Cellule transverse dédiée à la structuration, au développement et à la valorisation des outils scientifiques du LEMAR.
La cellule Développements Codes & Instruments (DC&I) est une structure transverse du LEMAR dédiée à la conception, la structuration et la valorisation de développements scientifiques, qu’ils relèvent du calcul scientifique, du développement logiciel, de l’instrumentation ou de l’IA embarquée.
Créée pour accompagner les projets scientifiques du laboratoire, la cellule DC&I intervient à l’interface entre données, codes, dispositifs expérimentaux et diffusion des résultats, avec une attention particulière portée à la reproductibilité, à la robustesse et à la valorisation des développements.
Positionnement
La cellule DC&I accompagne les chercheurs, doctorants, stagiaires et projets collaboratifs dans la mise en place de solutions adaptées aux besoins scientifiques, depuis le prototype instrumental jusqu’au logiciel diffusé et documenté.
Elle contribue à transformer les développements numériques et instrumentaux en véritables objets scientifiques, en intégrant :
- la structuration des codes et projets logiciels
- la reproductibilité des workflows et des analyses
- la traçabilité des traitements et des développements
- la conception et l’intégration de solutions instrumentales adaptées
- la diffusion et la valorisation des logiciels et outils produits
Cette démarche s’inscrit dans une logique de science ouverte, de qualité des productions scientifiques et d’appui transverse aux projets du laboratoire.
Domaines d’intervention
Calcul scientifique et développement logiciel
- organisation de projets Python
- structuration modulaire du code et amélioration de la maintenabilité
- mise en place d’environnements reproductibles
- traitement de données géospatiales, écologiques et océanographiques
- analyses statistiques et exploratoires
- visualisation scientifique
- optimisation des performances (vectorisation, parallélisation, Numba, …)
Instrumentation et systèmes embarqués
- développement de prototypes et d’outils instrumentaux
- logiciels de pilotage et chaînes acquisition / traitement / visualisation
- systèmes embarqués pour dispositifs expérimentaux
- intégration de solutions connectées et infrastructures légères de suivi
IA embarquée
- mise en œuvre de traitements intelligents sur systèmes embarqués
- développement de solutions d’edge computing adaptées aux contraintes terrain
- intégration d’algorithmes d’analyse ou de classification au plus près des instruments
- conception de chaînes instrument / calcul / décision
Reproductibilité et valorisation
- mise en place de pipelines d’analyse reproductibles
- documentation et traçabilité
- gestion de dépôts GitHub / GitLab
- publication de versions et releases
- attribution de DOI (Zenodo)
- documentation scientifique, licences et fichiers de citation
Projets scientifiques récents et contributions en cours
Mangroves-ORCA2
Outil Python de regrillage de données géospatiales sur grille ORCA2, structuré pour une diffusion propre avec documentation, versionnement et valorisation logicielle.
GitHub | DOI / Zenodo | HAL
→ Contribution à la diffusion de méthodes reproductibles pour le traitement de données géospatiales.
EcoTaxa-Analysis
Accompagnement à la structuration d’un projet Python collaboratif et open-source pour l’analyse de données EcoTaxa : extraction de variables, analyses exploratoires, PCA, visualisations et amélioration de l’organisation du code.
→ Structuration d’un workflow scientifique collaboratif pour l’analyse de données biologiques.
Benthoscope-CWSi
Pilotage du développement et de l’intégration d’un capteur CWSi (ClearWater Silicate) au sein du Benthoscope, en collaboration avec l’industriel RTSys.
Coordination des développements, organisation des tests et validation du système, avec intégration dans une plateforme instrumentale multi-capteurs (vidéo, acoustique, sondes RBR).
Ce dispositif est destiné à des déploiements en environnements polaires, impliquant des contraintes fortes de robustesse, de fiabilité et de qualité des données acquises.
→ Intégration instrumentale destinée à des déploiements en environnements polaires contraints.
EdMotorGlass – cuve oscillante
Développement d’un dispositif expérimental innovant basé sur une cuve oscillante permettant de reproduire le cisaillement induit par les vagues sur les sédiments.
Système motorisé (brushless) piloté via CODESYS et contrôlé par interface mobile, offrant une maîtrise fine des conditions hydrodynamiques.
Cet outil permet de rapprocher les expérimentations en laboratoire des conditions naturelles, ouvrant de nouvelles perspectives pour l’étude des processus sédimentaires et biogéochimiques.
→ Reproduction en laboratoire de conditions hydrodynamiques proches du milieu naturel.
LemarConnect
Système d’instrumentation et de supervision dédié au suivi en temps réel de congélateurs scientifiques (-70°C / -80°C) hébergeant des échantillons sensibles.
La solution permet une surveillance continue des conditions de stockage, la visualisation des mesures, l’historisation des données et la détection d’anomalies.
Ce dispositif contribue à sécuriser des échantillons scientifiques critiques, à prévenir les pertes de données expérimentales et à garantir la continuité des travaux de recherche du laboratoire.
Une interface de supervision dédiée permet le suivi en temps réel et la consultation de l’historique des mesures.
→ Sécurisation d’échantillons scientifiques critiques et prévention de pertes expérimentales.
Rôle de la cellule au LEMAR
- Structuration des développements scientifiques
- Appui transverse aux projets et aux équipes
- Valorisation des logiciels et instruments
- Diffusion des bonnes pratiques en calcul scientifique
Apport aux projets scientifiques
- Amélioration de la robustesse, de la reproductibilité et de la qualité des analyses scientifiques
- Accélération du développement de solutions adaptées aux besoins expérimentaux et aux données
- Renforcement de la valorisation et de la diffusion des productions logicielles et instrumentales
Modalités d’accompagnement
La cellule intervient :
- sur des besoins ponctuels
- dans le cadre de projets structurés
- en appui à des développements instrumentaux ou numériques
- en encadrement d’étudiants (stages, master)
- via des échanges informels ou des accompagnements plus approfondis selon les besoins
Contact
Eric Duvieilbourg
Ingénieur de recherche CNRS
Responsable de la cellule DC&I
Pour tout accompagnement avec le calcul scientifique, le développement logiciel, l’instrumentation, l’IA embarquée et la structuration de projets.
