques images.

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Riwalenn Ruault

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Travaux pratiques pour les M1 EGEL en presqu’île de Crozon.

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Dans le cadre de l’UE “Diagnostics environnementaux”, les étudiants du M1 EGEL ont séjourné en presqu’île de Crozon durant la semaine du 11 au 15 mars 2019. Le programme de travail comprenait une série de visites de sites littoraux pour leurs aspects géologiques et géomorphologiques (plages de l’Aber et de Goulien, falaises rocheuses du Veryac’h et de Lostmarc’h, falaises meubles quaternaires de Pors Koubou, de Pen-Hat et de Trez-Rouz, ainsi que le port de plaisance de Morgat). Des sites fortement fréquentés (extrémité du Cap de la Chèvre, pointe de Dinan, pointe de Pen-Hir) ont également été examinés. Sur ces secteurs, ce sont les expérimentations des systèmes de gestion de la fréquentation et de restauration de la végétation dégradée qui ont été expliqués. L’intérêt de ces visites a été de préparer les travaux pratiques de diagnostics environnementaux. Encadrés par trois enseignants chercheurs en géomorphologie et écologie, ces TP ont permis de replacer dans leur contexte puis de réaliser des levers topographiques de profils de falaises et la cartographie phyto-sociologique de secteurs de landes et de leur état de dégradation sur les versants littoraux les surplombant.

Camps terrain pour les M1 !

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Les étudiants de Master 1 de la mention STPE de Géosciences du SML pendant la traversée des Alpes ou nous abordons par des exemples de terrain, tous les témoins
de l’histoire géologique qui mettent en évidence la naissance, l’évolution, la disparition et l’incorporation de lambeaux d’un océan dans une chaine de montagne.
C’est un camp de terrain itinérant encadré par 3 Enseignants chercheurs, un tectonicien, une géochimiste pétrographe, un géologue géophysicien tous passionnés de géologie.
Nous, nous déplaçons, travaillons, campons, déjeunons et dinons tous ensemble pendant une semaine au début de leur cursus.