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Didier Flament, Chercheur en microbiologie des Archaea au laboratoire BEEP

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait ma thèse à la Station biologique de Roscoff sur la recherche de glycoside hydrolase de bactéries marines dans le laboratoire de Bernard Kloareg. L’idée était de trouver des enzymes capables de dégrader les polysaccharides de la paroi des algues rouges. Un des objectifs principaux était de mieux comprendre le fonctionnement et la structure de ces enzymes. Il y avait aussi un volet biotechnologique qui consistait à proposer des outils pour produire des fragments de polysaccharides sulfatés ayant pour effet de renforcer l’immunité naturelle des plantes en champs, face à l’attaque de champignons nuisibles notamment.

Ensuite j’ai enchaîné par un postdoc de 18 mois en bioinformatique à l’Ifremer dans le laboratoire Microbiologie et de Biotechnologie des Extrêmophiles. Le sujet consistait à annoter le génome de Pyrococcus Abyssi, littéralement « la boule de feu des abysses », et à rechercher de nouvelles séquences d’enzymes thermostables d’intérêt industriel. Cette espèce microbienne appartient au domaine des Archaea, le 3ème domaine du vivant, et a été prélevée au niveau d’une source hydrothermale à environ 3000 mètres de profondeur. Sa température optimale de croissance est de 98 °C. Pour la petite histoire, le génome de cette fameuse boule de feu des abysses a permis au Genoscope de régler ses machines avant d’attaquer le séquençage du génome humain.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Par amour ! Pour ma femme d’abord qui avait déjà un emploi à Plouzané et aussi pour le milieu marin bien sûr. J’ai eu la chance de pouvoir être recruté en 2001 dans le labo ou j’avais effectué mon postdoc qui est rapidement devenu le LMEE en fusionnant avec l’équipe « Diversité et adaptations des procaryotes des environnements extrêmes » hébergée au LEMAR à l’époque.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Mon projet de recherche consiste à combiner des approches de génétique, de biochimie et de biologie moléculaire pour percer les mystères de la réparation et de la réplication de l’ADN chez les archaea hyperthermophiles marines, des microorganismes totalement épatants ! Les Archaea sont en effet des championnes pour se développer dans les environnements les plus extrêmes et elles ont une histoire évolutive très intrigante puisqu’il est maintenant admis que la branche des eucaryotes prend racine au sein de ce domaine.

A partir de 2014, je suis devenu responsable du labo situé sur le site Ifremer de l’unité mixte de recherche (UMR) et Directeur adjoint (DA) de l’unité. Mon mandat de DA s’est terminé en décembre 2021 avec la naissance d’une nouvelle UMR BEEP, pour Biologie et Écologie des Écosystèmes marins Profonds. Elle provient de la fusion du LMEE avec le laboratoire Environnement Profond de l’Ifremer et de la volonté de regrouper, dans une même unité, des écologues des compartiments faunistiques et microbiens associés aux écosystèmes de l’océan profond.

A la fin de cette année, je terminerai également mon mandat de responsable de laboratoire et je compte bien me remettre à maniper. Nombre de mes collègues sont sceptiques sur mes capacités à retourner à la paillasse, j’espère bien les faire mentir à ce sujet !

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

En 2006, Joël Querellou, Directeur du labo, organisait le congrès international Extremophiles au Quartz à Brest. Je participais à l’organisation et avais le rôle de faire respecter le temps des interventions orales. Pour cela, j’avais décidé de faire retentir un son de gong lorsque le temps imparti était écoulé. Je dois admettre que le son était plutôt du type « métal hurlant » que « carillon Feng Shui ». Après la première intervention, Joël m’a discrètement mais fermement demandé d’adopter une autre approche. Il faut dire que le premier oral était celui de Christian de Duve, Prix nobel de physiologie, et que eu égard à sa notoriété et son grand âge (89 ans à l’époque), le Vicomte de Duve ne s’attendait pas une telle interruption dans son discours ! J’ai pali en le sentant défaillir, m’imaginant déjà supporter la culpabilité d’avoir provoqué un malaise du vieil homme, mais heureusement après une petite pause et quelques gorgées d’eau, il a réussi à aller au bout de son oral et à descendre à peu près normalement de l’estrade !

Je pourrais aussi vous raconter quand, en tant que chaire d’une session d’un congrès international, j’ai lancé ma session devant une salle vide !!!  Mais c’est une autre histoire et certains risquent de ne plus accepter mon aide pour l’organisation de congrès.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Quand je recherchais des gènes de glycosides hydrolase en thèse, après avoir criblé 15000 clones issus de 3 banques génomiques différentes pendant plusieurs semaines (demander aux vieux biologistes moléculaires de vos unités ce que ça représente !), j’en ai finalement trouvé un positif Hip Hip Hip Hourra !!!

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La Planche à voile, la lecture, balades et voyage à vélo

As-tu une devise ?

J’aime bien celle qu’on attribue à Aristote :

Il y a trois sortes d’hommes : les vivants, les morts, et ceux qui vont sur la mer.

Crédit photos

Olivier Dugornay / Ifremer

Sébastien Laurent / Ifremer

Contact

Didier Flament / Ifremer

 

Laure Taupin, ingénieure d’études au LBCM

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai d’abord obtenu une licence de biochimie et de biologie moléculaire. Ensuite, j’ai validé un master professionnel en biochimie structurale et protéomique en 2007 à l’université Paul Sabatier de Toulouse. Durant mon master, j’ai appris différentes techniques de caractérisation des molécules et de leur structure. J’ai également effectué un stage de 6 mois, à Sanofi, une industrie pharmaceutique de Montpellier. L’objectif était de déterminer des structures 3D moléculaires à l’aide de la diffraction aux rayons X. J’avais pour fort souhait d’intégrer un laboratoire de recherche porté sur les études structurales. Ainsi, fin 2007, je suis rentrée au LBCM, Laboratoire de Biotechnologies et de Chimie Marines, en qualité d’ingénieure d’études en analyse chimique à Lorient. En 2016, le LBCM est devenu une unité de recherche de l’IUEM.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

En 2012, le LBCM avait déjà un statut de laboratoire associé à l’IUEM. En 2016, il a concrétisé son intégration en devenant un laboratoire de l’IUEM et il est lié avec deux autres laboratoires à l’axe « Biotechnologies Marines ». C’est donc naturellement que moi aussi j’ai rejoint l’IUEM.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Ma spécialité est l’analyse chimique. Cette branche d’activité permet d’identifier des molécules et de pouvoir les quantifier. Je participe à des travaux de recherche avec des étudiants en masters, des doctorants, des post docs ainsi que des chercheurs sur des thèmes de caractérisation structurale qui consistent à identifier une molécule responsable d’une activité biologique.

Le LBCM est reconnu pour son expertise sur les biofilms. Le biofilm est un mode de vie bactérien. Au départ du développement d’un biofilm, les bactéries adhèrent à une surface et sécrètent une matrice qui les enveloppe et les protège de l’environnement extérieur. Ce mode de vie est sous le contrôle de signaux moléculaires qui permettent aux bactéries de synchroniser leur phénotype comme la sécrétion de matrice. Une partie de mon activité consiste à identifier et quantifier ces signaux moléculaires.

En plus de mes activités au laboratoire, j’ai la chance de pouvoir animer des travaux pratiques et des travaux dirigés pour des étudiants de licence et de première année de master. Ces enseignements portent sur la chimie, de la réalisation de dosages au développement de méthodes analytiques et pour les étudiants en master, sur une semaine d’initiation à la recherche.

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Oui, j’ai une anecdote que je ne suis pas prête à oublier. J’ai l’opportunité d’enseigner. Pour un tout premier TD, je me rapproche de la salle d’enseignement, rentre dans la salle et, en voulant refermer la porte, je tire sur la poignée… qui me reste dans la main après que la porte se soit refermée. Je repense à tous les étudiants surpris d’être enfermés avec moi dans cette pièce. Sur le coup, ça m’a fait rire et a eu l’effet de laisser s’envoler le trac que j’avais.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

De manière générale, les meilleurs souvenirs professionnels sont les échanges motivés et bienveillants avec les étudiants et les chercheurs sur leurs projets de recherche.

Si je dois en retenir un, ce serait une réunion de travail pour le démarrage d’un projet.

Nous étions une quinzaine de personnes dans un gîte : étudiants de Master 2 et enseignants-chercheurs. Il y avait notamment une équipe de l’université de Rouen avec laquelle on collabore depuis plus de 10 ans. Après nous être répartis les missions, chaque chercheur travaillant sur une souche bactérienne particulière, nous avons passé un agréable moment de convivialité.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

J’aime beaucoup voyager et le sport tel que la course à pied ou le volley-ball. J’aime beaucoup l’Espagne, notamment Barcelone, l’Italie avec Rome et Lisbonne pour ses différents quartiers avec ses ambiances singulières.

As-tu une devise ?

Oui, je dirais qu’en recherche il faut aimer se poser des questions.
Et il y en a aussi une plus classique mais qui fait sens pour moi : « Ne remets pas à demain, ce que tu peux faire aujourd’hui ».

Crédit photos :

Ambre Gautier / UBO

Contact :

Laure Taupin / UBS