Outils personnels

Vous êtes ici : Accueil / L'institut / Actualités / Avis de soutenance de thèse en microbiologie par Charlotte Balière

Avis de soutenance de thèse en microbiologie par Charlotte Balière

"Les Escheirichia coli potentiellement pathogènes dans l'environnement littoral. Cas des E. Colis producteurs de Shiga-toxines et des E. Colis enthéropathogènes." Cette soutenance aura lieu le jeudi 28 janvier 2016 à 14h dans l'amphi A de l'IUEM.

La contamination des zones littorales par des bactéries entériques potentiellement pathogènes pour l’Homme constitue un problème majeur pour la pérennité de certains usages tels que la conchyliculture, la pêche à pied ou la baignade. Ces bactéries provenant de rejets urbains ou agricoles peuvent atteindre les zones conchylicoles ou de baignade et être impliquées dans des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) lors de la consommation de coquillages contaminés ou dans des infections par contact avec l’eau de baignade contaminée. Actuellement, très peu de données sont disponibles sur la présence et la diversité des bactéries entériques telles que les Escherichia coli (E. coli) pathogènes dans les coquillages en France.

Ce sujet de thèse a donc eu pour objectifs : i) d’évaluer la présence de E. coli pathogènes de type E. coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) et de E. coli entéropathogènes (EPEC) en zone littorale et plus précisément dans des zones conchylicoles et leurs bassins versants en amont, ii) de caractériser la diversité des souches STEC et de EPEC isolées, iii) d’estimer le risque pathogène de ces souches par la recherche de gènes de virulence et enfin iv) d’évaluer le comportement des souches STEC dans les coquillages par rapport à l’indicateur E. coli, vis-à-vis de la cinétique de contamination de décontamination des coquillages.

La présence des E. coli pathogènes a été recherchée sur une période de deux ans (Février 2013 à Janvier 2015) dans les coquillages (n=238) de trois zones conchylicoles situées en Bretagne et en Normandie ainsi que dans les eaux aux exutoires des bassins versants (n=216), dans le sédiment (n=39) et l’eau de mer (n=12). Cinq pourcents des échantillons ont permis l’isolement d’au moins une souche STEC et 14 % l’isolement d’au moins une souche EPEC. Un total de 28 souches STEC et 89 souches EPEC différentes ont été isolées dans ces échantillons, représentant 1 % de la totalité des souches E. coli isolées (n = 12 016).

Les souches STEC et EPEC isolées présentaient une grande diversité avec 75 sérotypes identifiés, 79 profils phylogénétiques différents et 48 profils ST (Sequence Type). Les souches STEC et EPEC isolées étaient réparties respectivement au sein de 17 et 56 profils de virulence différents. Une souche STEC de sérotype O26 :H11 stx1+eae+ présentant 45 gènes de virulence sur les 75 gènes recherchés, a été isolée dans un lot de moule. Soixante-quinze pourcents des souches EPEC présentaient entre 1 et 19 gènes de virulence associés à des îlots de pathogénicités caractéristiques de souches E. coli pathogènes responsables d’infection grave chez l’Homme, révélant le potentiel pouvoir pathogène de certaines souches.

Enfin, l’étude de la cinétique de contamination de décontamination d’huîtres au contact de souches STEC isolées au cours de cette étude, n’a pas montré de différence de comportement comparé à un E. coli non STEC.

Les travaux réalisés au cours de cette thèse sont à notre connaissance les premiers de ce genre. Ils ont permis de mettre en évidence la faible présence de STEC et de EPEC au niveau de zones conchylicoles françaises ainsi que le potentiel pouvoir pathogène de certaines souches. La faible prévalence de souches STEC et EPEC dans les coquillages issus des sites conchylicoles suivis de catégorie B ou C (purification des coquillages avant commercialisation) ainsi que la décontamination des coquillages par les STEC, rapide et similaire à celle des E. coli non pathogènes, est plutôt en faveur d’un risque faible de contamination par les STEC des coquillages dans les zones étudiées. Les résultats acquis au cours de cette thèse sont des éléments importants pour mieux appréhender le risque sanitaire lié aux STEC et aux EPEC en zone littorale.

Photo du mois

Geovide_PLherminier_0790.JPG

(C) Pascale Lherminier / Ifremer