Le plateau technique de biologie moléculaire est dédié aux analyses génétiques, génomiques et transcriptomiques des organismes marins (procaryotes et eucaryotes). Ces études permettent de caractériser le fonctionnement physiologique et les réponses aux contraintes environnementales naturelles et anthropiques de nos organismes modèles à l’échelle cellulaire, individuelle et communautaire et de comprendre la structuration des populations et les processus adaptatifs en jeux dans un contexte de changement global.
Le plateau technique de biologie moléculaire s’appuie sur un parc conséquent d’équipements répartis sur les deux sites du LEMAR : IUEM et Ifremer, permettant d’aller du conditionnement des échantillons (congélation, flash freezing, surgélation), leur préparation (broyage, bead beating,…) à l’analyse finale des génomes et transcriptomes. Le plateau comprend 5 broyeurs-homogénéiseurs, 3 nanospectrophotomètres, 2 fluorimètres, 2 salles dédiées aux électrophorèses sur gel avec caméras, tables UV et analyseurs de gels, 8 thermocycleurs, 2 PCR quantitatives (Roche et BioRad), 2 analyseurs de qualité d’acides nucléiques (nano-électrophorèses Agilent), une Droplet digital PCR (BioRad) et 2 séquenceurs (1 séquenceur capillaire SeqStudio Thermo et 1 MinION Nanopore).
Le plateau de biologie moléculaire regroupe les expertises de généticiens, physiologistes et génomiciens du laboratoire, soit plus d’une vingtaine de chercheurs et d’enseignant-chercheurs. Côté Ifremer, trois techniciens (Solen Lozach, Virgile Quillien et Lauriane Madec) et une assistante ingénieure (Christine Dubreuil) travaillent sur le plateau. Côté IUEM, l’équipe est composée de deux ingénieures d’études (Morgan Perennou et Adeline Bidault, responsable). Il accueille également chaque année en moyenne une quinzaine de doctorants et post-doctorants et une dizaine de stagiaires (bac+1 à bac+5). Ce plateau technique est central dans plusieurs projets de recherche dans lesquels le LEMAR est porteur ou partenaire ainsi que dans des suivis environnementaux (ex : MicroBREST), qu’il s’agisse d’analyses en routine ou de développements techniques et méthodologiques, sur tout type de matrice (tissus, cellules, eaux, sédiments…) issus d’échantillons prélevés dans l’environnement ou suite à des expérimentations au laboratoire. Les modèles étudiés sont très variés : microorganismes, bivalves, gastéropodes, poissons, invertébrés marins, phytoplancton, macro- et microalgues.
Parmi les projets en cours, peuvent être cités l’ANR LIPEP (valorisation des lipides et des peptides de la biomasse de Thraustochytrides en tant qu’ingrédients pour l’aquaculture), l’ANR Vectoplastic (étude du transfert de bactéries potentiellement pathogènes pour l’être humain associées au plastique dans l’eau et des espèces marines consommées), l’ANR ORMER (préserver et renforcer les populations des ormeaux : un élément clé du système socio-écosystémique de la pêche côtière dans l’ouest de la France) ou encore l’ANR HABIS (Harmful Algal Blooms: a threat for sustainability of exploited BIvalves).
Outre les projets de recherche, le plateau tient également une place essentielle dans la formation, à la fois pour l’encadrement de nombreux post-doctorants, doctorants et stagiaires (environ 15/an) mais aussi dans la formation initiale des étudiants de masters. En effet les étudiants du parcours biologie du Master Sciences de la Mer et du Littoral de l’IUEM utilisent le plateau technique de biologie moléculaire chaque année pour des ateliers de pratique (master 1), des travaux pratiques (masters 1 et 2) et des mini-projets de recherche.
