Portrait du mois

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Christophe Lambert, ingénieur de recherche CNRS au LEMAR

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai obtenu un DEA à l’UBO avant d’enchaîner sur une année de spécialisation en halieutique à l’Agro Rennes (aujourd’hui Agrocampus Ouest). Ensuite, j’ai commencé à travailler comme responsable commercial dans une pisciculture du sud de la Bretagne, pendant 4 ans. Je commercialisais la production de truites arc en ciel et dirigeais l’atelier de transformation (frais, surgelés, produits dérivés…). Puis la société a connu des difficultés et j’ai subi un licenciement économique. Comme j’avais déjà travaillé au sein du laboratoire de Daniel Prieur et de Michel Glémarec, je leur ai proposé d’y revenir pour faire une thèse. Les ASSEDIC (aujourd’hui Pôle Emploi) et l’État assuraient le maintien de mes indemnités de chômage pendant un an, renouvelable deux fois, pour peu que je suive une formation diplômante. Finalement, c’est Jean-Louis Nicolas (LPI, Ifremer, Brest) qui m’a proposé un sujet de thèse sur les maladies bactériennes (vibriose) des larves de coquilles St Jacques. J’ai ensuite fait un post-doc d’un an à Bergen en Norvège au sein de l’Havforskningsinstituttet (un peu l’équivalent d’Ifremer en Norvège) et en collaboration avec une structure d’élevage de coquilles St Jacques. Ce contrat était financé par une bourse européenne « Marie Curie ». Mon travail consistait cette fois-ci à isoler des bactéries « probiotiques » capables de réduire l’impact des souches pathogènes pour les larves de coquilles. Un dossier de dépôt de brevet a même été rédigé, en norvégien, à partir de mes travaux, mais, à ma connaissance, il n’a jamais été valorisé.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Je suis rentré au LEMAR début 2000 en CDD dans l’équipe de Christine Paillard, Michel Auffret et Philippe Soudant pour travailler dans le cadre du programme MOREST sur les mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Les 10 années suivantes ont vu s’échelonner les contrats sur projet de recherche, contrats ATER, et m’ont permis de développer l’activité cytométrie en flux, naissante à mon arrivée au laboratoire. Après quelques années, la direction du laboratoire a proposé avec insistance au CNRS la création d’un poste d’ingénieur de recherche pour pérenniser cette activité croissante, insistance qui a fini par payer. Une mobilité interne a d’abord été ouverte mais, heureusement pour moi, n’a pas trouvé de candidat adéquat. Un concours a donc été ouvert en externe et j’ai obtenu le poste fin 2010 avec la responsabilité de la plateforme de cytométrie du LEMAR.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Aujourd’hui ma principale mission est d’animer et de gérer la plateforme CYTOMER, où l’on fait principalement de la cytométrie en flux et de la microscopie à épifluorescence sur les organismes marins. La cytométrie en flux est une technique d’analyse de cellules en suspension dans un flux liquide. Les cellules sont excitées par un ou plusieurs faisceaux laser et émettent ou diffractent alors des signaux lumineux. Cette lumière est quantifiée et révèle les caractéristiques optiques des cellules. C’est une technique qualitative et quantitative qui peut traiter jusqu’à 10 000 événements par seconde et permet de dénombrer les cellules (entre 0,5 et 40 µm, du virus à l’ovocyte d’huître), de comparer leurs « morphologies », leurs contenus (pigments chlorophylliens, ADN, lipides…), leurs activités physiologiques (viabilité, production de radicaux libres, activités enzymatiques, potentiel membranaire mitochondrial…).

Je travaille avec l’ensemble des équipes du LEMAR puisque toutes peuvent avoir besoin à un moment ou un autre de ce que l’on propose grâce à cet outil commun. Je travaille sur des cellules immunitaires, des gamètes, issus de modèles variés (huître, palourde, coque, coquille St Jacques, moules, ormeaux…) mais aussi sur des micro-algues, toxiques ou pas, des bactéries, des virus, en culture ou prélevés du milieu naturel… Je suis aidé dans cette activité par Nelly Le Goïc, ingénieure d’études au CNRS, qui co-anime cet outil avec moi. CYTOMER est équipé aujourd’hui de quatre cytomètres en flux de paillasse, deux microscopes à épifluorescence dont l’un est de type pseudo-confocal 3D et un imageur laser en flux (type Flow-Cam). Un microscope électronique à balayage (MEB) de table en commun avec l’Observatoire viendra compléter la plateforme probablement fin 2021 début 2022. L’ensemble de ces outils analytiques de haute technologie représente un budget d’acquisition de près de 600 K€.

Pour animer cet outil commun, j’organise environ deux fois par an, des formations théoriques sur la cytométrie en flux et la microscopie à épifluorescence. Ces formations sont ouvertes à tout le monde (étudiants, doctorants, chercheurs et personnes extérieures). Je propose également cette formation dans le cadre du Master 2 Biologie des Organismes Marins à l’IUEM et de l’offre de formation continue de l’UBO. L’idée, c’est de rendre les gens le plus autonomes possible sur les machines et d’approfondir ensuite leur maîtrise par des formations pratiques individuelles, en fonction des besoins. Il m’arrive parfois aussi d’aller faire des formations à l’extérieur, en France bien sûr (Ifremer La Tremblade, Bouin ou Concarneau) mais aussi à l’étranger (Floride, Norvège ou Corée du Sud).

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter?

En décembre 2005, je suis allé, en compagnie de Philippe Soudant, en Corée du Sud (Jeju National University) dans le cadre d’un programme d’échange « STAR ». A la fin de notre séjour sur l’île de Jeju, nous sommes passés par Seoul, pour rencontrer le Pr Hong (INHA University). Nous avons donné un séminaire pour présenter nos projets et travaux en cours, suivi d’un échange très feutré et courtois comme c’est la règle au « pays du matin calme ». Quelle n’a pas été notre surprise à la sortie de la salle de séminaire de nous voir remettre à chacun une enveloppe remplie de billets en remerciement de notre « prestation ». Dans mon souvenir, l’enveloppe contenait 100 000 Wons soit l’équivalent de 90 ou 100 € aujourd’hui ! Ce fut à la fois une première pour moi, et une dernière !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

C’est difficile de faire un classement mais je me souviens tout particulièrement d’une conférence PHYSIOMAR, organisée en Espagne, à Saint-Jacques de Compostelle. On avait l’argent seulement pour deux ou trois personnes avec le déplacement en avion et l’hébergement. Et au lieu de prendre les billets d’avion, on a loué un minibus et on est parti à neuf. Ça voulait dire 24 heures de voyage à l’aller, deux jours de voyage au retour et un hôtel bon marché, mais il y avait une super ambiance pour travailler et beaucoup de souvenirs au retour.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Ils sont multiples et variés mais par exemple, je roule dans une Méhari de 1984, que je sors surtout quand il fait beau. La Méhari c’est un châssis de 2CV avec un moteur de 2CV et une coque en plastique. Je fais partie d’un club de « deuchistes« : Les Chevrons du Léon, basé à Landivisiau. On est une vingtaine de 2CV et Méhari et on essaye d’organiser une sortie par mois, à la belle saison.

Crédits photos

Sébastien Hervé / UBO

Jean-Philippe Béguel / UBO

Erwan Amice / CNRS

Nelly Le Goïc / CNRS

Contact

Christophe Lambert / CNRS

1 septembre 2021/par cyven

Laure Taupin, ingénieure d’études au LBCM

Actualité archive

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai d’abord obtenu une licence de biochimie et de biologie moléculaire. Ensuite, j’ai validé un master professionnel en biochimie structurale et protéomique en 2007 à l’université Paul Sabatier de Toulouse. Durant mon master, j’ai appris différentes techniques de caractérisation des molécules et de leur structure. J’ai également effectué un stage de 6 mois, à Sanofi, une industrie pharmaceutique de Montpellier. L’objectif était de déterminer des structures 3D moléculaires à l’aide de la diffraction aux rayons X. J’avais pour fort souhait d’intégrer un laboratoire de recherche porté sur les études structurales. Ainsi, fin 2007, je suis rentrée au LBCM, Laboratoire de Biotechnologies et de Chimie Marines, en qualité d’ingénieure d’études en analyse chimique à Lorient. En 2016, le LBCM est devenu une unité de recherche de l’IUEM.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

En 2012, le LBCM avait déjà un statut de laboratoire associé à l’IUEM. En 2016, il a concrétisé son intégration en devenant un laboratoire de l’IUEM et il est lié avec deux autres laboratoires à l’axe « Biotechnologies Marines ». C’est donc naturellement que moi aussi j’ai rejoint l’IUEM.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Ma spécialité est l’analyse chimique. Cette branche d’activité permet d’identifier des molécules et de pouvoir les quantifier. Je participe à des travaux de recherche avec des étudiants en masters, des doctorants, des post docs ainsi que des chercheurs sur des thèmes de caractérisation structurale qui consistent à identifier une molécule responsable d’une activité biologique.

Le LBCM est reconnu pour son expertise sur les biofilms. Le biofilm est un mode de vie bactérien. Au départ du développement d’un biofilm, les bactéries adhèrent à une surface et sécrètent une matrice qui les enveloppe et les protège de l’environnement extérieur. Ce mode de vie est sous le contrôle de signaux moléculaires qui permettent aux bactéries de synchroniser leur phénotype comme la sécrétion de matrice. Une partie de mon activité consiste à identifier et quantifier ces signaux moléculaires.

En plus de mes activités au laboratoire, j’ai la chance de pouvoir animer des travaux pratiques et des travaux dirigés pour des étudiants de licence et de première année de master. Ces enseignements portent sur la chimie, de la réalisation de dosages au développement de méthodes analytiques et pour les étudiants en master, sur une semaine d’initiation à la recherche.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Oui, j’ai une anecdote que je ne suis pas prête à oublier. J’ai l’opportunité d’enseigner. Pour un tout premier TD, je me rapproche de la salle d’enseignement, rentre dans la salle et, en voulant refermer la porte, je tire sur la poignée… qui me reste dans la main après que la porte se soit refermée. Je repense à tous les étudiants surpris d’être enfermés avec moi dans cette pièce. Sur le coup, ça m’a fait rire et a eu l’effet de laisser s’envoler le trac que j’avais.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

De manière générale, les meilleurs souvenirs professionnels sont les échanges motivés et bienveillants avec les étudiants et les chercheurs sur leurs projets de recherche.

Si je dois en retenir un, ce serait une réunion de travail pour le démarrage d’un projet.

Nous étions une quinzaine de personnes dans un gîte : étudiants de Master 2 et enseignants-chercheurs. Il y avait notamment une équipe de l’université de Rouen avec laquelle on collabore depuis plus de 10 ans. Après nous être répartis les missions, chaque chercheur travaillant sur une souche bactérienne particulière, nous avons passé un agréable moment de convivialité.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’aime beaucoup voyager et le sport tel que la course à pied ou le volley-ball. J’aime beaucoup l’Espagne, notamment Barcelone, l’Italie avec Rome et Lisbonne pour ses différents quartiers avec ses ambiances singulières.

As-tu une devise ?

Oui, je dirais qu’en recherche il faut aimer se poser des questions.
Et il y en a aussi une plus classique mais qui fait sens pour moi : « Ne remets pas à demain, ce que tu peux faire aujourd’hui ».

Crédit photos :

Ambre Gautier / UBO

Contact :

Laure Taupin / UBS

28 juin 2021/par cyven

Stefan Lalonde, chargé de recherche CNRS au LGO

Actualité archive

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai effectué toutes mes études au Canada à l’Université McGill de Montréal et à l’Université d’Alberta à Edmonton. J’ai réalisé une licence en biologie cellulaire suivie d’un master en géomicrobiologie à Montréal puis une thèse en géochimie à Edmonton. Je voulais m’orienter vers la géochimie isotopique et j’avais fait dans ce but, une demande de financement post doc pour travailler avec un chercheur français reconnu : Olivier Rouxel qui était à l’Institut Océanographique de Woods Hole. J’ai eu mon financement avant la fin de ma thèse, et quand j’ai prévenu Olivier que j’allais pouvoir travailler avec lui, il m’a dit qu’il avait obtenu une chaire LabexMER à Brest. Je n’avais jamais entendu parler de cette ville, je pensais que c’était en Biélorussie. Je suis donc arrivé au LGO (anciennement LDO) pour le suivre. Le reste appartient à l’histoire.

Après 3 ans de post doc (financement CRNSG équivalent ANR pendant 2 ans), puis un an de post doc LabexMER, je suis rentré au CNRS en 2013.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Ce n’était pas mon choix à l’origine, j’avais choisi un chercheur plutôt qu’un lieu. J’ai découvert l’IUEM de manière assez inattendue, mais j’ai trouvé cet environnement tellement stimulant avec tous ces croisements interdisciplinaires. La région et les gens étaient en plus très sympas, donc finalement, j’étais plutôt content de mon déracinement.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Mes recherches sont centrées autour de la Terre primitive : les premiers 3 milliards d’années de l’histoire de la Planète où elle n’était encore qu’un monde microbien. Je m’intéresse plus particulièrement aux étapes clés dans l’évolution des grands cycles biogéochimiques que l’on connait aujourd’hui, ceux qui ont rendu notre planète habitable. Par exemple, quand est-ce que certains métabolismes sont apparus dans l’histoire de la planète ? Comment étaient les premiers océans, l’atmosphère et les surfaces continentales il y a des milliards d’années ? Comment fonctionnent les interactions entre la biosphère et la géosphère au cours des temps géologiques (milliards d’années) ?

Actuellement, j’ai des projets en cours sur l’initiation de l’usine carbonatée de la Terre il y a environ 3 milliards d’années. Comprendre la capacité de la biosphère à faciliter la précipitation des minéraux carbonatés est très important. Les sédiments carbonatés contiennent plus de 100 000 fois plus de CO2 que l’atmosphère. Aujourd’hui, les Bahamas sont constituées de 7 km de CACO3 quasi pur, ce qui représente un réservoir de CO2 60 000 fois plus important que le réservoir atmosphérique actuel. La capacité de la biologie à promouvoir la précipitation de ces minéraux est essentielle pour la régulation planétaire. La tendance naturelle des corps planétaires est de dégazer au cours des milliards d’années, et sur Terre, c’est la production et l’éventuelle subduction des roches carbonatées qui forment le bilan de carbone. Dans l’atmosphère de Vénus, qui est saturée en CO2 et sous haute pression, il n’y a jamais eu cette production de carbonate, et on comprend alors ce que pourrait devenir une planète sans cette usine carbonatée que nous observons sur Terre. Un de mes projets consiste à comprendre ce qui est à l’origine de ce processus de dégazage et de réintégration des sédiments carbonatés dans le manteau. Ces mêmes microbes sont responsables en partie de l’accumulation de l’O2 dans l’atmosphère et c’est aussi un de mes sujets de recherche que j’exploite grâce au projet EARTH BLOOM 2017-2022.

Stefan Lalonde présente lors du passage du G7 à Brest

Je suis également co-porteur d’un projet ICDP (International Continental Drilling Program) qui vise une séquence sédimentaire de 3,2 gigannées en Afrique du Sud et qui représente le premier environnement côtier préservé sur la planète. En 2018, mon équipe a découvert des tapis microbiens fossilisés dans des rares sédiments fluviatiles à la base de ce dépôt qui constituent la première et plus ancienne preuve d’une biosphère terrestre (émergeant de l’océan). C’est difficile de partager à quel point la Terre était différente à cette époque : une atmosphère sans aucune trace d’oxygène, un quasi « water world » avec très peu de continents émergés, des océans à potentiellement 60°C, une incidence d’UV solaire très élevée, une lune jusqu’à 30% plus proche de la surface terrestre et avec des marées gigantesques correspondantes. Pour moi, travailler sur ces périodes de temps-là, les étudier et comprendre le fonctionnement de la biosphère à l’époque, c’est presque comme regarder la vie sur une autre planète.

En parallèle, j’adore enseigner. J’interviens régulièrement en L3 dans le module « Évolution », en M2 géosciences marines, ici à l’IUEM, dans le module « Paléo-environnement et ressources minérales » et j’enseigne aussi une grosse partie du module « Océans et climat » pour le master de chimie marine.

Je suis également coordinateur scientifique du PSO pour l’IUEM et l’un des coordinateurs du Thème 2 ISblue : interactions Océan Terre. Je suis co-directeur de l’équipe Cyber de la future UMR Géo-Océan. Je suis aussi chaire adjoint du comité scientifique du programme ICDP et j’organise les séminaires LGO. J’étais coordinateur de l’axe 3 du LabexMER.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Quand j’étais en thèse au Canada, tous les ans le labo prenait un stagiaire pour 2 mois de recherche. Et à la fin du stage, le ou la stagiaire réalisait un poster récapitulatif. Ce coup-ci, on avait une stagiaire et pendant son premier jour, sa première mission était de s’occuper de la vaisselle du labo. Il fallait plonger les ustensiles dans de l’acide, puis rincer, re-remplir le bac en acide et tout recommencer dans l’autre sens. Et elle était tellement stressée de son premier jour qu’elle s’est évanouie devant le bac d’acide. Juste avant de tomber, elle s’est mise à parler avec difficulté, je n’ai vraiment pas compris. Je me suis dit que j’avais tué ma stagiaire. Je suis sorti pour demander du secours, et quand je suis revenu, elle était en train de se réveiller et elle m’a dit « Mais qu’est-ce que tu fais dans ma chambre ? »

Une fois où l’on faisait une sortie de terrain en hydravion au Nord du Canada dans un endroit très difficile d’accès, le pilote qui venait nous chercher nous a déclaré qu’il en avait marre, que les avions n’étaient pas entretenus, qu’il craignait pour sa vie et qu’il fuyait le village le soir-même. Il nous a même demandé s’il était possible qu’on le cache le temps de repartir le lendemain parce que son responsable était dangereux. Pour preuve, il l’attendait armé à l’aérodrome le lendemain.
Enfin, j’étais en Afrique du Sud avec Pierre Sansjofre, on traversait la montagne. C’était magnifique, elle était constituée de 2 km de sable de la première plage de la terre, avec des tapis microbiens fossilisés partout dans le sable. Le haut de la montagne était perdu dans le brouillard, on voyait à peine 10 m devant nous. Tout d’un coup, Pierre me prend par le manteau et me jette violemment sur le côté. J’étais à 2 doigts de marcher sur un serpent très venimeux. Il m’a sauvé la vie ce jour-là.

Stefan Lalonde et Pierre Sansjofre

J’étais avec un étudiant en master sur une île caribéenne : Los Roques, au large du Vénézuela. Les chefs de mission sont venus une semaine sur les deux semaines de terrain. À la fin de la mission, nous devions charger des kilos d’échantillons dans un avion en direction de Caracas. Mais il n’y avait pas de véritable aéroport, c’était en réalité une sorte de cabane pas plus grande qu’une baraque à frites. On devait prendre l’avion pour Caracas puis rentrer au Canada, et à Caracas on devait envoyer les échantillons au Canada via un transporteur. L’homme qui était en charge de « l’aéroport » nous a dit qu’il était impossible de monter dans l’avion avec les quelques 100 kg d’échantillons, que c’était trop lourd. Donc j’ai donné ma carte bleue à l’étudiant pour qu’il puisse monter dans l’avion avec les échantillons, et une fois à Caracas les envoyer vers le Canada. J’ai regardé l’avion partir sans moi. Je suis resté à côté de la piste en attendant qu’un avion ait de la place pour me ramener à Caracas, je ne parlais pas un mot d’espagnol et n’avais plus ma carte bancaire sur moi. Finalement en arrivant à Caracas, qui était l’une des principales plaques tournantes de la drogue d’Amérique Centrale, j’ai été pris dans un contrôle anti-drogue et ai failli rater l’avion. Quand finalement, les militaires ont vu le permis que j’avais sur moi, signé du Ministre de l’Intérieur vénézuélien qui expliquait mes recherches, ils m’ont tout de suite rapatrié à l’avion qui m’avait attendu.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Ils sont multiples et tournent tous autour des moments que j’ai passés sur le terrain. Il y a une camaraderie incroyable lorsqu’on est en mission et que l’on met sa vie dans les mains de son coéquipier. Nos vies dépendent les unes des autres. C’est puissant comme dynamique. Les endroits que j’ai visités et les choses très rares et si exceptionnelles que j’ai eues la chance de voir, font toutes partie de mes plus beaux souvenirs de boulot.

Le haut des montagnes rocheuses, les systèmes hydrothermaux du désert d’Atacama au Chili avec les alpagas et les flamants roses, les lacs gelés au Nord du Canada, les plus anciennes traces de vie sur terre en Afrique et en Australie, les séquence de terre boule de neige dans la Vallée de la Mort (Etats-Unis) et les grands espaces vides d’humanité au Nord du Canada : c’est tout ça mes plus beaux souvenirs. Je me sens super chanceux, j’ai l’impression d’en avoir déjà eu pour toute une vie dans ma jeune carrière.

J’ai aussi eu le plaisir de travailler avec des jeunes chercheurs et chercheuses exceptionnels, et c’est une de mes motivations premières le matin quand je me lève.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Ma vie s’est déroulée en deux temps. Et oui les vidéos et images de Stefan Lalonde, le skateboarder semi professionnel, c’est bien moi. Je recevais plein de matériel de sponsors, des fringues, c’était assez dingue. Maintenant que mon corps ne me soutient plus, pour retrouver ces sensations fortes, je construis des drones de course et d’acrobatie et je vole avec. À part ça, j’aime beaucoup l’astronomie et l’astrophotographie.

As-tu une devise ?

« Not my first rodeo! ». Je dis ça souvent pour faire comprendre aux gens de ne pas s’inquiéter et que ce n’est pas la première fois que je fais telle ou telle chose.

Crédits photos

LGO

UBO

Nicolas Guillas / Sciences Ouest

Contact

Stefan Lalonde / CNRS

4 juin 2021/par cyven

Claire Geslin, enseignant chercheur en microbiologie au LM2E

Actu de la lettre

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Avant d’intégrer l’IUEM j’ai obtenu mon Diplôme d’Etudes Approfondies (DEA) en microbiologie en 1998 à la Station Biologique de Roscoff. C’était un diplôme cohabilité avec Brest, Caen et Rennes. Le stage, encadré par Christian Jeanthon, s’est déroulé au laboratoire de bactériologie marine, dirigé par Daniel Prieur. Le sujet de recherche portait sur l’étude de bactéries isolées de sources hydrothermales océaniques et sur leurs interactions avec les métaux. En 1999, le laboratoire a migré de Roscoff vers Brest et intégré l’IUEM. Nous formions une équipe de microbiologie au LEMAR. Cette même année, j’ai débuté une thèse financée par l’UBO et un industriel. L’objectif de ma thèse était de rechercher des virus d’archées hyperthermophiles des environnements hydrothermaux océaniques profonds ; cela n’avait jamais été documenté auparavant.

En 2003, mon expérience post-doctorale en Pennsylvanie, à l’Université de Pittsburgh chez le Pr Roger Hendrix, m’a permis de travailler sur un projet portant sur l’analyse structurale de bactériophages isolés d’E. coli. C’est un modèle moins exotique que les micro-organismes extrémophiles mais pour lequel de nombreux outils de travail étaient disponibles.

Cette même année, j’ai décroché le concours de maître de conférences. Pour la petite anecdote, je passais le concours pour le poste de maître de conférence un jeudi, et le lendemain je m’envolais vers les États-Unis pour mon post doc. Je devais partir pendant deux ans de l’autre côté de l’Atlantique mais je suis revenue à Brest, 5 mois après, pour assurer la rentrée en septembre 2003.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Au départ, j’ai suivi le laboratoire de microbiologie dirigé par Daniel Prieur pour ma thèse et c’est comme cela que je suis arrivée à l’IUEM. J’y suis restée grâce à l’obtention de mon poste de maître de conférences et pour poursuivre, au LM2E, ma thématique de recherche sur les virus hydrothermaux marins. Ce sont des virus qui vont infecter des micro-organismes marins (bactéries et archées) qui se développent à de très hautes températures (70-90°C), sans oxygène et sous forte pression hydrostatique. Ces virus sont confrontés à des conditions extrêmes. Le but premier de ma thèse était de savoir s’il existait de tels virus. Il s’avère qu’au bout d’un an et demi de thèse, j’ai trouvé un virus : le premier isolé du système hydrothermal océanique : Pyrococcus Abyssi Virus n°1 (PAV1). Cette découverte, m’a permis d’être lauréate du Prix Bretagne Jeune Chercheur en 2005 (section Sciences de la vie et de l’environnement). Cette reconnaissance de mon travail de recherche par la région Bretagne a fait un peu connaître cette thématique de recherche auprès du grand public.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je continue à travailler sur cette thématique, sur cet environnement : les sources hydrothermales océaniques profondes où j’y étudie la diversité virale. A ce jour, seulement 11 virus hydrothermaux marins sont caractérisés dans le monde. Au LM2E, par le travail que je mène avec les étudiants, nous en avons caractérisé 6 sur les 11 (3 virus de bactéries et 3 virus d’archées). Nous pouvons même dire que nous sommes les seuls à avoir isolé et caractérisé des virus d’archées hyperthermophiles marines.
C’est une thématique très spécifique. Grâce à notre labo (UBO, CNRS et Ifremer) nous avons accès aux campagnes océanographiques et aux précieux échantillons hydrothermaux, ce qui n’est pas donné à tout le monde.

En 2020, nous avons publié un travail sur un virus de méthanogène. Les archées méthanogènes jouent un rôle primordial dans le cycle global du carbone en produisant du méthane.
Ce virus présente une morphologie « tête-queue », démontrant sans équivoque, pour la première fois, que ce morphotype classiquement retrouvé dans le monde viral bactérien peut se propager dans des conditions extrêmes à des températures de plus de 90°C. En effet, avant cette étude, aucun virus tête-queue (caudovirus) n’avait été isolé de micro-organismes hyperthermophiles, soulevant des questions sur la thermostabilité de ce morphotype (Thèse Sarah Thiroux 2019). C’est un des exemples de résultats majeurs obtenus ces dernières années dans le cadre de thèse que j’ai encadrées.

Une autre activité importante dans mon emploi du temps est l’enseignement.
Depuis 2003, en tant que maître de conférences, j’enseigne en Licence (L2 et L3) et en Master (M1 et M2 ; principalement dans le Master de microbiologie fondamentale et appliquée (MFA) et un peu dans les Masters des Sciences de la Mer et du Littoral (SML), formations dispensées à l’UBO, IUEM et intégrées à l’Ecole doctorale des Sciences de la Mer et du littoral (EDSML).
Mes enseignements portent principalement sur la physiologie microbienne, la génétique microbienne, l’écologie et biologie des extrêmophiles, et aussi bien évidemment la virologie.
J’encadre également des étudiants en master et en thèse sur mes thématiques de recherche.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Avec mon sujet de thèse, j’ai été parachutée sur un sujet de virologie, on ne travaillait pas sur cette thématique au laboratoire. Daniel Prieur et Patrick Forterre (Professeur à l’Université d’Orsay avec lequel notre laboratoire collabore) m’ont envoyée pendant 1 mois au Max Planck Institute à Martinsried en Allemagne pour me former à la virologie aux côtés de Wolfram Zillig, un chercheur qui dans les années 80 a été l’un des premiers à travailler sur le troisième domaine du vivant : Archaea. Wolfram Zillig a également fait un séjour dans notre labo à Brest, c ‘était vraiment enrichissant pour moi. D’ailleurs, les couloirs de l’IUEM doivent encore se rappeler de son tonitruant « Clear » come, quand il m’appelait !

J’ai été embauchée en 2003 donc finalement assez vite après ma thèse. Et puis, à l’époque je devais faire un peu jeunette. J’arrive pour mon premier cours en amphi, un quart d’heure avant le début du cours pour bien me préparer. J’étais assez stressée, alors pour me rassurer j’avais apporté quelques livres de microbiologie. Je les pose sur le bureau sur l’estrade, et deux étudiants arrivent et me disent « Oh super chouette tes bouquins ! », et commencent à les feuilleter. On discute un petit peu et le cours allant commencer, ils vont s’installer dans l’amphi. J’ai vu à leurs têtes qu’ils n’avaient pas compris que j’étais la prof et qu’ils pensaient que j’étais une étudiante comme eux. Et bien, ils ont été très très attentifs pendant les deux heures de cours. Ça ne m’arrive plus maintenant, on m’appelle Madame Geslin (rires).

Enfin une autre fois, lors d’un pot organisé au labo, il fallait faire un gâteau. Je ne suis pas très bonne cuisinière. J’ai donc acheté une préparation toute faite. Je l’ai faite cuire, mais pas assez. J’ai quand même apporté le gâteau au citron et l’ai mis au milieu des autres ni vu ni connu, parce qu’il était trop tard pour que je recommence. Au final tout le monde l’a adoré, et quand certains se sont enquis du nom du cuisinier, quelqu’un a dit que c’était moi. Plusieurs collègues m’ont demandé la recette de ce fameux gâteau au citron…. J’ai fini par leur donner mon secret : l’ouverture d’un sachet.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Je pense que le plus beau restera le moment où l’on m’a annoncé que c’était moi qui avais eu le concours pour le poste de maître de conférences. C’était vraiment un sentiment unique.

Autrement c’est lors des campagnes océanographiques. En 1999, j’ai eu l’opportunité de participer à la campagne océanographique AMISTAD, avec le navire l’Atalante et le sous-marin le Nautile. 21 plongées sont prévues avec le Nautile : 21 chercheurs et de la place pour les étudiants. Tout est réglé comme du papier à musique, s’il y a un problème technique qui empêche une plongée, tu peux perdre ton tour ! Le jour de ma plongée, il y a eu un problème électronique sur le Nautile, qui finalement a été résolu un peu plus tard. Alors vient le moment d’enfiler la combinaison jaune, et de partir pour 8 heures à 2300 m de profondeur. J’étais émerveillée par ce que je voyais ! Dans ce genre de plongée, on est enregistré pour pouvoir revenir sur ce qu’on a vu après. Et sur mon enregistrement on entendait uniquement des : « ohlala que c’est beau ! Vous avez vu ??? ».

J’ai eu une autre expérience de plongée en Atlantique cette fois, pendant la campagne EXOMAR, à 2000 m de profondeur en 2005. J’ai eu une chance dingue de pouvoir voir de près l’environnement sur lequel je travaille.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’adore lire un bon roman en buvant une tasse de thé. De bons repas entre amis c’est essentiel. Les voyages, les voyages forcément. Et j’aime la mer aussi, bien évidemment.

As-tu une devise ?

Je n’ai pas de devise. Mais en ce moment je lis Pas Mieux ! d’Arnaud Le Guilcher et on y trouve cette citation de Jean-Luc Godart :

« Van Gogh a cherché un peu de jaune

quand le soleil a disparu… Faut chercher mon vieux. Faut chercher… »