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Stage Bac+5 en développement logiciel : Gestion des séries de données scientifiques

Mots clés :

données scientifiques, bases de données, développement web, ruby on rails, postgresql, javascript, git, conception logicielle, interopérabilité

 

1. Contexte

L'Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM) est un organisme de recherche pluridisciplinaire dédié aux Sciences de la Mer et du Littoral, regroupant six laboratoires. Acteur majeur du paysage national et international, l’IUEM a trois missions complémentaires : recherche, formation et observation . En tant qu’ Observatoire des Sciences de l’Univers (OSU) de l’INSU/CNRS depuis 2005, l’IUEM a en effet une mission statutaire d’observation. Centré sur l’océan et ses interfaces, il a donc mis en place un Observatoire Marin multidisciplinaire et transverse, regroupant l’ensemble des dispositifs d’observation à long terme qu’il met en œuvre.

Dans ce contexte, un jeu complet de mesures à haute fréquence a été implanté lors d’une campagne en 2008 sur la station antarctique française Dumont d’Urville (66°S, 140°E) : il inclut les paramètres physiques (température, salinité), chimiques (di-oxygène dissous) et biologiques (fluorescence et chlorophylle-a). Après une période initiale d'acquisition sporadique, les données sont maintenant obtenues de manière régulière, toutes les 2 minutes. Elles ont vocation à intégrer un futur observatoire pluri-disciplinaire de l'océan côtier polaire sur ce site, similaire à ceux implantés et en cours d’implantation en Arctique (fjord Young Sound au Groenland et Kongsfjorden au Svalbard). Ces projets polaires ont pour objectifs de comprendre les processus physiques découlant du forçage par la glace de mer et leur impact sur les écosystèmes marins. Portés par des chercheurs de deux des laboratoires de l’IUEM (LEMAR et LOPS) et des ingénieurs de l’Observatoire Marin de l’IUEM, ils s’appuient sur le couplage innovant de capteurs classiques et d’acoustique passive permettant le suivi simultané de la glace de mer et des écosystèmes marins.

2. Objectif du stage

L’objet de ce stage est de développer les outils de gestion des données issus des capteurs haute-fréquence en Antarctique, dans une logique d’acquisition à long-terme : flux de données continus, automatisation pour les opérations récurrentes ne nécessitant pas d'expertise, cohérence et interopérabilité. Le service informatique (FEIRI) a déjà démarré ce type de développements pour des données en Rade de Brest. Adossé au FEIRI, en lien avec les besoins les chercheurs et ingénieurs impliqués, le stage finalisera :

Cet objectif revient à intégrer la série des données acquises en Antarctique dans un système centralisé permettant :

Les réalisations techniques répondront à un besoin de généricité et seront donc testées sur des jeux de données scientifiques différents.

2.1. Contexte technique

Le système centralisé de stockage des séries temporelles repose actuellement sur une base de données PostgreSQL et une interface Ruby On Rails.

Le schéma des données de la plateforme existante devra évoluer afin d'intégrer les fonctionalités supplémentaires demandées :

Un volet exploratoire prévoit éventuellement d’évaluer les possibilités d'autres bases de données noSQL (notamment le projet influxdb).

Il s'agit d'un stage de développement impliquant la mise en oeuvre de technologies et de méthodologies modernes :

Les développements réalisés devront répondre aux critères de qualité nécessaires à des contraintes de production.

2.2. Réalisations demandées dans le cadre du stage

3. Aspects pratiques

3.1. Connaissances techniques requises

L'encadrement du stage s'adaptera au niveau technique du stagiaire (développement, environnement de développement, …).

Toutefois, il est impératif que le stagiaire ait un état d'esprit d'autonomie et qu'il soit capable :

Au cours du stage, le stagiaire mettra en pratique des compétences techniques en :

Le livrable sera soumis à la licence libre CECILLv2 (compatible GPLv3) et sera accompagné d'une documentation complète.

3.2. Durée du stage

6 mois à temps plein, entre janvier et septembre 2017.

3.3. Lieu

IUEM, technopole Brest-Iroise

Au sein du service informatique de l'IUEM, sur un site exceptionnel au bord de la mer d'Iroise, le stagiaire aura l'occasion de se familiariser avec l'univers de la recherche, ainsi qu'avec les réalités d'un service informatique au service d'une communauté scientifique. Dans une équipe jeune, dynamique et transverse, le stagiaire prendra une part active à la vie de l'équipe.

3.4. Encadrement

Maître de stage : Jonathan Schaeffer <jonathan.schaeffer@univ-brest.fr>

Référents scientifiques et techniques :

Scientifiques :

LOPS - Christine David-Beausire : christine.davidbeausire@univ-brest.fr

LEMAR – Laurent Chauvaud : laurent.chauvaud@univ-brest.fr

Techniques :

FEIRI - Laetitia Campistron : laetitia.campistron@univ-brest.fr

Observatoire - Peggy Rimmelin-Maury : peggy.rimmelinmaury@univ-brest.fr

3.5. Indemnisation

Le stage est indemnisé à hauteur de 500€ par mois

3.6. Candidatures

Envoyez vos candidatures et lettres de motivation à Jonathan Schaeffer par mail avant le 30 octobre 2016.

Photo du mois

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(C) Pascale Lherminier / Ifremer