microorganismes

Archive d’étiquettes pour : microorganismes

Sophie Mieszkin, Maître de conférences en écologie et physiologie microbienne au laboratoire BEEP

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Suite à ma Licence de Biologie, j’ai réalisé le master de sciences biologiques marines à l’IUEM car j’étais intéressée par le domaine marin. J’ai effectué mon stage de master 2 à l’Ifremer de Plouzané et j’ai eu ensuite l’opportunité de continuer en thèse afin de développer des marqueurs de PCR en temps réel (Polymerase Chain Reaction, technique moléculaire permettant d’obtenir d’importantes quantités d’un fragment d’ADN), ciblant des bactéries appartenant à l’ordre des Bacteroidales, afin de discriminer l’origine humaine ou animale des contaminations fécales dans l’environnement littoral. Suite à l’obtention de mon doctorat en 2010, je suis partie 20 mois en post-doctorat en Angleterre à l’université de Birmingham pour faire de l’écologie microbienne en étudiant les interactions entre les biofilms bactériens et le recrutement des micro- et spores de macro-algues dans le contexte du biofouling. De retour en France, j’ai travaillé comme ATER à l’ESIAB car je voulais développer des compétences en enseignement, puis j’ai eu le concours de Maître de conférences en 2014. J’ai obtenu un poste à l’université de Lorraine où je suis restée 4 ans pour faire de l’écologie microbienne en environnement forestier. Je suis revenue ici, au laboratoire BEEP, en 2018 par mutation pour revenir à de l’écologie microbienne marine.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Je connaissais déjà bien l’IUEM et savais ce qui se faisait dans les labos. Même si ma parenthèse écologie forestière était très intéressante, j’ai toujours été passionnée par les thématiques marines et j’avais gardé des contacts pour de potentielles opportunités.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Dès mon arrivée, je suis intervenue dans des enseignements de microbiologie, de la licence au Master MFA (microbiologie fondamentale et appliquée) de l’UFR sciences que je codirige avec Mohamed Jebbar.
En recherche, j’ai développé un nouvel axe en écologie et physiologie microbienne au labo et je m’intéresse donc aux microorganismes (bactéries et archées) impliqués dans le cycle du fer au niveau des sources hydrothermales marines profondes. Fait marquant, j’ai décroché une ANR JCJC IRON2MI il y a deux ans, qui me permet de construire ma petite équipe autour de cette thématique et de le lancer réellement. Entre autre, nous essayons d’isoler de nouveaux microorganismes capables de réduire ou bien d’oxyder le fer pour mieux comprendre les voies métaboliques impliquées dans ces réactions d’oxydation-réduction. En complément, nous utilisons des approches de metabarcoding (technique d’identification moléculaire permettant la caractérisation génétique d’un ensemble d’individus présent dans un échantillon à partir d’une courte séquence d’ADN) pour l’étude des communautés microbiennes et de metagénomique afin de reconstruire des génomes et tout particulièrement d’organismes impliqués dans le cycle du fer. Dans le cadre de cette nouvelle thématique et de l’ANR LIFEDEEPER, j’ai eu l’opportunité en octobre 2023 de participer à la campagne océanographique BICOSE 3. J’ai collecté moi-même des échantillons au niveau du champs hydrothermal TAG situé sur la ride medio-atlantique et de faire une plongée dans le Nautile.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Allez, une en enseignement et une en recherche. Quelques semaines après être recrutée à l’université de Lorraine, j’ai donné des TP de mycologie. J’étais en blouse et les étudiants aussi. Une étudiante fait un malaise, j’appelle alors un régulateur de l’université pour que l’étudiante puisse aller à l’infirmerie. Quand la personne arrive dans la salle, elle demande l’enseignant et je lui dis donc que c’est moi, or elle ne me croit pas et pense que je suis une étudiante. J‘ai dû batailler pour qu’elle me croie, heureusement les étudiants étaient de mon côté… Aujourd’hui cela ne m’arrive plus !
Souvenir aussi d’un congrès à Seattle où je réalise en présentation orale le vendredi matin dès la début de la session. Je partage une chambre avec un amie qui elle, a continué la fête après le gala du jeudi soir. Elle rentre tard (ou tôt) et pas forcément en pleine forme. Bilan, je ne dors pas beaucoup de la nuit et je la vois encore bien se marrer derrière ses lunettes noires quand je suis sur l’estrade…

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?
Évidemment ma plongée en Nautile à l’automne dernier avec des émotions variées : l’excitation, le stress, la joie et l’émerveillement. J’ai été très impressionnée par la technique et le savoir-faire des pilotes et au fond (quand on voit affiché -3650m), aucune peur (juste un peu de stress), que de l’émerveillement. Les 8h dans le Nautile passent trop vite !

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’ai fait beaucoup de plongée en mer d’Iroise dès la thèse puis aujourd’hui avec les enfants nous faisons du Kayak en famille. Je fais du vélo et de la randonnée. Toujours des sports de plein air. J’adore jardiner, observer l’évolution de mon jardin au fil des saisons et la résilience des plantes soumises aux tempêtes de la pointe du Finistère.

As-tu une devise ?

C’est dans nos différences que la beauté prend tout son sens (Zohra Aaffane).

Crédit photos

Johanne Aubé /Ifremer

Eva Pouder / UBO

Contact

Sophie Mieszkin / UBO

3 juillet 2024/par cyven

Géraldine Sarthou, Biogéochimiste CNRS, Directrice du LEMAR

Actualité archive

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai soutenu ma thèse en 1996 à Toulouse, au laboratoire d’études en géophysique et océanographie spatiales (LEGOS). C’était les débuts des travaux sur le fer comme régulateur majeur de la productivité phytoplanctonique océanique. Cet élément est essentiel à la croissance des microorganismes et joue un rôle clé dans la pompe biologique de carbone. Je me suis donc attachée au cours de mon doctorat à étudier les concentrations de cet élément dans deux environnements contrastés en termes d’apports en fer : la mer Méditerranée et l’Océan Austral.

J’ai ensuite réalisé deux 2 post-doctorats à l’étranger : le 1^er en Angleterre à l’université de Liverpool et le 2^ème à Kiel (Allemagne) à Geomar. Au cours de ces post-doctorats, j’ai élargi mon expertise à d’autres métaux traces (en particulier le zinc) et au lien entre la matière organique dissoute et les métaux. J’ai en particulier travaillé sur des échantillons de sources hydrothermales au niveau du détroit de Bransfield dans l’Océan Austral. Je suis ensuite arrivée sur Brest à l’IUEM pour un dernier post-doctorat en 2000 avant d’être recrutée au CNRS en 2002 comme chargée de recherche.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

C’était l’opportunité de ce post doctorat. J’avais également envie de revenir en France et puis j’ai été attirée par la renommée des recherches menées à l’IUEM.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Côté recherche, je continue à travailler sur le cycle des métaux, leur spéciation et leurs liens avec le réseau trophique. Les objectifs sont de mieux quantifier leurs sources, leurs puits et leur devenir dans la colonne d’eau, ainsi que leur impact sur la pompe biologique de carbone. Dans mes recherches, je couple des observations et des expérimentations en laboratoire et je suis en interaction forte avec les modélisateurs. Depuis le début de ma thèse, j’ai embarqué sur de nombreuses campagnes océanographiques (15 au total, pendant 1 à 2 mois dans tous les océans de la planète sauf l’Arctique où je ne suis pas encore allée). J’ai été co-cheffe avec Pascale Lherminier de la mission GEOVIDE en 2014 dans l’océan Atlantique. Ce projet était la contribution française au programme international GEOTRACES dans l’Atlantique nord. Je suis fortement engagée dans ce programme international, pour lequel j’ai été membre du comité de pilotage international de 2011 à 2017 et je suis actuellement impliquée dans deux projets rattachés à ce programme (TONGA et SWINGS).

Depuis janvier 2022, je suis directrice du LEMAR, l’un des plus gros laboratoires de l’IUEM (avec plus de 130 permanents, une soixantaine de doctorants et une trentaine de post-doctorants/CDD). Ce qui m’a attiré dans cette fonction, c’est de travailler pour le collectif, de fédérer les personnes autour d’un projet commun et de mettre du sens et de la convivialité dans notre travail.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Pendant GEOVIDE, nous avons eu un problème de treuil. Le câble s’est déroulé à toute vitesse dans la colonne d’eau et quand nous avons réussi à remonter la rosette, c’était un vrai sac de nœuds !

Toujours au cours d’une mission, cette fois-ci dans l’Océan Austral, je travaillais avec une collègue dans le container propre qui était sur le pont arrière du navire et, via un appel sur la VHF, il nous a été formellement interdit de sortir du container jusqu’à la fin de la tempête qui a duré plusieurs heures ! C’était particulièrement stressant car nous étions bien secouées et le container faisait des bruits qui n’étaient pas très rassurants.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Avoir plongé depuis le pont d’un navire océanographique néerlandais (le Pelagia) en plein Océan Atlantique Tropical, puis avoir nagé tout autour du bateau : Une sensation de liberté totale même si les zodiaques étaient à l’eau pour sécuriser et vérifier que nos amis les requins n’approchaient pas.

Avoir navigué à bord du Pourquoi Pas ? proche d’un iceberg en Mer du Labrador ou à bord du Marion Dufresne au milieu des icebergs de l’Océan Antarctique.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Sport (badminton, volleyball, et un peu de footing aussi depuis le 1^er confinement), lecture, balades sur les sentiers côtiers et voyages.

As-tu une devise ?

« Ne pas se décourager et garder espoir » Géraldine Sarthou.

Crédit photos

Marie Cheize

Géraldine Sarthou / CNRS

Contact

Géraldine Sarthou / CNRS

5 mai 2022/par cyven

Nadège Quintin, assistante ingénieure UBO en microbiologie et virologie au LM2E

Actualité archive

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?
J’ai obtenu un DUT de microbiologie à l’IUT de Brest en 2000 et ai réalisé mon stage de fin d’études à Ifremer au laboratoire environnement profond. J’ai ensuite travaillé dans un laboratoire d’analyses. Après cette expérience, j’ai été recrutée à Laennec, hôpital de Quimper, où je faisais des analyses de recherche sur la tuberculose et des pathogènes liés aux liquides céphalorachidiens et pulmonaires. Malgré mon travail en CDI à l’hôpital, je gardais toujours en tête le souhait de faire de la recherche en microbiologie.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?
Mon intégration à l’IUEM s’est faite par un véritable concours de circonstances. Je travaillais encore à l’hôpital de Quimper lorsqu’un jour, la directrice de l’IUT où j’ai étudié, m’a appelé dans le cadre d’une enquête sur le suivi des anciens étudiants. Elle m’a parlé d’un CDD à l’IUEM et m’a proposé de postuler à Ifremer. En 2001, j’ai donc quitté mon CDI pour un CDD renouvelable. Ce contrat avait pour objectif de structurer et mettre en place la Souchothèque de Bretagne, qui est maintenant l’UBO CC (UBO Culture Collection). Mon CDD a été reconduit pendant 8 ans sur différents projets de recherche, toujours en rapport avec la microbiologie. En 2018, j’ai passé mon concours de fonctionnaire et ai obtenu un CDI.

Que fais-tu à l’IUEM ?
J’ai deux mi-temps. D’une part, je suis responsable de la collection de microorganismes marins (bactéries et archées) au sein de l’UBO CC. Ce travail consiste à collecter des microorganismes et à répertorier et maintenir une base de données. Cette collection renferme un patrimoine inestimable résultant de nombreuses campagnes océanographiques et de travaux de recherche. Pour partager au mieux cette ressource, l’UBO CC s’apprête à passer un audit afin d’obtenir la norme ISO 9001 et ainsi pouvoir faire partie des réseaux de centres de ressources biologiques.

D’autre part, je participe aux travaux de recherche au sein du LM2E. Mon travail de recherche se concentre depuis quelques années sur les virus de bactéries et archées issus des environnements extrêmes. J’étudie des échantillons des sources hydrothermales profondes qui sont récoltés lors de campagnes océanographiques à l’aide du Nautile ou du ROV. Je travaille avec Claire Geslin que j’assiste dans ses recherches.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?
En 2004, j’ai participé à la mission Biospeedo à bord de l’Atalante afin d’étudier le fonctionnement des communautés hydrothermales le long de la dorsale Sud Est Pacifique. J’ai passé 45 jours en mer et j’ai notamment eu la chance de plonger dans le Nautile à plus de 2800 mètres de profondeur. Cette expérience m’a aussi permis de confirmer que je n’ai absolument pas le pied marin.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?
Un de mes plus beaux souvenirs de boulot est la première fois où mon nom a figuré dans une publication scientifique. C’était un travail avec Olivier Nercessian sur la diversité des gènes fonctionnels des méthanogènes dans les environnements hydrothermaux des grands fonds.
Un autre beau souvenir est un jour de neige à l’IUEM. Peu de personnes avaient fait le trajet pour venir travailler car il y avait trop de neige. Pour passer le temps, nous avons fait de la luge à l’endroit où se trouve maintenant le nouveau parking.

Quelles sont tes centres d’intérêts ?
Je suis calcéologiste, c’est-à-dire que je suis collectionneuse de paires de chaussures. J’en possède beaucoup chez moi et j’en ai une grande variété qui sont originales.

J’apprécie aussi beaucoup mon travail, je fais un métier que je trouve passionnant et qui me permet d’évoluer et d’apprendre tous les jours. De plus, les techniques de recherche évoluent aussi très vite et c’est un aspect que j’affectionne beaucoup car il permet de rester dans l’air du temps.

Crédits photos

Geneviève Cohat

Contact

Nadège Quintin

20 décembre 2019/par cyven

Archive d’étiquettes pour : microorganismes

Search