Outils personnels

Vous êtes ici : Accueil / L'institut / Actualités / Soutenance de thèse Vanessa Redou

Soutenance de thèse Vanessa Redou

Cette soutenance de thèse aura lieu le 27 octobre 2014 à 13h30 à l'IUEM, amphi A.

Sujet : COMMUNAUTES FONGIQUES DES SEDIMENTS MARINS DE SUBSURFACE :

Au cours des vingt dernières années, les études sur les sédiments marins profonds ont révélé la

présence et l'activité de communautés microbiennes inattendues. Il est maintenant formellement établi

que la biosphère profonde héberge de nombreux représentants des domaines des Archaea et des

Bacteria. Cependant, les micro-eucaryotes et plus particulièrement les champignons n’ont été que très

peu étudiés dans ces écosystèmes singuliers.

Dans ce contexte, des approches moléculaire et culturale ont été utilisées afin de caractériser la

diversité des communautés fongiques des sédiments marins profonds en utilisant le bassin de

Canterbury comme modèle d’étude. Les résultats principaux obtenus lors de ce travail de thèse sont les

suivants : (i) L’approche moléculaire basée sur l’ADN a fourni la preuve directe que les communautés

fongiques peuvent persister jusqu’à la profondeur record de 1740 mètres sous la surface du plancher

océanique. (ii) Des approches complémentaires ciblant les ARNr et les ARNm ont permis de préciser

leur activité métabolique et d’obtenir de premiers indices sur les fonctions de ces champignons à 350

mètres sous la surface du plancher océanique, principalement liées à la croissance, à l’adaptation aux

contraintes environnementales in situ et aux interactions entre communautés microbiennes. (iii)

L’approche culturale a permis de constituer une collection de culture de 183 isolats fongiques avec des

caractéristiques écophysiologiques témoignant leur capacité d’adaptation aux conditions in situ. (iv)

Le potentiel biotechnologique des isolats obtenus a été estimé via la recherche de gènes impliqués

dans la synthèse de métabolites secondaires et a permis de positionner cette collection d’organismes

originaux comme une ressource d’intérêt biotechnologique potentiel.

Ce travail qui témoigne de la persistance et de l’activité des communautés fongiques dans les

sédiments marins profonds élargit notre vision de la diversité microbienne dans ces milieux et soulève

des hypothèses sur le rôle écologique des champignons au sein de la biosphère profonde.

DIVERSITE, ORIGINE ET ROLE ECOLOGIQUE

FUNGAL COMMUNITIES IN DEEP SUBSURFACE SEDIMENTS: DIVERSITY, ORIGIN

Over the past two decades, investigations on deep marine sediments have revealed the occurrence and

activity of unexpected microbial communities. Many representatives of Archaea and Bacteria were

reported but micro-eukaryotes and especially fungal communities are still poorly studied in this

ecosystem.

In this underexplored context, molecular- and culture-based approaches were used to characterize the

diversity of fungal communities in deep subsurface sediments using the Canterbury Basin as a model

system. The main results of this work are: (i) The molecular DNA-based approach provided direct

evidence that the fungal communities persist until the record depth of 1,740 meters below sea floor.

(ii) Supplementary approaches targeting rRNA and mRNA revealed their metabolic activity and

highlighted first hints into the fungal functions at 350 meters below sea floor, mainly related to

growth, adaptation to in situ environmental constrains and microbial interactions. (iii) The culture-
based approach allowed establishing a culture collection of 183 fungal isolates with ecophysiological

characteristics indicating their ability to adapt to in situ conditions. (iv) This culture collection seems

to represent a reservoir of secondary metabolites as many genes involved in secondary metabolites

pathways were revealed. The fungal collection established may be considered as an untapped resource

to explore for biotechnological applications.

This work demonstrating the persistence and activity of fungal communities in deep subsurface

sediments (i) broadens our view of microbial diversity in these environments and (ii) raises hypotheses

about the ecological roles of fungi in the deep biosphere.

AND ECOLOGICAL ROLE

Photo du mois

Geovide_PLherminier_0790.JPG

(C) Pascale Lherminier / Ifremer