Offre de stage / Internship offer
L’upwelling des Canaries au nord-ouest du continent africain est l’un des 4 grands systèmes d’upwelling mondiaux. Les circulations atmosphérique et océanique associées à ce système engendrent des remontées d’eau profonde riche en sels nutritifs le long des côtes qui permet de soutenir une forte production planctonique qui elle-même nourrit des stocks importants de petits poissons pélagiques. Les sardinelles sont les petits poissons pélagiques planctivores qui dominent le sud de l’écosystème d’upwelling des Canaries. En tant que nourriture privilégiée de ces petits pélagiques, le compartiment zooplancton joue un rôle majeur au sein des écosystèmes d'upwelling. Les communautés de zooplancton présentes le long des côtes sénégalaises ont été jusqu’à présent très peu étudiée (Gaudy, 1963, Ndour et al. 2018, 2019) et les efforts ont surtout portés sur l’étude des populations de copépodes. Une potentielle relation espèces/masse d’eau a été mise en avant avec des différences notables entre les saisons (upwelling de novembre à mai et saison chaude mi-juillet-août), mais les hypothèses sous-jacentes à ces différences ne sont pas encore élucidées. Des variations spatiales (cote versus large) ont aussi été reportées, mais les observations sont en partie “contradictoires”. La dynamique verticale reste quant à elle largement méconnue.
La campagne SCOPES à bord du navire océanographique Thalassa s’est tenue du 17 décembre 2022 au 5 janvier 2023 dans les eaux côtières du nord au sud au large du Sénégal. Le focus de SCOPES était d’étudier le compartiment planctonique en réponse à la dynamique du système. Pendant SCOPES, le
mésozooplancton a été échantillonné de manière intégrée sur la verticale à partir de traits de filet (WP2). Sa structuration verticale a été observée par acoustique (David et al., 2025 - https://doi.org/10.1016/j.jmarsys.2025.104113) et des traits de filets (Multinet) ont permis d’échantillonner les couches les plus denses. La biodiversité de ce mésozooplancton est étudiée par microscopie, imagerie et séquençage dans le cadre d’une thèse (N. Dia, financement IRD ; co-encadrement D. Thibault ; E. Machu, M. Sourisseau). La biomasse et la diversité du microzooplancton ont été échantillonnées en station à partir des bouteilles Niskin de la rosette (analyses C. Dupuy). La rosette était également équipée d’un système d’imagerie (UVP-6) et d’un profileur acoustique (AZFP : Acoustic Zooplankton and Fish Profiler - https://aslenv.com/azfp-p2.html#azfp) qui permet d’étudier la structure verticale fine des communautés de mésozooplancton dans la colonne d’eau en observant le milieu à partir de 4 fréquences complémentaires (200, 455, 769 et 2000 kHz) à celles des échosondeurs du NRF Thalassa (18, 38, 70, 120, 200 kHz). Des stations couvrant un cycle jour/nuit ont été acquises dans les différentes sous provinces du système. Cette région sud du système d’upwelling des Canaries est caractérisée par une période froide d’upwelling qui succède à une saison chaude et pluvieuse de mousson. A la période de SCOPES, trois différentes masses d’eau interagissent : les eaux d’upwelling froides qui enrichissent le plateau, les eaux du large chaudes et oligotrophes qui le bordent et des eaux chaudes et dessalées au sud. Les premières analyses font ressortir des écosystèmes planctoniques contrastées au sein de ces différentes masses d’eau. Un des objectifs de valorisation des données de la campagne est de caractériser l’écosystème planctonique des différentes sous-provinces de la région afin d’étudier leur rôle structurant pour les petits pélagiques. Une des hypothèses posées est que ces sous-provinces ont des quantités d’énergie disponibles différentes qui résultent d’une diversité et d’interactions différentes au sein du compartiment plancton. Confronter cette hypothèse nécessite de définir la diversité en présence, la structuration spatiale (horizontale et verticale) des communautés et de déterminer les spectres de taille. Le traitement et l’analyse des données SCOPES du profileur acoustique AZFP visés par ce stage participeront à la définition de ces quantités. En fonction de l’avancée du traitement des données d’imagerie issues de l’UVP, ces dernières pourront complémenter l’observation de ce maillon trophique sur la verticale.
Le stage impliquera l’exploitation des données collectées lors de la campagne SCOPES menée à bord du navire Thalassa du 17/12/2023 au 05/01/2023 dans les eaux territoriales sénégalaises (https://solab.locean.ipsl.fr/index.php/suivi-de-la-campagne-scopes-15-nov-2022-31-jan-2023/). L'étudiant(e) sera chargé(e) d’exploiter ces données pour étudier le compartiment zooplancton et sa distribution verticale en fonction des conditions environnementales. Cette étude contribuera à la valorisation de la campagne SCOPES et aux projets de recherche menés au Sénégal sur les relations environnement-petits poissons pélagiques
- Traiter les 56 profils collectés par AZFP pendant SCOPES avec l'outil développé par l'IRD (https://forge.ird.fr/lemar/active_acoustics/matecho) ;
- Comparaison aux échantillons biologiques collectés à partir des filets (WP2 & Multinet) ;
- Validation des données acoustiques, comparer les mesures du profileur AZFP avec celles acquises par les sondeurs de coque EK80 (https://doi.org/10.17882/96903), en particulier à 200 kHz ;
- Explorer la réponse fréquentielle de ces données et étudier une possible classification des échogrammes entre copépodes et microstructures ;
- Étudier la variabilité spatio-temporelle de la distribution verticale des communautés de zooplancton dans les eaux côtières sénégalaises ;
- Etudier le comportement nycthéméral dans les différentes sous-régions du système ;
- Synthétiser les résultats de l’étude et les restituer.
Écologie ou océanographie physique et biogéochimique, bio-statistiques, langage de programmation (R, MATLAB ou Python), Master 2 / école d’ingénieur
5/6 mois
LEMAR/Plateforme acoustique, IRD, BP70, 29280 Plouzané
conforme à la réglementation en vigueur
CV et lettre de motivation à Jérémie Habasque et Éric Machu