biofilm – IUEM

Archive d’étiquettes pour : biofilm

Sophie Rodrigues, Enseignante-chercheure en microbiologie marine au LBCM

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai fait ma thèse à l’UBS en codirection entre le LBCM et le LEMAR de 2011 à 2014 ; je connais donc l’IUEM depuis longtemps. Durant ma thèse je me suis intéressée aux relations hôte-pathogène et plus spécifiquement au lien entre la formation de biofilm et la virulence de la bactérie Vibrio tapetis, pathogène de la palourde japonaise. Le but de la thèse était de caractériser pour la première fois le biofilm de ce pathogène marin et d’évaluer notamment l’effet de certains paramètres impliqués dans l’établissement de la maladie de l’anneau brun chez la palourde, comme les variations de température ou de salinité représentatives des fluctuations naturelles dans l’environnement. Dans un deuxième axe de ma thèse, j’ai étudié l’activité anti-biofilm d’une bactérie marine appartenant au genre Pseudoalteromonas. L’idée était d’évaluer le potentiel de cette bactérie contre le biofilm de Vibrio tapetis pour une éventuelle utilisation comme probiotique en aquaculture.

Par la suite, j’ai fait 3 ans de post docs sur des sujets assez différents mais en essayant de garder toujours un lien avec l’étude des biofilms ! Lors de mon 1^er post doc, j’ai participé à un projet visant à mettre au point une stratégie de biocontrôle (en particulier antibiofilm !) contre un phytopathogène. C’est grâce à ce projet que j’ai rejoint par la suite un laboratoire de l’Université de Rouen (nos collègues du CBSA Évreux), où j’ai pu étudier la réponse physiologique de le bactérie pathogène Pseudomonas aeruginosa exposée à une hormone de réponse au stress (l’adrénaline). Je me suis donc un peu éloignée de la thématique « marine », mais c’était pour mieux y revenir plus tard !

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Nous (le LBCM) avons intégré l’IUEM en 2012, c’est-à-dire au tout début de ma thèse ; elle a d’ailleurs été la première du labo estampillée IUEM. Ainsi, je baigne dans l’IUEM depuis plus de 10 ans. Ce qui m’a attiré vers le sujet de thèse (qui était aussi celui de mon stage de M2) était la thématique des biofilms axée sur l’environnement marin et les relations hôte-pathogène. Après mes post docs, j’ai réintégré l’IUEM lors de mon recrutement comme Maître de conférences (MCF) à l’UBS en septembre 2020.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Je consacre une bonne partie de mon temps à l’enseignement (surtout à la préparation des cours, en particulier lorsqu’on est jeune MCF !) de la Licence 1 au Master 2. J’ai le plaisir d’enseigner la biologie, la microbiologie et la biologie moléculaire à la fois en cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques (ce que je trouve top car cela permet d’être au plus près des étudiants).

Pour la partie recherche, nous avons au LBCM 3 grands axes thématiques. Je suis impliquée notamment dans le 3^ème qui a pour objectif de comprendre le lien entre le biofilm et la virulence bactérienne (dans la droite lignée de ma thèse). Je m’intéresse plus particulièrement aux biofilms de Vibrio pathogènes d’organismes marins, avec l’idée d’étudier la dynamique de formation de ces biofilms (principalement par microscopie confocale) et d’identifier les gènes associés aux mécanismes de virulence cette fois par des approches de transcriptomique. Un dernier objectif dans cette thématique est la recherche et la caractérisation de métabolites d’origine marine à activité anti-biofilm et l’identification de leurs mécanismes d’action. Cet axe de recherche nous amène très souvent à échanger et collaborer avec un autre laboratoire de l’IUEM (le LEMAR).

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Pendant ma thèse, je cherchais à faire des mutants de la bactérie que j’étudiais. Tous les gens qui ont un jour faire de la biologie moléculaire savent qu’obtenir un mutant ce n’est pas toujours chose facile. Cela m’a donc demandé des mois de mise au point de la technique, de galères et d’échecs… Mais, au cours de ma deuxième année, j’ai enfin réussi à obtenir mon premier mutant ! Oui mais voilà, c’était un vendredi (je suis à peu près sûre qu’il devait être assez tard car le labo était très calme…), lorsque j’ai vu apparaitre sur l’appareil le résultat que j’attendais depuis des mois, je me suis mise à danser (et chanter ?) enfin j’ai laissé exploser ma joie (et mes nerfs) en pensant être seule. C’est justement à ce moment là que mon directeur de thèse (et directeur de labo à l’époque) est entré dans la pièce et ma prise en flagrant délit. Évidemment ça l’a fait rire mais surtout il était très content pour moi.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

J’en ai plusieurs, mais un de mes plus beaux souvenirs est forcément lié à cette anecdote puisque c’est pour des moments comme celui-là qu’on fait de la recherche : la satisfaction de mener à bien un projet pour lequel on a travaillé dur, développé des choses, collaboré… C’est chouette. Et en ce qui me concerne, manipuler des séquences d’ADN dans nos petits tubes et réussir à en faire de vrais outils moléculaires je trouve ça extraordinaire !

Quels sont tes centres d’intérêt ?

La lecture et le yoga.

As-tu une devise ?

Ce n’est pas une devise mais une citation que j’avais choisi de mettre au début de mon manuscrit de thèse et qui fait sens pour moi : « L’Homme est capable de faire ce qu’il est incapable d’imaginer » c’est de René Char.

Crédit photos

Aïssata Bangoura / UBS

Laure Taupin /UBS

Contact

Sophie Rodrigues / UBS

2 février 2023/par cyven

Alexis Bazire, Maître de conférences en microbiologie au LBCM

Actualité archive

Que faisais-tu avant de venir à l’IUEM ?

J’ai réalisé une thèse de microbiologie au laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM) qui portait sur l’étude d’une bactérie potentiellement pathogène : Pseudomonas aeruginosa. L’objectif était de mieux comprendre comment ces bactéries interagissent au niveau moléculaire, avec pour objectif de court-circuiter leur communication et ainsi diminuer leur virulence. Trouver des molécules capables de couper la communication, c’est affaiblir l’adversaire et ce sont potentiellement des alternatives à l’utilisation massive d’antibiotiques.

Je suis ensuite parti en postdoc au Danemark à l’Université Technique du Danemark (DTU) située à Lyngby (ça se prononce Lunegbu), une petite ville à une dizaine de kilomètres au nord de Copenhague. La vie y était assez paisible, les danois ont une autre conception de la vie et du travail que les français. J’y ai appris à étudier la capacité des bactéries à former des communautés nommées biofilm, j’utilisais essentiellement la microscopie confocale à balayage laser. Ces compétences m’ont permis d’être recruté en 2007 en tant que maître de conférences au LBCM, puisque le laboratoire développait depuis peu sa thématique autour des biofilms.

Pourquoi as-tu choisi l’IUEM ?

Avant mon arrivée à l’IUEM, j’étais déjà en poste au LBCM puisque c’est le laboratoire dans son intégralité qui a d’abord été associé à l’IUEM en 2012 puis intégré en 2017. Ce fut une volonté commune de notre laboratoire mais évidente d’un point de vue personnel puisque je travaille sur de nombreux modèles bactériens d’origine marine.

Que fais-tu à l’IUEM ?

Étant maître de conférences, je suis un peu multi taches, une sorte de couteau suisse.

J’y suis donc chercheur, avec, comme je le disais, une activité autour de l’étude des biofilms des bactéries pathogènes marines ou non et la recherche de molécules d’origine marine limitant la virulence. Je participe à plusieurs projets, notamment avec des collègues du LEMAR, comme Sylvain PETEK et Gwenaëlle LE BLAY avec lesquels nous co-encadrons une thèse et collaborerons prochainement sur un Flagship ISblue récemment acquis. Toujours sur le volet de la limitation des biofilms de pathogènes, je collabore avec l’entreprise MARINE AKWA qui développe des probiotiques pour l’aquaculture. Et sur un volet plus fondamental, je participe de façon continue mais plus ou moins assidument, depuis presque 20 ans maintenant, à une collaboration avec un laboratoire d’Évreux sur les mécanismes de virulence de P. aeruginosa. Ce sont des personnes que j’apprécie, avec qui il est facile de travailler en confiance et qui sont devenues plus que des collègues depuis toutes ces années.

J’y enseigne, à l’UBS sur le site de Lorient, de la Licence 1 au Master 2, je dirais même en Licence -1 puisque j’organise un cycle préparatoire aux études de santé destiné aux élèves de terminale souhaitant se diriger vers des études médicales. Nos promotions d’étudiants restent raisonnables, même si en L1 ça devient très chargé ; ce qui permet une proximité assez agréable avec les étudiants, on arrive encore à associer des noms et des visages.

Et enfin, au niveau administratif, je suis directeur adjoint du LBCM, directeur des études de 2 parcours de L3, correspondant de la Licence accès Santé UBS/UBO, et coordinateur du thème 4 ISblue. Ça fait beaucoup de paperasses et de mails…

As-tu des anecdotes professionnelles à nous raconter ?

Deux me viennent à l’esprit, la première qui au final n’est pas très drôle mais qui témoigne de l’engagement dans ce métier. Je devais faire un suivi expérimental avec des points toutes les 4 heures, je n’habitais pas très loin du laboratoire, donc je mettais mon réveil à sonner pour me lever et faisais l’aller-retour rapidement. Lors d’un point à 4h du matin, j’ai eu une petite frayeur en croisant mon directeur de thèse qui lui venait finaliser la rédaction d’un article ! On s’est amusé de la situation, car on était presque en pyjama, mais cela ne m’a finalement pas dégoûté du métier.

La seconde, j’étais en postdoc au Danemark, dans un avion en direction d’un gros congrès au Québec et assis près d’un homme avec qui je discutais de tout et de rien. Je me doutais bien qu’il allait aussi au congrès car l’avion ressemblait à un charter de chercheurs danois. Je n’étais pas vraiment bilingue et il faut avouer que les danois mâchent un peu leurs mots, je n’avais donc pas compris son nom. Ce n’est que lorsque j’ai assisté au congrès que j’ai compris que c’était le principal chairman du congrès, un chercheur dont j’avais lu tous les papiers mais que je n’avais jamais rencontré auparavant ! De souvenirs, je n’avais pas dû lui raconter trop de bêtises…. Comme quoi, les congrès servent aussi à rencontrer les gens et pas qu’à se balader vers de parfois chouettes destinations.

Quel est ton plus beau souvenir de boulot ?

Des souvenirs, j’en ai beaucoup en 20 ans. De façon générale, je trouve fabuleux de définir sur le papier une série d’expériences pour tester des hypothèses et que les résultats obtenus soient exactement ceux prévus. J’ai également un excellent souvenir de ma soutenance d’HDR, car on y est plus détendu que lors de la soutenance de thèse, et c’est une superbe occasion d’inviter des collègues reconnus et pour lesquels on a plus l’habitude de lire les papiers que de discuter avec.

Quels sont tes centres d’intérêt ?

Je suis un passionné de Football, depuis tout petit. J’ai commencé à suivre le FC Lorient depuis mon arrivée ici, et j’aime bien chambrer les collègues Brestois lorsque le derby nous revient. Je pratique le dimanche matin mais là l’objectif c’est plutôt de s’amuser avec les copains et se retrouver pour la troisième mi-temps qui dure presque plus que le match lui-même.

J’aime également pratiquer la pêche au Bar, j’y vois essentiellement une balade en mer, les plus agréables sont celles du lever du jour, quand il fait encore bien frais. C’est souvent un jeu du chat et de la souris, il faut titiller le poisson pour qu’il attaque le leurre, cela m’amuse beaucoup. Pour les connaisseurs et les préservateurs de la ressource, je pratique le « catch and release ».