Les acoustiques passive et active contribuent chacune, au travers de méthodologies différentes mais toutes non intrusives et non destructives, au développement d’une écologie acoustique. A l’échelle des écosystèmes aquatiques, l’acoustique active (sondeur, sonar) permet la description du « paysage biotique », à hautes résolutions spatiale et temporelle, fournissant la distribution et la densité du necton, micronecton et zooplancton présents entre la surface et le fond de la mer ; des fronts tels que la thermocline ou l’oxycline, sont également détectables. Ainsi des relations trophiques ou des interactions physique/biologie peuvent être mises en évidence. La clarification de ces dernières reste toutefois un sujet complexe. Par ailleurs pour les échelons trophiques intermédiaires, les estimations de biomasses, essentielles pour de nombreuses recherches (environnement trophique des prédateurs, hot-spots à préserver, contribution des migrations nycthémérales aux flux de carbone, amélioration des modèles biogéochimiques ou écosystémiques), nécessitent la reconnaissance des organismes (gélatineux, crustacés, poissons mésopélagiques), ce qui reste un véritable défi. L’acoustique passive écoute et étudie les sons provenant de l’anthropophonie (bateaux, battages, pêches,…), de la géophonie (pluie, vagues,…) et de la biophonie. Chez les invertébrés, l’acoustique passive est utilisée dans un large panel d’applications, passant par la détection et l’identification d’espèces cryptiques ou en danger d’extinction, l’estimation de densité de populations, la localisation d’individus, le suivi des rythmes d’activités et de la période de reproduction. L’acoustique passive doit pouvoir, dans un avenir proche, proposer de nouveaux outils d’évaluation de la santé des écosystèmes marins en associant biologie, écologie, traitement du signal et intelligence artificielle.