Sophie Rodrigues, Enseignante-chercheure en microbiologie marine au LBCM

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait ma thèse à l’UBS en codirection entre le LBCM et le LEMAR  de 2011 à 2014 ; je connais donc l’IUEM depuis longtemps. Durant ma thèse je me suis intéressée aux relations hôte-pathogène et plus spécifiquement au lien entre la formation de biofilm et la virulence de la bactérie Vibrio tapetis, pathogène de la palourde japonaise. Le but de la thèse était de caractériser pour la première fois le biofilm de ce pathogène marin et d’évaluer notamment l’effet de certains paramètres impliqués dans l’établissement de la maladie de l’anneau brun chez la palourde, comme les variations de température ou de salinité représentatives des fluctuations naturelles dans l’environnement. Dans un deuxième axe de ma thèse, j’ai étudié l’activité anti-biofilm d’une bactérie marine appartenant au genre Pseudoalteromonas. L’idée était d’évaluer le potentiel de cette bactérie contre le biofilm de Vibrio tapetis pour une éventuelle utilisation comme probiotique en aquaculture.

Par la suite, j’ai fait 3 ans de post docs sur des sujets assez différents mais en essayant de garder toujours un lien avec l’étude des biofilms ! Lors de mon 1^er post doc, j’ai participé à un projet visant à mettre au point une stratégie de biocontrôle (en particulier antibiofilm !) contre un phytopathogène. C’est grâce à ce projet que j’ai rejoint par la suite un laboratoire de l’Université de Rouen (nos collègues du CBSA Évreux), où j’ai pu étudier la réponse physiologique de le bactérie pathogène Pseudomonas aeruginosa exposée à une hormone de réponse au stress (l’adrénaline). Je me suis donc un peu éloignée de la thématique « marine », mais c’était pour mieux y revenir plus tard !

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Nous (le LBCM) avons intégré l’IUEM en 2012, c’est-à-dire au tout début de ma thèse ; elle a d’ailleurs été la première du labo estampillée IUEM. Ainsi, je baigne dans l’IUEM depuis plus de 10 ans. Ce qui m’a attiré vers le sujet de thèse (qui était aussi celui de mon stage de M2) était la thématique des biofilms axée sur l’environnement marin et les relations hôte-pathogène. Après mes post docs, j’ai réintégré l’IUEM lors de mon recrutement comme Maître de conférences (MCF) à l’UBS en septembre 2020.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je consacre une bonne partie de mon temps à l’enseignement (surtout à la préparation des cours, en particulier lorsqu’on est jeune MCF !) de la Licence 1 au Master 2. J’ai le plaisir d’enseigner la biologie, la microbiologie et la biologie moléculaire à la fois en cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques (ce que je trouve top car cela permet d’être au plus près des étudiants).

Pour la partie recherche, nous avons au LBCM 3 grands axes thématiques. Je suis impliquée notamment dans le 3^ème qui a pour objectif de comprendre le lien entre le biofilm et la virulence bactérienne (dans la droite lignée de ma thèse). Je m’intéresse plus particulièrement aux biofilms de Vibrio pathogènes d’organismes marins, avec l’idée d’étudier la dynamique de formation de ces biofilms (principalement par microscopie confocale) et d’identifier les gènes associés aux mécanismes de virulence cette fois par des approches de transcriptomique. Un dernier objectif dans cette thématique est la recherche et la caractérisation de métabolites d’origine marine à activité anti-biofilm et l’identification de leurs mécanismes d’action. Cet axe de recherche nous amène très souvent à échanger et collaborer avec un autre laboratoire de l’IUEM (le LEMAR).

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Pendant ma thèse, je cherchais à faire des mutants de la bactérie que j’étudiais. Tous les gens qui ont un jour faire de la biologie moléculaire savent qu’obtenir un mutant ce n’est pas toujours chose facile. Cela m’a donc demandé des mois de mise au point de la technique, de galères et d’échecs… Mais, au cours de ma deuxième année, j’ai enfin réussi à obtenir mon premier mutant ! Oui mais voilà, c’était un vendredi (je suis à peu près sûre qu’il devait être assez tard car le labo était très calme…), lorsque j’ai vu apparaitre sur l’appareil le résultat que j’attendais depuis des mois, je me suis mise à danser (et chanter ?) enfin j’ai laissé exploser ma joie (et mes nerfs) en pensant être seule. C’est justement à ce moment là que mon directeur de thèse (et directeur de labo à l’époque) est entré dans la pièce et ma prise en flagrant délit. Évidemment ça l’a fait rire mais surtout il était très content pour moi.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

J’en ai plusieurs, mais un de mes plus beaux souvenirs est forcément lié à cette anecdote puisque c’est pour des moments comme celui-là qu’on fait de la recherche : la satisfaction de mener à bien un projet pour lequel on a travaillé dur, développé des choses, collaboré… C’est chouette. Et en ce qui me concerne, manipuler des séquences d’ADN dans nos petits tubes et réussir à en faire de vrais outils moléculaires je trouve ça extraordinaire !

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La lecture et le yoga.

As-tu une devise ?

Ce n’est pas une devise mais une citation que j’avais choisi de mettre au début de mon manuscrit de thèse et qui fait sens pour moi : « L’Homme est capable de faire ce qu’il est incapable d’imaginer » c’est de René Char.

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