Décodage des facteurs d’atténuation du flux de carbone dans la pompe biologique océanique

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Résumé

La pompe biologique fournit du carbone à l’intérieur des océans, ce qui favorise le piégeage du carbone à long terme et fournit de l’énergie aux écosystèmes des grands fonds. Son efficacité est déterminée par les transformations des particules nouvellement formées dans la zone euphotique, suivies d’une atténuation du flux vertical par des processus mésopélagiques. L’atténuation en profondeur du flux de carbone organique particulaire (POC) est modulée par de multiples processus impliquant le zooplancton et/ou les microbes. Néanmoins, elle continue d’être principalement paramétrée à l’aide d’une relation empirique, la « courbe de Martin ». L’exposant de loi de puissance dérivé est la métrique standard utilisée pour comparer les schémas d’atténuation du flux entre les provinces océaniques. Nous présentons ici les résultats expérimentaux in situ de C-RESPIRE, un double intercepteur de particules et incubateur déployé à plusieurs profondeurs mésopélagiques, mesurant l’atténuation du flux de POC à médiation microbienne. Nous avons constaté que dans six régimes océaniques contrastés, représentant une gamme de 30 fois le flux de POC, la dégradation par les microbes attachés aux particules comprenait 7-29 pour cent de l’atténuation du flux, ce qui implique un rôle plus influent pour le zooplancton dans l’atténuation du flux. La reminéralisation microbienne, normalisée par rapport au flux de POC, varie d’un facteur 20 entre les sites et les profondeurs, les taux les plus faibles étant observés lorsque les flux de POC sont élevés. Les tendances verticales, allant jusqu’à des changements d’un facteur trois, étaient liées à de forts gradients de température dans les sites des basses latitudes. En revanche, la température a joué un rôle moindre dans les sites des latitudes moyennes et élevées, où les tendances verticales peuvent être déterminées conjointement par la biochimie des particules, la fragmentation et l’écophysiologie microbienne. Cette déconstruction de la courbe de Martin révèle les mécanismes sous-jacents qui conduisent à l’atténuation du flux de POC à médiation microbienne à travers les provinces océaniques.

Figure

a, Schéma des transformations cumulées des particules décantées (indiquées par des barres verticales pleines) dues au flux de zooplancton (FF), DVM et MR avant l’interception des particules par C-RESPIRE pendant la phase de collecte initiale à chacune des trois profondeurs. MR (en bleu) représente la phase d’incubation ultérieure de C-RESPIRE au cours de laquelle seule MR agit sur les particules interceptées pour diminuer le POC .

b, Déconstruction des principaux facteurs d’atténuation du flux de POC. La RM (zones bleues) est telle que décrite en a et est déduite de la consommation d’O2 mesurée et d’un QR fixe. Les taux d’accumulation de C organique dissous pendant l’incubation étaient faibles (représentant en moyenne 21 ± 16% de la MR), ce qui confirme un couplage étroit entre la solubilisation et la MR. Le flux résiduel de POC (cercles ouverts) correspond au POC (intercepté) mesuré à la fin de l’incubation in situ de plusieurs jours. Le flux cumulé de POC (cercles remplis) est reconstruit en utilisant la somme du POC résiduel et de la RM (c’est-à-dire le flux de POC résiduel + la RM) et devrait refléter une courbe de Martin, représentée par la ligne noire continue.

c, Emplacements des déploiements de C-RESPIRE superposés à une carte de la climatologie de la productivité primaire nette (PPN) dérivée des satellites (2003-2018) (obtenue à partir du site Web Ocean Color de la NASA et de l’algorithme CAFE). Vert, SG ; brun, BEN ; rouge, SAZ ; orange, PAPA ; bleu, MED ; violet, SPSG.

Référence

Bressac, M., Laurenceau-Cornec, E.C., Kennedy, F. et al. Decoding drivers of carbon flux attenuation in the oceanic biological pump. Nature 633, 587–593 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07850-x

 

Pour aller plus loin

Un article vulgarisé a été écrit par le CNRS et publié sur leur site web.

Potentiel des métabolites d’éponges marines contre les prions

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Contexte

Contrairement aux agents infectieux traditionnels tels que les virus, les bactéries, les parasites ou les champignons, les prions sont des agents infectieux non conventionnels composés uniquement d’une protéine ayant une conformation tridimensionnelle alternative et ne contenant pas de matériel génétique tel que l’ADN ou l’ARN [1-4].

La forme physiologique de la protéine prion (PrPC) se trouve dans les cellules saines, en particulier dans le système nerveux. Cependant, dans les maladies à prions, la PrPC subit des changements de conformation, se repliant dans une conformation pathogène connue sous le nom de PrPSc. La caractéristique unique de la PrPSc est sa capacité à agir comme un modèle, induisant un mauvais repliement de la PrPC dans la conformation pathologique de la PrPSc et un agrégat. La capacité de la PrPSc à se modeler et à se convertir lui permet de s’autopropager et de se propager au sein d’un organisme ainsi qu’entre les individus sans impliquer le matériel génétique traditionnel [5,6]. L’accumulation d’oligomères et d’agrégats de PrPSc, qui perturbe la fonction cellulaire au fil du temps, induit une perte neuronale et une vacuolisation, conduisant finalement à des troubles neurodégénératifs. La propagation de la PrPSc contribue à l’aspect spongiforme de l’architecture cérébrale observée chez les personnes affectées par les prions, qui est une signature des maladies à prions.

Les maladies à prions, également appelées encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST), sont un groupe de troubles neurologiques rares et mortels qui affectent à la fois les humains et les animaux. Les maladies à prions humaines (maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ), maladie de Gerstmann-Sträussler-Scheinker, etc.

La protéine prion mal repliée est remarquablement résiliente et peut résister aux méthodes de décontamination standard, ce qui rend ces agents pathogènes difficiles à contrôler. Les caractéristiques spécifiques des prions rendent les maladies à prions particulièrement difficiles à cibler à l’aide des approches thérapeutiques traditionnelles, ce qui fait qu’à l’heure actuelle il n’existe aucun traitement approuvé pour ces maladies.

Points forts de l’article

Cet article rassemble une partie des travaux réalisés dans le cadre du projet Proteomar qui vise à explorer la chimiodiversité marine à la recherche de métabolites bioactifs contre les prions.

Un criblage d’activités biologiques, réalisés avec 166 extraits d’organismes marins tropicaux (invertébrés, macroalgues) et 3 cyclolipopeptides de microorganismes contre les prions de levure a mis en évidence le potentiel des éponges de la famille des Verongiida pour empêcher la propagation des prions.

Suite à ces premiers résultats encourageant, une étude chimique approfondie a été menée sur l’éponge Suberea laboutei de Wallis et Futuna, permettant d’isoler 6 composés de la famille des bromotyrosines, dont 4 actifs contre les prions de levures.

Cette famille chimique paraissant très prometteuse, 16 autres dérivés de bromotyrosine et de bromophénol précédemment isolés à partir d’éponges Verongiida ont été testés contre les prions de levure, démontrant le potentiel de 6 composés supplémentaires.

 


Figure 2. Structures of the isolated compounds 1–6 from Suberea laboutei.

 

Ces 10 molécules candidates ont ensuite été étudiées pour leur activité contre les prions dans les cellules de mammifère, permettant d’identifier pour la première fois la capacité de 6 dérivés de bromotyrosine à réduire la propagation du prion PrPSc et la capacité de 2 d’entre eux à réduire le stress du réticulum endoplasmique.

La découverte de ces deux activités biologiques chez ces dérivés de bromotyrosine sont décrites ici pour la première fois, offrant une nouvelle perspective thérapeutique pour les patients souffrant de maladies à prions qui sont actuellement incurables et par conséquent mortelles. Les molécules identifiées ici pourraient également être bénéfiques pour une gamme plus large de maladies, car l’agrégation des protéines et le stress du RE sont également des caractéristiques des maladies de mauvais repliement des protéines telles que les maladies de Parkinson et d’Alzheimer.

 

Référence

Sinane, M.; Grunberger, C.; Gentile, L.; Moriou, C.; Chaker, V.; Coutrot, P.; Guenneguez, A.; Poullaouec, M.-A.; Connan, S.; Stiger-Pouvreau, V.; Zubia, M.; Fleury, Y.; Cérantola, S.; Kervarec, N.; Al-Mourabit, A.; Petek, S. & Voisset, C. Potential of Marine Sponge Metabolites against Prions: Bromotyrosine Derivatives, a Family of Interest. Mar. Drugs 2024, 22, 456.

https://doi.org/10.3390/md22100456

 

Cette publication a fait l’objet de plusieurs travaux de médiation et de valorisation :

– Dans la revue The Conversation

– Sur le site du Mag’ IRD

– Sur le site de l’UBO

Fixation de l’azote chez la gammaprotéobactérie diazotrophique marine largement répandue Candidatus Thalassolituus haligoni

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Résumé

La diversité et la distribution mondiale des bactéries diazotrophes hétérotrophes (HBD) dans l’océan sont récemment devenues évidentes. Cependant, la compréhension des taux de fixation de diazote (N2) pour ces micro-organismes en grande partie non cultivés pose un défi majeur en raison de leurs exigences de croissance non définies et de la régulation complexe de l’enzyme nitrogénase. Nous avons isolé et caractérisé Candidatus Thalassolituus haligoni. L’analyse de son gène nifH par séquençage d’amplicon a révélé la vaste distribution de Cand. T. haligoni dans les océans Pacifique, Atlantique et Arctique. Les échantillons ont été collectés lors d’études de terrain menées le long des transects GEOVIDE (GEOTRACES GA01) à travers l’Atlantique Nord, canadien ArcticNet (GEOTRACES, GN03) à travers la baie de Baffin, sur le plateau néo-écossais et au niveau de l’archipel arctique canadien. Grâce à des approches combinées de génomique, de protéomique et de physiologie, nous avons confirmé que l’isolat fixe le N2, bien que les facteurs de la régulation de la nitrogénase chez Cand. T. haligoni restent peu clairs. Actuellement, seules deux cultures isolées avec des génomes entièrement séquencés sont connues dans le clade des Oceanospirillales, Parathalassolituus penaei (régionalement limitée) et Cand. T. haligoni (distribution mondiale). Compte tenu de son abondance, sa distribution, sa cultivabilité et la disponibilité de son génome, nous proposons Cand. T. haligoni comme modèle pour les γ-protéobactéries HBD, en particulier du clade des Oceanospirillales.
En outre, comme la fixation de N2 chez Cand. T. haligoni a lieu en présence de nitrate, nous proposons que le clade des diazotrophes Oceanospirillales puisse être un contributeur majeur au budget marin global de fixation de N2.

Figure

Fig. 1. Microscopie électronique à balayage et modèles métaboliques génomiques, protéomiques et assistés par le génome de Cand. T. haligoni.
(A) morphologie cellulaire de l’isolat dans des conditions de fixation de N2 par microscopie électronique à balayage (SeM ; en haut) et microscopie électronique à transmission (teM ; en bas). Grossissement SeM = 17,71 × 103. Les flèches indiquent les flagelles (F) et les granules PhB (PhB).
(B) Carte circulaire protéome-génome dans des conditions appauvries en NO3. En partant de l’anneau le plus interne : Contenu en GC (gris), biais de GC pour les brins avant (vert) et arrière (magenta), CDS des brins avant et arrière (violet clair), et protéines détectées (bleu). Les flèches dans le génome indiquent les gènes d’intérêt [clusters nif, les gènes liés à la fixation N2 sont l’absorption de molybdate et les gènes de transformation (facteurs mod), l’absorption de tRAP-c4, et la synthèse de glutamine] et les protéines détectées correspondantes sont mises en évidence dans les couleurs respectives. Les espaces blancs dans le protéome indiquent les régions non détectées.
(C) Clusters Nif (rouge, bleu et orange) et gènes de fixation N2 associés (gris). Les gènes associés à la fixation N2 comprennent les gènes de glycogène phosphorylase et d’absorption du glycogène. les nombres le long de la ligne indiquent les emplacements des paires de bases dans le génome. Une rupture nucléotidique au centre du diagramme entre 3 598 007 nt et 3 737 467 nt est représentée par la ligne en zigzag en rouge (concaténée). Les clusters sont codés par couleur en fonction des clusters nif associés, les gènes accessoires de ce cluster étant indiqués par des teintes de couleur respectives.
(D) Schéma métabolique simplifié de l’isolat basé sur l’annotation du génome. Le schéma a été créé à l’aide du serveur RASt et de BioRender.

 

Référence

Sonja A. Rose, Brent M. Robicheau, Jennifer Tolman, Debany Fonseca-Batista, Elden Rowland, Dhwani Desai, Jenni-Marie Ratten, Ella Joy H. Kantor, André M. Comeau, Morgan G.I. Langille, Jon Jerlström-Hultqvist, Emmanuel Devred, Géraldine Sarthou, Erin M. Bertrand and Julie La Roche. « Nitrogen fixation in the widely distributed marine γ-proteobacterial diazotroph Candidatus Thalassolituus haligoni« . Science Advances Volume 10, Issue 31 (Aug 2024)

https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/sciadv.adn1476

Décryptage des forçages environnementaux dans la distribution de la méiofaune et des nématodes dans les mangroves des régions Atlantique-Caraïbes-Pacifique oriental et Indo-Ouest-Pacifique

Résumé

Les mangroves se développent dans des conditions environnementales et sous des pressions anthropiques dont l’impact sur la méiofaune benthique reste mal compris. La structuration des communautés de méiofaune en fonction des conditions sédimentaires locales n’est pas claire. Cette étude a été conçue pour caractériser la structure des communautés de méiofaune et de nématodes (taxons dominants) et les forçages environnementaux associés dans les sédiments intertidaux de mangroves de Mayotte (Indo-Ouest-Pacifique), de Martinique et de Guadeloupe (Caraïbes). Les carottes de sédiments ont été prélevées à la fin de la saison sèche, à marée basse, sur des peuplements de palétuviers adultes avec des temps d’immersion similaires. Dans chaque couche de sédiments, nous avons analysé le potentiel redox, le pH, la salinité de l’eau interstitielle, la granulométrie, la matière organique, les métaux, les contaminants organiques, les procaryotes et la méiofaune. Nos résultats montrent que les sédiments éloignés des villes et des champs agricoles ont piégé des contaminants spécifiques au site en raison des processus locaux de transport de l’eau. Certains métaux, HAP ou pesticides dépassent les seuils de toxicité dans la plupart des stations étudiées et sont donc nocifs pour la faune benthique. L’environnement sédimentaire agit comme un filtre sélectionnant des communautés spécifiques de méiofaune à l’échelle de la station uniquement dans les Caraïbes. A Mayotte, l’homogénéité horizontale contraste avec l’hétérogénéité verticale du milieu sédimentaire et de la méiofaune. Les genres de nématodes ont montré des schémas de distribution particuliers horizontalement et verticalement, suggérant la présence de taches sédimentaires adaptées à un pool restreint de genres sur chaque île. Les résultats obtenus dans les Caraïbes sont cohérents avec les schémas de diversité imbriqués dus au filtrage environnemental. Inversement, l’homogénéité horizontale à Mayotte refléterait une plus grande dispersion entre les stations ou des pressions anthropiques plus homogènes dans l’espace. Les genres de nématodes présents en profondeur ne sont peut-être pas les plus spécialisés, mais les plus polyvalents, capables de prospérer dans des conditions différentes. Terschellingia et Daptonema ont montré des réponses contrastées aux forçages environnementaux, probablement en raison de leur polyvalence, tandis que Desmodora a montré des réponses uniformes entre les zones d’étude, sauf lorsque les seuils de toxicité ont été dépassés. Nos résultats soulignent qu’un genre donné de nématodes peut répondre différemment aux conditions sédimentaires selon les sites.

 

Résumé graphique

 

Points forts

  • Les métaux, les PCB, les HAP ou les pesticides dépassent les seuils de toxicité sur chaque île.
  • La densité de la méiofaune et des nématodes a diminué de manière significative en fonction de la profondeur.
  • La communauté de nématodes est structurée à l’échelle de la station dans toutes les îles.
  • Les communautés de nématodes forment des taches locales avec une composition en genres très différente.
  • Variabilité spécifique au site de la réponse des nématodes à de multiples facteurs de stress

Référence

Spedicato, Adriana, Daniela Zeppilli, Gerard Thouzeau, Philippe Cuny, Cecile Militon, Cedric Hubas, Lea Sylvi, et al. « Deciphering Environmental Forcings in the Distribution of Meiofauna and Nematodes in Mangroves of the Atlantic-Caribbean-East Pacific and Indo-West Pacific Regions ». SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT 930 (20 juin 2024): 172612. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2024.172612.

l’Expé-1point5 : une publication dans « One Earth »

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Voici un lien vers une publication d’Olivier Ragueneau et Audrey Sabbagh, parue le 17 mai dernier dans la revue « One Earth ». Elle décrit la philosophie, les objectifs de l’expérimentation que co-portent depuis 2020 le LEMAR (IUEM) et l’UMR MERIT (Université Paris Cité) dans le cadre du collectif Labos 1point5. L’Expé-1point5 vise à stimuler des changements de pratiques dans les laboratoires de recherche en vue de réduire leurs émissions de gaz à effet de serre (GES). Comme son titre l’indique « From carbon to meaning », il s’agit de dépasser l’entrée climatique pour poser la question du sens même de nos activités de recherche sous contrainte climatique : est-il possible de maintenir une recherche de qualité, de l’accroître possiblement notamment à travers l’idée de slow science, tout en réduisant les émissions de GES et en retrouvant une vraie qualité de vie au travail ? L’idée de cet article est de proposer de faire de la recherche un démonstrateur de transformation, pour retrouver une recherche soutenable, tant environnementalement que socialement parlant.
Bonne lecture !

Lire l’article :
« From carbon to meaning: Experimenting for sustainable science »