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Alexis Bazire, Maître de conférences en microbiologie au LBCM

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai réalisé une thèse de microbiologie au laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM) qui portait sur l’étude d’une bactérie potentiellement pathogène : Pseudomonas aeruginosa. L’objectif était de mieux comprendre comment ces bactéries interagissent au niveau moléculaire, avec pour objectif de court-circuiter leur communication et ainsi diminuer leur virulence. Trouver des molécules capables de couper la communication, c’est affaiblir l’adversaire et ce sont potentiellement des alternatives à l’utilisation massive d’antibiotiques.

Je suis ensuite parti en postdoc au Danemark à l’Université Technique du Danemark (DTU) située à Lyngby (ça se prononce Lunegbu), une petite ville à une dizaine de kilomètres au nord de Copenhague. La vie y était assez paisible, les danois ont une autre conception de la vie et du travail que les français. J’y ai appris à étudier la capacité des bactéries à former des communautés nommées biofilm, j’utilisais essentiellement la microscopie confocale à balayage laser. Ces compétences m’ont permis d’être recruté en 2007 en tant que maître de conférences au LBCM, puisque le laboratoire développait depuis peu sa thématique autour des biofilms.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Avant mon arrivée à l’IUEM, j’étais déjà en poste au LBCM puisque c’est le laboratoire dans son intégralité qui a d’abord été associé à l’IUEM en 2012 puis intégré en 2017. Ce fut une volonté commune de notre laboratoire mais évidente d’un point de vue personnel puisque je travaille sur de nombreux modèles bactériens d’origine marine.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Étant maître de conférences, je suis un peu multi taches, une sorte de couteau suisse.

J’y suis donc chercheur, avec, comme je le disais, une activité autour de l’étude des biofilms des bactéries pathogènes marines ou non et la recherche de molécules d’origine marine limitant la virulence. Je participe à plusieurs projets, notamment avec des collègues du LEMAR, comme Sylvain PETEK et Gwenaëlle LE BLAY avec lesquels nous co-encadrons une thèse et collaborerons prochainement sur un Flagship ISblue récemment acquis. Toujours sur le volet de la limitation des biofilms de pathogènes, je collabore avec l’entreprise MARINE AKWA qui développe des probiotiques pour l’aquaculture. Et sur un volet plus fondamental, je participe de façon continue mais plus ou moins assidument, depuis presque 20 ans maintenant, à une collaboration avec un laboratoire d’Évreux sur les mécanismes de virulence de P. aeruginosa. Ce sont des personnes que j’apprécie, avec qui il est facile de travailler en confiance et qui sont devenues plus que des collègues depuis toutes ces années.

J’y enseigne, à l’UBS sur le site de Lorient, de la Licence 1 au Master 2, je dirais même en Licence -1 puisque j’organise un cycle préparatoire aux études de santé destiné aux élèves de terminale souhaitant se diriger vers des études médicales. Nos promotions d’étudiants restent raisonnables, même si en L1 ça devient très chargé ; ce qui permet une proximité assez agréable avec les étudiants, on arrive encore à associer des noms et des visages.

Et enfin, au niveau administratif, je suis directeur adjoint du LBCM, directeur des études de 2 parcours de L3, correspondant de la Licence accès Santé UBS/UBO, et coordinateur du thème 4 ISblue. Ça fait beaucoup de paperasses et de mails…

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Deux me viennent à l’esprit, la première qui au final n’est pas très drôle mais qui témoigne de l’engagement dans ce métier. Je devais faire un suivi expérimental avec des points toutes les 4 heures, je n’habitais pas très loin du laboratoire, donc je mettais mon réveil à sonner pour me lever et faisais l’aller-retour rapidement. Lors d’un point à 4h du matin, j’ai eu une petite frayeur en croisant mon directeur de thèse qui lui venait finaliser la rédaction d’un article ! On s’est amusé de la situation, car on était presque en pyjama, mais cela ne m’a finalement pas dégoûté du métier.

La seconde, j’étais en postdoc au Danemark, dans un avion en direction d’un gros congrès au Québec et assis près d’un homme avec qui je discutais de tout et de rien. Je me doutais bien qu’il allait aussi au congrès car l’avion ressemblait à un charter de chercheurs danois. Je n’étais pas vraiment bilingue et il faut avouer que les danois mâchent un peu leurs mots, je n’avais donc pas compris son nom. Ce n’est que lorsque j’ai assisté au congrès que j’ai compris que c’était le principal chairman du congrès, un chercheur dont j’avais lu tous les papiers mais que je n’avais jamais rencontré auparavant ! De souvenirs, je n’avais pas dû lui raconter trop de bêtises…. Comme quoi, les congrès servent aussi à rencontrer les gens et pas qu’à se balader vers de parfois chouettes destinations.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Des souvenirs, j’en ai beaucoup en 20 ans. De façon générale, je trouve fabuleux de définir sur le papier une série d’expériences pour tester des hypothèses et que les résultats obtenus soient exactement ceux prévus. J’ai également un excellent souvenir de ma soutenance d’HDR, car on y est plus détendu que lors de la soutenance de thèse, et c’est une superbe occasion d’inviter des collègues reconnus et pour lesquels on a plus l’habitude de lire les papiers que de discuter avec.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Je suis un passionné de Football, depuis tout petit. J’ai commencé à suivre le FC Lorient depuis mon arrivée ici, et j’aime bien chambrer les collègues Brestois lorsque le derby nous revient. Je pratique le dimanche matin mais là l’objectif c’est plutôt de s’amuser avec les copains et se retrouver pour la troisième mi-temps qui dure presque plus que le match lui-même.

J’aime également pratiquer la pêche au Bar, j’y vois essentiellement une balade en mer, les plus agréables sont celles du lever du jour, quand il fait encore bien frais. C’est souvent un jeu du chat et de la souris, il faut titiller le poisson pour qu’il attaque le leurre, cela m’amuse beaucoup. Pour les connaisseurs et les préservateurs de la ressource, je pratique le « catch and release ».

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Alexis Bazire / UBS

Laure Taupin / UBS

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Alexis Bazire / UBS

 

Didier Flament, Chercheur en microbiologie des Archaea au laboratoire BEEP

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Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait ma thèse à la Station biologique de Roscoff sur la recherche de glycoside hydrolase de bactéries marines dans le laboratoire de Bernard Kloareg. L’idée était de trouver des enzymes capables de dégrader les polysaccharides de la paroi des algues rouges. Un des objectifs principaux était de mieux comprendre le fonctionnement et la structure de ces enzymes. Il y avait aussi un volet biotechnologique qui consistait à proposer des outils pour produire des fragments de polysaccharides sulfatés ayant pour effet de renforcer l’immunité naturelle des plantes en champs, face à l’attaque de champignons nuisibles notamment.

Ensuite j’ai enchaîné par un postdoc de 18 mois en bioinformatique à l’Ifremer dans le laboratoire Microbiologie et de Biotechnologie des Extrêmophiles. Le sujet consistait à annoter le génome de Pyrococcus Abyssi, littéralement « la boule de feu des abysses », et à rechercher de nouvelles séquences d’enzymes thermostables d’intérêt industriel. Cette espèce microbienne appartient au domaine des Archaea, le 3ème domaine du vivant, et a été prélevée au niveau d’une source hydrothermale à environ 3000 mètres de profondeur. Sa température optimale de croissance est de 98 °C. Pour la petite histoire, le génome de cette fameuse boule de feu des abysses a permis au Genoscope de régler ses machines avant d’attaquer le séquençage du génome humain.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Par amour ! Pour ma femme d’abord qui avait déjà un emploi à Plouzané et aussi pour le milieu marin bien sûr. J’ai eu la chance de pouvoir être recruté en 2001 dans le labo ou j’avais effectué mon postdoc qui est rapidement devenu le LMEE en fusionnant avec l’équipe « Diversité et adaptations des procaryotes des environnements extrêmes » hébergée au LEMAR à l’époque.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Mon projet de recherche consiste à combiner des approches de génétique, de biochimie et de biologie moléculaire pour percer les mystères de la réparation et de la réplication de l’ADN chez les archaea hyperthermophiles marines, des microorganismes totalement épatants ! Les Archaea sont en effet des championnes pour se développer dans les environnements les plus extrêmes et elles ont une histoire évolutive très intrigante puisqu’il est maintenant admis que la branche des eucaryotes prend racine au sein de ce domaine.

A partir de 2014, je suis devenu responsable du labo situé sur le site Ifremer de l’unité mixte de recherche (UMR) et Directeur adjoint (DA) de l’unité. Mon mandat de DA s’est terminé en décembre 2021 avec la naissance d’une nouvelle UMR BEEP, pour Biologie et Écologie des Écosystèmes marins Profonds. Elle provient de la fusion du LMEE avec le laboratoire Environnement Profond de l’Ifremer et de la volonté de regrouper, dans une même unité, des écologues des compartiments faunistiques et microbiens associés aux écosystèmes de l’océan profond.

A la fin de cette année, je terminerai également mon mandat de responsable de laboratoire et je compte bien me remettre à maniper. Nombre de mes collègues sont sceptiques sur mes capacités à retourner à la paillasse, j’espère bien les faire mentir à ce sujet !

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

En 2006, Joël Querellou, Directeur du labo, organisait le congrès international Extremophiles au Quartz à Brest. Je participais à l’organisation et avais le rôle de faire respecter le temps des interventions orales. Pour cela, j’avais décidé de faire retentir un son de gong lorsque le temps imparti était écoulé. Je dois admettre que le son était plutôt du type « métal hurlant » que « carillon Feng Shui ». Après la première intervention, Joël m’a discrètement mais fermement demandé d’adopter une autre approche. Il faut dire que le premier oral était celui de Christian de Duve, Prix nobel de physiologie, et que eu égard à sa notoriété et son grand âge (89 ans à l’époque), le Vicomte de Duve ne s’attendait pas une telle interruption dans son discours ! J’ai pali en le sentant défaillir, m’imaginant déjà supporter la culpabilité d’avoir provoqué un malaise du vieil homme, mais heureusement après une petite pause et quelques gorgées d’eau, il a réussi à aller au bout de son oral et à descendre à peu près normalement de l’estrade !

Je pourrais aussi vous raconter quand, en tant que chaire d’une session d’un congrès international, j’ai lancé ma session devant une salle vide !!!  Mais c’est une autre histoire et certains risquent de ne plus accepter mon aide pour l’organisation de congrès.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Quand je recherchais des gènes de glycosides hydrolase en thèse, après avoir criblé 15000 clones issus de 3 banques génomiques différentes pendant plusieurs semaines (demander aux vieux biologistes moléculaires de vos unités ce que ça représente !), j’en ai finalement trouvé un positif Hip Hip Hip Hourra !!!

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La Planche à voile, la lecture, balades et voyage à vélo

As-tu une devise ?

J’aime bien celle qu’on attribue à Aristote :

Il y a trois sortes d’hommes : les vivants, les morts, et ceux qui vont sur la mer.

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Olivier Dugornay / Ifremer

Sébastien Laurent / Ifremer

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Didier Flament / Ifremer

 

Nadège Quintin, assistante ingénieure UBO en microbiologie et virologie au LM2E

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?
J’ai obtenu un DUT de microbiologie à l’IUT de Brest en 2000 et ai réalisé mon stage de fin d’études à Ifremer au laboratoire environnement profond. J’ai ensuite travaillé dans un laboratoire d’analyses. Après cette expérience, j’ai été recrutée à Laennec, hôpital de Quimper, où je faisais des analyses de recherche sur la tuberculose et des pathogènes liés aux liquides céphalorachidiens et pulmonaires. Malgré mon travail en CDI à l’hôpital, je gardais toujours en tête le souhait de faire de la recherche en microbiologie.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?
Mon intégration à l’IUEM s’est faite par un véritable concours de circonstances. Je travaillais encore à l’hôpital de Quimper lorsqu’un jour, la directrice de l’IUT où j’ai étudié, m’a appelé dans le cadre d’une enquête sur le suivi des anciens étudiants. Elle m’a parlé d’un CDD à l’IUEM et m’a proposé de postuler à Ifremer. En 2001, j’ai donc quitté mon CDI pour un CDD renouvelable. Ce contrat avait pour objectif de structurer et mettre en place la Souchothèque de Bretagne, qui est maintenant l’UBO CC (UBO Culture Collection). Mon CDD a été reconduit pendant 8 ans sur différents projets de recherche, toujours en rapport avec la microbiologie. En 2018, j’ai passé mon concours de fonctionnaire et ai obtenu un CDI.

 

Que fais-tu à l’IUEM ?
J’ai deux mi-temps. D’une part, je suis responsable de la collection de microorganismes marins (bactéries et archées) au sein de l’UBO CC. Ce travail consiste à collecter des microorganismes et à répertorier et maintenir une base de données. Cette collection renferme un patrimoine inestimable résultant de nombreuses campagnes océanographiques et de travaux de recherche. Pour partager au mieux cette ressource, l’UBO CC s’apprête à passer un audit afin d’obtenir la norme ISO 9001 et ainsi pouvoir faire partie des réseaux de centres de ressources biologiques.

D’autre part, je participe aux travaux de recherche au sein du LM2E. Mon travail de recherche se concentre depuis quelques années sur les virus de bactéries et archées issus des environnements extrêmes. J’étudie des échantillons des sources hydrothermales profondes qui sont récoltés lors de campagnes océanographiques à l’aide du Nautile ou du ROV. Je travaille avec Claire Geslin que j’assiste dans ses recherches.

 

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?
En 2004, j’ai participé à la mission Biospeedo à bord de l’Atalante afin d’étudier le fonctionnement des communautés hydrothermales le long de la dorsale Sud Est Pacifique. J’ai passé 45 jours en mer et j’ai notamment eu la chance de plonger dans le Nautile à plus de 2800 mètres de profondeur. Cette expérience m’a aussi permis de confirmer que je n’ai absolument pas le pied marin.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?
Un de mes plus beaux souvenirs de boulot est la première fois où mon nom a figuré dans une publication scientifique. C’était un travail avec Olivier Nercessian sur la diversité des gènes fonctionnels des méthanogènes dans les environnements hydrothermaux des grands fonds.
Un autre beau souvenir est un jour de neige à l’IUEM. Peu de personnes avaient fait le trajet pour venir travailler car il y avait trop de neige. Pour passer le temps, nous avons fait de la luge à l’endroit où se trouve maintenant le nouveau parking.

 

Quelles sont tes centres d’intérêts ?
Je suis calcéologiste, c’est-à-dire que je suis collectionneuse de paires de chaussures. J’en possède beaucoup chez moi et j’en ai une grande variété qui sont originales.

J’apprécie aussi beaucoup mon travail, je fais un métier que je trouve passionnant et qui me permet d’évoluer et d’apprendre tous les jours. De plus, les techniques de recherche évoluent aussi très vite et c’est un aspect que j’affectionne beaucoup car il permet de rester dans l’air du temps.

 

Crédits photos

Geneviève Cohat

Contact

Nadège Quintin