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Claire Geslin, enseignant chercheur en microbiologie au LM2E

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Avant d’intégrer l’IUEM j’ai obtenu mon Diplôme d’Etudes Approfondies (DEA) en microbiologie en 1998 à la Station Biologique de Roscoff. C’était un diplôme cohabilité avec Brest, Caen et Rennes. Le stage, encadré par Christian Jeanthon, s’est déroulé au laboratoire de bactériologie marine, dirigé par Daniel Prieur. Le sujet de recherche portait sur l’étude de bactéries isolées de sources hydrothermales océaniques et sur leurs interactions avec les métaux. En 1999, le laboratoire a migré de Roscoff vers Brest et intégré l’IUEM. Nous formions une équipe de microbiologie au LEMAR. Cette même année, j’ai débuté une thèse financée par l’UBO et un industriel. L’objectif de ma thèse était de rechercher des virus d’archées hyperthermophiles des environnements hydrothermaux océaniques profonds ; cela n’avait jamais été documenté auparavant.

En 2003, mon expérience post-doctorale en Pennsylvanie, à l’Université de Pittsburgh chez le Pr Roger Hendrix, m’a permis de travailler sur un projet portant sur l’analyse structurale de bactériophages isolés d’E. coli. C’est un modèle moins exotique que les micro-organismes extrémophiles mais pour lequel de nombreux outils de travail étaient disponibles.

Cette même année, j’ai décroché le concours de maître de conférences. Pour la petite anecdote, je passais le concours pour le poste de maître de conférence un jeudi, et le lendemain je m’envolais vers les États-Unis pour mon post doc. Je devais partir pendant deux ans de l’autre côté de l’Atlantique mais je suis revenue à Brest, 5 mois après, pour assurer la rentrée en septembre 2003.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Au départ, j’ai suivi le laboratoire de microbiologie dirigé par Daniel Prieur pour ma thèse et c’est comme cela que je suis arrivée à l’IUEM. J’y suis restée grâce à l’obtention de mon poste de maître de conférences et pour poursuivre, au LM2E, ma thématique de recherche sur les virus hydrothermaux marins. Ce sont des virus qui vont infecter des micro-organismes marins (bactéries et archées) qui se développent à de très hautes températures (70-90°C), sans oxygène et sous forte pression hydrostatique. Ces virus sont confrontés à des conditions extrêmes. Le but premier de ma thèse était de savoir s’il existait de tels virus. Il s’avère qu’au bout d’un an et demi de thèse, j’ai trouvé un virus : le premier isolé du système hydrothermal océanique : Pyrococcus Abyssi Virus n°1 (PAV1). Cette découverte, m’a permis d’être lauréate du Prix Bretagne Jeune Chercheur en 2005 (section Sciences de la vie et de l’environnement). Cette reconnaissance de mon travail de recherche par la région Bretagne a fait un peu connaître cette thématique de recherche auprès du grand public.

© Ifremer – Campagne BIG – 2010

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je continue à travailler sur cette thématique, sur cet environnement : les sources hydrothermales océaniques profondes où j’y étudie la diversité virale. A ce jour, seulement 11 virus hydrothermaux marins sont caractérisés dans le monde. Au LM2E, par le travail que je mène avec les étudiants, nous en avons caractérisé 6 sur les 11 (3 virus de bactéries et 3 virus d’archées). Nous pouvons même dire que nous sommes les seuls à avoir isolé et caractérisé des virus d’archées hyperthermophiles marines.
C’est une thématique très spécifique. Grâce à notre labo (UBO, CNRS et Ifremer) nous avons accès aux campagnes océanographiques et aux précieux échantillons hydrothermaux, ce qui n’est pas donné à tout le monde.

En 2020, nous avons publié un travail sur un virus de méthanogène. Les archées méthanogènes jouent un rôle primordial dans le cycle global du carbone en produisant du méthane.
Ce virus présente une morphologie « tête-queue », démontrant sans équivoque, pour la première fois, que ce morphotype classiquement retrouvé dans le monde viral bactérien peut se propager dans des conditions extrêmes à des températures de plus de 90°C. En effet, avant cette étude, aucun virus tête-queue (caudovirus) n’avait été isolé de micro-organismes hyperthermophiles, soulevant des questions sur la thermostabilité de ce morphotype (Thèse Sarah Thiroux 2019). C’est un des exemples de résultats majeurs obtenus ces dernières années dans le cadre de thèse que j’ai encadrées.

Une autre activité importante dans mon emploi du temps est l’enseignement.
Depuis 2003, en tant que maître de conférences, j’enseigne en Licence (L2 et L3) et en Master (M1 et M2 ; principalement dans le Master de microbiologie fondamentale et appliquée (MFA) et un peu dans les Masters des Sciences de la Mer et du Littoral (SML), formations dispensées à l’UBO, IUEM et intégrées à l’Ecole doctorale des Sciences de la Mer et du littoral (EDSML).
Mes enseignements portent principalement sur la physiologie microbienne, la génétique microbienne, l’écologie et biologie des extrêmophiles, et aussi bien évidemment la virologie.
J’encadre également des étudiants en master et en thèse sur mes thématiques de recherche.

© LM2E

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Avec mon sujet de thèse, j’ai été parachutée sur un sujet de virologie, on ne travaillait pas sur cette thématique au laboratoire. Daniel Prieur et Patrick Forterre (Professeur à l’Université d’Orsay avec lequel notre laboratoire collabore) m’ont envoyée pendant 1 mois au Max Planck Institute à Martinsried en  Allemagne pour me former à la virologie aux côtés de Wolfram Zillig, un chercheur qui dans les années 80 a été l’un des premiers à travailler sur le troisième domaine du vivant : Archaea. Wolfram Zillig a également fait un séjour dans notre labo à Brest, c ‘était vraiment enrichissant pour moi. D’ailleurs, les couloirs de l’IUEM doivent encore se rappeler de son tonitruant « Clear » come, quand il m’appelait !

J’ai été embauchée en 2003 donc finalement assez vite après ma thèse. Et puis, à l’époque je devais faire un peu jeunette. J’arrive pour mon premier cours en amphi, un quart d’heure avant le début du cours pour bien me préparer. J’étais assez stressée, alors pour me rassurer j’avais apporté quelques livres de microbiologie. Je les pose sur le bureau sur l’estrade, et deux étudiants arrivent et me disent « Oh super chouette tes bouquins ! », et commencent à les feuilleter. On discute un petit peu et le cours allant commencer, ils vont s’installer dans l’amphi. J’ai vu à leurs têtes qu’ils n’avaient pas compris que j’étais la prof et qu’ils pensaient que j’étais une étudiante comme eux.  Et bien, ils ont été très très attentifs pendant les deux heures de cours. Ça ne m’arrive plus maintenant, on m’appelle Madame Geslin (rires).

Enfin une autre fois, lors d’un pot organisé au labo, il fallait faire un gâteau. Je ne suis pas très bonne cuisinière. J’ai donc acheté une préparation toute faite. Je l’ai faite cuire, mais pas assez. J’ai quand même apporté le gâteau au citron et l’ai mis au milieu des autres ni vu ni connu, parce qu’il était trop tard pour que je recommence. Au final tout le monde l’a adoré, et quand certains se sont enquis du nom du cuisinier, quelqu’un a dit que c’était moi. Plusieurs collègues m’ont demandé la recette de ce fameux gâteau au citron…. J’ai fini par leur donner mon secret : l’ouverture d’un sachet.

© Ifremer – Campagne BIG – 2010

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Je pense que le plus beau restera le moment où l’on m’a annoncé que c’était moi qui avais eu le concours pour le poste de maître de conférences. C’était vraiment un sentiment unique.

Autrement c’est lors des campagnes océanographiques. En 1999, j’ai eu l’opportunité de participer à la campagne océanographique AMISTAD, avec le navire l’Atalante et le sous-marin le Nautile. 21 plongées sont prévues avec le Nautile : 21 chercheurs et de la place pour les étudiants. Tout est réglé comme du papier à musique, s’il y a un problème technique qui empêche une plongée, tu peux perdre ton tour ! Le jour de ma plongée, il y a eu un problème électronique sur le Nautile, qui finalement a été résolu un peu plus tard. Alors vient le moment d’enfiler la combinaison jaune, et de partir pour 8 heures à 2300 m de profondeur. J’étais émerveillée par ce que je voyais ! Dans ce genre de plongée, on est enregistré pour pouvoir revenir sur ce qu’on a vu après. Et sur mon enregistrement on entendait uniquement des : « ohlala que c’est beau ! Vous avez vu ??? ».

J’ai eu une autre expérience de plongée en Atlantique cette fois, pendant la campagne EXOMAR, à 2000 m de profondeur en 2005. J’ai eu une chance dingue de pouvoir voir de près l’environnement sur lequel je travaille.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’adore lire un bon roman en buvant une tasse de thé. De bons repas entre amis c’est essentiel. Les voyages, les voyages forcément. Et j’aime la mer aussi, bien évidemment.

As-tu une devise ?

Je n’ai pas de devise. Mais en ce moment je lis Pas Mieux ! d’Arnaud Le Guilcher et on y trouve cette citation de Jean-Luc Godart :

« Van Gogh a cherché un peu de jaune

quand le soleil a disparu… Faut chercher mon vieux. Faut chercher… »

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Claire Geslin / UBO

La campagne SWINGS, c’est parti !

Pourquoi cette campagne océanographique ?

Comprendre comment l’océan Indien Sud-Ouest austral absorbe le dioxyde de carbone et mieux connaître les éléments chimiques qui le composent, tels sont les objectifs principaux de cette campagne. Grâce à l’expédition scientifique SWINGS (South West Indian Geotraces Section), l’Océan austral n’aura plus aucun secret pour 48 scientifiques de nombreuses nationalités : française, américaine, sud-africaine, anglaise, suisse… Ces derniers étudieront plus précisément comment des espèces chimiques essentielles au développement de la vie y sont apportées, transformées, transportées par les courants et sédimentées dans les abysses.

L’océan séquestre le CO2 de l’atmosphère soit par voie physique, avec une simple dissolution, soit par voie biologique grâce à la photosynthèse du phytoplancton. Un des objectifs de SWINGS est d’évaluer l’activité de ces microorganismes dont le développement dépend de la présence d’éléments chimiques aux concentrations très faibles. Ces éléments» sont la cible principale de SWINGS.

Organisation de cette expédition

Catherine Jeandel, océanographe géochimiste toulousaine, et Hélène Planquette, bio géochimiste marine brestoise, toutes deux chercheuses au CNRS, pilotent cette expédition scientifique. Avec toute leur équipe, elles largueront les amarres le 13 janvier 2021 du port de la Réunion jusqu’au 8 mars afin de mener leur mission d’exploration et de mesures durant 8 semaines. Pour cette mission, une longue organisation a été nécessaire et la logistique est essentielle. Au côté des chercheuses et chercheurs, différents métiers et spécialités scientifiques sont mobilisés : des ingénieurs, des techniciens, chimistes, géologues, biologistes, climatologues, physiciens… Mais des artistes seront aussi présents sur le navire. Sybille d’Orgeval et Laurent Godard réaliseront un documentaire dans lequel ils souhaitent apporter une touche importante d’humanisme, dans cette course à la connaissance.

Voici les brestois qui feront partie de l’aventure : Hélène Planquette, Frédéric Planchon, Edwin Cotard (M2), Corentin Baudet (doctorant), Wen-Hsuan Liao, Maria-Elena Vorrath, David Gonzalez-Santana (tous trois postdoctorants), Emmanuel de Saint Leger et Fabien Perault (tous deux DT INSU).

La campagne SWINGS, c’est une durée de 52 jours, 105 personnes à bord, 11,6 tonnes de vivres, 14 400 litres d’eau potable, 21 tonnes d’équipement scientifique et 11 500 piles.

Historique

SWINGS s’inscrit dans le programme mondial GEOTRACES, qui construit depuis 2010 un atlas chimique des océans. Les cycles biogéochimiques du carbone et de l’azote sont étudiés ; les éléments en traces et leurs isotopes sont quantifiés. Ces données sont acquises selon des protocoles très stricts, comparées et validées entre les différents pays et mises à disposition en « open source » dans une banque de données.

Surface, colonnes d’eau, profondeur des océans : aucune zone n’échappe à SWINGS

Une mission de l’ampleur de SWINGS est l’occasion rêvée pour récupérer une masse de données et ainsi saisir l’ensemble des mécanismes permettant de séquestrer du CO2 dans cette région du monde et de participer à la limitation du changement climatique. Il est essentiel de déterminer les sources de ces éléments en traces. Arrivent-ils par les vents, par les courants, par les sédiments ou les sources hydrothermales profondes ? Comment sont-ils transportés au sein de l’océan : sous forme de particules ou dissous dans les courants ? Comment sédimentent-ils et à quelle vitesse par exemple ? Pour cela, d’autres traceurs seront mesurés.

Autre espoir de la mission : détecter une nouvelle source hydrothermale, au niveau de la montagne sous-marine appelée « ride sud-ouest indienne ». En effet, c’est au niveau de ces « rides » que les plaques tectoniques s’écartent, laissant la possibilité à du magma profond de remonter en surface. Ces « mini volcans », sont aussi souvent le siège de geysers sous-marins, appelés fumeurs hydrothermaux. Il s’agit d’une eau sous pression, chimiquement riche en métaux, donc une source potentielle d’éléments-traces intéressants pour SWINGS.

Enfin, l’étude des courants et des masses d’eau qu’ils transportent sera aussi une recherche importante pour l’expédition scientifique.

Un bateau équipé pour l’occasion

Le bateau est un élément essentiel pour la mission et le projet. Le Marion Dufresne II, surnommé aussi le “Marduf”, porte le nom d’un célèbre explorateur français du 18ème siècle. Avec ses 120 m de long et ses 650 m² de laboratoires, un héliport, un système de treuillage, un sondeur multifaisceaux mais aussi son carottier géant reconnu pour être un des seuls pouvant atteindre plus de 60 m de longueur, le navire est le parfait allié pour cette expédition. Néanmoins, Swings manquait de place ! Plusieurs cabines ont été transformées en laboratoire.

Durant la mission, plusieurs instruments seront déployés, afin de collecter de la surface jusqu’aux sédiments les échantillons renfermant les fameux « traceurs ».

Des étudiants de master, seront présents durant la mission, une réelle chance pour eux d’être au cœur de la recherche. Ils seront essentiellement sur le navire pour parfaire leurs compétences, conduire leur sujet de recherche et apprendre auprès de scientifiques renommés.

Déterminés, impatients, et avides de nouvelles données scientifiques, après plusieurs mois d’organisation, tous les membres de l’équipe sont désormais prêts à larguer les amarres. Durant 8 semaines, ils vivront à leurs rythmes entre les recherches scientifiques concluantes, les désillusions, les complications, les moments de joie, les fous rires, et l’esprit d’équipe. L’invitation est lancée, alors swingons ensemble !

 

Le site Exploreur de l’Université fédérale de Toulouse fera vivre à travers huit articles, la recherche effectuée sur le bateau (ses enjeux, ses outils), huit portraits parmi les scientifiques de l’équipe, et en bonus, un petit journal de bord avec des questions diverses de la vie quotidienne sur le navire.

 

Source de l’article – copublication CNRS Le journal et Exploreur

 

Crédit photos

Sébastien Hervé / UBO

Frédéric Planchon / UBO

Contacts

Hélène Planquette / CNRS

Catherine Jeandel / CNRS