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Centre de documentation

Dossier regroupant tous les how-to, tutoriels de calcul scientifique: sur caparmor, fortran, le debuggage, profiling, options de compilation, ...
Comment obtenir un compte sur Datarmor
Procédure pour demander un compte Datarmor, avec renseignements à fournir à l'assistance de l'IUEM
Connexion de l'extérieur de l'IUEM vers Datarmor
Pour se connecter à Caparmor à partir d'un ordinateur qui n'est pas sur le réseau de l'IUEM, il est nécessaire de s'authentifier sur le portail web d'Ifremer. La procédure de connexion au portail, ainsi que la commande unix SSH (numéro de port, ...) sont décrites dans ce How-To.
Documentation sur Datarmor
Où trouver sur le site intranet d'Ifremer toute la documentation technique concernant Datarmor: Guide de l'utilisateur, ftp à partir de Datarmor, comment compiler, comment soumettre des jobs, ...
Travailler sur Datarmor
Toutes les pages de documentation concernant l'utilisation de Datarmor
Comment analyser un code MPI sur Caparmor
Analyse de code MPI avec l'outil Intel® Trace Analyzer and Collector 8.0
images
Utilisation de Matlab sur Datarmor
Comment configurer son environnement sur Datarmor pour utiliser Matlab? Où lancer Matlab? Une règle à respecter: ne jamais lancer matlab sur le noeud de login!!!
DDT: un outil de debuggage sur Caparmor
Le débugger DDT est utilisé pour du code séquentiel ou parallèle. Il est possible d'utiliser DDT en dehors des locaux d'Ifremer à l'aide d'un machine virtuelle mise à disposition par Ifremer.
Installation de SvnX, un logiciel client subversion sur MacOsX
Selon le site internet du développeur La Chose Interactive, "SvnX est une interface graphique open source GUI de la plupart des fonctionnalités du client binaire svn. Il permet de parcourir les copies de travail, identifier les modifications et agir dessus, mais aussi de parcourir les logs et les révisions de vos dépôts (repositories)." site: http://www.lachoseinteractive.net/fr/communaute/subversion/svnx/fonctionnalites/
Subversion côté utilisateurs
Utilisation de Subversion à l'IUEM (clients, docs ...)
Ubuntu: Installation de la bibliothèque netcdf et des logiciels manipulant le format netcdf
Sous Ubuntu, outils pour manipuler/visualiser des fichiers netcdf
Installation d'outils pour le développement informatique
Sous Ubuntu, installation de Subversion, éditeurs, génération automatique de makefile ....
Installation et configuration de LaTeX sous Linux (Ubuntu, Fedora)
Moteur LaTeX et éditeurs sous Linux
Installation du compilateur Gnu Fortran et du debugger Gnu
Sous Ubuntu
Ubuntu pour le calcul scientifique
Préparer son PC pour le calcul scientifique: outils de développement informatique (subversion, cmake, éditeurs), netcdf, outils collaboratifs, ...
Outils collaboratifs à distance
Partage d'écran (Teamviewer), Session à distance (Free NX), ...
Utilisation de Matlab pour lire le format netcdf
Suivant la version de Matlab, l'utilisation des Netcdf ne se fait pas avec les mêmes commandes. A partir de la version Matlab 2008, les Netcdf sont gérés nativement par le logiciel. Ce tutoriel indique comment installer Netcdf sous Matlab (Version antérieure à 2008), et les commandes pour manipuler des netcdf (toutes versions de Matlab)
fichiers
Travailler avec le format Netcdf
Installation de la bibliothèque Netcdf, installation et utilisation de logiciels manipulant le format Netcdf
Utilisation de Ferret
Le logiciel Ferret permet de manipuler les Netcdf très rapidement. Il s'utilise en ligne de commande.
Utilisation de Ncview
Ncview permet de visualiser des fichiers Netcdf rapidement. Très facile d'utilisation, ses capacités sont tout de même assez restreintes.
Utilisation de Paraview
Paraview est un logiciel permettant de visualiser rapidement de grands volumes de données.
Outils unix: Ncdump et The Netcdf Operator (NCO)
NCO est une suite d'outils unix permettant de réaliser des opérations sur des fichiers netcdf. Il est possible de concaténer ou diviser des fichiers, réaliser des moyennes, ...
Bibliothèque Netcdf sous Fortran [en contruction!]
Pour travailler sur des netcdf dans fortran (lecture ou écriture dans des fichiers netcdf)
Utilisation de GIT
Logiciel de gestion de versions décentralisé
Sur Caparmor, dans quels répertoires travailler?
Sur Caparmor, comment exécuter en interactif un programme?
ou "Pourquoi ne jamais exécuter votre calcul directement en ligne de commande avec une commande du style ./monexecutable"
Stack, Heap, Size
Liens internet expliquant la taille (size) d'un executable, ainsi que les localisations mémoire pile (stack) et tas (heap)
Arithmétique des ordinateurs, précision
Pointeurs sur l'arithmétique sur ordinateurs, sur la précision machine, comment régler la précision et les normes de calcul sur un exécutable, ...
CMake
Génération de makefile automatique
Free Nx sur Styx
FreeNx client est un logiciel qui permet d'accéder à distance à son bureau sur Styx. Il est utilisable aussi bien de l'intérieur du réseau de l'IUEM que de l'extérieur. Doc pour les clients sous Ubuntu et sous Mac Os X. Explications des paramètrages spécifiques à Mac Os X (mapping clavier, redimensionner l'écran)
Xcode Tools
Xcode est nécessaire pour utiliser subversion et gfortran entre autres
Mac Os X pour le calcul scientifique
Tous les logiciels nécessaires ou pratiques pour le développement informatique et le calcul scientifique à l'IUEM
Terminal iTerm
Utilisation et customisation du terminal iTerm, en remplacement du Terminal standard
Gvim
Installation de l'éditeur Gvim
Installation et configuration de LaTeX sous Mac OS X
Moteur LaTeX et éditeurs pour Mac Os X
MacPort
Installateur de paquets. Macport sert à installer des paquets issus de Linux par exemple
Fichiers de démarrage du shell bash
Page d'accueil du centre de documentation de Calcul Scientifique
Forge logicielle de l'IUEM
Gestion collaborative de projets à l'IUEM
Premiers pas en Matlab
Tutoriaux web et documents de références
Interfaçage IDL Matlab
Appeler des routines matlab à partir d'IDL, Convertir un code IDL en Matlab
Appel de routine C ou Fortran dans un code Matlab
Cet appel se fait grâce à l'outil MEX
Python pour l'océanographie
Manipulation de données netcdf. Pré et postprocessing des codes ROMS, MARS3D, et NEMO.
Options de compilations Fortran du compilateur XL Fortran sous IBM aix
Machine de l'IDRIS VARGAS , cluster IBM de processeurs POWER6. Système d'exploitation AIX. compilateur xlf90 (séquentiel) ou mpxlf90 (mpi)
Références Web pour Latex
Pdf, FAQ et Wiki conseillés pour aller plus loin sous Latex
Exportation de bibliographie de Endnote vers Bibtex
Exportation de bibliographie de Zotero vers Bibtex
Pistes pour debugger un code fortran
Les premières étapes pour débugger un code, et pour le valider ensuite sont présentées ici. Il faut impérativement que le code fortran tourne avec les options de compilations présentées dans le tutoriel. Idéalement, les warnings à la compilation sont à éviter.
Conseils sur le codage fortran
Fortran
Matlab
IDL
Python
LaTeX
Comment un directeur de thèse peut corriger un manuscript LaTeX?
LaTeX va générer votre rapport sous forme d'un pdf. Il est alors possible d'annoter et corriger ce pdf avec des logiciels sous Windows, Mac et Linux.
Conversion de tableaux Excel vers Latex
Créer un pdf non pixélisé
Customiser les entêtes
Le package fancyhdr permet de customiser vos en-têtes, pieds de page, les dispositions des éléments sur vos pages. Comment avoir des entêtes en minuscules et en gras par exemple? comment ajouter des entêtes aux pages de garde des chapitres? Gérer les longs titres de chapitre dans les entêtes
Inclure du texte non interprété dans Latex (ex: code informatique)
Intervertir le prénom / nom d'un auteur avec Bibtex
Bibliographie sous LaTeX
Exporter une bibliographie sous Endnote, Zotero. Gérer sa bibliographie sous LaTeX. Choisir un style de bibliographie. Modifier la façon dont des références s'affichent ...
Installation et configuration de LaTeX sous Windows
Moteur LaTeX et éditeurs
IDL pour les débutants
Pour commencer à se documenter sur IDL
Utilisation de GMT
GMT (Generic Mapping Tools) permet de visualiser des fichiers Netcdf
Installation de gfortran et gcc sous Mac OS X
Utiliser MacPort derrière un proxy
Par exemple au MIO derrière le proxy de la fac de Toulon
Améliorer sa productivité sous Mac Os X
Quelques logiciels sympas pour optimiser son travail, gagner du temps, et mieux ranger
Accéder à ses données de Caparmor vers sa machine et inversement
Il faut utiliser la machine caparmor-sftp pour uploader ou downloader des données entre caparmor et votre ordinateur. Il ne faut pas passer par la machine caparmor.
Environnement de travail sous Styx
Quelques commandes bien utiles (Module, quota) et quelques subtilités (espaces disponibles sur Styx ...) pour mieux travailler sous la machine Styx
OpenMPI sous Mac Os X
Installation de OpenMPI, compilation et exécution d'un code fortran avec openMPI
Poste de travail derrière un proxy avec authentification
Proxy par authentification de la fac de Toulon, labo MIO
Documentation spécifique au laboratoire du MIO, Toulon
Gestion d'un proxy par authentification, ...
Améliorer sa productivité sous X11 et le terminal
sous Mac OS X
Montage d'un répertoire de CAPARMOR sur votre machine locale, avec sshfs
A partir d'un ordinateur dans les locaux de l'IUEM, il est possible de monter un répertoire de votre home de Caparmor, grâce à un montage sshfs. Vous pouvez alors très facilement échanger vos données entre Caparmor et votre ordinateur local.
Formation Git par la pratique
Un support de formation pour faire ses premiers pas avec Git.
Parallélisation MPI sur Ubuntu
Mémo sur l'installation, et la compilation et exécution d'un code fortran en MPI
Optimisation d'un code fortran
Options d'optimisation en Gfortran
How-to sur Styx
Travailler sous la machine Styx du Lemar.
Vine server: serveur VNC sur MAC OS X
But: remplacement du serveur VNC standard MAC par Vine Server, qui préserve le mapping clavier
Installation de NEMO sur Styx
Par où commencer en Python
Quelques liens de références pour les scientifiques
Autoriser une connection VNC vers son ordinateur sous Ubuntu
But: Procédure à réaliser pour qu'un informaticien de l'IUEM puisse se connecter à distance sur votre machine.
Python sur Styx
Outil python installé sur Styx
astuces python
Quelques astuces pour faciliter le codage et l'utilisation de Python
Installation Python pour les Océanographes
Procédure avec pip pour installer les modules python: numpy, netcdf4, pyclimate, basemap, matplotlib, ...
Compilation et exécution fortran sous Caparmor
ifort avec différentes bibliothèques mpi (openmpi, mpt SGI)
Fichier PDF document trace analyser caparmor
Fichier Troff document Support pour formation Git
Un support complet pour suivre la formation Git du FEIRI