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Claire Geslin, enseignant chercheur en microbiologie au LM2E

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Avant d’intégrer l’IUEM j’ai obtenu mon Diplôme d’Etudes Approfondies (DEA) en microbiologie en 1998 à la Station Biologique de Roscoff. C’était un diplôme cohabilité avec Brest, Caen et Rennes. Le stage, encadré par Christian Jeanthon, s’est déroulé au laboratoire de bactériologie marine, dirigé par Daniel Prieur. Le sujet de recherche portait sur l’étude de bactéries isolées de sources hydrothermales océaniques et sur leurs interactions avec les métaux. En 1999, le laboratoire a migré de Roscoff vers Brest et intégré l’IUEM. Nous formions une équipe de microbiologie au LEMAR. Cette même année, j’ai débuté une thèse financée par l’UBO et un industriel. L’objectif de ma thèse était de rechercher des virus d’archées hyperthermophiles des environnements hydrothermaux océaniques profonds ; cela n’avait jamais été documenté auparavant.

En 2003, mon expérience post-doctorale en Pennsylvanie, à l’Université de Pittsburgh chez le Pr Roger Hendrix, m’a permis de travailler sur un projet portant sur l’analyse structurale de bactériophages isolés d’E. coli. C’est un modèle moins exotique que les micro-organismes extrémophiles mais pour lequel de nombreux outils de travail étaient disponibles.

Cette même année, j’ai décroché le concours de maître de conférences. Pour la petite anecdote, je passais le concours pour le poste de maître de conférence un jeudi, et le lendemain je m’envolais vers les États-Unis pour mon post doc. Je devais partir pendant deux ans de l’autre côté de l’Atlantique mais je suis revenue à Brest, 5 mois après, pour assurer la rentrée en septembre 2003.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Au départ, j’ai suivi le laboratoire de microbiologie dirigé par Daniel Prieur pour ma thèse et c’est comme cela que je suis arrivée à l’IUEM. J’y suis restée grâce à l’obtention de mon poste de maître de conférences et pour poursuivre, au LM2E, ma thématique de recherche sur les virus hydrothermaux marins. Ce sont des virus qui vont infecter des micro-organismes marins (bactéries et archées) qui se développent à de très hautes températures (70-90°C), sans oxygène et sous forte pression hydrostatique. Ces virus sont confrontés à des conditions extrêmes. Le but premier de ma thèse était de savoir s’il existait de tels virus. Il s’avère qu’au bout d’un an et demi de thèse, j’ai trouvé un virus : le premier isolé du système hydrothermal océanique : Pyrococcus Abyssi Virus n°1 (PAV1). Cette découverte, m’a permis d’être lauréate du Prix Bretagne Jeune Chercheur en 2005 (section Sciences de la vie et de l’environnement). Cette reconnaissance de mon travail de recherche par la région Bretagne a fait un peu connaître cette thématique de recherche auprès du grand public.

© Ifremer – Campagne BIG – 2010

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je continue à travailler sur cette thématique, sur cet environnement : les sources hydrothermales océaniques profondes où j’y étudie la diversité virale. A ce jour, seulement 11 virus hydrothermaux marins sont caractérisés dans le monde. Au LM2E, par le travail que je mène avec les étudiants, nous en avons caractérisé 6 sur les 11 (3 virus de bactéries et 3 virus d’archées). Nous pouvons même dire que nous sommes les seuls à avoir isolé et caractérisé des virus d’archées hyperthermophiles marines.
C’est une thématique très spécifique. Grâce à notre labo (UBO, CNRS et Ifremer) nous avons accès aux campagnes océanographiques et aux précieux échantillons hydrothermaux, ce qui n’est pas donné à tout le monde.

En 2020, nous avons publié un travail sur un virus de méthanogène. Les archées méthanogènes jouent un rôle primordial dans le cycle global du carbone en produisant du méthane.
Ce virus présente une morphologie « tête-queue », démontrant sans équivoque, pour la première fois, que ce morphotype classiquement retrouvé dans le monde viral bactérien peut se propager dans des conditions extrêmes à des températures de plus de 90°C. En effet, avant cette étude, aucun virus tête-queue (caudovirus) n’avait été isolé de micro-organismes hyperthermophiles, soulevant des questions sur la thermostabilité de ce morphotype (Thèse Sarah Thiroux 2019). C’est un des exemples de résultats majeurs obtenus ces dernières années dans le cadre de thèse que j’ai encadrées.

Une autre activité importante dans mon emploi du temps est l’enseignement.
Depuis 2003, en tant que maître de conférences, j’enseigne en Licence (L2 et L3) et en Master (M1 et M2 ; principalement dans le Master de microbiologie fondamentale et appliquée (MFA) et un peu dans les Masters des Sciences de la Mer et du Littoral (SML), formations dispensées à l’UBO, IUEM et intégrées à l’Ecole doctorale des Sciences de la Mer et du littoral (EDSML).
Mes enseignements portent principalement sur la physiologie microbienne, la génétique microbienne, l’écologie et biologie des extrêmophiles, et aussi bien évidemment la virologie.
J’encadre également des étudiants en master et en thèse sur mes thématiques de recherche.

© LM2E

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Avec mon sujet de thèse, j’ai été parachutée sur un sujet de virologie, on ne travaillait pas sur cette thématique au laboratoire. Daniel Prieur et Patrick Forterre (Professeur à l’Université d’Orsay avec lequel notre laboratoire collabore) m’ont envoyée pendant 1 mois au Max Planck Institute à Martinsried en  Allemagne pour me former à la virologie aux côtés de Wolfram Zillig, un chercheur qui dans les années 80 a été l’un des premiers à travailler sur le troisième domaine du vivant : Archaea. Wolfram Zillig a également fait un séjour dans notre labo à Brest, c ‘était vraiment enrichissant pour moi. D’ailleurs, les couloirs de l’IUEM doivent encore se rappeler de son tonitruant « Clear » come, quand il m’appelait !

J’ai été embauchée en 2003 donc finalement assez vite après ma thèse. Et puis, à l’époque je devais faire un peu jeunette. J’arrive pour mon premier cours en amphi, un quart d’heure avant le début du cours pour bien me préparer. J’étais assez stressée, alors pour me rassurer j’avais apporté quelques livres de microbiologie. Je les pose sur le bureau sur l’estrade, et deux étudiants arrivent et me disent « Oh super chouette tes bouquins ! », et commencent à les feuilleter. On discute un petit peu et le cours allant commencer, ils vont s’installer dans l’amphi. J’ai vu à leurs têtes qu’ils n’avaient pas compris que j’étais la prof et qu’ils pensaient que j’étais une étudiante comme eux.  Et bien, ils ont été très très attentifs pendant les deux heures de cours. Ça ne m’arrive plus maintenant, on m’appelle Madame Geslin (rires).

Enfin une autre fois, lors d’un pot organisé au labo, il fallait faire un gâteau. Je ne suis pas très bonne cuisinière. J’ai donc acheté une préparation toute faite. Je l’ai faite cuire, mais pas assez. J’ai quand même apporté le gâteau au citron et l’ai mis au milieu des autres ni vu ni connu, parce qu’il était trop tard pour que je recommence. Au final tout le monde l’a adoré, et quand certains se sont enquis du nom du cuisinier, quelqu’un a dit que c’était moi. Plusieurs collègues m’ont demandé la recette de ce fameux gâteau au citron…. J’ai fini par leur donner mon secret : l’ouverture d’un sachet.

© Ifremer – Campagne BIG – 2010

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Je pense que le plus beau restera le moment où l’on m’a annoncé que c’était moi qui avais eu le concours pour le poste de maître de conférences. C’était vraiment un sentiment unique.

Autrement c’est lors des campagnes océanographiques. En 1999, j’ai eu l’opportunité de participer à la campagne océanographique AMISTAD, avec le navire l’Atalante et le sous-marin le Nautile. 21 plongées sont prévues avec le Nautile : 21 chercheurs et de la place pour les étudiants. Tout est réglé comme du papier à musique, s’il y a un problème technique qui empêche une plongée, tu peux perdre ton tour ! Le jour de ma plongée, il y a eu un problème électronique sur le Nautile, qui finalement a été résolu un peu plus tard. Alors vient le moment d’enfiler la combinaison jaune, et de partir pour 8 heures à 2300 m de profondeur. J’étais émerveillée par ce que je voyais ! Dans ce genre de plongée, on est enregistré pour pouvoir revenir sur ce qu’on a vu après. Et sur mon enregistrement on entendait uniquement des : « ohlala que c’est beau ! Vous avez vu ??? ».

J’ai eu une autre expérience de plongée en Atlantique cette fois, pendant la campagne EXOMAR, à 2000 m de profondeur en 2005. J’ai eu une chance dingue de pouvoir voir de près l’environnement sur lequel je travaille.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’adore lire un bon roman en buvant une tasse de thé. De bons repas entre amis c’est essentiel. Les voyages, les voyages forcément. Et j’aime la mer aussi, bien évidemment.

As-tu une devise ?

Je n’ai pas de devise. Mais en ce moment je lis Pas Mieux ! d’Arnaud Le Guilcher et on y trouve cette citation de Jean-Luc Godart :

« Van Gogh a cherché un peu de jaune

quand le soleil a disparu… Faut chercher mon vieux. Faut chercher… »

Crédits photos

Ifremer

LM2E

Contact

Claire Geslin / UBO

Nadège Quintin, assistante ingénieure UBO en microbiologie et virologie au LM2E

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?
J’ai obtenu un DUT de microbiologie à l’IUT de Brest en 2000 et ai réalisé mon stage de fin d’études à Ifremer au laboratoire environnement profond. J’ai ensuite travaillé dans un laboratoire d’analyses. Après cette expérience, j’ai été recrutée à Laennec, hôpital de Quimper, où je faisais des analyses de recherche sur la tuberculose et des pathogènes liés aux liquides céphalorachidiens et pulmonaires. Malgré mon travail en CDI à l’hôpital, je gardais toujours en tête le souhait de faire de la recherche en microbiologie.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?
Mon intégration à l’IUEM s’est faite par un véritable concours de circonstances. Je travaillais encore à l’hôpital de Quimper lorsqu’un jour, la directrice de l’IUT où j’ai étudié, m’a appelé dans le cadre d’une enquête sur le suivi des anciens étudiants. Elle m’a parlé d’un CDD à l’IUEM et m’a proposé de postuler à Ifremer. En 2001, j’ai donc quitté mon CDI pour un CDD renouvelable. Ce contrat avait pour objectif de structurer et mettre en place la Souchothèque de Bretagne, qui est maintenant l’UBO CC (UBO Culture Collection). Mon CDD a été reconduit pendant 8 ans sur différents projets de recherche, toujours en rapport avec la microbiologie. En 2018, j’ai passé mon concours de fonctionnaire et ai obtenu un CDI.

 

Que fais-tu à l’IUEM ?
J’ai deux mi-temps. D’une part, je suis responsable de la collection de microorganismes marins (bactéries et archées) au sein de l’UBO CC. Ce travail consiste à collecter des microorganismes et à répertorier et maintenir une base de données. Cette collection renferme un patrimoine inestimable résultant de nombreuses campagnes océanographiques et de travaux de recherche. Pour partager au mieux cette ressource, l’UBO CC s’apprête à passer un audit afin d’obtenir la norme ISO 9001 et ainsi pouvoir faire partie des réseaux de centres de ressources biologiques.

D’autre part, je participe aux travaux de recherche au sein du LM2E. Mon travail de recherche se concentre depuis quelques années sur les virus de bactéries et archées issus des environnements extrêmes. J’étudie des échantillons des sources hydrothermales profondes qui sont récoltés lors de campagnes océanographiques à l’aide du Nautile ou du ROV. Je travaille avec Claire Geslin que j’assiste dans ses recherches.

 

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?
En 2004, j’ai participé à la mission Biospeedo à bord de l’Atalante afin d’étudier le fonctionnement des communautés hydrothermales le long de la dorsale Sud Est Pacifique. J’ai passé 45 jours en mer et j’ai notamment eu la chance de plonger dans le Nautile à plus de 2800 mètres de profondeur. Cette expérience m’a aussi permis de confirmer que je n’ai absolument pas le pied marin.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?
Un de mes plus beaux souvenirs de boulot est la première fois où mon nom a figuré dans une publication scientifique. C’était un travail avec Olivier Nercessian sur la diversité des gènes fonctionnels des méthanogènes dans les environnements hydrothermaux des grands fonds.
Un autre beau souvenir est un jour de neige à l’IUEM. Peu de personnes avaient fait le trajet pour venir travailler car il y avait trop de neige. Pour passer le temps, nous avons fait de la luge à l’endroit où se trouve maintenant le nouveau parking.

 

Quelles sont tes centres d’intérêts ?
Je suis calcéologiste, c’est-à-dire que je suis collectionneuse de paires de chaussures. J’en possède beaucoup chez moi et j’en ai une grande variété qui sont originales.

J’apprécie aussi beaucoup mon travail, je fais un métier que je trouve passionnant et qui me permet d’évoluer et d’apprendre tous les jours. De plus, les techniques de recherche évoluent aussi très vite et c’est un aspect que j’affectionne beaucoup car il permet de rester dans l’air du temps.

 

Crédits photos

Geneviève Cohat

Contact

Nadège Quintin