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Soutenance de thèse de microbiologie des environnements extrêmes : Pauline VANNIER

Quand ? Le 06/12/2012,
de 13:30 à 16:00
Où ? IUEM, amphi A
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Les océans occupent les deux tiers de la surface de notre planète et avec une profondeur moyenne de 3800 mètres, l’essentiel de la biosphère marine est donc soumise à un paramètre physique majeur : la pression hydrostatique. Cette étude de génomique comparative et fonctionnelle tend à caractériser les mécanismes d’adaptation à la haute pression hydrostatique (HPH) mis en place par une archée piézophile hyperthermophile Thermococcus barophilus isolée d’une source hydrothermale océanique profonde, en la comparant à une autre espèce piézosensible Thermococcus kodakaraensis issue d’une source hydrothermale océanique de surface. Le génome de T. barophilus MP est composé d’un chromosome de 2 010 078 pb et d’un plasmide de 54,159 pb. Cette souche possède une copie d’ARNr 16S, 1 copie d’ARNr 23S et 2 copies d’ARNr 5S et ne possède pas d’ARNr 7S. 46 gènes ARNt sont également présents, moyenne observée chez la plupart des Thermococcales. Sur les 2315 gènes hypothétiques, 2265 codent pour des protéines et 1184 possèdent une fonction prédite. T. barophilus possède 1124, 1165, 1436, 1283, 1307, 1209, 1149 et 1401 gènes communs (>60% d’identité) avec T. gammatolerans, T. kodakaraensis, T. litoralis, T. onnurineus, T. sibiricus, T. sp 4557, T. sp AM4 et T. sp. PK. 256 gènes sont uniques à T. barophilus et n’ont pas d’homologues chez les Thermococcales. Chez T. kodakaraensis l’analyse protéomique a montré que des protéines de stress (protéases, chaperonnes, superoxyde réductase, peroxyrédoxine, etc) sont surexprimées à 25 MPa, ceci a bien été confirmé par l’analyse transcriptomique qui a montré que les HPHs activent l’expression de plusieurs gènes codant principalement des protéines impliquées soit dans les mécanismes de défense soit de fonction inconnue. Chez T. barophilus la pression hydrostatique sub et supraoptimale module principalement l’expression des gènes codant des protéines de certaines voies métaboliques (transport et assimilation de certains acides aminés et sucres) et des protéines de fonction inconnue. Cette étude a montré que T. kodakaraensis une espèce piézosensible met en place principalement une réponse multiple de stress pour répondre aux HPH, tandis que T. barophilus une espèce piézophile module principalement l’expression des gènes codant des protéines impliquées dans l’assimilation des acides aminés, des sucres et dans la production d’énergie.

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(C) Pascale Lherminier / Ifremer