ADN – IUEM

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Hugo Doré, Postdoc ISblue en écologie microbienne au laboratoire BEEP

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait mon Master à l’École normale supérieure de Lyon, pendant lequel je me suis rapidement intéressé à l’écologie microbienne. J’ai obtenu mon master en 2014 puis j’ai réalisé ma thèse à la Station biologique de Roscoff au laboratoire Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M) sur la diversité et l’écologie des picocyanobactéries marines (bactéries de très petite taille capables de faire de la photosynthèse). Ces cyanobactéries se trouvent dans tous les océans, sont particulièrement abondantes et présentent une grande diversité génétique. J’ai utilisé des analyses bioinformatiques pour étudier leur répartition géographique et des approches de cultures en laboratoire pour mesurer leur réponse à des stress physiologiques. L’idée était de voir comment les groupes se répartissent à la surface du globe, et ce qui a permis leur adaptation à des conditions très différentes. Comme ces bactéries fixent du carbone, elles ont un impact important sur le climat et ces résultats pourraient permettre de mieux calibrer les modèles biogéochimiques de l’Océan. Ensuite, je suis parti à l’Université de Californie à Santa Barbara pour un postdoc de 3 ans. J’ai travaillé sur la dynamique évolutive de populations bactériennes qui forment des biofilms à la surface des sédiments dans des marais salés. Après ces 3 ans, j’ai choisi de rentrer en France pour la suite de ma carrière.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Vu que j’avais fait ma thèse à Roscoff, j’avais bien envie de revenir dans le Finistère. Je connaissais Loïs Maignien qui faisait d’ailleurs partie de mon jury de thèse ; je l’ai contacté pour que nous montions un projet ensemble et j’ai postulé à l’appel d’offre des bourses postdoctorales ISblue avec le projet MOBIDiC. J’ai commencé mon postdoc en avril 2022.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je travaille sur les données de la série temporelle MicroBrest. Elle a été mise en place par Loïs Maignien et Christine Paillard en 2014 et consiste à échantillonner tous les 15 jours les bactéries présentes à la surface au niveau du ponton de Sainte Anne du Portzic. L’eau de mer est prélevée par Morgan Perennou qui la filtre pour récupérer les bactéries puis extrait leur ADN. Sur les 8 années, nous avons 100 métagénomes (ensemble de l’ADN des bactéries présentes dans un échantillon d’eau de mer) disponibles. Mon rôle est d’utiliser ces données pour suivre l’évolution de ces bactéries par des approches de bioinformatique. Plus précisément, pour un certain nombre d’espèces de bactéries, je cherche à quantifier leur diversité génétique et à identifier les mutations présentes le long de leur génome. MicroBrest constitue une base de données exceptionnelle qui permet de suivre la dynamique de ces mutations génétiques au cours du temps pour mieux comprendre l’évolution des populations bactériennes dans leur milieu naturel. L’objectif est de comprendre comment elles s’adaptent aux variations de l’environnement à une échelle de temps assez courte, qu’elles soient saisonnières ou à plus long terme, y compris le changement global.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Lors de mon recrutement pour mon postdoc en Californie, la chercheuse avec qui je devais travailler m’a fait venir sur place pour un entretien. Elle a sorti le grand jeu ! Comme cela se fait aux États-Unis, elle avait coordonné plusieurs rendez-vous avec quelques chercheurs du département. Mais elle avait aussi organisé une après-midi de team-building avec tout son labo, où nous sommes allés nous initier au baseball avant de nous inviter pour un barbecue chez elle. Ça a fonctionné puisque j’ai rejoint son labo… et 3 ans plus tard, j’ai demandé le même traitement pour fêter mon départ !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

C’est difficile de choisir mais comme je n’ai pas eu beaucoup l’occasion d’en faire, j’ai envie d’évoquer des souvenirs de « terrain ». En master, j’ai eu la chance de pouvoir embarquer sur une campagne aux Bermudes. Une fois le mal de mer passé, j’ai pu en profiter à fond ! Plus récemment en postdoc, j’ai effectué plusieurs semaines d’échantillonnages à Woods Hole sur la côte Est des tats-Unis. De très bons moments pour la cohésion d’équipe, que ce soit à patauger dans la vase ou en se réconfortant au bar…

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Globalement, les activités de plein air (quand le temps le permet…) ! Je me suis mis au surf en Californie et je profite d’être dans le Finistère pour (essayer de) progresser. Je pratique aussi le Kung-Fu à l’Ecole Wushu Brest.

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Clarisse Lemonnier

Lizzy Wilbanks

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Hugo Doré / Ifremer

5 juillet 2023/par cyven

Didier Flament, Chercheur en microbiologie des Archaea au laboratoire BEEP

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait ma thèse à la Station biologique de Roscoff sur la recherche de glycoside hydrolase de bactéries marines dans le laboratoire de Bernard Kloareg. L’idée était de trouver des enzymes capables de dégrader les polysaccharides de la paroi des algues rouges. Un des objectifs principaux était de mieux comprendre le fonctionnement et la structure de ces enzymes. Il y avait aussi un volet biotechnologique qui consistait à proposer des outils pour produire des fragments de polysaccharides sulfatés ayant pour effet de renforcer l’immunité naturelle des plantes en champs, face à l’attaque de champignons nuisibles notamment.

Ensuite j’ai enchaîné par un postdoc de 18 mois en bioinformatique à l’Ifremer dans le laboratoire Microbiologie et de Biotechnologie des Extrêmophiles. Le sujet consistait à annoter le génome de Pyrococcus Abyssi, littéralement « la boule de feu des abysses », et à rechercher de nouvelles séquences d’enzymes thermostables d’intérêt industriel. Cette espèce microbienne appartient au domaine des Archaea, le 3^ème domaine du vivant, et a été prélevée au niveau d’une source hydrothermale à environ 3000 mètres de profondeur. Sa température optimale de croissance est de 98 °C. Pour la petite histoire, le génome de cette fameuse boule de feu des abysses a permis au Genoscope de régler ses machines avant d’attaquer le séquençage du génome humain.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Par amour ! Pour ma femme d’abord qui avait déjà un emploi à Plouzané et aussi pour le milieu marin bien sûr. J’ai eu la chance de pouvoir être recruté en 2001 dans le labo ou j’avais effectué mon postdoc qui est rapidement devenu le LMEE en fusionnant avec l’équipe « Diversité et adaptations des procaryotes des environnements extrêmes » hébergée au LEMAR à l’époque.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Mon projet de recherche consiste à combiner des approches de génétique, de biochimie et de biologie moléculaire pour percer les mystères de la réparation et de la réplication de l’ADN chez les archaea hyperthermophiles marines, des microorganismes totalement épatants ! Les Archaea sont en effet des championnes pour se développer dans les environnements les plus extrêmes et elles ont une histoire évolutive très intrigante puisqu’il est maintenant admis que la branche des eucaryotes prend racine au sein de ce domaine.

A partir de 2014, je suis devenu responsable du labo situé sur le site Ifremer de l’unité mixte de recherche (UMR) et Directeur adjoint (DA) de l’unité. Mon mandat de DA s’est terminé en décembre 2021 avec la naissance d’une nouvelle UMR BEEP, pour Biologie et Écologie des Écosystèmes marins Profonds. Elle provient de la fusion du LMEE avec le laboratoire Environnement Profond de l’Ifremer et de la volonté de regrouper, dans une même unité, des écologues des compartiments faunistiques et microbiens associés aux écosystèmes de l’océan profond.

A la fin de cette année, je terminerai également mon mandat de responsable de laboratoire et je compte bien me remettre à maniper. Nombre de mes collègues sont sceptiques sur mes capacités à retourner à la paillasse, j’espère bien les faire mentir à ce sujet !

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

En 2006, Joël Querellou, Directeur du labo, organisait le congrès international Extremophiles au Quartz à Brest. Je participais à l’organisation et avais le rôle de faire respecter le temps des interventions orales. Pour cela, j’avais décidé de faire retentir un son de gong lorsque le temps imparti était écoulé. Je dois admettre que le son était plutôt du type « métal hurlant » que « carillon Feng Shui ». Après la première intervention, Joël m’a discrètement mais fermement demandé d’adopter une autre approche. Il faut dire que le premier oral était celui de Christian de Duve, Prix nobel de physiologie, et que eu égard à sa notoriété et son grand âge (89 ans à l’époque), le Vicomte de Duve ne s’attendait pas une telle interruption dans son discours ! J’ai pali en le sentant défaillir, m’imaginant déjà supporter la culpabilité d’avoir provoqué un malaise du vieil homme, mais heureusement après une petite pause et quelques gorgées d’eau, il a réussi à aller au bout de son oral et à descendre à peu près normalement de l’estrade !

Je pourrais aussi vous raconter quand, en tant que chaire d’une session d’un congrès international, j’ai lancé ma session devant une salle vide !!! Mais c’est une autre histoire et certains risquent de ne plus accepter mon aide pour l’organisation de congrès.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Quand je recherchais des gènes de glycosides hydrolase en thèse, après avoir criblé 15000 clones issus de 3 banques génomiques différentes pendant plusieurs semaines (demander aux vieux biologistes moléculaires de vos unités ce que ça représente !), j’en ai finalement trouvé un positif Hip Hip Hip Hourra !!!

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La Planche à voile, la lecture, balades et voyage à vélo

As-tu une devise ?

J’aime bien celle qu’on attribue à Aristote :

Il y a trois sortes d’hommes : les vivants, les morts, et ceux qui vont sur la mer.

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Olivier Dugornay / Ifremer

Sébastien Laurent / Ifremer

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Didier Flament / Ifremer

3 février 2022/par cyven

Etienne Henry, ingénieur de recherche en biophysique au LM2E

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait un magistère matériaux et un master de physique à Rennes 1 que j’ai obtenus en 2004. J’ai ensuite effectué une thèse à l’institut de physique de Rennes (IPR) qui portait sur l’utilisation d’auto-assemblages bio-inspirés pour organiser en 3 dimensions des nanoparticules fluorescentes. La structuration en 3D est intéressante car elle peut mener à des propriétés optiques ou spectroscopiques originales. J’ai soutenu ma thèse en 2007 et ai commencé un CDD d’ingénieur de recherche à l’ENS de Cachan dans le laboratoire de biologie et de pharmacologie appliquée (LBPA). 2 ans après, j’ai été recruté sur un poste d’IR par concours externe au CNRS à l’ENS Cachan. J’étais responsable de la plateforme d’imagerie cellulaire et intervenais également au LBPA sur différents projets de recherche en bio-santé, portant sur des protéines de liaison à l’ADN : l’intégrase du VIH-1, impliquée dans l’intégration du virus du SIDA dans le génome humain, et en cancérologie sur l’étude de protéines de la maintenance génomique impliquées dans des maladies génétiques rares (syndrome de Bloom et Werner) induisant un vieillissement prématuré et donc des cancers.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

J’avais envie de revenir en Bretagne et parmi les postes, une opportunité s’est offerte à moi au LM2E.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Au LM2E, j’interviens en soutien des activités du labo concernant l’élucidation des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans l’adaptation aux conditions extrêmes (température, pression…) sous l’angle de l’étude de la maintenance génomique (réplication, réparation, recombinaison de l’ADN) des Archaea extrêmophiles des sources hydrothermales océaniques profondes. Pour répondre à ces questions, je développe des méthodes biophysiques basées sur la microscopie et la spectroscopie de fluorescence. La microscopie de fluorescence et en particulier l’imagerie de la molécule unique permettent d’observer en temps-réel l’activité de molécules, d’enzymes ou de complexes macromoléculaires, mais aussi des mouvements internes ou des changements de conformation de protéines à une échelle très fine. Ces informations nous aident à mieux comprendre les mécanismes de maintien de l’intégrité génomique à haute température chez ces espèces modèles et en même temps nous apporte un éclairage nouveau sur ces processus clés que l’on retrouve chez les eucaryotes et donc chez l’homme.

Je suis également chargé de mission auprès de France Bio-Imaging, infrastructure nationale pour l’imagerie biologique.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

L’audition pour obtenir ma bourse de thèse s’est déroulée dans des conditions un peu particulières. Je faisais beaucoup de voile à cette époque, et mon futur directeur de thèse m’a appelé pour l’entretient alors que j’étais en pleine régate. Je me suis mis au fond du bateau avec mon portable pour essayer d’être au calme, et il a tout de même fallu que je lui explique pourquoi il entendait le bruit de la mer et du vent, mais que j’étais néanmoins le candidat idéal pour le sujet de thèse qu’il proposait !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Avec mon premier jour au LM2E, où j’ai pris possession de ma paillasse avec vue panoramique sur le goulet de Brest, un autre beau souvenir de boulot est un week-end au synchrotron de l’ESRF à Grenoble. C’est un grand labo pluridisciplinaire, international, d’un kilomètre de diamètre dans lequel on se déplace à vélo. Les expériences tournent 24h/24. On fait des quarts la nuit, on dort et on mange sur place en totale immersion. Même si je n’ai encore jamais eu l’opportunité d’embarquer, j’imagine qu’une campagne en mer ressemble un peu à ça, avec l’air iodé en plus.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Le vélo que j’utilise tous les jours pour venir travailler quel que soit le temps et le paddle que je pratique uniquement quand il fait beau !