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Hugo Doré, Postdoc ISblue en écologie microbienne au laboratoire BEEP

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait mon Master à l’École normale supérieure de Lyon, pendant lequel je me suis rapidement intéressé à l’écologie microbienne. J’ai obtenu mon master en 2014 puis j’ai réalisé ma thèse à la Station biologique de Roscoff au laboratoire Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M) sur la diversité et l’écologie des picocyanobactéries marines (bactéries de très petite taille capables de faire de la photosynthèse). Ces cyanobactéries se trouvent dans tous les océans, sont particulièrement abondantes et présentent une grande diversité génétique. J’ai utilisé des analyses bioinformatiques pour étudier leur répartition géographique et des approches de cultures en laboratoire pour mesurer leur réponse à des stress physiologiques. L’idée était de voir comment les groupes se répartissent à la surface du globe, et ce qui a permis leur adaptation à des conditions très différentes. Comme ces bactéries fixent du carbone, elles ont un impact important sur le climat et ces résultats pourraient permettre de mieux calibrer les modèles biogéochimiques de l’Océan. Ensuite, je suis parti à l’Université de Californie à Santa Barbara pour un postdoc de 3 ans. J’ai travaillé sur la dynamique évolutive de populations bactériennes qui forment des biofilms à la surface des sédiments dans des marais salés. Après ces 3 ans, j’ai choisi de rentrer en France pour la suite de ma carrière.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Vu que j’avais fait ma thèse à Roscoff, j’avais bien envie de revenir dans le Finistère. Je connaissais Loïs Maignien qui faisait d’ailleurs partie de mon jury de thèse ; je l’ai contacté pour que nous montions un projet ensemble et j’ai postulé à l’appel d’offre des bourses postdoctorales ISblue avec le projet MOBIDiC. J’ai commencé mon postdoc en avril 2022.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je travaille sur les données de la série temporelle MicroBrest. Elle a été mise en place par Loïs Maignien et Christine Paillard en 2014 et consiste à échantillonner tous les 15 jours les bactéries présentes à la surface au niveau du ponton de Sainte Anne du Portzic. L’eau de mer est prélevée par Morgan Perennou qui la filtre pour récupérer les bactéries puis extrait leur ADN. Sur les 8 années, nous avons 100 métagénomes (ensemble de l’ADN des bactéries présentes dans un échantillon d’eau de mer) disponibles. Mon rôle est d’utiliser ces données pour suivre l’évolution de ces bactéries par des approches de bioinformatique. Plus précisément, pour un certain nombre d’espèces de bactéries, je cherche à quantifier leur diversité génétique et à identifier les mutations présentes le long de leur génome. MicroBrest constitue une base de données exceptionnelle qui permet de suivre la dynamique de ces mutations génétiques au cours du temps pour mieux comprendre l’évolution des populations bactériennes dans leur milieu naturel. L’objectif est de comprendre comment elles s’adaptent aux variations de l’environnement à une échelle de temps assez courte, qu’elles soient saisonnières ou à plus long terme, y compris le changement global.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Lors de mon recrutement pour mon postdoc en Californie, la chercheuse avec qui je devais travailler m’a fait venir sur place pour un entretien. Elle a sorti le grand jeu ! Comme cela se fait aux États-Unis, elle avait coordonné plusieurs rendez-vous avec quelques chercheurs du département. Mais elle avait aussi organisé une après-midi de team-building avec tout son labo, où nous sommes allés nous initier au baseball avant de nous inviter pour un barbecue chez elle. Ça a fonctionné puisque j’ai rejoint son labo… et 3 ans plus tard, j’ai demandé le même traitement pour fêter mon départ !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

C’est difficile de choisir mais comme je n’ai pas eu beaucoup l’occasion d’en faire, j’ai envie d’évoquer des souvenirs de « terrain ». En master, j’ai eu la chance de pouvoir embarquer sur une campagne aux Bermudes. Une fois le mal de mer passé, j’ai pu en profiter à fond ! Plus récemment en postdoc, j’ai effectué plusieurs semaines d’échantillonnages à Woods Hole sur la côte Est des tats-Unis. De très bons moments pour la cohésion d’équipe, que ce soit à patauger dans la vase ou en se réconfortant au bar…

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Globalement, les activités de plein air (quand le temps le permet…) ! Je me suis mis au surf en Californie et je profite d’être dans le Finistère pour (essayer de) progresser. Je pratique aussi le Kung-Fu à l’Ecole Wushu Brest.

Crédit photos

Clarisse Lemonnier

Lizzy Wilbanks

Contact

Hugo Doré / Ifremer

 

Laure Taupin, ingénieure d’études au LBCM

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai d’abord obtenu une licence de biochimie et de biologie moléculaire. Ensuite, j’ai validé un master professionnel en biochimie structurale et protéomique en 2007 à l’université Paul Sabatier de Toulouse. Durant mon master, j’ai appris différentes techniques de caractérisation des molécules et de leur structure. J’ai également effectué un stage de 6 mois, à Sanofi, une industrie pharmaceutique de Montpellier. L’objectif était de déterminer des structures 3D moléculaires à l’aide de la diffraction aux rayons X. J’avais pour fort souhait d’intégrer un laboratoire de recherche porté sur les études structurales. Ainsi, fin 2007, je suis rentrée au LBCM, Laboratoire de Biotechnologies et de Chimie Marines, en qualité d’ingénieure d’études en analyse chimique à Lorient. En 2016, le LBCM est devenu une unité de recherche de l’IUEM.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

En 2012, le LBCM avait déjà un statut de laboratoire associé à l’IUEM. En 2016, il a concrétisé son intégration en devenant un laboratoire de l’IUEM et il est lié avec deux autres laboratoires à l’axe « Biotechnologies Marines ». C’est donc naturellement que moi aussi j’ai rejoint l’IUEM.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Ma spécialité est l’analyse chimique. Cette branche d’activité permet d’identifier des molécules et de pouvoir les quantifier. Je participe à des travaux de recherche avec des étudiants en masters, des doctorants, des post docs ainsi que des chercheurs sur des thèmes de caractérisation structurale qui consistent à identifier une molécule responsable d’une activité biologique.

Le LBCM est reconnu pour son expertise sur les biofilms. Le biofilm est un mode de vie bactérien. Au départ du développement d’un biofilm, les bactéries adhèrent à une surface et sécrètent une matrice qui les enveloppe et les protège de l’environnement extérieur. Ce mode de vie est sous le contrôle de signaux moléculaires qui permettent aux bactéries de synchroniser leur phénotype comme la sécrétion de matrice. Une partie de mon activité consiste à identifier et quantifier ces signaux moléculaires.

En plus de mes activités au laboratoire, j’ai la chance de pouvoir animer des travaux pratiques et des travaux dirigés pour des étudiants de licence et de première année de master. Ces enseignements portent sur la chimie, de la réalisation de dosages au développement de méthodes analytiques et pour les étudiants en master, sur une semaine d’initiation à la recherche.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Oui, j’ai une anecdote que je ne suis pas prête à oublier. J’ai l’opportunité d’enseigner. Pour un tout premier TD, je me rapproche de la salle d’enseignement, rentre dans la salle et, en voulant refermer la porte, je tire sur la poignée… qui me reste dans la main après que la porte se soit refermée. Je repense à tous les étudiants surpris d’être enfermés avec moi dans cette pièce. Sur le coup, ça m’a fait rire et a eu l’effet de laisser s’envoler le trac que j’avais.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

De manière générale, les meilleurs souvenirs professionnels sont les échanges motivés et bienveillants avec les étudiants et les chercheurs sur leurs projets de recherche.

Si je dois en retenir un, ce serait une réunion de travail pour le démarrage d’un projet.

Nous étions une quinzaine de personnes dans un gîte : étudiants de Master 2 et enseignants-chercheurs. Il y avait notamment une équipe de l’université de Rouen avec laquelle on collabore depuis plus de 10 ans. Après nous être répartis les missions, chaque chercheur travaillant sur une souche bactérienne particulière, nous avons passé un agréable moment de convivialité.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’aime beaucoup voyager et le sport tel que la course à pied ou le volley-ball. J’aime beaucoup l’Espagne, notamment Barcelone, l’Italie avec Rome et Lisbonne pour ses différents quartiers avec ses ambiances singulières.

As-tu une devise ?

Oui, je dirais qu’en recherche il faut aimer se poser des questions.
Et il y en a aussi une plus classique mais qui fait sens pour moi : « Ne remets pas à demain, ce que tu peux faire aujourd’hui ».

Crédit photos :

Ambre Gautier / UBO

Contact :

Laure Taupin / UBS

Marie Lang, Ingénieure de recherche en biotechnologies au LBCM (Vannes)

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

Après l’obtention de mon baccalauréat à Strasbourg, je suis restée dans cette région pour faire une licence en biologie cellulaire et physiologie. Ensuite, après la L3, j’ai poursuivi mes études par un master en valorisation des ressources végétales. J’ai réalisé mon stage de fin d’études de 6 mois au LBCM dans le cadre d’un projet sur l’utilisation de mélanges d’huiles essentielles en santé animale, en collaboration avec l’entreprise bretonne Bio-Armor. Étant donné que cette association avait bien fonctionné, l’entreprise et le laboratoire ont pris la décision de continuer à travailler ensemble. Le temps de la mise en place de mon contrat de doctorat, mon activité s’est centrée sur les polysaccharides d’algues, au LBCM. Il s’agissait d’extraire et de purifier ces dernières à partir d’algues vertes, en vue d’une utilisation antibiofilm. Après cette expérience, j’ai fait ma thèse au LBCM toujours en collaboration avec Bio-Armor sur le projet EVHELCAP (Évaluation des Huiles Essentielles en Complémentation Animale Préventive) ; je l’ai soutenue en juillet 2018.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Pour moi, le fait que ma thèse se déroule en collaboration entre le LBCM et Bio-Armor avait 2 intérêts principaux : l’étude d’extraits naturels et la santé animale. La Bretagne me plaisait aussi beaucoup. Ainsi, intégrer le LBCM était naturellement une continuité de mon projet professionnel. Je travaille d’ailleurs toujours en partenariat avec la même entreprise et suis actuellement en CDD depuis le mois d’octobre 2018.

Que fais-tu à l’IUEM ?

En recherche, je développe un modèle des infections et des interactions hôtes-pathogènes. L’hôte principal sur lequel je travaille est un petit ver de 1 mm de long sans danger pour l’homme, Caenorhadbitis elegans. Ce petit ver est particulièrement intéressant car il est sensible à certaines bactéries pathogènes qui peuvent également présenter un danger pour l’homme ou l’animal. Après infection, il présente des symptômes souvent mortels, ce qui permet d’évaluer de nouveaux produits à visée antibiotique.  Cette thématique est très en vogue aujourd’hui, étant donné qu’il est parfois complexe de venir à bout de bactéries devenues résistantes.

Au LBCM, nous avons 2 principaux axes de recherche :

  • Biofilms et microbiomes, il s’agit de l’étude des différents acteurs du biofilm (bactéries, microalgues) et le microbiome, l’étude des paramètres physiques de l’adhésion, et des communications chimiques entre les organismes.
  • Biotechnologies bleues : extractions de molécules d’intérêt à partir d’algues ou d’autres organismes marins (valorisation des ressources par des procédés éco-responsables), bioremédiation (préservation de la qualité des eaux de mer) et développement de probiotiques destinés à l’aquaculture ou de revêtements antifouling.

Mon travail se trouve à l’interface de ces deux axes, puisqu’il permet d’une part d’étudier les interactions entre l’hôte et son pathogène, et qu’il sert d’autre part à évaluer et valoriser de nouvelles molécules d’intérêt.

Côté enseignement, je forme des étudiants de L2 et L3 en biologie végétale, virologie et chimie à l’UBS de Vannes.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Au cours de ma thèse, j’ai utilisé un grand nombre d’huiles essentielles atypiques, et notamment l’huile essentielle d’ail. Un jour, un flacon a malencontreusement été renversé. L’odeur d’ail s’est très vite répandue dans l’ensemble du bâtiment, ce qui a intrigué beaucoup de collègues !

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Le jour de ma soutenance de thèse.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Tout ce qui touche à la nature et aux animaux (anciennement bénévole à la SPA) et plus récemment, l’éducation canine.

As-tu une devise ?

« La vie c’est comme une bicyclette, il faut avancer pour ne pas perdre l’équilibre ». Albert Einstein.

 

Crédit photos

Marie Lang/UBS

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Marie Lang